가. 피고가 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx,xxx원의징수처분 및 가산세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 중 법인세 xx,xxx,xxx원 및 가산세 x,xxx,xxx원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 ooo,ooo,ooo원의 징수처분 및 가산세 oo,ooo,ooo원의 부과처분 중 법인세 x,xxx,xxx원 및 가산세 xxx,xxx원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용 중 5%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 ×,×××,×××,×××의 징수처분 및 가산세 ×××,×××,×××원의 부과처분, 2012 사업연도 법인세 OOO,OOO,OOO원의 징수처분 및 가산세 OO,OOO,OOO원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 중 해당 부분을 아래와 같이 고치는 외에는 제1심 판결문 2~5쪽에 기재된 '1. 처분의 경위' 항목 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 4쪽 아래에서 10행의 "않았다." 오른쪽에 다음 내용을 추가한다.

이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허권의 사용료는 2011 사업연도 사용료 중OOO,OOO,OOO원 및 2012 사업연도 사용료 중 ××,×××,×××원이고, 나머지 사용료는 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용료이다.

○ 5쪽 4행의 "'이 사건 처분'이라 한다."를 "'이 사건 처분'이라 하고, 위 각 가산세 부과처분을 별도로 일컬을 때는 '이 사건 가산세 부과처분'이라 한다."로 고친다.

○ 5쪽 8행의 "각 기재" 오른쪽에 "(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)"를 추가한다.

2. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심 판결문 6쪽에 기재된 '나. 관계 법령' 부분 기재(별지 포함)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

3. 국세기본법상 실질과세원칙에 의해 이 사건 사용료에 관하여 한・아일랜드 조세협약의 적용이 부인되는지 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고

아일랜드 법인인 BBB은 이 사건 사용료의 수익적 소유자이고, 명의와 실질의 괴리나 조세회피 목적도 인정되지 아니하므로 국세기본법상 실질과세원칙에 의해 이 사건 사용료에 관하여 한・아일랜드 조세협약의 적용을 부인할 수 없다. 따라서 원고에게는 한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항에 따라 이 사건 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 없다. 그러므로 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고

아일랜드 법인인 BBB은 이 사건 사용료의 수익적 소유자가 아니고, 미국 법인인 CCC가 이 사건 사용료 소득의 실질적 귀속자이므로, 국세기본법상 실질과세원칙에 의해 이 사건 사용료에 관하여 한・아일랜드 조세협약의 적용이 부인된다. 따라서 원고에게는 이 사건 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다.

나. 관련 법리

1) 한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항은 '타방체약국의 거주자에 의하여 취득되고 수익적으로 소유되는 일방체약국 내의 원천으로부터 발생하는 사용료는 동 타방국에서

만 과세된다.'라고 규정하고 있다. 이에 따라 우리 법인세법상 국내원천소득에 해당하는 사용료 소득일지라도 아일랜드의 수익적 소유자인 거주자에게 지급되는 경우에는 국내에서 과세될 수 없다. 위 조약 규정의 도입 연혁과 문맥 등을 종합할 때, 수익적 소유자는 당해 사용료 소득을 지급 받은 자가 타인에게 이를 다시 이전할 법적 또는 계약상의 의무 등이 없는 사용・수익권을 갖는 경우를 뜻한다. 이러한 수익적 소유자에 해당하는지는 해당 소득에 관련된 사업활동의 내용과 현황, 소득의 실제 사용과 운용내역 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조).

2) 한편 국세기본법 제14조 제1항은 '과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.'라고 규정하고 있다. 그런데 위 조항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 법률과 같은 효력을 가지는 조세조약의 해석과 적용에있어서도 이를 배제하는 특별한 규정이 없는 한 그대로 적용된다(대법원 2018. 12. 27.선고 2016두42883 판결 등 참조). 그러므로 사용료 소득의 수익적 소유자에 해당한다고 할지라도 국세기본법상 실질과세의 원칙에 따라 조약 남용으로 인정되는 경우에는 그 적용을 부인할 수 있다(대법원 2018. 11. 15. 선고 2017두33008 판결 등 참조). 즉, 재산의 귀속명의자는 재산을 지배・관리할 능력이 없고 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배・관리하는 자가 따로 있으며 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는 그 명의에 따른 조세조약 적용을 부인하고 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배・관리하는 자에게 귀속된 것으로 보아 과세한다. 그러나 그러한 명의와 실질의 괴리가 없는 경우에는 소득의 귀속명의자에게 소득이 귀속된다(대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).

