판결내용은 붙임과 같습니다

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. OO. OO. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

가. 원고는 2016. OO. OO. 대한민국에게 원고 소유의 OO시 OO구 OO동 OOO-O전 x,xxx㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 OO-OO 고속도로 민간투자사업을 위한 공공용지의 협의취득절차를 통하여 x,xxx,xxx,xxx원에 양도하였다.

나. 원고는 2016. OO. OO. 이 사건 토지에 대하여 조세특례제한법상 자경농지 양도소득세 감면요건을 충족한 것으로 보고 감면한도를 2억 원으로 하여 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 신고・납부하였다.

다. 원고는 피고로부터 감면한도를 1억 원으로 하여 수정신고하고, 수정신고에 따른 가산세 xx,xxx,xxx원을 납부하라는 통지를 받고 2017. OO. OO. 위와 같은 취지로 수정신고하고 양도소득세 1억 원 및 가산세 xx,xxx,xxx원을 추가 납부하였다.

라. 원고는 2017. OO. OO. 피고에게 이 사건 토지에 대한 양도소득세 감면한도는 2억 원이고, 설령 감면한도가 1억 원이라 하더라도 가산세 감면사유에 해당한다는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. OO. OO. 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

자경농지 양도소득세 감면한도가 2015. OO. OO.자 조세특례제한법 개정에 따라 2억 원에서 1억 원으로 축소되었으나, 같은 법 부칙(법률 제13560호, 2015. 12. 15.) 제63조가 경과조치로서 '2016. 1. 1. 전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우' 자경농지 양도소득세 감면한도를 종전규정에 따르도록 규정하였는데, 이 사건 부칙조항의 위임을 받은 조세특례제한법 시행령이 2016. 2. 5.에야 비로소 개정 및 시행되었으므로, 원고와 같이 위 개정 조세특례법 시행일인 2016. 1. 1.부터 위 개정 조세특례제한법 시행령 시행일 전날인 2016. 2.4.까지 공익사업의 시행자에게 자경농지를 양도한 경우에는 사업시행자의 토지 취득비율 등과는 무관하게 자경농지 양도소득세 감면한도가 2억 원이라고 보아야 한다. 그런데 피고는 원고의 이 사건 토지 양도 후 개정된 조세특례제한법 시행령을 확대 또는 소급적용하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세 감면한도를 1억 원이라 보아 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 법령을 위법하게 소급적용한 것이거나 조세법률주의에 위배된 자의적 법령해석 및 적용으로 납세자의 보호받을 신뢰를 침해한 것으로 위법하다.

나. 관계

법령별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법령의 개정

구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 전 조세특례제한법'이라 한다) 제133조 제1항 제1호 나목은 같은 법 제69조에 따라 감면받을 자경농지 양도소득세의 한도를 2억 원으로 정하였으나, 2015. 12. 15. 개정된 조세특례제한법(이하 '개정 후 조세특례제한법'이라 한다) 제133조 제1항 제1호에 따라 그 감면한도가 1억 원이 되었고, 그 부칙 제1조는 "이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다"고 규정하고 있으며, 부칙 제2조 제3항은 "양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다"고 되어 있다. 한편, '개정 후 조세특례제한법' 부칙 제63조(이하 '이 사건 부칙조항'이라 한다)는 위와 같은 개정에 따른 경과조치로 "법 제69조에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 경우로서 이 법 시행 전에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제22조에 따라 사업인정고시가 된 사업지역 중 사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에는 제133조 제1항 제1호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용한다."라고 규정하였다. 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 조세특례제한법 시행령이 개정되어 그 부칙 제39조에서 "법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제63조에서 '대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역'이란 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다."라고 규정하였고, 그 부칙 제1조는 위 부칙조항 등의 시행일을 2016. 2. 5.로 규정하였으며, 위 개정 시행령은 2016. 1. 1.부터 위 시행일 사이 공익사업 시행자에 대한 자경농지 양도에 따른 양도소득세 감면한도에 관하여는 특별한 경과규정 등을 두지 아니하였다.

2) 판단

가) 조세나 부담금에 관한 법률의 해석에 관하여, 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조), 자경농지 양도소득세 감면규정 및 그 감면한도를 예외적으로 2억 원으로 하는 이 사건 부칙조항은 법문대로 엄격하게 해석함이 상당하다.

나) 2016. 1. 1. 시행된 '개정 후 조세특례제한법' 제133조 제1항 제1호는 양도소득세 감면한도를 1억 원으로 정하였고, 그 부칙 제2조 제3항은 양도소득세에 관한 개정규정은 "이 법 시행 이후 양도하는 경우부터 적용한다"고 되어 있는바, 원고가 2016. OO. OO. 자경농지인 이 사건 토지를 양도한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 토지의 양도가 이 사건 부칙조항에 해당되지 않는 한, 양도소득세 감면한도를 1억 원으로 한 '개정 후 조세특례제한법' 제133조 제1항이 적용된다고 할 것이다.

다) 이 사건 토지의 양도가 이 사건 부칙조항에 해당되는지에 관하여 보건대, 2016. 2. 5. 조세특례제한법 시행령 부칙 제39조가 이 사건 부칙조항에서 규정한 "사업시행자의 토지 취득 비율 등 대통령령으로 정하는 요건"에 관하여 규정하여 이 사건 부칙조항은 2016. 2. 5.에 비로소 그 효력이 발생하였다고 할 것이므로, 2016. 2. 5. 이전까지는 이 사건 부칙조항은 적용할 여지가 없다고 할 것이고, 다만, 2016. 2. 5.부터이 사건 부칙조항을 적용할 수 있는데, 이 사건 부칙조항은 "대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역 내 토지를 2017. 12. 31. 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도하는 경우에 종전의 규정을 적용한다"고 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령 부칙(대통령령 제26959호, 2016. 2. 5.) 제39조는 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 사업지역이란 해당 공익사업의 시행자가 2015년 12월 31일 현재 전체 사업지역 면적의 2분의 1 이상의 토지를 취득한 사업지역을 말한다"고 규정하고 있으며, 갑 제4호증의 2의 기재에 의하면, 2015. 12. 31. 당시 OO-OO 고속도로 민간투자사업 시행자의 토지취득비율은 XX%에 불과한 사실이 인정되므로, 이 사건 토지 양도가 이 사건 부칙조항에서 정한 요건을 충족하지 못하였다고 봄이 상당하고, 따라서, 이 사건 처분은 적법하고, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어서 법령을 위법하게 소급적용하였거나 자의적 법령해석을 하였다는 원고의 위 주장은 결국 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.