2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2004. 8. 25. 원고에 대하여 한 2004년 1기분 부가가치세 151,012,630원의 부과처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

"가. 원고는 2004. 2. 12. 설립되어 해양선박용품 도소매업과 해상운송업을 영위하는 법인으로서 2004. 7. 25. 중고선박인 제1○○호' 1대(선박번호 YSR-○○○○○○, 총톤수 998톤, 아래에서는 이 사건 선박' 이라고 한다) 매출액 1,871,957,200원을 영세율 매출로 하여 매입세액 56,458,171원의 조기환급을 신청하였다.", "나. 이에 피고는 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하여 원고가 영세율 매출로 신고한 1,871,957,200원은 수출대금이 아니라 원고가 이 사건 선박을 ○○○이 대표로 있는 ○○무역에 매도한 것으로 파악하여 국내매출로 보고서 원고가 ○○무역으로부터 수령한 금 1,757,000,000원 중 금 1,597,272,727원을 공급가액으로 하여 (그 중 부가가치세는 159,727,272원이다) 과세표준을 경정하고, 한편 원고가 위와 같이 부가가치세를 신고할 때 매입세액으로 신고한 것 중 ○○무역으로부터 교부받은 것으로 신고한 공급가액 104,506,545원의 세금계산서{공급자: ○○무역, 공급받는 자: (주) ○○해운, 아래에서는 이 사건 세금계산서' 라고 한다}는 원고가 ○○무역으로부터 실물거래 없이 수취한 가공의 세금계산서라는 이유로 매입세액 10,450,654원을 불공제하고 여기에 가산세 37,292,883원을 추가하여 2004. 8. 25. 원고에게 2004년 1기분 부가가치세로 151,012,630원을 부과하는 처분(아래에서는 이 사건 처분' 이라고 한다)을 하였다.",2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 선박을 수출하는 과정에서 ○○무역 대표 ○○○(아래에서는 ○○○이라고만 한다)으로부터 이 사건 선박의 수출관련 업무를 그에게 위탁하여 주면 원고에 대한 중개수수료는 무료로 하고 수입회사로부터 중개수수료를 받겠다는 제안을 받고 ○○○과 사이에 이 사건 선박의 수출업무에 관한 구두위임계약을 체결하고서 그를 통하여 이 사건 선박을 대행수출하였으므로 이 사건 선박의 공급과 관련한 부가가치세에 대하여는 영세율이 적용되어야 하고, 또한 이 사건 세금계산서는 ○○○이 당초 약정과 달리 이 사건 중고선박의 수출 후 원고 회사에게 중개수수료를 요구하여 원고가 그 대금을 지급하고서 ○○○으로부터 교부받은 것임에도 불구하고 피고가 이를 실질 거래가 없는 가장의 세금계산서로 보고서 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

(1) 부가가치세법상의 관련 규정에 의하면 사업자가 대행수출에 대하여 영세율을 적용받으려면 수출대행계약서사본과 수출신고필증 또는 수출대금입금증명서사본, 수출실적명세서를 제출하여야 하나 원고는 수출신고필증 이외에 위 관련서류를 제출하지 못하고 있고, 나아가 수출신고필증상의 수출자 및 제조자도 원고 회사가 아닌 ○○○으로 기재되어 있는바, 원고가 수출대행계약체결 사실을 입증하지 못하고 있는 이 사건의 경우 수출신고필증상의 기재에 따라 원고가 이 사건 선박을 ○○○을 통해 대행 수출한 것이 아니라 ○○○이 직접 이 사건 선박을 수출한 것으로 보아야 하므로 이 사건 선박의 수출매출금에 대하여 영세율을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 이 사건 선박의 수출대금 1,871,957,200원 중 ○○○이 원고에게 송금하지 아니한 114,957,200원은 중개수수료가 아니라 ○○○의 이익금이고, 가사 중개수수료로 본다고 할지라도 중개수수료 용역에 대한 세금계산서의 교부의무자는 용역의 공급자인 ○○○이지 용역을 공급받은 원고가 아니라고 할 것이어서 원고가○○○의 허락 없이 임의로 매입세금계산서를 작성하여 매입처별세금계산서합계표에 기재하여 매입세액 금10,450,654원을 공제받았다면 이는 부가가치세법 17조 제2항 제1의2호 소정의 세금계산서를 교부받지 아니한 경우에 해당하여 이 사건 처분 중 매입세액 불공제와 관련된 부분은 적법하다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1,2호층(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

라. 인정사실

(1) 원고는 2004. 2. 23.경 광주지방법원 순천지원 2003타경○○○○호 선박임의경매사건에서 이 사건 선박을 낙찰 받아 같은 해 3. 26.경 원고 명의로 그 소유권이전등기를 마쳤다.

