아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1 내지 3, 9, 10호증, 을 제6호증, 을 제7호증의 1, 2, 을 제8호증의 1 내지 7, 을 제9호증, 을 제10호증의 1, 2, 을 제11호증의 1 내지 6, 을 제12호증, 을 제13호증의 1, 2, 을 제14호증의 1 내지 6, 을 제15호증의 1, 2, 을 제16호증의 각 기재와 증인 김ㅇㅇ의 증언에 변론의 전취지를 종합하면 인정할 수 있고 반증이 없다.

1.1.원고의 산업기지개발사업

"원고('ㅇㅇ개발공사'에서 1988. 7. 1. 현재의 명칭으로 변경되었다)는 구 산업기지개발촉진법(1973. 12. 24. 법률 제2657호로 제정되어 1990. 1. 13. 법률 제4216호산업입지및개발에관한법률'로 폐지된 법률) 제5조에 의하여 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발구역으로 지정된 ㅇㅇ지구, ㅇㅇ지구, ㅇㅇ지구 등 8개 지구(이하이 사건 사업지구'라 한다)에 관하여 위 법 제7조의 규정에 따라 산업기지개발사업의 시행자로 지정되어 이 사건 사업지구 안에서 산업기지개발사업을 시행해 왔다.",1.1. 1990년도 귀속분 법인세 특별부가세 부과처분의 경위

"(1) 원고는 1990 사업연도에 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지 등을 양도한 뒤 1991. 3. 30. 피고에게 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 그 양도차익 중 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지의 양도로 인한 양도차익 금 120,882,079,873원에 대하여는 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정되기 전의 것. 이하당초의 법인세법'이라 한다) 제59조의3 제1항 제14호, 구 법인세법(1988. 12. 26. 법률 제4020호로 개정된 것. 이하개정 구 법인세법'이라 한다) 부칙 제16조에 의하여 법인세 특별부가세(이하특별부가세'라 한다)가 비과세되는 소득이라고 하여 이를 공제한 나머지만을 양도차익으로 삼아 산정한 금 99,754,874원을 1990년도 귀속분 특별부과세로 신고・납부하였다.", "(2) 이에 피고는 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 구 조세감면규제법(1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 것. 이하구 조감법'이라 한다) 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보고 원고의 1990 사업연도 양도차익 금 121,544,718,623원에 대하여 별지 1990년도 귀속분 특별부가세액계산서 경정란 ⑤항 기재와 같이 세액 금 26,747,354,960원을 산출한 뒤 여기에서 이 사건 사업지구 이외?토지 등을 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 산출세액 금 165,659,687원을 공제한 나머지 금 26,581,695,273원(이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 산출세액)의 50%를 감면하고 공공사업 시행자에게 양도함에 따라 면제되는 세액 금 65,904,813원을 공제한 차감세액 금 13,390,602,511원에 과소신고 및 미납부가산세 금 12,474,789,592원을 가산하고 자진납부세액을 차감하여 1995. 7. 1. 원고에게 금 25,765,637,220원(10원 미만은 국고금단수계산법에 따라 버림)을 1990년도 귀속분 특별부가세로 납부할 것을 부과하는 처분(이하1990년도 귀속분 부과처분'이라 한다)을 하였다.",1.1. 1991년도 귀속분 특별부가세 부과처분의 경위

(1) 원고는 1991 사업연도에 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지 등을 양도한 뒤 1992. 3. 30. 피고에게 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 그 양도차익 중 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지의 양도로 인한 양도차익 금 182,806,661,453원에 대하여는 당초의 법인세법 제59조의3 제1항 제14호, 개정 구 법인세법 부칙 제16조에 의하여 특별부가세가 비과세되는 소득이라고 하여 이를 공제한 나머지만을 양도차익으로 삼아 산정한 금 54,689,631원을 1991년도 귀속분 특별부가세로 신고・납부하였다.

"(2) 이에 피고는 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보고 원고의 1991 사업연도 양도차익 금 183,552,888,797원에 대하여 별지 1991년도 귀속분 특별부가세액계산서 경정란 ⑤항 기재와 같이 세액 금 41,679,177,831원을 산출한 뒤 여기에서 이 사건 사업지구 이외의 토지 등을 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 산출세액 금 186,556,836원을 공제한 나머지 금 41,492,620,995원(이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 산출세액)의 50%를 감면하고 공공사업 시행자에게 양도함에 따라 면제되는 세액 금 131,867,205원을 공제한 차감세액 금 20,801,000,128원에 과소신고 및 미납부가산세 금 17,188,318,246원을 가산하고 자진납부세액을 차감하여 1995. 7. 1. 원고에게 금 37,934,628,740원(10원 미만은 국고금단수계산법에 따라 버림)을 1991년도 귀속분 특별부가세로 납부할 것을 부과하는 처분(이하1991년도 귀속분 부과처분'이라 한다)을 하였다.",1.1. 1992년도 귀속분 특별부가세 부과처분의 경위

