2 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3 소송비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고의 수증 토지 및 분할・합병의 경위

1) 원고는 1996. 5. 31 원고의 앙부 박BB로부터 CC시 DD구 EE동3가 732-3 전 6,476㎡에 대한 4,620/6,476 지분을 증여받아 취득하였는데, 2000. 12. 20 위 732-3 토지가 같은 동 732-3 전 1,856㎡와 같은 통 732-5 전 4,620㎡로 분할되었고, 원고는 2001. 11. 24 위 732-5 토지의 나머지 지분에 대하여도 공유물 분할을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다.

"2) 한편, 원고는 2001. 2. 26 원고의 망모 이FF로부터 같은 동 733-1 답 3,752 ㎡(이하합병 및 분할 전 733-1 토지'라 한다)을 증여받아 취득하였고, 2002. 11. 2 위 같은 동 732-5 토지가 위 같은 동 733-1 토지에 합병되었다.",3) 이후 위 733-1 토지(연적 8,372㎡)는 2002. 11. 12 같은 동 733-1 답 3,413㎡ 와 같은 동 733-3 답 4,959㎡로 분할되었고, 위 분할된 같은 동 733-1 답 3,413㎡ 토지는 다시 2004. 3. 2 같은 동 733-1 답 1,731㎡와 같은 동 733-6 답 1,682㎡로 분할되었으며, 위 733-6 토지는 2007. 9. 27 같은 동 733-6 담 359㎡와 같은 동 733-7 답 1,323㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)로 분할되었다.

나. 이 사건 토지의 양도 및 양도소득세 부과처분의 경위

1) 원고는 2007. 11. 28 이 사건 토지를 소외 김GG에게 110,000,000원에 양도하였으나, 과세관청에 양도소득세 확정신고를 하지 아니하였다.

2) 피고는 원고의 양도소득세 무신고 사실을 확인하고, 2009. 12. 1 원고에 대하여 이 사건 토지의 양도가액을 110,000,000원으로, 취득가액을 원고가 합병 및 분할 전 733-1 토지에 대한 증여세 신고를 할 당시(2001. 3. 21. 기준시가에 의하여 신고한 증여취득가액 56,280,000원을 면적 비례 환산한 금액인 19,845,000원(=56,280,000원 X1,323/3,752)으로 각 정하여 산정한 양도차익에 대하여 2007년 귀속 양도소득세 20,848,850원(= 본세 결정세액 15,378,939원 + 신고불성실 가산세 3,075,780원 + 납부 불성실 가산세 2,394,140원)을 부과하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

다. 원고의 심사청구 및 결정

원고는 2010. 3. 2 이 사건 부과처분에 불복하여, '자경농지에 대한 세금감면이 이루어지지 않았고, 부동산의 취득가액 산정이 잘못되었다'는 취지로 주장하면서 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2010. 4. 19 기각결정을 받았다

인정 근거 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9 내지 12호증(가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 이 사건 부과처분에서 11,082,734원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

살피건대, 뒤에서 보는 바와 같이, 피고는 이 사건 소송 계속 중이던 2010. 12 경 원고에게 이 사건 부과처분한 양도소득세 20,848,850원을 11,082,734원으로 감액하는 경정처분을 하였는바, 감액경정처분은 당초 처분의 일부(감액된 부분)를 취소하는 효력을 갖는 것이므로(대법원 2006. 5. 12 선고 2004두12698 판결 참조), 이 사건 소 중 이 사건 부과처분에서 11,082,734원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분, 즉 감액된 부분에 대한 부과처분 취소청구는 이미 소멸하고 없는 부분에 대한 것으로서 그 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 부과처분 중 11,082,734원 부분의 적업 여부

가. 원고의 주장

1)자경농지에 대한 양도소득세의 감면 주장

이 사건 토지는 원고가 1996. 5. 31 앙부 박HH로부터 증여받은 732-5 토지(분할 전 732-3)가 733-1 토지에 합병되었다가 일부가 다시 분할되어 나온 것으로 이 사건 토지에는 원고가 96년도부터 8년 이상 자경한 부분도 포함되어 있으므로, 이 부분 토지에 대하여는 자경농지에 대한 양도소득세의 갑연이 이루어져야 함에도 피고는 이를 고려하지 아니하고 이 사건 토지 전체를 양도소득세 부과대상 토지로 삼아 이 사건 부과처분을 하였는바, 이는 위법하다.