"(2) 원고는 2004. 2. 23.경부터 국내에서 사용하기 위하여 이 사건 선박을 수리하였다가 A.K.Line Co. Ltd 소속 중개인인 △△△이 같은 해 3. 25.경 이 사건 선박을 인도네시아 소재 P.T Pelumin(아래에서는 수입회사' 라고 한다)에게 수출할 것을 권유하자 같은 해 3. 25.경 그와 이 사건 선박의 수출업무에 관한 위임계약을 체결하였다.",(3) 수입회사는 2004. 4. 22.경 이 사건 선박의 상태 및 가치를 평가하기 위하여 The Salvage Association 소속인 David H Humphreys 선박 검사관에게 평가를 의뢰한 후 2004. 5. 4.자 검사보고서에 따라 원고로부터 이 사건 선박을 수입하기로 결정하였고, 이에 위 △△△은 수입회사와 수출가격의 절충을 위한 협상을 진행하였다.

(4) 한편, ○○○은 2004. 4. 말경부터 같은 해 5월 초경 사이에 수차례에 걸쳐 원고의 대표이사인 ◇◇◇과 회사 관계자들에게 원고에 대한 중개수수료를 무료로 하고 수입회사로부터 중개수수료를 받을 것이며, 수입회사로부터 더 많은 수출가격을 받아 주겠다며 이 사건 선박의 수출관련 업무를 자신에게 위탁하여 달라고 하면서, 세금은 영세율이 적용되므로 세금 부담도 없다고 설명하여, 원고는 위 ○○○에게도 수출업무에 관한 사항을 구두로 위임하였다.

(5) ○○○은 2004. 5. 10.경 원고에게 선박인수조건, 인수예정일 등에 대하여 안내 하면서 수입회사와 같은 달 13일경 이 사건 선박에 대한 계약을 체결하는 즉시 계약서를 보내 주겠다고 하고서, 같은 날 원고와의 아무런 상의 없이 자신이 직접 수입회사에게 이 사건 선박을 미화 163만달러(한화 1,871,957,200원)에 수출하는 내용의 매매계약을 체결한 다음, 같은 달 19일경 원고에게 위 계약체결사실을 숨긴 채 인도네시아 선원들이 입국비자를 받기 위하여 대사관에 보내는 등 수출 중개에 필요하다는 이유로 원고에 대하여 원고가 ○○○에게 대금 1,710,000,000원 또는 1,720,000,000원에 이 사건 선박을 매매한다는 내용의 영문매매계약서의 작성을 요구하여 그러한 내용의 영문계약서가 작성되었으나, ○○○이 위 계약서에 따라 원고로부터 이 사건 선박을 인도 받거나, 이 사건 선박에 대한 선박소유권이전등기를 하지는 않았다. 한편, 위 영문계약서의 별지 이행조건은 ○○무역과 수입회사 사이에 체결된 것을 대부분 그대로 붙여 놓은 것이고, 위 영문계약서에 의하면 원고는 ○○○에게 2004. 6. 15.까지 선박을 인도하고 1일 1,700만원에 달하는 지체상금을 물기로 되어 있는데 ○○○은 원고에게 지체상금을 구한 바 없다.

(6) ○○○은 2004. 6. 4.경부터 2004. 6. 23.경까지 수입회사로부터 이 사건 선박의 매매대금 미화 163만달러(한화 1,871,957,200원)를 자신과 수입회사 공동명의의 통장으로 전액 송금 받았다.

(7) 원고는 2004. 6. 24.경에는 ○○선박주식회사에 이 사건 선박의 수출과 관련하여 선박대리점 업무를 부탁하였고, ○○기업주식회사와 이 사건 선박의 정비 및 수리 업무에 관한 계약을 체결하여 위 ○○기업은 수입회사의 요청에 따라 선박의 정비 및 시운전 등을 실시하였는데, 원고가 그 대금을 모두 지급하였다.

(8) ○○○은 2004. 6. 25.경 원고의 동의나 승낙을 받지 않고, 위 매매계약서를 근거로 자신이 원고로부터 이 사건 선박을 매수하여 직접 수출하였다며 자신을 수출자로 하여 수출신고를 하였다.