위와 같은 명의와 실질의 괴리가 있는 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리・처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하는바(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 참조), 명의자가 법인인 경우 그 설립 목적과 설립 경위, 사업활동 내역, 그 임직원 및 사무소의 소재를 비롯한 인적・물적 시설, 문제된 당해 거래행위와 관련한 의사결정 과정, 거래행위의 대가로 지급된 자금의 이동 내역 등 제반 사정을 고려하여야 하고, 특히 설립 목적과 관련하여서는 조세회피의 목적이 주된 것인지 여부를 중점적으로 살펴보아야 한다.

다. 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 각 증거, 갑 제8 내지 10, 12, 18, 19, 20, 22, 24, 28, 30, 35, 36, 43, 74 내지 76호증, 을 제1, 4, 6, 9, 15 내지 18호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, BBB은 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하고 이 사건 사용료 대부분을 계약상 미리 정하여진 비율에 따라 CCC에 이전해야 할 의무를 부담하였을 뿐, 이 사건 사용료를 실질적으로 지배・관리할 능력이 없었고, BBB를 실질적으로 지배하는 미국 법인이 CCC가 이 사건 사용료를 실질적으로 지배・관리하였으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이러한 인정을 뒤집기에 부족하다. 결국 실질과세원칙상 아일랜드 법인인 BBB을 이 사건 사용료 소득의 실질적인 귀속자라고 볼 수 없고, 미국 법인인 CCC가 이 사건 사용료 소득의 실질적 귀속자라고 할 것이다. 따라서 이 사건 사용료에 관하여 한・아일랜드 조세협약을 적용할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

① DDD 주식회사(이하 'DDD'라 한다)는 2004년부터 B와 사이에 B가 보유하고 있는 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 그 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2010. 11. 11. 최종적으로 BBB과 사이에 위 협상에 따른 계약을 체결하였다. FFF 주식회사(이하 'FFF'라 한다)는 2008년부터 B와 사이에 B가 보유하고 있는 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 그 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2011.11. 3. 최종적으로 BBB과 사이에 이 사건 계약을 체결하였다. 원고(이하 DDD, FFF, 원고를 함께 일컬을 때는 '원고 등'이라 한다)는 2010년부터 B와 사이에 B가 보유하고 있는 특허권의 침해에 따른 손해배상 및 그 사용료에 관한 협상을 진행해 오다가 2011. 8. 31. 최종적으로 BBB과 사이에 위 협상에 따른 계약을 체결하였다. 그런데 BBB는 DDD와의 계약이 체결되기 불과 몇 개월 전인 2010. 6. 21. 설립되었고, 대표적인 조세회피국가인 키프로스에 설립된 EEE를 통하여 BBB 지분 99.9%를 보유하고 있던 CCC는 원고 등과의 협상이 진행 중이던 2010. 11. 8. BBB과 사이에 PPP, QQQ가 보유한 특허권을 재허여하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 이러한 관련 계약들의 체결 경과 및 위 각 계약에 따라 DDD가 지급한 사용료는 O억 O,OOO만 미국달러(이하 '달러'라고만 한다), FFF전자가 지급한 사용료는 O,OOO만 달러, 원고가 지급한 사용료는 △,△△△만 달러라는 거액일 뿐만 아니라, BBB의 특허사용료 관련 계약금액 중 대한민국 회사들이 차지하는 비중은 2010년도 전세계 기준 약 99%(아시아 지역 기준으로는 100%), 2011년도 전세계 기준 약 55%(아시아 지역 기준으로는 100%), 2012년도 전세계 기준 약 93%(아시아 지역 기준으로도 약 93%)에 이르는 점,한・아일랜드 조세협약에 의하면 사용료 관련 법인세가 부과되지 않는 반면, 한・미 조세협약에 의하면 15%의 세율로 사용료 관련 법인세가 부과될 수 있는 점, 유럽 지역에 있는 아일랜드 법인인 BBB이 아시아 지역에 있는 한국 등의 회사와 계약을 체결하는 경우 미국 법인인 CCC보다 접근성이나 언어적 측면에서 더 유리하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 조세 회피 목적이 아니라면, 미국 법인인 CCC가 대한민국 회사들인 원고 등과 직접 계약을 체결하지 않고 굳이 아일랜드 법인인 BBB를 설립한 후 이를 통하여 위와 같이 복잡한 다단계 형태의 계약을 체결한 것을 설명하기 어렵다.

