2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 4/5는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

17,288,887원, 2011년 제2기 30,068,099원, 2012년 제1기 11,835,223원, 2012년 제2기 11,479,572원의 부과처분, 2014. 5. 12.에 한 2011사업연도 법인세(가산세 포함) 157,118,830원, 2012사업연도 법인세(가산세 포함) 68,350,150원의 부과처분, 2014. 5. 10.에 한 소득자를 CCC으로 하여 귀속상여로 처분한 2011년 소득금액 524,311,750원, 2012년 소득금액 262,351,032원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다(원고는2015. 12. 8.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통하여 '피고가 원고에 대하여 2014. 8. 6.에 한 소득세 2011년 164,732,250원, 2012년 72,315,530원의 부과처분'의 각 취소를 구하는 청구취지를 추가하였는데, 위 소득세는 법인이 아니라 개인에게 부과되는 것이 명백하므로 추가된 청구취지를 위와 같이 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 것으로 선해하기로 한다).

가. 원고는 2010. 3. 1.경부터 XX aa구 에서 석유 판매업을 영위하던 회사로 CCC에 의하여 실질적으로 운영되어 오다가, 2014. 9. 30. 폐업하였다.

나. XX지방국세청장은 2014. 1. 21.부터 2014. 3. 26.까지 원고에 대한 세무조사를

실시하여, 원고가 2010년 제1기부터 2013년 제1기까지 아래 표 기재와 같이 합계

801,552,793원의 현금매출을 누락하고, 2010년 제1기부터 2013년 제1기까지 소형 탱크로리 차량을 이용한 미등록 유류판매업자들(aaa 외 11명, 이하 '홈로리 기사들'이라 한다)에게 합계 64억 2,550만 원(홈로리 기사들이 사용한 원고 소유의 신용카드 단말기를 기초로 산출한 매출액. 이하 '이 사건 신용카드 매출누락액'이라 한다)의 등유를 판매하고 세금계산서를 발행하지 아니한 것을 확인하고 이를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 위 현금매출누락 및 세금계산서 미발급을 이유로 원고에게 2014. 5.

7. 2010년 제1기 부가가치세 가산세 65,850원, 2010년 제2기 부가가치세 가산세

6,407,920원, 2011년 제1기 부가가치세 17,288,887원, 부가가치세 가산세 45,877,383원,2011년 제2기 부가가치세 30,068,099원, 부가가치세 가산세 68,297,681원, 2012년 제1기 부가가치세 11,835,223원, 부가가치세 가산세 38,120,507원, 2012년 제2기 부가가치세 11,479,572원, 부가가치세 가산세 16,552,988원, 2013년 제1기 부가가치세(가산세 포함) 13,006,760원을, 2014. 5. 12. 2011사업연도 법인세(가산세 포함) 157,118,830원, 2012사업연도 법인세(가산세 포함) 68,350,150원을 각 경정・고지하였다.

라. 또한 피고는 2014. 5. 10. 원고에게 2011년과 2012년의 현금매출 누락액(공급대

가) 각 524,311,750원과 262,351,032원을 원고의 실질적 대표자인 CCC에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였고, 이에 따라 원고는 2014. 9. 25. 2011년과 2012년의 원천징수 근로소득세(갑) 각 164,732,250원과 72,315,530원을 납부하였다.

마. 원고는 위 각 부가가치세(가산세 포함), 법인세(가산세 포함) 부과처분 및 소득금

액변동통지에 불복하여 2014. 7. 28. 이의신청을 거쳐, 2014. 11. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 4. 1. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 13호증, 을 제1, 2, 4, 5, 8 내지 10호증(가지번호가 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 현금매출 누락 관련

원고가 POS(point of sales management, 판매시점관리)시스템에 기록된 현금

매출액 중 일부 금액을 누락하여 수입금액을 신고하였고, 그 누락금액이 801,552,793

원인 사실은 인정한다. 그러나 원고가 홈로리 기사들에게 유류를 판매하면 홈로리 기

사들은 원고 소유의 신용카드 단말기를 이용하여 최종소비자인 화물운송사업자에게 약

14%의 마진을 받고 유류를 판매하였고, 이에 따라 원고가 홈로리 기사들에게 위 신용

카드 결제대금에서 홈로리 기사들에게 공급한 유류의 판매금액을 공제하여 그 차액을

현금으로 반환하였으므로, 위 현금반환금액은 위 현금매출누락액에서 공제되어야 한다.

따라서 위 801,552,793원을 부가가치세 과세표준, 세금계산서 미발급 가산세 부과대상, 법인세 수입금액 및 소득세금액변동통지상의 인정상여금액으로 볼 수 없다.

2) 세금계산서 미발급 관련

홈로리 기사들이 원고 소유의 신용카드 단말기를 이용하여 유류를 판매함에

따라 발생한 이 사건 신용카드 매출누락액 합계 64억 2,550만 원은 원고가 아니라 홈

로리 기사들의 매출에 해당하므로, 이 사건 신용카드 매출누락액을 세금계산서 미발급

에 따른 가산세 부과대상 금액으로 볼 수 없다.

나. 판단

1) 현금매출 누락 부분에 대한 판단

가) 과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액

을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장・입증하여야 하고(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등 참조), 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용액 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 자가 증명하여야 한다(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2011두4053 판결 등 참조).