(9) 원고는 2004. 6. 28.경 ○○○으로부터 수출대금으로 1,757,000,000원을 원고회사 명의의 통장으로 입금 받고, 이 사건 선박을 수입회사에게 직접 인도하였다.

(10) 원고는 2004. 6. 말경 세금신고를 위하여 ○○○에게 수출면장 등 세금신고를 위한 세무자료를 요구하였는데, ○○○은 원고의 대표이사인 ◇◇◇에게 세금신고액수를 낮추어 신고하자고 제의하면서 그 협조를 거부하였고, 이에 원고는 그 무렵 원고의 고문 세무사인 ◎◎◎과 상의를 하면서 수출면장상의 수출금액으로 세금신고를 해야 한다는 사실을 알게 되었다.

(11) ◇◇◇은 그 무렵 세금신고를 하기 위하여 수출면장을 입수한 결과 그 면장상의 수출금액이 자신이 받은 1,757,000,000원을 114,957,200원 초과한 1,871,957,200원인 것을 알고서 ○○○에게 위 수출면장상의 수출금액으로 세금신고를 하겠다고 통보하였고, 위 고문 세무사와 상의하여 위 차액부분은 ○○○의 중개수수료로 세금신고를 하기로 하였다

(12) 위 고문 세무사는, 그 무렵 공급자가 공급받는 자에게 당해 거래와 관련하여 세금계산서를 발행하여 주지 않을 경우 세법상 여러 가지 불이익이 따르고 공급받는 자가 당해 거래내용에 따라 세무신고를 하면, 관할 세무서에서는 매입세금계산서가 없음을 이유로 당해 거래에 대한 세무조사를 실시하여 그 내용을 확인한다고 설명하면서 ◇◇◇에게 ○○○이 발행한 세금계산서를 확보할 것을 요구하였다. 이에 따라 ◇◇◇은 수차례에 걸쳐 ○○○에게 차액을 중개수수료로 영수하였다는 내용의 세금계산서를 발행하여 줄 것을 요구하였으나, ○○○은 이에 응하지 않았다.

"(13) ◇◇◇은 부가가치세 신고기간의 만료일이 다가오자 2004. 7. 초순경 자신이 직접 공급자 등록번호란에 ○○○-○○-○○○○○, 상호란 에 ○○무역, 성명란에 ○○○이라고 서명하고, 사업장주소란에 ○○시 ○○구 ○○동 578 산업유통상가 25-202, 작성년월일란에 2004. 6. 29. 공급가액란에 104,506,545, 세액 란에 10,450,665, 품목 란에 중고 선박매매 제1○○호 998톤 강선이라고 기입한 이 사건 세금계산서와 공급자보관용 세금계산서 용지의 공급자란에 ○○해운의 등록번호, 상호, 성명, 사업장주소, 업태, 종목을, 공급받는 자란에 ○○무역 ○○○의 등록번호, 상호, 성명, 사업장주소, 업태, 종목을, 공급가액을 1,871,957,200원으로, 세액은 영세율, 품목은 중고선박 매매 제1○○호 998톤 강선이라고 각 기재한 후 공급자란의 성명 란에 ○○해운의 법인 인감을 날인한 세금계산서(아래에서는 이 사건 각 세금계산서' 라고 한다)를 각 작성하여 2004. 7. 12.경 ○○○에게 이 사건 각 세금계산서를 용역의 공급자로서 작성하여 원고에게 교부하여 줄 것을 요구하였다.",(14) 한편, 위 고문 세무사 사무실에서는 2004. 7. 25. 경 인터넷을 통한 전자신고로 위 부가가치세를 신고를 하면서, 이 사건 선박의 수출대금과 원고가 ○○○으로부터 지급받은 돈의 차액을 ○○○에 대한 수출중개 수수료로 신고하였는데, 위 신고를 하면서 ○○세무서에 부가가치세신고서, 매입처별세금계산서합계표, 매출처별세금계산서합계표만을 제출하였고, 같은 날 부가가치세 환급을 위한 참고자료로 위 ◇◇◇이 직접 작성한 이 사건 세금계산서를 포함한 관련 자료를 세무서에 제출하였다.

(15) 이에 관할 ○○세무서 소속 공무원인 □□□가 2004. 8. 초순경 원고 사무실에 출장 나와 환급 현지 실사를 하였는데, ◇◇◇은 당시 □□□에게 ○○○이 세금계산산서를 발행하여 주지 않았다는 취지의 말을 하였다.

