가. 피고가 2009. 2. 9. 원고에게 한 2003년 귀속 종합소득세 000원의 부과 처분 중 000원을 초과하는 부분, 2004년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2005년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2006년 귀속 종합 소득세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2007년 귀속 종합소득세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2004년 1기 부가가치세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분, 2004년 2기 부가가치세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부 분, 2005년 1기 부가가치세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고가 한 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 20%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2009. 2. 9. 원고에게 한 2003년 귀속 종합소득세 000원, 2004년 귀속 종합소득세 000원, 2005년 귀속 종합소득세 000원, 2006년 귀속 종합소득세 000원, 2007년 귀속 종합소득세 000원, 2003년 2기 부가가치세 000원, 2004년 1기 부가가치세 000원, 2004년 2기 부가가치세 000원, 2005년 1기 부가가치세 000원, 2006년 1기 부가가치세 000원의 부과처분을 취소한다(2003년 2기 부가가치세 000원의 부과처분은 아래와 같이 원고 승소로 분리•확정되어 이 법원의 심판범위에서 제외되었다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고가 한 청구를 기각한다.

가. 원고는 2003. 9. 22.부터 2006. 2.경까지 서울 중랑구 XX동 568-1에 있는 XX병원 내에서 장례식장 및 장례식당(이하 각각 '이 사건 장례식장' 및 '이 사건 장례식당'이라고 한다)을 운영하다가 2006. 3.경 이 사건 장례식당을 오AA에게 양도하고 그 때부터 2009. 1. 19.까지 이 사건 장례식장만 운영하였다.

나. 피고는 2008. 10. 9.부터 같은 해 10. 17.까지 이 사건 장례식장 및 장례식당에 대한 세무조사를 실시하였다. 그 결과 원고 명의의 우리은행 XX동지점 기업자유예금 계좌(계좌번호: 1005-600-000000, 이하 '이 사건 계좌'라고 한다)에 입출금된 금원에 근거하여 세액을 산정한 뒤 2009. 2. 9. 원고에게 아래 종합소득세 산출내역 및 부가가치세 산출내역 표의 고지세액란 기재 종합소득세 및 부가가치세를 부과하였다.

(1) 종합소득세 부분

피고는 2003년 2기부터 2007년 2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 계좌에 입금된 000원 중 해당 과세기간의 부가가치세 매출세액을 공제한 000원을 이 사건 장례식장 및 장례식당의 운영으로 인한 원고의 사업수입으로 판단하였다.

피고는 장부 기타 증명서류를 토대로 위 수입금액 중 원고의 소득금액을 2003년 000원, 2004년 000원, 2005년 000원, 2006년 000원, 2007년 000원으로 조사하였다. 한편 위 수입금액에서 단순경비율을 곱한 금액을 공제하고 국세청장이 정한 배율을 곱하는 추계조사의 방법으로 소득 금액을 결정하는 경우 원고의 소득금액은 2003년 000원, 2004년 000원, 2005년 000원, 2006년 000원, 2007년 000원이 된다.

피고는 원고의 2003년, 2004년, 2005년 소득금액의 경우 실지조사 소득금액이 추계조사 소득금액보다 과다하여 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우라고 보고 추계조사 소득금액을, 2006년, 2007년의 경우 실지조사 소득금액을 원고의 각 사업연도별 소득금액으로 결정하였다. 이에 따른 종합소득세 산출내역은 아래 표와 같다.

(아래 표 생략)

(2) 부가가치세 부분

이 사건 장례식장 사업은 부가가치세 면세사업인데, 피고는 원고가 이 사건 장례식장 및 장례식당을 함께 운영하는 기간 동안(2003. 9. 22. - 2006. 2.) 위 두 사업의 수입금액을 구분하여 신고하지 않았고 별도의 장부도 없어 위 기간 이 사건 장례식당의 운영으로 인한 원고의 수입금액을 산정하는 것이 불가능하다는 이유로, 오AA이 이 사건 장례식당을 운영한 기간 동안(2006. 3. - 2007. 12.) 장례식당 수입금액이 이 사건 장례식장 수입금액과 장례식당 수입금액의 합계액에서 차지하는 비율을 산정(약 27.91%)한 후 원고가 이 사건 장례식장 및 장례식당을 함께 운영한 기간에도 장례식당 수입금액의 비율이 동일하다고 판단하였다. 이에 따라 피고는 원고가 이 사건 장례식 장 및 장례식당을 함께 운영한 기간 동안 이 사건 계좌에 입금된 금액의 27.91% 상당액을 기준으로 원고에 대한 부가가치세 과세표준을 산정하였다. 이에 따른 부가가치세 산출내역은 아래 표와 같다.

(아래 표 생략)

다. 피고는 서울지방국세청장의 2009. 5. 29.자 재조사명령에 따라 수입금액을 재조사한 결과 2003년 2기부터 2007년 2기까지의 부가가치세 과세기간 동안 이 사건 계좌에 입금된 000원 중 2003. 10. 8.자 입금액 000원 등 000원을 원고의 수입금액에서 제외하고(000원) 여기에서 해당 과세기간의 부가가치세 매출세액을 공제한 000원을 이 사건 장례식장 및 장례식당의 운영으로 인한 원고의 수입금액으로 판단하였다.