나) 위 관련법리 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는

다음과 같은 사정들 즉, ① 피고는 원고의 POS시스템상에 기록된 현금매출액 자료와 원고가 신고한 현금매출신고액 사이의 차액을 근거로 원고의 현금매출누락액 합계 801,552,793원을 산정하였는데, POS시스템은 원고의 매출액을 일자별로 자동적으로 계산해 주는 것으로서 그 매출액 자체가 정확하게 산출되므로 POS시스템에 따른 현금매출액 자료는 실지조사의 근거가 되는 구체적이고 객관적인 자료라고 볼 수 있고, 원고도 이에 따른 누락액이 합계 801,552,793원이라는 사실은 인정하고 있는 점, ② 원고는 2015. 12. 8.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서에서 자신이 홈로리 기사들에게 반환한 금액이 기재되어 있는 POS시스템의 기록내용을 복구하였다고 주장하면서 포스(POS) 기록내역[갑 제9 내지12호증(가지번호가 있는 것은 각 가지번호 포함)]을 제출하였으나, 위 포스(POS) 기록내역의 출처나 작성자를 확인할 수 없으므로 그 기재를 그대로 믿기 어려운 점, ③ 아래 2)항에서 보는 바와 같이 원고가 홈로리 기사들에게 현금을 반환하였다는 정황이 존재하기

는 하나, 그 반환금액이 구체적으로 얼마인지 알 수 있는 명확한 자료(지급일자, 금액, 계산근거 등)가 없는 점, ④ 원고와 홈로리 기사들은 등유를 화물운송사업자들에게 차량의 연료로 판매하여 석유 및 석유대체연료 사업법에서 금지하고 있는 행위를 함으로써 홈로리 기사들이 지방자치단체로부터 유가보조금을 편취하는 행위를 방조하는 불법행위를하였는데, bbb은 위와 같은 불법행위의 공범인 홈로기 기사로서 자신의 불법행위를 감추기 위하여 사실과 다른 내용의 증언을 할 가능성을 배제할 수 없으므로, 원고로부터 보름에 한 번씩 환급받은 금액이 600만 원 내지 1,000만 원이라는 취지의 bbb의 증언은 별도의 근거자료가 없는 상황에서 섣불리 믿기 어려운 점, ⑤ 전단계 세액공제방식을 채택하고 있는 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 형식적인 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있어 비용 공제의 개념이 없고, 사업자의 손익 여부와 무관하게 부과되는 점, ⑥ 법인세법 제19조 제2항은 원칙적으로 "손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다."고 규정하고 있고, 여기에서 말하는 '일반적으로 용인되는 통상적'인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는바(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조), 원고의 주장에 의하더라도 원고가 홈로리 기사들에게 반환한 금액은 위와 같이 등유를 판매하기 위한 불법행위로 인하여 지출하게 된 것인데, 원고의 이러한 행위는 사

회통념상 일반적인 주유소 업무와는 아무런 관련성이 없고, 정상적으로 유류판매업을 영위하는 법인에게는 그 지출을 기대하기 어려운 것인 점 등을 종합하여 보면, 갑 제9 내지 12호증(가지번호가 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 bbb의 증언만으로는 원고의 주장을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 세금계산서 미발급 부분과 관련된 부가가치세 가산세에 대한 판단

납세의무자의 과세표준과 세액 등 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의하여야 하는바(대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두

9526 판결 참조), 앞서 든 증거들에다가 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과

같은 사정들 즉, ① 이 사건 신용카드 매출누락액은 홈로리 기사들이 화물운송사업자

들에게 판매한 유류의 매출내역일 뿐, 원고가 홈로리 기사들에게 판매한 유류의 매출

내역이 아닌 점, ② 피고는, 원고가 홈로리 기사들에게 현금을 반환한 것이 아니라 오

히려 홈로리 기사들이 원고에게 현금을 지급하는 방식으로 정산이 이루어졌다고 주장

하나, 홈로리 기사인 ccc, ddd, eee은 피고의 직원들과의 문답 과정에서 '고객들이 대부분 신용카드로 유류대금을 결제하였고, 현금 결제는 거의 없었다'고 진술하고

있으므로, 을 제6호증의 3의 기재만으로는 홈로리 기사들이 원고에게 현금을 지급하는

방식으로 정산이 이루어졌음을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는

점 등을 종합하여 보면, 을 제3호증, 제6호증의 1 내지 5, 제7호증의 각 기재만으로는

이 사건 신용카드 매출누락액을 세금계산서 미발급에 따른 부가가치세 가산세의 부과

대상 금액으로 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이

부분 주장은 이유 있다.

3) 취소의 범위

당사자가 변론 종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

위 법리에 기초하여 살피건대, 이 사건 부과처분 중 세금계산서 미발급 부분과 관련된 2011년 제1, 2기, 2012년 제1, 2기 각 부가가치세 가산세 부과처분 부분은 취소되어야 할 것이나, 이 사건 변론 종결일까지 제출된 증거들만으로는 원고가 홈로

리 기사들에게 판매한 유류의 매출금액을 특정하기 어려우므로, 피고가 원고에 대하여

한 위 각 부가가치세 가산세 부과처분 부분 전부를 취소하기로 한다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이

유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.