(16) 원고는 2004. 9. 9.경 ○○○의 수출신고업무를 대행한 관세사 ▽▽▽를 통하여 ○○세관에 수출신고상의 수출자를 ○○○에서 원고로 정정하는 내용의 신청을 하였는데, ○○세관은 그 다음 날인 같은 달 10일경 위 ○○○이 정정신고에 동의하였음을 인정할 자료가 없다는 이유로 정정신청을 기각하였다.

(17) 수입회사는 2004. 12. 6.자 사실확인서에서 원고가 수출위탁자이고 ○○무역은 수출중개인이라고 밝히고 있다

(18) 2004. 7. 21. ○○○이 ◇◇◇을 사문서위조 및 동행사로 고소한 사건에 대하여 광주지방검찰청 순천지청은 약식명령을 청구하였고, 위 사건의 정식재판청구 사건인 광주지방법원 순천지원 2004고정877호 사건에서 ◇◇◇은 무죄판결을 받았으나, 항소심인 광주지방법원 2006노525 사건에서는 수출면장 상에 기재된 금액과 원고가 입금받은 금액의 차이를 메우기 위해 작성명의자인 ○○○의 허락 없이 ◇◇◇이 임의로 이 사건 세금계산서를 작성하였을 뿐만 아니라, 이 사건 세금계산서를 작성할 당시 이 사건 세금계산서가 ◎◎◎ 세무사무소를 통해 ○○세무서에 제출될 것이라는 것을 이미 알고 있었던 점 등을 이유로 유죄판결이 선고되었고, ◇◇◇이 이에 불복하여 대법원 2006도5060호로 상고하였으나 상고기각판결이 선고되었다.

"(19) 한편 부가가치세법 기본통칙 11-24-2항은 수출업자가 수출신용장을 받고 수출품 생산업자와 수출대행계약을 체결하여 수출업자의 명의로 수출하는 경우에 수출품 생산업자가 외국으로 반출하는 재화는 영의 세율을 적용한다' 라고 규정하고 있다.",[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 1 내지 18호증, 갑 21호증, 을 1내지 9호증(각 가지 번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 이 사건 처분 중 본세에 대한 부분

사업자가 부가가치세 예정신고 또는 확정신고시에 영세율 적용대상 과세표준을 신고하면서 부가가치세 관련 법령이 정하는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영세율을 적용할 수 있다고 할 것이고(대법원 2005. 2. 18. 선고 2004두8224 판결 참조), 부가가치세법 기본통칙 11-24-2 제3항에서도 수출품생산업자가 실제로 수출을 하였는지는 거래의 실질에 따라 판단한다고 규정하고 있다.

돌이켜 이 사건에서 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 거액을 들여 선박을 낙찰받고 수리작업을 거쳐 수출대행업체를 바꾸기까지 했는데 국내업체에서 선박을 매도하는 내용의 계약서를 작성할 이유가 없는 것으로 보이는 점, ○○○은 2004. 5. 10.경 원고에게 수입회사의 선박인수조건, 인수예정일 등에 대하여 보고하면서 수입회사와 계약이 체결되는 즉시 통보하겠다고 안내한 점, 내국인간의 국내거래라면 굳이 영문계약서가 작성된 점, 원고는 ○○○으로부터 영문계약서의 핵심내용인 매매대금과 그 지급시기, 인도방법, 하자처리문제 등에 대하여 설명을 들은 바 없이 ○○○이 보낸 계약서를 ○○○이 인도네시아 선원들이 입국비자를 받기 위하여 대사관에 보내는 서류라고 하여 날인 하여 송부한 것으로 보이는 점, 위 영문계약서에 의하면 원고는 ○○○에게 2004. 6. 15.까지 선박을 인도하고 1일 1,700만원에 달하는 지체상금을 물기로 되어 있는데 원고는 위 계약서에 따라 ○○○에게 선박을 인도하거나 소유권이전등기를 한 바 없고, ○○○도 원고에게 지체상금을 구한 바 없는 것으로 보이는 점, 위 영문계약서상의 인도일자 이후인 2004. 6. 25.까지 원고는 선박을 수리하고 있었던 점, 영문계약서의 별지 이행조건은 ○○○과 수입회사 사이에 체결된 것을 대부분 그대로 붙여 놓은 것으로 보이는 점, 이 사건 선박의 수입회사는 사실확인서에서 원고가 수출업자이고 ○○○은 중개업자라고 밝히고 있는 점 등을 알 수 있는바, 이러한 점에 비추어 보면, 이사건 선박에 대한 수출신고필증에는 수출자 및 제조자가 ○○○으로 기재되어 있으나 실제로는 무역업자로 등록되어 있지 아니한 원고가 무역업을 영위할 수 있는 ○○○과 사이에 이 사건 선박에 대하여 수출대행계약을 체결하고 그에 따라 ○○○이 원고를 대행하여 이 사건 선박을 수입회사에 수출한 것이고, 따라서 이 사건 선박의 수출과 관련한 거래의 사실상 귀속자는 원고라 할 것이므로, 실질과세의 원칙상 이 사건 선박의 공급자인 원고가 이 사건 선박의 공급에 따른 부가가치세 납세의무를 부담하고 위와 같은 재화의 대행수출의 경우에는 부가가치세법 제11조 제1항 제1호, 부가가치세법 시행령 제24조 제1항 제1호, 부가가치세법 기본통칙 11-24-2항에 따라 영세율이 적용된다고 할 것이다.

