2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 XX시 XX구 XX동 000-0 소재 다가구주택(이하 '이 사건 제1주택'이라고 한다) 및 같은 동 000-0 소재 다가구주택(이하 '이 사건 제2주택'이라고 한다)을 신축하여 1999. 10. 5. 각 사용승인을 받았다.

나. 그 후 원고는 2007. 9. 28. 이 사건 제1주택을 500,000,000원에, 2007. 11. 20. 이 사건 제2주택을 487,000,000원에 각 양도하고, 2007. 11. 30. 이 사건 제1주택 양도에 대하여 취득가액을 195,709,800원으로 한, 2008. 1. 31. 이 사건 제2주택 양도에 대하여 취득가액을 216,064,700원으로 한 각 양도소득세 과세표준신고를 하였으며, 이 사건 제1주택 양도에 대해 5,695,740원의 양도소득세를 자진납부하였다(이 사건 제2주택 양도에 대하여는 양도소득이 없는 것으로 신고하였다).

다. 피고는 원고가 신고한 이 사건 제1주택 취득가액이 그 주택 신축 관련 증거가 없어 불분명함을 이유로 환산취득가액 141,009,590원을 적용하여 2008. 10. 1. 원고에 게 2007. 귀속분 양도소득세 14,605,618원을 부과하는 처분을 하였다.

라. 또한, 피고는 원고가 신고한 이 사건 제2주택 취득가액이 그 주택 신축 관련 증거가 없어 불분명함을 이유로 환산취득가액 154,875,998원을 적용하고, 이 사건 제2주택 양도 당시 원고가 XX시 XX구 XX동 000-0 외 1필지 소재 다세대주택 4세대를 소유하고 있어 그 양도가 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도라고 보아 중과세율 60%를 적용하여 2009. 1. 10. 원고에게 2008. 귀속분 양도소득세 39,462,700원을 경정 ・ 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

마. 원고는 2009. 3. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2009. 11. 18. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증, 갑 제5, 6호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 l 내지 4, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 직권판단

가. 이 사건 제1주택에 대한 2008. 10. 1.자 양도소득세 부과처분 취소 청구 부분 직권으로 살피건대, 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항, 제56조 제2항, 제4항, 제68조 제1항에 의하면, 세법에 의한 처분에 대한 행정소송은 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구를 제기하여 그에 대한 결정을 필요적으로 거치지 않으면 제기할 수 없고, 행정처분의 취소를 구하는 항고소송의 필요적 전심 절차인 위 심사청구 또는 심판청구가 기간도과로 인하여 부적법 한 경우에는 행정소송 역시 전치의 요건을 충족하지 못한 것이 되어 부적법 각하를 면 치 못하는 것인데, 이 점은 행정청이 심사청구 또는 심판청구의 제기기간을 도과한 부 적법한 심판에 대하여 그 부적법을 간과한 채 실질적 재결을 하였다 하더라도 달라지 는 것이 아니다(대법원 1991. 6. 25. 선고 90누8091 판결 참조).

그런데 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2008. 10. 1. 이 사건 제1주택에 대한 양도소득세 부과처분을 한 후, 원고가 같은 달 30. 위 양도소득세 14,605,610원(피고의 결정세액은 14,605,618원이나 원고에 대한 고지세액은 14,605,610 원이다)을 납부한 사실을 인정할 수 있는바, 원고로서는 적어도 2008. 10. 30.경에는 이 사건 제1주택에 대한 양도소득세 부과처분의 통지를 받았다고 봄이 상당하고, 그로부터 90일이 경과한 2009. 3. 24. 조세심판원에 위 양도소득세 부과처분에 대한 심판 을 청구하였더라도 원고의 이 부분 심판청구는 기간도과로 인하여 부적법하다고 할 것 이어서 이 부분에 대한 소 역시 필요적 전치의 요건을 충족하지 못한 것이 되어 부적법하다 할 것이고, 비록 조세심판원이 2009. 11. 18.자 결정에서 원고의 이 부분 심판 청구에 대하여 피고의 처분이 적법하다는 실질적 결정을 하였다고 하여도 달라지지 않는다. 따라서 원고의 이 부분 소는 부적법하다.

나. 금원지급청구 부분

직권으로 살피건대, 국세환급금에 관한 국세기본법 제51조 제1항의 규정은 정부가 이미 부당이득으로서 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액이 있는 때에는 납세자의 환급 신청을 기다릴 것 없이 이를 즉시 반환하는 것이 정의와 공평에 합당하다는 법리를 선언하고 있을 뿐이고, 이마 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부액이나 환급세액은 납세자가 부당이득의 반환을 구하는 민사소송으로 그 환급을 청구할 수 있다고 할 것이어서(대법원 1997. 10. 10. 선고 97다26432 판결 참조), 원고가 피고에 대하여 환급거부처분의 취소를 항고소송으로 제기할 수 있음은 별론으로 하더라도 환급금청구소송은 양도소득세 과다납부액의 귀속 주체인 대한민국을 상대로 하여야 하고 그 기관에 불과한 행정청인 피고는 피고 적격이 없다고 할 것이므로, 원고의 이 사건 환급금 4,723,600원 청구의 소는 부적법하다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 소형주택 적용 관련

1세대 3주택의 중과세율을 적용하기 위한 주택의 수를 계산함에 있어 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것, 이하 별도의 개정내역 기재가 없는 한 위와 같다) 제167조의3 제2항 제1호, 제19호, 구 소득세법 시행규칙 (2008. 4. 29. 기획재정부령 제15호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조에 의하면, 다가구주택의 경우 납세자의 선택에 따라 단독주택 여부를 결정하도록 하고 있는데, 이 사건 제2주택은 단독주택이 아니라 각 개별주택의 연면적이 60㎡ 이하인 소형주택들로 이루어진 공동주택이어서 제1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 포함되지 않으므로 일반세율이 적용되어야 한다.