② DDD는 과세관청을 상대로 BBB이 사용료 소득의 수익적 소유자여서 DDD에게 법인세 원천징수의무가 없고, 설령 DDD가 납부한 사용료 소득의 수익적 소유자를 CCC로 본다고 하더라도 한・미 조세협약이 적용되어야 하므로 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않으며, DDD는 사용료 소득의 수익적 소유자를 확인하기 위한 주의의무를 다하였으므로 원천징수불이행 가산세 부과처분은 부당하다는 취지로 2012. 3. 20.자 2010년 사업연도 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 이에 대하여 제1심 법원은 청구인용 판결(수원지방법원 2013구합13564)을 선고하였으나, 항소심은 2016. 5. 24. 'BBB의 설립 목적과 운영현황, 인적・물적 설비, 거래에 관한 의사결정 과정, 사용료 소득의 지배・관리 등 그 판시와 같은 사정에 비추어 볼 때, BBB은 형식상 거래당사자의 역할만을 수행하였을 뿐, DDD가 2010년에 BBB에 지급한 이 사건 사용료 소득의 실질귀속자는 BBB의 지배회사로서 미국 법인인 CCC이고, 이러한 형식과 실질의 괴리는 오로지 한・아일랜드 조세협약을 적용받아 조세를 회피할 목적에서 비롯된 것으로 볼 수 있다'라는 이유로, 사용료 소득에 관하여 한・아일랜드 조세협약을 적용할 수 없다고 판단하되, 한・미 조세협약이 적용되어야 하므로 국내 미등록 특허권의 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단하여 국내 등록 특허권의 사용대가로서 국내원천소득에 해당하는 부분을 제외한 나머지 부분에 대하여만 과세처분을 취소하는 원고 청구 일부 인용 판결(서울고등법원 2015누47043호)을 선고하였다. 그리고 대법원은 2018. 12. 27. 사용료 소득에 대하여 한・아일랜드 조세협약을 적용할 수 없다고 본 항소심의 결론은 정당하고, 실질귀속자의 판단기준 및 그 증명책임에 관한 법리오해, 채증법칙 위반, 이유모순 등의 위법이 없다는 이유 등으로 DDD와 과세관청의 상고를 모두 기각하는 판결(대법원 2016두42883호)을 선고하여 위 항소심 판결이 확정되었다.

③ 이에 대하여 원고는, BBB이 GGG와 특허권 재허여 계약을 체결하고 받은 특허사용료에 대하여 일본 과세당국에 법인세를 납부하였는데, CCC가 GGG와 직접 계약을 체결하였다면 일본국에 법인세를 납부할 의무가 없다는 사정을 들어 조세회피 목적으로 BBB을 설립하지 않았다고 주장한다. 살피건대, BBB의 2010년부터 2012년까지 각국의 회사와의 계약을 통한 총매출액은 824,455,820달러인데, 그중 BBB의 일본 회사인 GGG와의 거래를 통한 매출액은 14,700,000달러이고, BBB이 일본과 아일랜드의 조세협약에 따라 GGG가 사용료 소득의 10% 원천징수를 하여 일본국에 납부한 세금은 1,470,000달러로 총매출액의 약 0.18%에 불과하고, 이는 대한민국을 제외하고 BBB이 체결한 특허권 재허여 계약에 근거하여 원천징수한 유일한 경우이다.

반면, BBB이 2010년부터 2012년까지 4개의 대한민국 기업과 거래한 매출액 합계는 696,922,629달러로서, CCC가 대한민국 기업들과 직접 거래를 하고, 이것이 만약 한・미 조세협약에 따라 사용료 소득에 대해 15%의 세율로 원천징수되는 경우에 해당한다면, 그 세액은 무려 104,538,394달러에 달하여 BBB의 총매출액의 약 12.68%에 해당하므로(이는 위 일본국 원천징수세액의 약 71배에 달한다), B나 CCC로서는 일본국에 사용료 소득의 원천징수가 되는 것을 감수하더라도, 한・아일랜드 조세협약을 통하여 대한민국에 사용료 소득의 원천징수가 면제되는 이익을 누리기 위하여 아일랜드에 BBB를 설립하여 조세를 회피할 강력한 동기가 있었던 것으로 보인다. 나아가 일본국은 CCC가 계약당사자인 경우에는 미국과의 조세협약을 통하여 사용료 소득을 원천징수 할 수 없는데, BBB이 계약당사자가 됨으로써 사용료 소득의 10%를 원천징수할 수 있어 BBB을 도관회사로 인정하지 않는 것이 더 유리하고, BBB이 GGG로 하여금 원천징수하도록 하거나 이를 양해하였을 뿐 일본 과세당국이 위 원천징수에 관하여 공식적인 입장을 표명한 것으로 볼 수도 없다. 또한 원고는 B그룹이 조세회피를 할 목적이 있었다면 일본 기업과 거래 시에는 CCC가 직접 거래하여 모든 국가에서 원천징수를 면제받았을 것이라고 주장하나, CCC가 일본 기업과 직접 거래하였다면 BBB 의 대한민국 조세에 대한 회피 목적이 더 분명하게 드러날 것이므로, CCC는 일본에 지급해야 할 소액의 세금을 면제받기 위하여 대한민국에 막대한 세금을 원천징수 당해야 하는 위험을 부담할 이유가 없었던 것으로 보인다. 결국 BBB이 일본국에 법인세를 납부하였다는 사정만으로는 BBB이 대한민국 조세의 회피 목적이 없는 실체성을 가진 법인이라고 보기 어렵다.

