1. 상고이유 제2점에 대하여

가. 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정된 후 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, ‘조세특례제한법’이라 한다) 제106조의4 는 제1항 에서 ‘여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.’고 규정하고, 제2항 에서 ‘ 제1항 에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.’고 규정하였고, 개정 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 후 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조세특례제한법’이라 한다)도 제106조의7 제1 , 2항 에서 같은 내용을 규정하고 있다.

1995. 8. 4. 법률 제4952호로 개정된 구 조세감면규제법 제100조의2 는 일반택시 운수종사자의 열악한 처우를 개선하고 복지를 향상하기 위하여 부가가치세 납세의무자인 일반택시 운송사업자로 하여금 임금인상의 재원(재원) 등으로 사용할 수 있도록 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감하는 제도를 도입하였다. 그러나 본래 취지와 달리 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 종전에 자신이 부담해 왔던 후생복지비용에 충당하는 등의 문제로 노사분규가 자주 발생하자, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 구 조세특례제한법 제106조의4 제2항 은 부가가치세 경감세액 전부를 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하도록 하는 규정을 두게 되었고, 건설교통부장관이 2005. 4. 제정한「택시 부가가치세 경감세액 사용지침」도 ‘원칙적으로 부가가치세 경감세액을 근로자 개인에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금으로 지급하되, 사업장별 과반수의 근로자들이 현금 이외의 다른 방법으로 그 일부를 사용하도록 요구하는 경우에는 예외를 인정하며, 사용자가 부가가치세 경감 이전부터 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지한다.’는 등의 규정을 두었다. 나아가 2006. 12. 30. 개정된 조세특례제한법은 제106조의4 제3항 에서 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니한 경우에는 그 경감세액을 일반택시 운송사업자가 보유하여야 할 아무런 이유가 없으므로 이를 일반택시 운송사업자로부터 추징하는 규정을 두게 되었고, 이 규정은 개정 조세특례제한법으로 개정되면서 제106조의7 제3항 으로 자리를 옮겼다.

이와 같이 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 경감제도를 마련한 조세특례제한법 및 개정 조세특례제한법의 입법 취지와 관련 규정의 제·개정 경위 등에 비추어 보면, 부가가치세 경감세액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 실제로 사용되어야 하며, 그와 같이 사용되지 아니한 2007. 1. 1. 이후의 부가가치세 경감세액은 추징대상이 된다. 따라서 노사간에 부가가치세 경감세액 중 일부만을 직접 지급하고 나머지는 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다는 합의를 하였다고 하더라도, 종전에 실제로 지급된 부가가치세 경감세액의 액수에 대하여 다툼이 있어 그 다툼이 있는 금액 범위 내에서 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 처리하기로 하는 합의를 하는 경우와 같이 합의에 이르게 된 동기와 경위 등에 비추어 실질적으로 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 없는 한, 실제로는 지급되지 아니한 채 단지 지급된 것으로 처리하기로 하는 부가가치세 경감세액 상당액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 없어 추징대상에 해당한다고 봄이 상당하다 .

나. 원심판결 이유 및 적법하게 채택된 증거들에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

① 일반택시 운송사업자인 원고를 비롯한 16개 운수회사와 원고의 노동조합이 속한 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합(이하 ‘지역노동조합’이라 한다)이 기본급 및 제 수당을 인상하는 1995년도 임금협정을 체결하면서 그 부칙에 ‘부가가치세 경감세액 중 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였으며, 부가가치세 경감세액 중 간접수혜분은 사업자가 조합원의 복리후생 증진에 사용한다.’고 명시하였고, 원고와 지역노동조합이 체결한 1996년도 임금협정의 부칙에도 같은 내용이 있었으나, 2001년도 이후의 단체협약이나 임금협정에는 부가가치세 경감세액에 관한 명시적인 규정이 없었다.

② 이로 인하여 2006년경까지는 원고와 원고의 노동조합 사이에 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액(월 13,112원 또는 32,611원)이 그 후에도 계속하여 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있었는지 여부를 둘러싼 다툼이 있었고, 그 과정에서 원고와 원고의 노동조합은 2006. 11. 14. ‘부가가치세 경감분에 대하여 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 1인당 33,000원을 지급하고, 그 이전이라도 상급단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감분에 대한 교섭이 체결되면 그에 따르고 미지급에 대하여 재협의한다.’고 합의(이하 ‘이 사건 2006년 합의’라 한다)하기도 하였다.