(1) 원고는 1992 사업연도에 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지 등을 양도한 뒤 1993. 3. 25. 피고에게 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 그 양도차익 중 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지의 양도로 인한 양도차익 금 68,711,999,188원에 대하여는 당초의 법인세법 제59조의3 제1항 제14호, 개정 구 법인세법 부칙 제16조에 의하여 특별부가세가 비과세되는 소득이라고 하여 이를 공제한 나머지만을 양도차익으로 삼아 산정한 금 14,089,444원을 1992년도 귀속분 특별부가세로 신고・납부하였다.

"(2) 이에 피고는 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지의 양도로 인한 양도차익에 대하여 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보고 원고의 1992 사업연도 양도차익 금 68,768,356,967원에 대하여 별지 1992년도 귀속분 특별부가세액계산서 경정란 ⑤항 기재와 같이 세액 금 12,713,616,616원을 산출한 뒤 여기에서 이 사건 사업지구 이외의 토지 등을 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 산출세액 금 14,089,444원을 공제한 나머지 금 12,699,527,172원(이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 산출세액)의 50%를 감면한 차감세액 금 6,363,853,030원에 과소신고 및 미납부가산세 금 3,174,881,792원을 가산하고 자진납부세액을 차감하여 1993. 10. 1. 원고에게 금 9,524,645,370원(10원 미만은 국고금단수계산법에 따라 버림)을 1992년도 귀속분 특별부가세로 납부할 것을 부과하는 처분(이하1992년도 귀속분 부과처분'이라 한다)을 하였다.",1.1. 1993년도 귀속분 특별부가세 경정거부처분의 경위

(1) 원고는 1993 사업연도에 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지 등을 양도한 뒤 1994. 3. 30. 피고에게 법인세과세표준 및 세액신고를 하면서 그 양도차익 중 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익 금 55,981,187,044원에 대하여는 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 보아 위 양도차익에 대하여 산정한 금 7,008,956,932원을 1993년도 귀속분 특별부가세로 신고・납부하였다.

(2) 그 뒤 원고는 1994. 9. 30. 피고에게 1993 사업연도 과세표준 수정신고를 하면서 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익 금 55,981,187,044원에 대하여는 당초의 법인세법 제59조의3 제1항 제14호, 개정 구 법인세법 부칙 제16조에 의하여 특별부가세가 비과세되는 소득임에도 불구하고 착오로 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면되는 것으로 보아 특별부과세를 납부하였다는 이유로 별지 1993년도 귀속분 특별부가세액계산서 수정신고란 ⑤항 기재와 같이 위 양도차익 금 55,981,187,044원에 대하여 비과세소득으로 신고하고 기납부세액 중 비과세소득에 대한 특별부가세 금 6,885,270,605원을 환급해 줄 것을 신청하였다.

"(3) 이에 피고는 1994. 11. 9. 원고에게 이 사건 사업지구 안에서 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여는 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면되는 것이어서 원고가 한 당초의 신고가 정당하므로 원고의 위 환급신청을 거부한다는 처분(이하이 사건 경정거부처분'이라 한다)을 하였다.",1. 이 사건 각 부과처분 및 경정거부처분의 적법 여부

1.1. 관계법령의 규정

(1) 산업기지개발사업으로 조성한 토지의 양도에 대한 특별부과세의 감면과 관련된 법령의 개정 내용

(가) 법인세법상 100% 비과세규정

"당초의 법인세법 제59조의3 제1항 제14호는 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있었다(이하당초 비과세조항'이라 한다).",(나) 법인세법 개정에 의한 50% 감면규정과 경과규정

"1988. 12. 26. 개정 구 법인세법(법률 제4020호, 1989. 1. 1.부터 시행)으로 당초 비과세조항이 삭제되고 그 대신 제59조의3 제2항 제4호가 신설되었는데, 개정 구 법인세법은 위와 같은 경우에는 특별부과세액의 50%를 면제하도록 규정하면서(이하감면 법인세법조항'이라고 한다), 부칙 제12조 제1항에서 제59조의3 제2항 제4호의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였으며, 부칙 제16조에서 이 법 시행 당시 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 종전의 제59조의3 제1항 제14호의 규정에 의한다고 규정(이하비과세 경과조항'이라고 한다)하였다.",(다) 법인세법상의 50% 감면규정의 조세감면규제법으로의 흡수 및 경과규정

