2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 7/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고(2007. 10. 1. 신한카드 주식회사에서 현재 상호로 변경됨)는 2002. 6. 4. 신용카드업을 목적으로 설립된 비상장 법인으로서 주식회사 신한금융지주회사(이하 ‘신한금융지주회사’라 한다)의 자회사였다.

나. 원고는 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하고자 하였으나 비상장 법인의 주식은 거래가 어렵고 그 시가 산정이 어렵다는 이유로 주식매수선택권을 부여하지 못하였고, 대신 신한금융지주회사가 2002. 5.경부터 2006. 3.경까지 5차례에 걸쳐 원고의 임직원들에게 아래와 같은 내용의 신한금융지주회사 주식에 대한 주식매수선택권을 부여하였다(이하 ‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다).

주1) 차액보상형

주2) 주식교부형

다. 원고는 2005. 5.경 신한금융지주회사에 아래와 같은 내용의 자금 지급 확인서를 교부하였고(이하 ‘이 사건 보전 약정’이라 한다), 이 사건 주식매수선택권 행사에 따라 신한금융지주회사에 지급하여야 할 보전비용 4,364,316,996원(이하 ‘이 사건 주식매수선택권 비용’이라 한다)을 장기미지급비용으로 회계처리하였다.

라. 한편, 신한금융지주회사는 임직원이 주식매수선택권을 행사할 경우 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 지급하는 차액보상형으로 주식매수선택권 제도를 운영하였는바 신한금융지주회사의 주식매수선택권 업무메뉴얼은 아래 표와 같았다.

이후 원고의 임직원 중 일부가 2007.경 이 사건 주식매수선택권 중 일부를 행사하였고, 위와 같은 주식매수선택권의 행사에 따라 신한금융지주회사가 주식매수선택권을 행사한 임직원들에게 차액정산방식에 따른 현금을 지급하고 원고가 이 사건 보전 약정에 따라 신한금융지주회사에 그 비용을 보전해주어야 하나, 원고는 직접 그 임직원들에게 1,432,580,821원(이하 ‘이 사건 보전액’이라 한다)을 지급하였다.

마. 이후 원고는 2007. 10. 1. 엘지카드 주3) 주식회사 에 사업을 양도하면서 신한금융지주회사에 지급하여야 할 이 사건 주식매수선택권 비용에서 이 사건 보전액을 공제한 금액인 2,931,736,175원(= 4,364,316,996원 - 1,432,580,821원, 이하 ‘이 사건 양도액’이라 한다)의 장기미지급비용도 함께 양도하였다.

바. 원고는 2007 사업연도 법인세의 소득금액 조정 합계표를 작성하면서 이 사건 주식매수선택권비용을 손금불산입하여 2007 사업연도 법인세를 신고·납부하였는데, 2011. 3. 16. 피고에게 이 사건 주식매수선택권 비용 전부를 손금에 산입하여 2007 사업연도 법인세 중 1,091,079,249원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였다. 피고는 2011. 9. 26. 원고에게 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 신설된 법인세법 시행령(이하 ‘신 시행령’이라 한다) 제19조 제19호 는 부칙 제6조에 따라 2009. 2. 4. 이후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용하므로 그 이전에 지급된 이 사건 주식매수선택권 비용에는 신 시행령을 적용할 수 없다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이에 불복하여 2011. 12. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2012. 9. 24. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7 내지 12호증의 각 기재(가지 번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고

이 사건 주식매수선택권 비용은 원고가 임직원들에게 현물(주식) 상여를 지급하기 위해 소요된 일종의 ‘인건비’로서 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 시행령’이라 한다) 제19조 제3호 , 제18호 에 해당하여 법인세법상 손금으로 산입되어야 함에도 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고

이 사건 주식매수선택권 비용 중 이 사건 보전액은 인건비가 아니라 구 법인세법 시행령 제43조 제1항 에서 정한 이익처분에 의한 상여금에 해당하므로 손금불산입 대상에 해당하고, 이 사건 양도액은 손금 귀속시기가 도래하지 않아 손금에 해당하지 않는다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 보전액에 대하여

가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제19조 는 제1 , 2항 에서 손금을 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로, 손비를 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 하면서, 제3항 에서 그 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 하고 있고, 이에 근거한 구 시행령 제19조 는 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다고 하면서, 제3호 에서 ‘인건비’를, 제18호 에서 ‘그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’을 들고 있다.

나) 살피건대, 다음과 같은 점들을 종합하면, 원고의 임직원들이 이 사건 주식매수선택권을 행사함에 따라 원고가 실제로 부담한 이 사건 보전액은 원고의 사업상 수익창출을 위하여 업무와 관련하여 지출한 인건비로 볼 수 있고, 가사 그렇지 않더라도 최소한 구 시행령 제19조 제18호 의 ‘그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’으로 볼 수 있어 법인세법상 손금에 해당한다고 할 것이다.