다음으로 원고가 부담하는 세액에 대하여 보건대, 을 2호증의 1의 기재에 의하면, 피고는 과세표준 1,597,272,727원에 세율 10%를 적용하여 매출세액을 159,727,272원으로 결정하고 매입세액으로 공제되는 금액을 당초 산정한 금 56,458,171원에서 ◇◇◇이 매입세금계산서를 위조하였다는 이유로 10,450,654원을 삭감한 46,007,517원으로 결정하여, 매출세액 159,727,272원에서 매입세액 46,007,517원을 공제한 금액인 금113,719,755원을 부가가치세의 본세로 결정한 사실을 인정할 수 있는바, 원고가 이 사건 선박을 대행수출한 사실은 위에서 본 바와 같으므로, 영세율이 적용되어 매출세액이 0원이 되고 당초 매입세액 56,458,171원에서 세금계산서 미교부로 인한 매입세액불공제에 따른 매입세액의 감소분 10,450,654원을 고려하더라도, 매출세액에서 매입세액을 공제한 전체 고지세액은 -46,007,517원으로서 부수(負數)가 되어 이 사건 처분 중 부가가치세 본세에 대한 부분은 모두 취소되어야 할 것이다.

(2) 가산세 부분에 대하여

이 사건 처분 중 가산세 부분의 적법 여부에 대하여 보기로 한다.

먼저 매입처별세금계산서합계표 불성실기재로 인한 가산세에 대하여 보건대, 부가가치세법 제22조 제5항 제2호는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 과다하게 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하도록 규정하고 있는바, 위에서 인정한 사실관계에 의하면 원고가 비록 ○○○ 명의의 이 사건 세금계산서를 위조하였으나 이 사건 선박을 ○○○을 통하여 대행수출한 원고가 수출면장에 의하여 확인한 이 사건 선박의 공급가액 금 1,871,957,200원 중 ○○○으로부터 실제로 입금받은 금액 1,757,000,000원을 공제한 나머지 금액은 ○○○에 대한 수수료로 봄이 상당하므로 ○○○ 명의의 이 사건 세금계산서는 사실과 부합하는 것이라고 할 것이어서 가산세의 부과대상이 되지 않을 뿐 아니라, 달리 보더라도, 부가가치세법 제22조 제5항에 의하면 매입처별세금계산서합계표에 불성실기재를 하여 가산세를 부과하는 경우에도 환급세액이 있는 경우에는 그 환급세액에서 공재하여야 하는바, 을 2호증의 3의 기재에 의하면, 매입처별세금계산서합계표 불성실기재로 인한 가산세 부분은 원고가 위조한 매입세금계산서의 공급가액인 금 104,506,545원의 100분의 1에 해당하는 1,045,065원인 사실을 인정할 수 있으므로, 이 금액을 본세의 환급세액에서 공제하면 매입처별세금계산서합계표 불성실기재로 인하여 원고에게 부과할 가산세는 없게 된다.

다음으로 매출처별세금계산서합계표 불성실기재로 인한 가산세와 신고불성실 가산세 및 납부불성실 가산세에 대하여 보건대, 원고가 이 사건 선박을 수출한 것은 대행수출에 해당하여 영세율이 적용되고, 원고가 1,871,957,200원에 이 사건 선박을 대행수출하였음을 이유로 신고기한 내에 부가가치세 신고를 하였음은 위에서 본 바와 같으므로, 원고가 매출처별세금계산서합계표를 불성실기재하였다거나 신고의무를 불이행하였다고 볼 수도 없고, 납부세액이 있음을 전제로 한 납부불성실 가산세를 납부할 의무도 없다고 할 것이다.

따라서, 이 사건 처분 중 가산세 부분도 모두 위법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.