2. 소송비용은피고가부담한다.

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증, 을 제1-6호증의 각 기 재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고가 대표이사로 있던 소외 주식회사 ☐☐테크놀로지(이하 '소외 ☐☐'라고 한다)는 2000년 사업연도 법인세를 신고함에 있어 주식회사 △△정보(이하 '소외 △△'이라고 한다)로부터 공급가액 143,087,000원 상당의 매입세금계산서와 공급가액 57,878,000원 상당의 매출세금계산서(이하 위 각 매입세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 각 수수한 후, 그 매입 ・ 매출액을 익금 및 손금 산입하여 법인세를 신고・납부하였다

나. 강남세무서장은 2007. 8. 3. 소외 △△이 이른바 자료상에 해당하고, 이 사건 세금계산서는 그러한 자료상과의 거래로 인한 가공세금계산서라는 이유로 소외 ☐☐에 대해 그 매입액을 손금 불산입하여 2000년 사업연도 법인세를 38,102,820원으로 경정 ・ 고지하였고, 또한 가공매입액에서 가공매출액을 공제한 93,729,900원의 귀속이 불분명하므로 법인세법 제67조 및 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 조항에 따라 이를 당시 소외 ☐☐의 대표자인 원고에게 '인정상여'로 소득처분한 다음 2008. 12. 24 원고의 주소지 관할 세무서장인 피고에게 원고의 2000년도 귀속 소득금액이 그와 같이 변경되었음을 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 2009. 10. 1 원고에 대하여 위 인정상여에 따른 2000년 귀속 종합소득세 39,750,000원을 부과하는 결정(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다

2.처분의 적법성

가. 원고의 주장

(1) 피고의 원고에 대한 인정상여처분은 이미 2000년 말에 성립한 소득세 납세의무에 대하여 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 정해진 5년의 국세부과제척기간이 지난 2007. 8. 3.에서야 이루어진 것이어서 위법하므로, 이를 근거로 한 이 사건 처분도 위법하다.

(2) 소외 ☐☐가 2004년 초 부도가 나는 바람에 원고가 개인비용을 들여 경리장부 등을 보관하다가 그 비용부담을 감당하기 어려워 2007. 4경 이를 폐기하였지만 소외 △△과의 거래는 가공거래가 아난 실질거래였음에도 불구하고, 피고는 단지 소외 ☐☐가 장부 등 실질거래임을 알 수 있는 소명자료를 제출하지 못한다는 이유로 소외 △△과의 거래가 가공거래임을 입증할 증거자료도 제시하지 아니한 채 원고에게 이 사건 처분을 하였는바, 이는 국세기본법상 근거과세원칙에도 반하는 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지관계법령기재와같다.

다. 판단

(1) 소득세 납세의무의 성립시기 및 부과제척기간의 기산일

살피건대, 과세관청이 사외 유출된 익금가산액이 대표자에게 귀속된 것으로 보고 상여로 소득처분을 한 경우 당해 소득금액의 지급자로서 원천징수의무자인 법안에 대해서는 소득금액변동통지서가 당해 법인에게 송달된 날에 그 원천징수의무가 성립하는 것과는 달리, 그 소득의 귀속자에 대해서는 법언에 대한 소득금액변동통지가 송달되었는지 여부와 상관없이 소득처분이 있게 되면 소득세법 제20조 제1항 제3호 소정의 '법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액'에 해당하여 근로소득세의 과세대상이 되고, 소득세법 제39조 제1항 및 같은 법 시행령 제49조 제1항 제3호에 따라 당해 소득 금액은 부과처분의 대상이 되는 당해 사업연도 중에 근로를 제공한 날이 수입시기가 되므로, 소득의 귀속자의 종합소득세 납세의무는 국세기본법 제21조 제1항 제1호가 정하는 바에 따라 당해 소득이 귀속된 과세기간이 종료하는 때에 성립한다(대법원 2006. 7. 13. 신고 2004두4604 판결 참조).

그러므로, 위 인정상여처분에 따른 원고의 2000 귀속년도 인정상여소득에 대한 종합소득세 납세의무는 당해 과세기간이 종료하는 때에 성립하고, 그 부과제척기간의 기산일은 소득세법 제70조 제1항에 따라 종합소득세 신고기한 다음날인 2001. 6. 1.이라 할 것이다.

(2) 제척기간이도과되었는지여부

소외 ☐☐와 소외 △△ 사이의 거래가 가공거래라 하더라도 소외 ☐☐가 허위의 세금계산서를 수취하여 장부상 매입액을 과다계상한 것이 소외 ☐☐의 소득을 은닉함으로써 그에 대한 법인세를 포탈하기 위한 행위로 볼 수 있을지언정, 원고가 그와 같이 은닉된 소외 ☐☐의 소득이 사외 유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 소외 ☐☐의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그 로 인해 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 행한 것으로 보기는 어려우므로, 그 인정상여처분으로 인한 소득세에 관한 한 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우'에 해당한다고 볼 수는 없고, 그렇다면 원고의 2000년 귀속분 소득세에 대한 부과제척기간은 원칙으로 돌아가 국세기본 법 제26조의2 제1항 제3호에 의하여 5년이 된다고 보아야 하므로(대법원 2010. 4. 29 신고 2007두11382 판결 참조), 기산일인 2001. 6. 1.로부터 5년이 지난 2006. 6. 1. 그 부과제척기간이 모두 도과되었다고 봄이 상당하다

(3) 이사건처분의적법여부

그렇다면, 이 사건 처분은 이마 그 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것으로 위법하므로, 이 점을 지적하는 원고의 위 주장은 이유 있다.

나아가, 이 사건 세금계산서가 자료상과의 거래로 인한 가공세금계산서에 불과하고, 그에 상응하는 실거래는 없었는지 여부에 관하여 보건대, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다.

그런데 피고가 이 사건 세금계산서를 가공으로 보는 이유는 이 사건 세금계산서가 자료상으로 고발된 소외 △△과의 거래로 인한 것임에도 소외 ☐☐가 실물거래를 밝힐 소명자료를 제출하지 옷하고 있다는 것이지만, 정작 이 사건 세금계산서들은 가공 혐의 금액일 뿐 가공 확정 금액이 아니라는 이유로 고발대상에서조차 제외된 점, 소외 ☐☐의 부도로 언한 자료 폐기에 따른 소명자료 미제출에 관한 원고의 주장에 어느 정도 설득력이 있는 점 등 기록에 나타난 사정에 의하면, 이 사건 세금계산서 중 어느 하나라도 가공임이 제대로 판명되었다고 볼 수 없다 결국, 이 사건 세금계산서가 가공인 것임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다

3.결 론

따라서, 원고의 청구는 이유 있어 주문과 같이 판결한다.