④ 또한 BBB은 2011년부터 2012년까지 아일랜드 과세관청에 4,820,068달러의 법인세를 납부하였으나, CCC와의 계약을 통하여 대부분의 사용료 소득을 CCC에게 이전하였으므로, 나머지 극히 일부의 소득에 대해서만 비교적 조세 부담이 적은 아일랜드에 법인세를 납부한 것으로 보인다. 따라서 BBB이 아일랜드에 법인세를 납부하였다는 사정만으로는 CCC 등에게 대한민국 조세의 회피 목적이 없었다고 보기 어렵다.

⑤ 원고는, 만약 원고가 CCC와 직접 특허 사용계약을 체결함으로써 이 사건 사용료에 대하여 한・미 조세협약이 적용된다고 하더라도 이 사건 특허 가운데 국내에 등록된 특허에 관한 사용대가(원고가 특허권 사용대가로 지급한 총액 중 국내 등록 특허에 관한 사용대가는 약 0.835%에 해당함)만이 국내에서 과세대상이 될 뿐인데, 이러한 조세부담을 회피하기 위하여 BBB의 설립 및 운영비용을 부담하는 것은 경험칙에 반한다고 주장한다. 그러나 이 사건 계약 체결일인 2011. 8. 31. 당시에는, 특허권의 속지주의 성격상 한・미 조세협약상의 특허권 사용료는 외국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 사용대가를 말한다는 취지의 대법원 판결(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결)이 선고된 이후, 2008. 12. 26. 법인세법 제93조 제9호 단서 후문1)이 신설되었고, 과세관청은 위 신설된 조문을 근거로 하여 국내미등록 특허의 국내 사용에 대한 사용료에 관하여 계속하여 국내법에 따라 법인세 징수처분을 하고 있었던 상태였다(위 법인세법 개정 후 위 법인세법 제93조 제9호는 유사한 내용이 같은 조 제8호에 기재되는 것으로 다시 개정되었다). 그런데 대법원이 개정된 법인세법 하에서도 한・미 조세협약상 특허권의 사용대가 중 국내에서 등록된 특허권의 사용대가만이 국내원천소득이 된다는 해석을 하게 된 것은 대법원 2012두18356 판결이 선고된 2014. 11. 27.에 이르러서였다. 따라서 CCC 등은 BBB을 설립할 당시에 한・아일랜드 조세협약을 적용받는 도관회사를 설립함으로써 대한민국의 조세를 회피할 유인이 강하게 있었던 것으로 보인다. BBB과 원고 역시 이 사건 계약 체결 당시 이러한 점을 염두에 두고 대한민국 과세당국이 한・아일랜드 조세협약을 적용한 것에 대하여 세무조사를 실시하여 원천세액을 지급할 것을 요청하고 이에 따라 불복절차의 최종 결정이 원고에게 불리할 경우 원고가 BBB을 대신하여 대한민국 과세관청에 지급한 금액과 이자를 BBB이 보전해 준다는 취지의 약정을 한 것으로 보인다(갑 제2호증). 그 후 대법원 판례가 여전히 한・미 조세협약에 따른 원천징수 범위를 제한하여 해석함에 따라 결과적으로 BBB이 회피하려고 했던 조세가 줄어든 것에 불과하므로, 국내원천소득이 전체 사용료에 비추어 극히 일부라는 사정만으로 BBB 설립에 조세회피 목적이 없었다고 보기 어렵다.

⑥ BBB은 설립 당시 자본금이 20유로에 불과하였는데, 2010. 9. 16. 개최된 이사회에서 자본을 25,020유로로 증액하기로 결의하였다. 2011. 6. 30. 이후 BBB의 자본금이 547,587유로로 증액되었으나, 앞서 본 BBB이 설립 경위와 이 사건 계약 및 관련 계약의 체결 경위 등에 비추어 보면, 이러한 자본금의 증가만으로 BBB이 조세회피 목적이 없이 실체성을 가진 법인이라고 보기 어렵다.