이어서 피고는 위 나. (1)항 기재와 같은 경위로 2003년, 2004년, 2005년의 경우 추계조사 소득금액을, 2006년, 2007년의 경우 실지조사 소득금액을 원고의 각 사업연도 소득금액으로 각 결정하였다.

부가가치세의 경우도 위 나. (2)항 기재와 같은 경위로 이 사건 장례식당의 운영으로 인한 수입금액의 비율을 총 수입금액의 27.91%로 산정하고 위 000원의 27.91% 상당액을 기준으로 원고에 대한 부가가치세 과세표준을 산정하였다.

피고는 위와 같은 방법에 따라 원고의 소득금액 등을 정한 후 2009. 9. 2. 아래 표의 재경정세액 기재와 같이 감액 경정하였다{이하 2009. 2. 9.자 2006년 1기 부가가치세 및 위와 같이 감액된 2009. 2. 9.자 종합소득세 및 부가가치세 부과처분(2005년 2기 부가가치세 부과처분 제외)을 '이 사건 각 처분'이라고 한다}.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1에서 4(가지번호 포함, 이하 같다), 7, 8, 18호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 법원의 심판범위

제1심은 원고 청구를 모두 인용하였다. 피고가 항소하였고, 환송 전 이 법원은 피고 항소를 기각하였다. 대법원은 피고 상고를 일부 받아들여 환송 전 판결 중 종합소득세 부과처분 부분과 2004년 1기, 2004년 2기, 2005년 1기, 2006년 1기 각 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기환송하고, 나머지 상고를 기각하였다. 이에 따라 환송 후 이 법원이 심판할 범위는 위 파기 부분에 한정되고, 환송 전 판결 중 2003년 2기분 부가가치세 부과처분 부분은 분리•확정되었다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고주장

(1) 피고가 원고의 사업수입액을 산정함에 있어 근거로 삼은 이 사건 계좌에는 오BB의 장례식당 수입금액, 원고의 친족과의 거래 등 원고가 개인적으로 입 • 출금한 금액, 원고의 대부업과 관련된 대여금 회수액 등 이 사건 장례식장 및 장례식당과 무관한 금액이 포함되어 있음에도 피고는 만연히 이 사건 계좌에 입금된 금원 전부를 원고의 수입금액으로 보고 이를 토대로 이 사건 각 처분을 하였는바 이는 근거과세원칙에 위배된다.

(2) 원고가 이 사건 장례식당을 운영한 기간의 수입금액을 같은 기간 동안 이 사건 계좌에 입금된 금액 중 27.91% 상당액으로 보고 부가가치세 부과처분을 하였는바, 이는 추계과세의 요건을 갖추지 못하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 이 사건 장례식장 및 장례식당을 운영하면서 장사등에 관한 법률 제37조 제1항, 같은 법 시행규칙 제25조 제2항에 따라 염습 등 위생처리 관리대장(이하 '이 사건 관리대장'이라고 한다)을 작성하여 관리하였다. 또한, 원고는 이와 별도로 망인 및 상주에 관한 사항, 각종 수의용품의 소요내역, 빈소사용료, 안치료, 식대 등을 기재한 계산서(이하 '이 사건 계산서'라고 한다) 2매를 작성하여 그 중 1매는 장례식이 끝난 후 이용대금을 정산할 때 상주 등에게 교부하였고 나머지 l매는 원고가 보관하였다.

(2) 이 사건 장례식장에서 2003년 36구, 2004년 185구, 2005년 234구, 2006년 241구, 2007년 250구의 사체에 대하여 장례식이 진행되었다.

(3) 이 사건 계산서 중 상주 등의 서명이 되어 있는 계산서와 서명이 없는 것을 포함한 전체 계산서에 따른 장례비용 및 식대를 비교한 결과는 아래 표와 같다.

(아래 표 생략)

(가) 장례비용 비교표

(아래 표 생략)

(나) 식대 비교표

(아래 표 생략)

(다) 전체 장례비용(장례비용 + 식대) 비교표

(아래 표 생략)

(4) 2005. 9. 1.부터 같은 해 9. 10.까지 서울특별시 내에 있는 장례식장 중 중형 규모(빈소 수가 5개~8개, 평균 연면적 321평) 장례식장 35개를 대상으로 자료를 수집 하여 장례식장 서비스 비용을 조사 • 분석한 논문에 의하면, 총 장례비용은 고가형 000원, 중가형 000원, 저가형 000원이다.

(5) 원고가 2006. 3.경 오AA에게 이 사건 장례식당을 양도한 이후에도 이 사건 장례식장 및 장례식당 이용대금을 이 사건 계산서에 함께 기재한 후 고객들로부터 이용대금도 함께 수령하였고, 이후 오AA과 이 사건 장례식당 매출분을 정산하였다(다만 고객들이 신용카드로 이용대금을 결제하는 경우에는 위 이용대금을 별도로 계산하였다).