③ 그런데 2007. 11. 1.에 이르러 원고와 원고의 노동조합은 ‘2008. 12. 31.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 원고가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 분할하여 지급하고, 근로자 회식비 명목으로 2007년 제1기 부가가치세 경감세액에서 500만 원을 지급한다.’는 내용의 합의(이하 ‘이 사건 2007년 합의’라 한다)를 하였다.

④ 나아가 원고와 원고의 노동조합은 2008. 6. 20. 이 사건 2007년 합의에 추가하여 ‘2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 전액 현금을 지급함을 원칙으로 한다. 원고는 조세특례제한법에 의하여 부가가치세 경감세액을 지급하여 왔으나 2007. 11. 1. 노사협의회에서 그동안 지급해오던 부가가치세 경감세액의 지급기일을 맞추기 위하여 2007. 1.부터 2008. 12.까지 2년분의 부가가치세 경감세액을 2007. 11.부터 2009. 3.까지 17개월에 걸쳐 근로자 1인당 월 5만 원씩을 지급하기로 합의한 것이다. 다만 차액은 제 간접비용, 조합원 후생복리기금, 임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다. 본 합의서의 효력은 2007. 11. 1.로 소급하여 적용한다.’는 내용의 합의(이하 ‘이 사건 2008년 합의’라 한다)를 하였다.

⑤ 이 사건 2007년 및 2008년 합의에 따라 원고는 2007. 11.부터 17개월간 근로자 개인에게 1인당 월 5만 원씩을 모두 지급하였다.

다. 앞서 본 법리에 비추어 위 사실관계를 살펴보면, 이 사건 2006년 합의에서는 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액이 그 후의 임금에도 마찬가지로 포함되어 지급되었는지 여부에 관하여 다툼이 있어 잠정적인 지급에 관한 합의가 이루어졌으나, 이와는 달리 이 사건 2007년 및 2008년 합의에서는 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여는 전액 현금으로 지급하기로 하고, 그 이행을 위해서 2007. 11.부터 17개월간 근로자 1인당 월 5만 원씩을 지급하기로 합의(이하 ‘이 사건 분할 지급 합의’라 한다)하는 한편, 실제의 경감세액과 이 사건 직접 지급합의에 따른 금액과의 차액에 관하여는 간접비용, 조합원 후생복리기금, 임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다는 합의(이하 ‘이 사건 간접비용 등 지급 간주 합의’라 한다)를 하였으므로, 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여는 더 이상 이 사건 2006년 합의시에 다툼이 되었던 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따른 임금 인상분은 고려할 필요 없이 이 사건 2007년 및 2008년 합의를 기초로 그 실제 지급여부를 가려야 할 것이다. 그런데 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액 중에서 이 사건 분할 지급 합의에 따라 근로자 개인에게 직접 지급된 금액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 실제로 사용된 것으로 볼 수 있지만, 이 사건 간접비용 등 지급 간주 합의 대상이 된 부분에 관하여는 실제로 근로자 등에게 지급되고 또한 그 지급 목적이 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 해당하는 경우가 아니라면 위 간주 합의만을 가지고 그에 해당하는 부가가치세 경감세액 상당액이 실질적으로 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것이라고 평가하기는 어렵다.

그럼에도 이와 달리, 원심은 이 사건 처분의 대상이 된 2007년 제2기 확정분 및 2008년 제1기 예정분 부가가치세 경감세액 중에서 원고 회사의 일반택시 운수종사자에게 직접 임금으로 지급한 금액 및 그 밖에 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상을 위하여 실제로 사용된 금액이 있는지를 구체적으로 심리·판단하지 아니한 채, 이 사건 2008년 합의에 의하면 원고가 이 사건 분할 지급 합의에서 정한 돈을 모두 지급할 경우 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액 전부가 운송종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것으로 봄이 상당하다고 전제한 후, 원고가 이 사건 분할 지급 합의에 따른 돈을 모두 지급함으로써 위 부가가치세 경감세액이 모두 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용되었다고 보고, 위 부가가치세 경감세액 중 미지급된 금액을 추징하는 이 사건 처분이 위법하다고 판단하고 말았다.

따라서 이러한 원심의 판단에는 조세특례제한법 및 개정 조세특례제한법에서 정하고 있는 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용한 것으로 볼 수 있는 부가가치세 경감세액의 범위에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

2. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.