⑦ BBB의 이사는 2011. 6. 30. 및 2011. 12. 31.을 각 기준으로 3명이었고, 설립 당시부터 2013. 12. 31.까지 대표이사는 계속하여 아일랜드인인 bbb가 맡아 왔으며, 수 차례 이사회를 개최한 바 있다. BBB의 이사회 회의록에 의하면 BBB는 2011년 당시 3명의 이사(ccc, ddd, bbb)가 있었고, 이사회는 2명 또는 3명의 이사가 참석함으로써 진행되었다. 그 중 ccc는 CCC의 임원이고, ddd는 25개 업체의 임원으로 등재되어 있으며, bbb는 5개 회사의 임원으로 등재되어 있어, BBB의 임원 및 이사회가 BBB를 실질적으로 운영하고 있었다고 단정하기 어렵다. 원고가 BBB의 주요 인력으로 주장하는 임직원 대부분은 원고와의 계약 체결 이후에 채용된 사람들로 이 사건 계약 체결 당시 BBB에 근무하지 않았다. 또한 2013년에는 총 13명, 2015년 말에는 총 20명의 임직원이 BBB에서 근무하였다는 사정도 이 사건 계약 체결 및 이 사건 사용료 지급 이후의 사정에 불과하다. 더구나 앞서 본 바와 같이 과세관청은 2012. 3. 20. DDD에 대하여 BBB이 도관회사임을 전제로 2010년 사업연도 법인세 징수처분 및 가산세 부과처분을 하였는바, 위 처분일 이후에 이루어진 임직원 규모의 확대는 위 처분에 관한 분쟁 또는 향후 이루어질 수 있는 위와 동일한 취지의 처분에 대비하기 위해 외관을 창출한 것일 가능성을 배제하기 어렵다.

⑧ BBB의 등록지는 회계법인인 KKK 아일랜드 사무소 주소로 기재되어 있었고, BBB의 99.9% 지분을 형식상 보유하고 있는 FFF의 등록지 또한 KKK의 사이프러스 사무소 주소와 일치한다. BBB을 임차인으로 하여 2010. 9. 29. 아일랜드 더블린에 있는 사무실을 2010. 10. 1.부터 2010. 12. 31.까지 월 차임 1,842유로에 임차하는 내용의 계약서가 작성되었고, 2011년 초순경 역시 아일랜드 더블린에 있는 새로운 사무실을 2011. 2. 11.부터 3년간 연 차임 51,772.50유로에 임차하는 내용의 계약서가 작성되었는데, 위 각 임대차 계약과 관련하여 시세보다 현저히 저렴한 차임이 지급되었던 것으로 보인다. 이러한 사정에다가 BBB의 설립 당시 직원 채용 공고 또한 모두 KKK의 주도 하에 이루어진 점을 감안하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 BBB가 이 사건 계약 체결 당시 또는 이 사건 사용료 지급 당시 인적・물적 시설을 제대로 갖추고 실제 사업을 영위하고 있었다고 보기 어렵다.

⑨ 또한 BBB의 2010. 9. 16.자 이사회 회의록(갑 제9호증)에 의하면, 이사회에 B 직원들이 참석하여 BBB은 CCC가 세운 계획에 따라 운영된다는 내용으로 합의를 한 것으로 보여 BBB은 실질적으로 CCC가 운영하였다고 봄이 타당하다. BBB의 2011. 8. 5.자 이사회 회의록(갑 제10호증)에는 원고와 계약을 체결하는 것에 관하여 간단한 언급만 있고, 2011. 8. 18.자 이사회 회의록(갑 제12호증)에는 'B가 특허권 침해에 관한 소송을 진행 중에 있는데, 원고는 B와의 거래를 우선시 하고 있고, 이미 거래의 세부조건에 관하여 합의된 세부 조건에 관하여 승인하고 있어, 이 사건 계약에 관한 주요 사항은 B와 원고가 논의하고 결정한 것으로 보이고, BBB은 이를 확인한 것에 불과한 것으로 보인다.

⑩ BBB은 원고와 이 사건 계약을 체결하기 전 핀란드 소재 법인 NNN, 프랑스 소재 법인 TTT, 캐나다 소재 법인 RRR를 상대로 매출을 올린 것으로 보이고, 한국 기업으로는 DDD, ☆☆과 특허권 재허여 계약을 체결한 것으로 보인다. 그러나 BBB은 CCC로부터 재허여를 허락받은 특허권 재허여 사업만을 대행하면서 미국 외 지역에서 수취한 사용료 중 거의 대부분을 모회사인 CCC에 송금해 오고 있을 뿐만 아니라, 원고로부터 수취한 사용료 소득 중 85%를 CCC로 송금하였다. 특히 한・아일랜드 조세협약상 국내에서 발생한 사용료 소득을 아일랜드 거주자에게 지급하는 경우 대한민국에서 과세되지 않고 아일랜드에서만 과세된다는 이점 이외에 BBB이 아일랜드에 설립되어야 할 사업상 필요성이 무엇인지 불분명하므로, 이 사건 계약 전후에 매출 실적이 있었다는 사정만으로 BBB이 조세회피 목적이 없는 실체성을 가진 법인이라고 보기 어렵다. 또한 원고는 BBB의 정관상 수많은 사업활동 중 특허권 재허여 계약 체결 외 수익을 창출하는 특별한 활동을 하였다는 점을 입증하지 못하고 있으며, BBB의 매출에 기여하는 영업활동은 대부분 특허권 재허여 계약의 체결인 것으로 보인다.