(6) 원고가 이 사건 계좌에서 2006. 8. 11. 오AA의 계좌에 000원을 이체 하는 등 원고가 오AA에게 송금한 내역이 다수 있고, 오AA의 계좌에 원고가 현금으로 입금한 내역도 다수 있다.

(7) 원고는 2007. 6. 25. 피고에게 이 사건 계좌를 소득세법 제160조의5에 따른 사업용 계좌로 신고하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 6, 9에서 16, 19에서 21호증의 각 기재, 제1심 증인 이CC의 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 계좌에 입금된 금액을 원고의 수입금액으로 인정할 수 있는지 여부

(가) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없고, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 참조).

(나) 그러나 위 인정사실을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 장례식장과 장례식당의 운영형태나 이용대금 징수방식을 고려할 때 이 사건 계좌에 입금된 금액이 모두 원고의 이 사건 장례식장 및 장례식당 운영으로 인한 수입금액이라고 보기 어려운 점, ② 서울지방국세청장의 재조사명령에 따른 조사과정에서 피고 스스로도 이 사건 계좌에 입금된 금원 중 000원을 이 사건 장례식장 및 장례 식당의 수입금액과 무관한 것으로 인정한 점, ③ 피고가 원고의 수입금액으로 산정한 000원을 사체처리건수 946건으로 나누면 평균 장례비용은 약 000원으로 이는 서울특별시내 고가형 중형 장례식장보다도 훨씬 많은 금액인 점, ④ 원고는 2007. 6. 25. 이 사건 계좌를 소득세법 제160조의5에 따른 사업용 계좌로 신고하였는데, 그 이전에 이 사건 계좌에 여러 가지 성격의 금원이 입금된 이상 이 사건 계좌에 입금된 모든 금액을 이 사건 장례식장 및 장례식당 운영으로 얻은 수입금액이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면 이 사건 계좌에 입금된 금액을 곧바로 이 사건 장례식장 및 장례식당 수입금액으로 인정하기 어렵고, 달리 원고가 같은 액수만큼의 수입을 얻었다고 인정할 만한 증거가 없다.

(2) 처분의 취소 범위

(가) 한편 과세처분의 취소를 구하는 소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부이므로 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액이 정당한 과세표준과 세액에 비하여 과다한 경우에는 그 부과처분은 정당한 과세표준과 세액을 초과하는 범위에서만 위법하므로 그 부분을 취소하여야 하고(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결 등 참조), 과세처분 취소소송의 처분의 적법 여부는 과세액이 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 1991. 4. 12. 선고 90누8459 판결 등 참조).

(나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고는 실지수입의 증빙자료로 이 사건 계산서를 제출하면서 연도별 수입금액이 원고가 당초 선고 시에 신고한 금액보다 많은 금액으로서 합계 000원임을 스스로 인정하였고, 한편 ① 이 사건 계산서는 이 사건 장례식장의 사무장이었던 이CC이 장례식 종료 후 퇴실에 앞서 모든 고객과의 사이에 서 소요된 물품 등의 내역을 상세히 설명한 후 계산서 내용을 기재하고, 품목별 비용 및 장례비 합계 액수에 관한 고객의 최종 확인 • 열람을 거쳐 작성한 것인 점, ② 원하는 고객들에 대하여 계산서 사본이 교부되었고, 상당수의 계산서에는 고객들의 자필 서명이 되어 있는 점, ③ 이 사건 계산서는 세무조사 등과 무관하게 각 장례식 건별로 원고와 고객 사이에서 정산을 위하여 작성된 내부문서인 점, ④ 위 이CC은 제1심 증언 당시 제시된 계산서 원본이 자신이 관리하던 당시의 계산서와 일치한다고 진술한 점, ⑤ 이 사건 계산서의 내용은 원고가 관련 법령에 따라 중랑구청에 신고한 염습 등 위생처리 관리대상의 내용과 일치하는 점, ⑥ 이 사건 계산서의 장례비용 특히 장례식장 비용은 서울시 소재 장례식장의 일반적인 비용 수준에 부합하는 점 등을 알 수 있다. 이와 같은 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 계산서는 원고의 연도별 수입을 정확히 반영하는 자료로 볼 수 있다.

(다) 이 사건 계산서에 기재된 수입금액을 토대로 원고에게 적법하게 부과되어야 할 정당한 세액을 계산하여 보면 별지 세액내역 정당한 세액란 기재와 같다. 따라서 종합소득세 부과처분과 2004년 1기, 2004년 2기, 2005년 1기 각 부가가치세 부과처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다(한편 2006년 1기 부가가치세 부과처분은 정당한 세액인 000원 범위 내에 있어 적법하다).

4. 결론

원고가 한 청구 중 정당한 세액 범위 내 부분은 적법하고, 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 제1심 판결은 이와 결론이 일부 다르므로, 주문과 같이 변경한다.