"1989. 12. 30. 구 조감법(법률 제4165호, 1990. 1. 1.부터 시행)에 의하여 개정 구 법인세법의 감면 법인세법조항이 삭제되고 그 대신 구 조감법 제59조 제5호로 위 특별부가세액의 감면에 관하여 감면 법인세법조항과 동일한 내용의 조항이 신설되었는데(이하감면 조감법조항'이라고 한다), 산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한다는 내용 자체에는 아무런 변동이 없었다.",다만, 구 조감법은 부칙 제5조 제1항에서 감면 조감법조항은 1990. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하였으며, 부칙 제5조 제3항에서 이 법 시행 당시 종전의 법인세법의 규정에 의하여 부과(환급・추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다고 규정하였고, 부칙 제19조 제2항에서 개정 구 법인세법 제59조의3 제2항 내지 제4항을 각각 삭제한다고 규정하였다.

(2) 과세표준 수정신고에 관한 법령의 내용

국세기본법(1994. 12. 22. 법률 제4810호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항은 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락・오류가 있는 때에는 다음 각호에 게기하는 기한 내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다 고 규정하면서, 그 제1호에서 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한 경과 후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한 경과 후 3월) 내 라고 규정하고 있으며, 그 제2항은 과세표준수정신고서의 기재사항 중 대통령령이 정하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일 내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하여야 한다 고 규정하고 있다.

1.1. 당사자의 주장

(1) 피고 주장의 요지

구 조감법이 감면 조감법조항, 부칙 제1조, 제5조 제1항의 규정으로 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구 또는 구역의 사업시행자가 조성한 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도하는 경우에는 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서 부칙 제19조 제2항으로 개정 구 법인세법상의 감면 법인세법조항은 삭제하였으나 비과세 경과조항을 삭제하지 않는 바람에 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 구역의 사업시행자가 조성한 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도할 경우 그 양도차익에 대한 특별부가세의 비과세 여부에 관하여 개정 구 법인세법상의 비과세 경과조항과 구 조감법상의 감면 조감법조항이 서로 모순・저촉하게 되었는데 이 경우 신법우선의 원칙에 따라 구 조감법상의 감면 조감법조항이 우선적으로 적용되므로 비과세 경과조항은 효력을 상실하였다.

또한, 비과세 경과조항은 감면 법인세법조항을 전제로 하는 것인데 구 조감법 부칙 제19조 제2항에 의하여 감면 법인세법조항이 삭제되었으므로 비과세 경과조항은 효력을 상실하였다.

따라서 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 구역의 사업시행자가 조성한 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도할 경우 그 양도차익에 대하여는 구 조감법 제59조 제5호, 부칙 제5조 제1항에 따라 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면되는 것이어서 위 처분사유와 관계법령을 근거로 한 이 사건 각 부과처분과 경정거부처분은 적법하다.

(2) 원고 주장의 요지

(가) 구 조감법의 개정으로 특별부가세의 감면에 관하여 개정 구 법인세법 대신 구 조감법이 적용되게 되었으나 개정 구 법인세법상의 비과세 경과조항에 대하여는 이를 폐지하거나 개정하는 규정이 없으므로 비과세 경과조항은 구 조감법의 개정에도 불구하고 여전히 효력이 있다.

한편, 구 조감법 부칙 제5조 제3항은 이 법 시행 당시 종전의……법인세법……의 규정에 의하여 부과(……)하였거나 부과할……특별부가세에 관하여는 종전의 규정에 의한다 고 규정하고 있는바, 위 규정은 조세법규가 납세자에게 불리하게 개정되었을 경우 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 법률을 그 개정 후에 성립하는 조세의무에 관하여도 적용한다는 경과규정이므로 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 지역의 사업시행자가 조성한 토지를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여는 그 양도시기에 관계없이 비과세 경과조항, 당초 비과세조항의 규정에 따라 특별부가세가 비과세되어야 한다.

따라서 이 사건 각 부과처분은 특별부가세가 비과세되어야 할 소득에 대하여 부과된 것이어서 위법하므로 취소되어야 하며, 원고가 1993 사업연도 법인세과세표준 수정신고를 하면서 당초 신고한 과세표준과 세액 중 비과세소득에 관한 특별부가세액의 환급을 구하는 신청에 대하여 그 환급을 거부한 피고의 이 사건 경정거부처분 역시 위법하므로 취소되어야 한다.

