2. 피고가 2007. 3. 20. 원고에게 한 2001 사업연도 법인세 000원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 건설업을 영위하고 있는 회사이고 주식회사 XX(이하 '소외 회사'라 한다)는 법인세법상 원고의 특수관계자에 해당하는 회사인데, 원고는 2002. 4. 1.경 2001년 사업연도 법인세 000원을 신고 납부하였다.

나. 서울지방국세청장은 2006. 11. 15.부터 2007. 4. 23.까지 원고에 대한 세무조사결과 원고가 1995. 이후부터 소외 회사에게 건설용역을 제공하였으나 그 대금을 지급받지 못하고 미수금으로 계상하여 둔 금액(이하 '이 사건 미수금'이라 한다)을 업무무관 가지급금으로 보고 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

다. 피고는 위 과세자료 통보내용에 따라 이 사건 미수금을 엽무무관 가지급금으로 보아 2001 사업연도 중 미회수한 금액에 미회수기간을 적용하여 계산한 적수급액에 상응하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하여 2007. 3. 20. 원고에게 2001 사업연도 볍인세 000원을 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 증액경정처분'이라 한다).

라. 이에 원고는 이 사건 증액경정처분에 대해 2007. 6. 26. '이 사건 미수금 및 해외 현지법인에 대한 구상채권을 업무무관 가지급금에 해당하는 것으로 보아 관련 지급이 자를 손금불산입한 것은 부당하다'는 이유로 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 피고는 위 심판 청구 중인 2007. 7. 23. 해외 현지법인에 대한 구상채권에 관한 원고의 주장을 받아들여 이 사건 증액경정처분 중 000원을 감액하여 경정 ・ 고지하였다 (이하 '이 사건 1차 감액경정처분이라 한다).

마. 그 후 조세심판원은 2008. 12. 11. 이 사건 미수금에 관한 원고의 주장을 받아들여 '이 사건 미수금과 관련하여 손금부인한 지급이자를 손금에 산입하여 과세표준과세액을 결정하되 경정할 세액의 범위는 000원(이 사건 증액경정처분금액 000원 중 이 사건 1차 감액경정처분금액 000원을 공제하고 남은 금 액)을 한도로 한다'는 취지의 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2008. 12. 23. 이 사건 증액경정처분 중 000원을 감액하여 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 2차 감액 경정처분'이라 하고, 이 사건 증액경정처분 중 위와 같이 감액된 000원을 공제 한 나머지 000원 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들 주장

원고는 이 사건 미수금이 업무무관 가지급금이 아닌 것으로 판명된 이상 이를 이유로 증액된 000원이 모두 취소되어야 함에도 000원만을 취소한 것은 잘못이므로, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여 피고는 이 사건 증액경정처분은 이 사건 1, 2차 감액경정처분을 통하여 모두 취소되어 더 이상 존재하지 아니하므로 이 사건 처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법 하다고 주장한다.

나. 판단

증액경정처분이 있는 경우 당초 선고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조). 그런데 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제22조의2 제1항은 "세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가 시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리 ㆍ 의무관계에 영향을 마치지 아니한다"고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언내용 및 그 주된 입법취지가 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 선고나 결정에서의 세액에 대한 불복을 제한하려는 데 있는 점을 고려하면, 확정된 당초 신고나 결정에서의 세액에 관하여는 취소를 구할 수 없고 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 한도 내에서만 취소를 구할 수 있다. 나아가 과세관청이 증액경정처분 후에 당초 신고나 결정에 위법사유가 있다는 이유로 쟁송절차와 무관하게 직권으로 일부 감액경정처분을 한 경우에는 그 실질이 증액된 세액을 다시 감액한 것이 아니라 당초 신고나 결정에서의 세액을 감액한 것인 만큼, 납세자는 이와는 상관없이 여전히 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 취소를 구할 수 있다

돌이켜 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 본 법리와 사실관계 등에 비추어 보면, 이 사건 1차 감액경정처분의 실질은 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액의 일부를 취소한 것이 아니라 원고의 당초 신고 부분을 일부 취소한 것에 불과하므로, 이 사건 증액경정처분에 의하여 증액된 세액 000원 중 이 사건 2차 감액경정처 분에 의하여 감액된 000원을 공제한 나머지 000원(이 사건 처분)에 대하여는 원고가 여전히 그 취소를 구할 수 있다고 할 것이다. 이와 다른 전제에 선 피고 주장은 이유 없다.

나아가 조세심판원 결정 등에서 이 사건 미수금이 업무무관가지급긍에 해당되지 않아 증액경정처분 전체에 대한 위법사유가 인정된다고 밝혀진 점(갑 제3호증) 등에 비추어 보면, 이 사건 증액경정처분에 따라 증액된 000원 부분도 모두 취소되어야 함에도 000원만을 취소한 것은 위법하다. 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하므로 그 취소를 구하는 원고 주장은 이유 있다

3. 결론

제1심 판결을 취소한다. 이 사건 처분을 취소한다.