① 주식매수선택권은 회사 경영과 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사 임직원들에게 미리 정한 가액으로 신주를 인수하거나 자기 주식을 매수할 수 있도록 부여한 권리로서, 장래의 주식매수로 인한 이득을 유인으로 삼아 업무성과를 극대화하기 위해 마련된 제도이다. 그리고 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항 제17호 도 “법인의 임원 또는 종업원이 당해 법인 또는 당해 법인과 법인세법 시행령 제87조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인으로부터 부여 받은 주식매수선택권을 당해 법인 등에서 근무하는 기간 중 행사함으로써 얻은 이익”을 근로소득의 하나로 규정하고 있는바, 주식매수선택권 등은 그 임직원들에게 근로 제공에 대한 대가의 일환으로서 지급하는 것이다.

② 구 법인세법 제19조 제1항 , 제20조 제1호 , 구 시행령 제43조 제1항 이 일정한 성과급을 제외하고 ‘잉여금의 처분을 손비로 계상한 금액’ 또는 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금‘을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는데, 여기서 말하는 이익처분이란 이익잉여금처분계산서에 처분항목으로 기재되어 주주총회의 승인을 얻어 지급되는 것을 의미하는바, 원고의 임직원들에게 지급된 이 사건 보전액이 이익처분에 의한 상여금이었다고 볼 만한 자료가 없다.

③ 신한금융지주회사의 주식매수선택권업무메뉴얼 제8조(차액보상형 주식매입선택권의 행사절차)는 “스톡옵션을 행사하려는 자는 주식매수선택권 행사 청구서 2통에 행사할 주식의 종류와 수를 기재하고 기명날인 또는 서명을 하여 소속회사에 제출한다. 소속회사는 청구서 1부를 지주회사로 송부하고, 지급절차에 따라 현금을 지급한다.”라고 정하고 있는바, 원고가 신한금융지주회사에 이 사건 보전액을 지급하지 않고 원고의 임직원들에게 곧바로 지급한 것은 이 사건 보전 약정의 일방당사자인 원고가 약정상대방인 신한금융지주회사의 업무메뉴얼에 따라 급부과정을 단축하여 신한금융지주회사와 주식매수선택권 부여라는 또 다른 계약관계를 맺고 있는 제3자인 원고 임직원들에게 직접 급부한 이른바 ‘단축된 급부’에 해당하므로, 비록 원고의 임직원들에게 이 사건 주식매수선택권을 부여한 주체는 신한금융지주회사라 할지라도 위 주식매수선택권 행사비용의 최종적인 부담 주체는 원고이다.

④ 법인이 사전 약정에 따라 모회사에 보전하는 주식매수선택권 행사비용은 구 시행령 제19조 제3호 가 규정한 ‘인건비’로 볼 수 있고, 신 시행령 제19조 가 제19호 에서 ‘ 상법 제542조의 3 에 따라 임직원이 부여받은 주식 매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 등’을 구 법인세법 제19조 제1항 에 따른 손비로 하는 규정을 신설한 것은 이를 확인하는 취지인바( 대법원 2015. 11. 17. 선고 2012두3491 판결 참조), 원고가 임직원들에게 직접 지급하여 ‘단축된 급부’라는 점에서만 차이가 있을 뿐인 이 사건 보전액을 모회사에 보전하는 주식매수선택권 행사비용과 달리 볼 이유는 없다.

2) 이 사건 양도액에 대하여

구 법인세법 제40조 제1항 은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다”고 규정하고 있다.

살피건대 이 사건의 경우 앞서 인정한 바와 같이 2007 사업연도에는 원고의 일부 임직원들만 주식매수선택권을 행사한 점, 원고가 이 사건 보전약정에 따라 신한금융지주회사에 지급하거나 업무메뉴얼에 따라 주식매수선택권을 행사한 임직원들에게 비용을 지급할 시기는 주식매수선택권이 행사되는 시점인 점, 위 비용은 행사 당시 주식의 시가와 행사가격의 차액으로 결정되는바 주식매수선택권이 행사되기 전이라면 위 비용을 확정할 수조차 없는 점 등을 종합하면 이 사건 양도액은 권리의무확정주의에 비추어 볼 때 2007 사업연도에는 손금산입 요건이 충족되지 않았고, 실제로 주식매수선택권이 행사된 사업연도에 손금산입 요건이 충족된다고 볼 것이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 정당 세액 계산

위에서 살펴 본 바와 같이 원고의 2007 사업연도 법인세를 산정함에 있어 이 사건 주식매수선택권 비용 중 이 사건 보전액은 손금으로 인정되어야 할 것인바, 이를 반영하여 2007 사업연도 법인세를 다시 계산하면 원고에게 환급되어야 할 금액은 358,145,205원이 된다. 따라서 이 사건 처분 중 732,934,044원(= 당초 원고가 경정청구한 1,091,079,249원 - 경정대상세액 358,145,205원)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 김정숙(재판장) 남성우 김재현

주1) 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 지급하는 방식

주2) 신한금융지주회사가 행사가격으로 새로이 주식을 발행하여 교부하는 방식

주3) 원고가 2007. 10. 1. 엘지카드 주식회사에 카드사업 부문을 양도하였고, 엘지카드 주식회사는 2007. 10. 5. 신한카드 주식회사로 상호를 변경

심급 사건

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