⑪ 앞서 본 DDD 관련 소송에서 문제된 특허권 사용 계약체결일은 2010. 11.11.이고 그에 따른 사용료 지급일은 2010. 11. 30.인바, BBB이 도관회사에 불과하여 특허 사용료 소득의 실질적 귀속자에 해당하지 않는다고 판시한 2016. 5. 24. 선고 관련 항소심 판결이 2018. 12. 27. 대법원 상고 기각 판결의 선고로 확정된 이상, 특별한 사정이 없는 한 적어도 2010. 11. 30. 기준으로 BBB은 특허 사용료 소득의 실질적 귀속자에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 나아가 앞서 본 BBB의 설립 목적 및 그 경 위, 이 사건 계약 체결의 경위 및 그 시기 등에 비추어 볼 때, 2010. 11. 30.로부터 이 사건 계약 체결일인 2011. 8. 31. 및 이 사건 사용료 지급일인 2011. 9. 29., 2011. 10.5., 2012. 8. 16.까지 사이에 이루어진 BBB의 임직원 규모나 물적 설비 및 영업 활동의 변화만으로는, 이 사건 계약 체결일 및 이 사건 사용료 지급일 당시 기준으로 볼 때, 기존에 도관회사로서 설립되었던 BBB이 그 성격을 버리고, 이 사건 사용료 소득의 실질적 귀속자로 변경되었다고 보기도 어렵다.

⑫ 한편 CCC와 BBB 사이에 체결된 특허권에 대한 재허여 계약에 따르면, BBB는 매해 CCC에게 1년간 순수익을 기준으로 1억 달러 이하인 경우 그중 85%를, 1억 달러 초과 2억 달러 이하인 경우 그중 90%를, 2억 달러 초과 3억 달러 이하인 경우 그중 93%를, 3억 달러 초과인 경우 그중 95%를 지급해야 한다. BBB은 이 사건 계약을 통하여 원고로부터 지급받은 이 사건 사용료 중 약 85%를 CCC와의 특허권 재허여 계약에 따라 CCC에게 지급한 것으로 보인다. BBB은 CCC와의 사전 약정에 따라 순수익 중 일정 비율을 CCC에게 이전해야 할 계약상 의무를 부담하고 있어, BBB는 수익 대부분을 실질적으로 지배・관리할 능력이 없었던 것으로 보이고, 수익에 대한 위험 또한 부담하지 않았던 것으로 보인다.

⑬ 원고는, 독일연방공화국(이하 '독일'이라 한다)이나 일본국에서 BBB의 수익적 소유자성을 인정하여 아일랜드와의 조세협약을 적용하였으므로, BBB은 도관회사가 아니고, 수익적 소유자라고 주장한다. 그러나 일본국의 경우 CCC는 비과세대상임에 비하여 BBB은 아일랜드 거주자로 10%의 세율로 과세할 수 있으므로, 일본국 과세당국이 BBB를 수익적 소유자로 인정하는 것을 거부할 이유가 없다. 독일 역시 미국 또는 아일랜드와의 조세협약상 양자 모두 독일내 원천소득에서 배제하고 있으므로, 독일 과세당국이 BBB을 도관회사로 인정할 별다른 실익이 없다. 또한 조세회피 목적의 인정은 회피 대상인 개별 국가별로 판단되어야 하는 것으로, 설령 독일이나 일본국이 BBB의 수익적 소유자성을 인정하였더라도 이 사건 계약 체결 당시 또는 이 사건 사용료 지급 당시 BBB이 대한민국 조세의 회피를 목적으로 설립된 법인으로서 이 사건 사용료의 실질적인 귀속자가 아님을 인정하는 데 방해가 되지 않는다.

4. 이 사건 사용료를 한・미조세협약상의 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고

설령 미국 법인인 CCC가 이 사건 사용료의 실질적 귀속자로 인정되어 이 사건

사용료에 관해 한・아일랜드 조세협약의 적용이 부인되고 한・미 조세협약이 적용된다고

하더라도, 이 사건 사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료에 관하여,

원고에게는 국제조세조정에 관한 법률(이하 '국제조세조정법'이라 한다) 제28조, 한・미

조세협약 제6조 제3항에 따라 법인세를 원천징수할 의무가 없다. 따라서 이 사건 처분

중 국내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료에 관한 부분은 위법하므로 취소되어야

한다.

