2. 피고가 2012. 12. 7. 원고에게 한 2011년 귀속 양도소득세 106,774,400원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

이 법원의 판결 이유는, 제1심 판결 4쪽 2번째 줄 이하를 다음과 같이 고치는 것 외에는 제1심 판결 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 인용한다.

2. 고치는 부분

나. 판단

1) 근거 법령

구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정된 것) 부칙 제29조 제1항(이하 '이 사건 부칙 조항'이라 한다)에 의하면, 이 사건 주택의 양도소득세 감면에 관하여는 구 조세특례제한법(위 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제99조의3 제1항을 적용하고, 이 경우 사용승인을 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용하도록 규정하고 있다. 또한 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서는 '당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우' 양도소득세의 과세특례를 적용하지 않도록 규정하고 있으므로, 이 사건 주택이 고급주택에 해당하는지 여부는 사용승인을 받을 당시 시행된 소득세법 제89조 제3호에 의하여 가려질 것이다.

먼저, 이 사건 주택에 관한 사용승인 당시의 구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것) 제89조 제3호, 구 소득세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17825호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제156조에 따르면, ① 단독주택으로서 소득세법 규정에 의한 기준시가가 4천만 원 이상이면서, ⅰ)주택의 연면적이 264㎡ 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하는 것이거나, ⅱ) 주택에 부수되는 토지의 연면적이 495㎡ 이상이고 그 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도 당시의 실지거래가액의 합계액이 6억 원을 초과하는 것인 경우, ② 공동주택(다가구주택을 포함하되, 제155조 제15항의 규정에 의하여 단독주택으로 보는 경우를 제외한다)으로서 주택의 전용면적이 149㎡ 이상이고 양도 당시의 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 것은 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당한다. 그리고 구 소득세법 시행령 제155조 제15항(이하 '이 사건 조항'이라 한다)은 "다가구주택을 가구별로 분양하지 아니하고 당해 다가구주택을 하나의 매매단위로 하여 1인에게 양도하거나, 1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우에는 이를 단독주택으로 본다."고 규정하고 있다.

2) 이 사건 조항의 입법취지와 해석

이 사건 조항은 1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 신설되었는데, 그 입법취지는 다가구주택의 경우 원칙적으로 공동주택에 해당하나 그것이 무주택영세민의 주거안정을 위해 건축되고 있는 점을 감안하고, 일반 단독주택을 부분 임대하다가 양도할 때 1주택으로 비과세하는 것과의 형평을 유지하기 위하여, 일정한 경우 다가구주택을 단독주택으로 취급하여 세제상의 혜택을 주고자 하는 것이다. 즉 다가구주택을 일정기간 보유 후 개별 분양하지 않고 1인에게 일괄 양도하면 단독주택의 경우와 같이 1세대 1주택으로 비과세하고, 기존 1주택을 가진 자가 다가구주택을 1인으로부터 새로이 취득할 경우 일시적 2주택으로 보고 일정기간 내에 기존 주택을 양도하면 비과세한다는 것이다(갑 제9호증, 을 제6호증). 다만 이와 같이 다가구주택을 단독주택으로 보는 경우에는 고급주택에 해당하는지의 여부도 다가구주택 전체를 기준으로 결정하도록 하였다.

따라서 이 사건 조항 중 "1인으로부터 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하는 경우"라는 부분은, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항의 일시적 2주택에 관한 규정 등을 염두에 둔 것이지, 다가구주택을 1인으로부터 취득하기만 하면 추후 그 다가구주택을 양도할 때에도 그 양도 형태에 관계없이 무조건 단독주택으로 간주하겠다는 의미로 해석할 수는 없다. 만약 그렇게 본다면, 다가구주택을 1인으로부터 취득한 후 구획된 호수별로 여러 사람들에게 개별 양도한 경우에도 양도소득세 비과세 여부를 따질 때 전체를 단독주택으로 취급하여야 하는 불합리한 결과가 초래되고, 이러한 경우와 하나의 매매단위로 1인에게 양도한 경우는 주택 공급의 형태가 실질적으로 다름에도 양자를 같이 취급하게 되는 것으로, 주택 공급의 활성화라는 구 조세특례제한법제99조의3 제1항의 입법취지에도 어긋난다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두6878 판결 참조). 이 점에서 이 사건 부칙 조항이 사용승인을 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용하도록 규정하고 있는 취지는, 앞서 본 바와 같이 고급주택에 해당하는지 여부를 사용승인 당시 시행된 법령에 의하여 결정하라는 것이지, 향후의 양도 형태를 불문하고 사용승인 시점에서 고급주택인지 여부가 확정되어야 한다는 의미로 해석될 수는 없다.

3) 이 사건 주택의 단독주택 해당 여부

먼저, 이 사건은 위 일시적 2주택 규정의 요건 해당 여부 등이 문제되는 사안이 아니라 자기가 건설한 신축주택을 양도한 경우 그 당해 신축주택이 고급주택에 해당하는지에 관한 사안이므로, 이 사건 주택이 이 사건 조항의 단독주택에 해당하는지 여부를 정함에 있어 1인으로부터 취득하였는지는 판단 기준이 될 수 없다.

다음으로, 이 사건 주택의 경우 원고가 이OO와 김OO에게 양도한 이상 하나의 매매단위로 삼았다고 하더라도 "1인에게 양도한 경우"에 해당하지 아니하므로, 이 사건 조항의 요건을 충족하지 못하여 단독주택으로 볼 수 없다.

이에 대하여 피고는, 원고가 이 사건 주택을 하나의 매매단위로 하여 부부인 위 두 명에게 양도하였으므로, 실질적으로 1인에게 양도한 것으로 평가할 수 있다는 취지로 주장하나, 양수인들이 단순히 부부관계라는 점만으로 이를 실질적으로 1인에게 양도한 것으로 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 이 법원 증인 이OO의 증언에 의하면 위 양수인들은 실질적으로도 이 사건 주택을 공유지분권자로서 양수한 사정이 인정될 뿐이다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

4) 소결론

결국 이 사건 주택은 이 사건 조항 소정의 단독주택으로 볼 수 없어 고급주택 해당 여부를 따짐에 있어 공동주택으로 보아야 한다. 그런데 이 사건 주택의 구획된 부분 중 구 소득세법 시행령 제156조 제2호의 전용면적 및 실지거래가액 기준을 충족하는 부분이 있음을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 사건 주택은 고급주택으로 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이와 결론을 달리한 제1심 판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소한다.