(나) 가사, 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 지역의 사업시행자가 조성한 토지를 1990. 1. 1. 이후 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 구 조감법상의 감면 조감법조항이 적용되어 특별부가세의 과세대상이 되며 특별부가세의 50%에 상당하는 세액만 감면된다고 하더라도 원고는 고의 또는 과실로 위와 같은 양도소득에 대한 특별소득세를 신고・납부하지 않은 것이 아니라 세법 해석상의 견해 차이로 인하여 위와 같은 양도소득에 대하여 비과세로 신고하였던 것이며, 피고는 원고가 1990년 이후 계속하여 해당연도의 위와 같은 양도소득에 대하여 비과세소득으로 신고하였음에도 아무런 이의를 제기하지 않다가 1993년에 이르러 위와 같은 양도소득에 대하여 특별부가세를 부과하면서 가산세를 부과하였으므로 이 사건 각 부과처분 중 가산세에 관한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

1.1. 판단

(1) 비과세 경과조항이 구 조감법에 의하여 삭제되었는지 여부

살피건대, 조세법규는 그것이 과세요건이든 면세요건이든 엄격하게 해석하여야 하는 것이 원칙인바(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누825 판결 참조), 이러한 원칙에 비추어 볼 때, 개정 구 법인세법 제59조의3 제2항 내지 제4항을 각각 삭제한다는 구 조감법 부칙 제19조 제2항의 규정에 따라 개정 구 법인세법상의 감면 법인세법조항이 삭제되기는 하였으나 개정 구 법인세법상의 비과세 경과조항은 감면 법인세법조항의 규정과는 별도로 당초 비과세조항을 적용할 사안을 명시적으로 규정하고 있는 것이어서 감면 법인세법조항의 삭제로 인하여 함께 삭제되었다고 볼 수는 없다.

(2) 비과세 경과조항과 감면 조감법조항의 모순・저촉 여부

"살피건대, 구 조감법 부칙 제5조 제1항이 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면하는 내용인 감면 조감법조항은 구 조감법이 시행되는 1990. 1. 1. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 지역의 사업시행자가 조성한 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도함으로써 발생한 양도차익에 대하여 형식상으로는 비과세 경과조항과 감면 조감법조항이 모두 적용되어 서로 모순・저촉되는 것으로 볼 수도 있으나 구 조감법은 나아가 부칙 제5조 제3항으로구 조감법 시행 당시 법인세법의 규정에 의하여 부과할 특별부과세에 관하여는 종전의 규정에 의한다'는 경과규정을 둠으로써 비과세 경과조항과 감면 조감법조항의 모순・저촉을 피하고 있다고 볼 것이다.",(3) 소결론

"살피건대, 세법이 개정된 경우에 개정된 세법 부칙이이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과(환급・추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 ……세에 관하여는 종전의 규정에 의한다'라는 경과규정을 두고 있다면, 이는 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하는 특별규정이라고 할 것이므로 구법을 적용하여야 할 것이다(대법원 1994. 5. 24. 선고 93누5666 판결 참조).",그런데, 위에서 본 바와 같이 구 조감법이 법률 제4165호로 개정되기 전에는 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지정된 지구의 사업시행자가 조성한 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 개정 구 법인세법이 감면 법인세법조항으로 특별부가세의 50%만 감면하는 것으로 개정된 것과 관계없이 개정 구 법인세법상의 비과세 경과조항에 의하여 양도시기와 무관하게 당초 비과세조항에 따라 특별부가세가 면제되어야 하는 것인데, 구 조감법이 시행된 이후에는 위와 같은 토지 등의 양도가 1990. 1. 1. 이후에 이루어진 경우 특별부가세의 50%에 상당하는 세액이 감면되도록 되었으므로 이와 같은 구 조감법의 개정은 결국 납세의무자에게 불리하게 개정되었다 할 것이다.

"한편, 앞에서 본 바와 같이 1990. 1. 1.부터 시행되는 구 조감법의 부칙 제5조 제3항은이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과(환급・추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 ……세에 관하여는 종전의 규정에 의한다'라고 규정하고 있으므로, 원고에게 불리하게 구 조감법이 개정된 이 사건에 있어서는 위에서 본 법리에 따라 개정 구 법인세법상의 비과세 경과조항과 당초의 법인세법상의 당초 비과세조항을 적용하여 특별부가세를 면제하여야 할 것이다.",따라서 1988. 12. 31. 이전에 산업기지개발촉진법의 규정에 의하여 지구지정을 받은 이 사건 사업지구의 사업시행자인 원고가 조성한 토지를 1990. 1. 1. 이후에 양도함으로 인하여 발생한 소득에 대하여 50%의 특별부가세를 부과한 이 사건 각 부과처분 및 이미 납부한 50%의 특별부과세의 환급을 거부하는 이 사건 경정거부처분은 위법하다 할 것이다.

1. 결 론

그렇다면, 이 사건 각 부과처분 및 경정거부처분의 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.

1998. 7. 3.

심급 사건

참조조문

참조판례