2) 피고

이 사건 사용료 소득 중 국내에 등록된 특허권에 대한 사용료 소득뿐만 아니라, 국

내에 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득 역시 CCC의 국내원천소득에 해당하

므로, 원고는 이 사건 사용료 소득 전체에 대하여 법인세를 원천징수할 의무가 있다.

나. 관련 법리

1) 구 법인세법 제2조 제1항 제2호 등은 외국법인에 대하여는 국내원천소득이 있는 경우에만 법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고, 제2조 제5항, 제98조 제1항은 외국법인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.

그런데 구 법인세법 제93조는 "외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다."라고 하면서, 제8호에서 "다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리・자산 또는 정보(이하 이 호에서 '권리 등'이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리 등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 '특허권 등'이라 한다)는 해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조・판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다."라고 규정하고 있다.

한편 한・미조세협약 제14조 제4항은 "본 조에서 사용되는 '사용료'라 함은 다음의 것을 의미한다."라고 하면서 제a호에서 '문학・예술・과학작품의 저작권 또는 영화필름・라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금'을 규정하고, 제6조는 "이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다."라고 하면서 제3항에서 "제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다."라고 규정하고 있다.

2) 구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조・판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정법 제28조는 "비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다."라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국 법인의 특허권 등이 국내에서 제조・판매 등에 사용된 경우 미국 법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한・미조세협약에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한・미조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한・미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국 법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 한・미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국 법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국 법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참조).

다. 판단

1) 국내 등록 특허에 대한 사용료 소득

위 법리에 비추어 보면, 이 사건 사용료 소득 중 국내 등록 특허권에 대한 사용료 소득은 미국 법인의 국내원천소득에 해당하므로, 원고는 이 부분 소득에 대하여는 법인세를 원천징수할 의무가 있다.

2) 국내 미등록 특허에 대한 사용료 소득

가) 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 사용료 소득 중 국외에 등록되었으나 국내에 는 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득은 미국 법인의 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 원고는 이 부분 소득에 대하여는 법인세를 원천징수할 의무가 없다.

나) 이에 대하여 피고는 예비적으로 이 사건 사용료 중 국외에 등록되었으나 국내에는 등록되지 아니한 특허권의 사용대가에 해당하는 부분이 구 법인세법 제93조 제10호 가목, 차목의 '기타소득'에 해당하므로 국내원천소득으로 과세대상이 된다고 주장한다. 그러나 이 사건 계약의 내용에 비추어 보면, 이 사건 사용료는 CCC가 원고에게 이 사건 특허의 사용권을 부여하고 그 대가로 지급받은 금액이므로 구 법인세법 제93조 제8호의 사용료 소득에 해당한다고 봄이 타당하고, 다만 앞서 본 바와 같이 국제조세조정법과 한・미조세협약의 해석상 이 사건 사용료 중 국외에 등록되었으나 국내에는 등록되지 아니한 특허권의 사용대가를 국내원천소득으로 볼 수 없을 뿐이다. 또한 기타소득에 해당하기 위해서는 '국내에 있는 부동산 및 그 밖의 자산이나 국내에서 경영하는 사업과 관련하여 받은 금전'(가목)이거나, '국내에서 하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익'(차목)에 해당하여야 하는데, 이 사건 사용료가 이와 같은 요건을 구비하였다고 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 가산세 부과처분의 적법 여부

가. 국내 미등록 특허에 대한 사용료 소득 관련 가산세

앞서 본 바와 같이 이 사건 사용료 소득 중 국외에 등록되었으나 국내에는 등록되지 않은 특허권에 대한 사용료 소득은 국내원천소득에 해당하지 않아 원고는 이 부분 소득에 대하여는 법인세를 원천징수할 의무가 없으므로, 이 부분 법인세에 대한 원천징수불이행에 관한 가산세 부과처분은 위법하다.

나. 국내 등록 특허에 대한 사용료 소득 관련 가산세

1) 당사자들의 주장

가) 원고

원고는 BBB이 이 사건 사용료의 수익적 소유자로서 원고에게는 한・아일랜드 조세협약 제12조 제1항에 따라 이 사건 사용료 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 없다고 믿었고 그에 대한 정당한 사유가 있었다. 따라서 이 사건 처분 중 국내 등록 특허에 대한 사용료 소득에 관한 각 가산세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나) 피고

원고는 BBB이 이 사건 사용료의 수익적 소유자가 아니거나 국세기본법상 실질과세원칙에 의해 이 사건 사용료에 관하여 한・아일랜드 조세협약의 적용이 부인된다는 것을 알았거나 충분히 알 수 있었으므로, 이 사건 사용료 소득 중 국내 등록 특허에 대한 사용료 소득에 대해 원천징수하지 않은 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