(2) 조세특례제한법 적용 관련

이 사건 제2주택은 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전 의 것, 이하 별도의 개정내역 기재가 없는 한 위와 같다) 제99조 소정의 양도소득세 감면 대상 국민주택에 해당하여 소득세법 시행령 제167조의3 제5호에 따라 제1세대 3 주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 포함되지 않으므로 일반세율이 적용되어야 한다.

나. 판단

(가) 위 제(1)주장에 대하여

깨 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3, 위 구 소득세법 시행령 제155조 제15항, 제167조의3 제1항 제9호, 제2항 제1호, 위 구 소득세법 시행규칙 제74조, 제82조 제1항, 제3항의 규정내용을 종합하면, 60%의 중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위를 판단함에 있어 2007. 2. 28. 이후 다가구주택을 양도하는 경우에는 거주자의 선택에 따라 이를 단독주택으로 보거나 한 가구가 독립하여 거주할 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보되, 그 단독주택 전체 혹은 각각 하나로 보는 주택을 2003. 12. 31. 이전에 취득하였고, 일정규모 이하(대지면적이 120㎡이고 주택의 연면적이 60㎡ 이하)로서 양도 당시 기준시가가 4,000만 원 이하인 소형주택은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 수 계산에서 제외되나, 당해 다가구주택이 하나의 매매단위로 양도되어 단독주택으로 보게 되는 경우에는 그 전체를 하나의 주택으로 보고 소형주택인지 여부를 판단하여야 한다.

(나) 이 사건에서 앞서 든 증거들 및 갑 제2호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고가 다가구주택인 이 사건 제2주택을 1999. 10. 5. 신축하여 사용승인 받은 사실은 인정 되나 한편, 원고가 2007. 11. 30. 이 사건 제2주택을 하나의 매매단위로 하여 양도한 사실, 이 사건 제2주택의 대지면적이 169.7㎡이고, 주택의 연면적이 388.74㎡(주거용으로 사용되는 부분만 합산함)인 사실, 원고가 이 사건 제2주택 양도 당시 보유하고 있던 XX시 XX구 XX동 000-0 외 1필지 소재 다세대주택 4세대의 취득일이 2004. 11. 11.이고 각 세대별 주택의 전용면적이 각 93.66㎡이며 양도 당시 기준시가가 4,000 만 원을 초과하고 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 제2주택뿐만 아니라 위 다세대주택 4세대도 위 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제9호에서 말하는 1세 대 3주택 이상에 해당하는 주택에 포함되지 않는 소형주택이 아니므로, 원고는 이 사건 제2주택 양도시 1세대 3주택 이상을 보유하고 있었다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 위 제(2)주장에 대하여

(가) 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호) 부칙 제1조, 제29조 제1항, 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제 1호, 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제3호, 같은 법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조 제2호의 규정내용을 종합하면 자기가 건설한 주택으로서 1998. 5. 22.부터 1999. 6. 30.까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998. 5. 22.부터 1999. 12. 31.까지로 한다. 이를 "신축주택취득기간"이라고 한다)에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100분에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하되, 당해 주택이 고급주택에 해당하는 경우에는 양도소득세 감면대상이 아니다.

(나) 이 사건에서, 원고가 위 구 조세특례제한법 제99조가 정한 국민주택에 대한 신축주택취득기간 내인 1999. 10. 5. 이 사건 제2주택의 사용승인을 받은 사실은 앞서 본 바와 같으나, 한편 구 주택건설촉진법(2003. 5. 29. 법률 제6916호 주택법으로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1호는, "국민주택"이라 함은 제10조의 국민주택기금 에 의한 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택을 말한다고 규정하고 있는바, 당 심의 국토해양부장관에 대한 사실조회결과에 의하면, 이 사건 제2주택이 구 주택건설 촉진법 제3조 제1호에서 정한 국민주택에 해당하는 주택으로 같은 법 제10조의 규정에 의한 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택이 아닌 사 실을 인정할 수 있으므로, 달리 이를 뒤집을 증거가 이상[원고는 이 사건 제2주택의 각 세대별 전용면적이 위 구 주택건설촉진법 제24조, 구 주택건설촉진법 시행령(2003. 11. 29. 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것) 제26조의3에서 정한 1호 또는 1세대 당 85㎡이하의 주택, 즉 국민주택규모의 주택이라는 취지로 주장하는 것으로 보인다], 이 사건 제2주택은 중과세율이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외 되지 않는다고 할 것이다(이 경우 원고가 이 사건 제2주택 양도 당시 XX시 XX구 XX동 000-0 외 1필지 소재 다세대주택 4채도 소유하고 있었으므로 1세대 3주택 중 과세율이 적용되어야 함은 앞서 본 바와 같다). 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 소 중 2008. 10. 1.자 양도소득세 부과처분 최소 청구 부 분과 금원지급 청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 이 사건 제2주택에 대한 2009. 1. 10.자 양도소득세 부과처분 취소 청구 부분은 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.