2)가산세 부과가 위법하다는 주장

피고는 당초 양도소득세액을 잘못 산정하여 원고가 도저히 감당할 수 없는 큰 금액을 양도소득세로 부과함으로써 원고로 하여금 경제적・정신적 피해를 입혔으므로 이러한 피고의 과실을 감안하여 신고불성실 가산세, 납부불성실 가산세를 적절히 감액하여야 함에도, 6,428,329원에 불과한 양도소득세 본세에다가 그에 대한 가산세를 4,654,405원(신고불성실 가산세 2,891,758원 + 납부불성실 가산세 1,762,647원)이나 부과한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령과 같다.

다. 판단

1)자경농지에 대한 양도소득세의 감면 주장에 대하여

살피건대, 을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 ① 원고가 1996. 5. 31 망부 박HH로부터 증여받은 732-5 토지(분할 전 732-3)가 733-1 토지에 합병되었다가 일부가 다시 분할되어 나왔고, 그 연적이 737㎡에 이르는 점, ② 위 737㎡ 부분 토지는 원고가 8년 이상 자경한 것으로 인정되는 점 등을 고려하여, 이 사건 소송계속 중이던 2010. 12 경 위 737㎡ 부분 토지에 대하여 자경농지 감면을 함으로써 이 사건 부과처분한 양도소득세 20,848,850원을 11,082,734원(= 본세 결정세액 6,428,329원 + 신고불성실 가산세 2,891,758원 + 납부불성실 가산세 1,762,647원)으로 감액경정처분을 한 사실을 인정할 수 있는 바, 이블 다투는 원고의 주장은 더 이상 이유 없다.

2)가산세 부과의 위법 여부

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없는 것이나(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결 등 참조), 정당한 사유가 있는지는 이를 주장하는 자가 입증하여야 하고, 법령의 부지 등은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 한 것이다(대법원 2002. 4. 12 선고 2000두5944 판결 등 참조).

나) 구 소득세법(2007. 12. 31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법'이라고 한다) 제110조 제1항에 의하면, 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할세무서장에게 신고를 하도록 되어 있고, 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제 8830호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라고 한다) 제47조의2 제1항은 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제47조의5 제1항은 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니한 경우에는 '납부하지 아니한 세액 X 납부기한의 다음 날부터 자진 납부일 또는 납세고지일까지의 기간 X 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율'의 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산한다고 정하고 있다.

한편, 구 조세특례제한법(2007. 12. 31 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라고 한다) 제69조 제2항에 의하면, 동조 제1항에서 정하고 있는 자 경농지에 대한 양도소득세의 감면을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따 라 강연신청을 하여야 한다.

다) 앞서 본 법리 및 관련 규정들에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 2007. 11. 28 이 사건 토지를 김옥현에게 양도하여 그 양도소득이 발생하였음에도 법에서 정한 기한 내에 과세관청에 양도소득세 확정신고를 전혀 하지 아니하고, 그에 따른 양도소득세의 납부도 전혀 하지 아니한 사실은 앞서 본 바와 같고, 피고가 이 사건 부과처분을 할 당시 원고 스스로 구 조세특례제한법에서 정한 자경농지에 대한 감면신청을 하였다는 점을 인정할 아무런 자료가 없으며, 을 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 이 사건 부과처분의 감액경정처분을 하면서 구 국세기본법 제47조의2 제1항에 따라 신고불성실 가산세를 이 사건 토지에 대한 산출세액 (14,458,793원)의 20%에 해당하는 금액인 2,891,758원으로 정하고, 구 국세기본법 제47조의5 제1항에 따라 납부불성실 가산세를 원고가 납부하지 아니한 세액(본세, 6,428,320원)에 같은 법 시행령이 정한 이자율 3/10,000 및 본세의 납부기한의 다음 날인 2008. 6. 1부터 감액경정처분일보다 앞선 감액결정일까지의 일수 914일을 곱한 금액인 1,762,647원으로 정하여 정당하게 세액을 산출하였는바, 위와 같이 신고납세방식을 택하고 있는 양도소득세에 대하여 법령에 따른 신고 및 납부 등을 전혀 하지 아니한 원고가 피고에게 당초 양도소득세액을 산정함에 있어 자경농지에 대한 감면을 하지 아니하여 과다한 세액을 산정 부과한 과실이 있다는 등의 주장을 하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이고, 달리 피고가 원고에게 신고불성실 가산세 및 납부 불성실 가산세를 부과하지 아니한 정당한 사유 내지 감면할 사유를 인정할 아무런 증거가 없다.

라) 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 부과처분에서 11,082,734원을 초과하는 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 나머지 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하되, 위 각하된 부분의 소송비용은 행정소송법 제32조에 의하여 피고가, 청구 기 각된 부분은 원고가 각 부담하는 것으로 하여, 주문과 같이 판결한다.