2) 관련 법리

실질과세의 원칙은 구 법인세법 제98조 제1항이 규정하는 국내원천소득에 대한 원천징수에도 그대로 적용되므로, 국내원천소득을 지급하는 자는 특별한 사정이 없는 한 그 소득에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는지를 조사하여 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다. 다만 국내원천소득을 지급하는 자는 조세수입의 조기확보와 조세징수의 효율성 도모 등의 공익적 요청에 따라 원천징수의무를 부담하는 반면, 질문검사권 등 세법이 과세관청에 부여한 각종 조사권한은 가지고 있지 아니한 점 등을 고려하면, 국내원천소득을 지급하는 자가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사하여 확보한 자료 등을 통해서도 그 소득의 실질적인 귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었던 경우까지 실질적인 귀속자를 기준으로 그 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있다고 볼 수는 없다(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결, 대법원 2016. 11. 9. 선고 2013두23317 판결 참조).

3) 판단

앞서 본 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 △ 원고가 이 사건 각 특허권 재허여와 관련된 논의를 시작한 시점은 2010년 무렵인데, BBB은 그 이후인 2010. 6. 21. 설립된 점, △ 원고의 2011. 9.무렵 이사회 회의록(을 제6호증) 기재에 의하면, 원고는 BBB과 이 사건 계약을 체결하고 이 사건 사용료를 지급하면서도, B에게 지급해야 할 특허 사용료 금액 중 일부 금액을 B의 모회사로서 그 자산을 관리하는 CCC가 특허 사용료 금액 중 일부 금액을 출자전환하는 계약을 체결함으로써 이 사건 사용료의 귀속주체가 CCC임을 명확히 하였고, 원고도 이러한 사실을 알고 있었던 점, △ 이 사건 사용료의 대상인 특허의 상당 부분이 미국에서 등록된 특허이고 위 각 특허의 권리자인 PPP, QQQ로부터 관리를 위임받은 CCC는 미국에 소재한 법인임에도 대한민국에서 법인세 관련 원천징수를 하지 않는 아일랜드에 BBB이 설립된 점, △ 원고와 BBB 사이의 이 사건 계약 내용을 보면 향후 이 사건에서 쟁점이 된 법인세액 및 지연손해금까지 BBB이 지급하기로 예정되어 있었던 점, △ BBB의 감사보고서만 보더라도 설립 당시 BBB의 실제 자본이 20유로에 불과하고 그 발행주식의 99.9%를 CCC가 실질적으로 보유하고 있으며, 3명 이외에는 직원이 없었던 사정을 알 수 있었던 점, △ 이 사건 계약 체결 당시에는 BBB의 자본이 547,587유로로 증가하였으나 여전히 그 발행주식의 99.9%를 CCC가 실질적으로 보유하고 있었던 점, DDD 관련 소송에서도 그 항소심은 DDD가 사용료를 지급하는 과정에서 성실하게 조사를 하였음에도 불구하고 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 BBB이 아니라는 사실을 알 수 없었다고 인정되지 않는다는 취지의 판결(서울고등법원 2015누47043호)을 선고하였고, 위 항소심 판결은 대법원의 상고 기각 판결의 선고로 확정된 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 국내원천소득을 지급하는 원고가 거래 또는 소득금액의 지급과정에서 성실하게 조사를 하였음에도 불구하고 사용료 소득의 실질적인 귀속자가 아일랜드 법인인 BBB이 아니라 CCC 등 미국 법인이라는 사실을 알 수 없었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

6. 결론

가. 앞서 살펴본 바를 종합하면, 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허권의 사용료에 해당하는 2011 사업연도 사용료 OOO,OOO,OOO원 및 2012 사업연도 사용료 ××,×××,×××원은 한・미조세협약 제6조 제3항에 따라 외국법인의 국내원천소득에 해당하고, 나머지 사용료는 외국법인의 국내원천소득에 해당하지 않으므로, 원고는 국내에 등록된 특허권 사용료에 대해서만 원천징수의무를 부담한다 할 것이다. 따라서 피고가 2013. 8. 1. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 XXX,XXX,XXX원의 징수처분 및 가산세 XX,XXX,XXX원의 부과처분 중 법인세 OO,OOO,OOO원(= 2011 사업연도 사용료 중 국내 등록 특허권 사용료 OOO,OOO,OOO원 × 0.152)) 및 가산세 O,OOO,OOO원을 초과하는 부분, 2012 사업연도 법인세 XXX,XXX,XXX원의 징수처분 및 가산세 XX,XXX,XXX원의 부과처분 중 법인세 ×,×××,×××원(= 2012 사업연도 사용료 중 국내 등록 특허권 사용료 ××,×××,×××원 × 0.153)) 및 가산세 ×××,×××원을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 하고,나머지 부분은 적법하다.

나. 그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위 인정과 같이 변경한다.