2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

가. 당사자 관계

1) 원고(2012. 9. 11. '주식회사 aaa'으로 상호변경등기를 마쳤다)는 2007. 6. 13. ㅇㅇ시 dd길 에서 종이포대 제조업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

2) 원고의 법인등기부 등본의 기재에 의하면, 설립 당시 원고의 대표이사는 AAA이었으나, 2011. 10. 4. 대표이사가 BBB로 변경되었고, 2012. 10. 26.부터 2015.1. 20.까지 CCC이 대표이사로 근무하였으며, 2015. 1. 20.부터는 DDD이 대표이사로 근무하고 있다.

3) 원고가 설립 당시 발행한 주식은 40,000주(1주당 5,000원)이고, 설립 당시의주주명부에는 CCC의 사촌인 BBB가 26,000주를, CCC의 처남인 EEE이 26,000주를 각 보유한 것으로 기재되어 있다.

4) 한편 주식회사 bbb(이하 'bbb'이라 한다)은 포장용 지대(紙袋) 제조업 등을 목적으로 설립된 회사이고, CCC은 2008. 6. 12.부터 2012. 9. 17.까지 bbb의 대표이사로 근무하였다.

나. 이 사건 세무조사의 경위

1) 세무조사청은 bbb에 대한 통합조사를 실시하면서실시하면서, 2017. 6. 14. "bbb과 관련기업으로 파악되는 원고에 대하여도 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세본법'이라 한다) 제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따라 '신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당한다"는 이유로, 2012. 1. 1.부터 2015. 12. 31.까지의 과세기간에 대하여 조사기간을 2017. 6. 14.부터 2017. 8. 18.까지로 하여 통합조사를 실시하겠다는 취지로 고지하였다.

2) 이 사건 세무조사청은 2017. 6. 14.부터 2017. 8. 18.까지 원고의 2012사업연도부터 2015사업연도까지의 과세기간에 대하여 법인통합조사(이하 '이 사건 세무조사'라 한다)를 실시하였다.

3) 이 사건 세무조사청은 이 사건 세무조사를 마친 2017. 8.경 원고에 대하여'① 2012년도부터 2014년도까지 특수관계자(FFF)로부터 부동산을 고가(高價) 임차한행위에 따른 부당행위계산부인액 2억 7,700만 원, ② 2012년도부터 2015년도까지 DDD 등이 사용한 업무무관비용 6,400만 원, ③ 2012년도부터 2014년도까지 임직원 급여과다계상한 가공급여분 1억 4,600만 원을 적발하였다'는 취지의 조사종결보고서(을 제4호증)를 작성하였다.

다. 이 사건 처분의 경위

1) 피고는 2017. 12. 4. 원고에 대하여 아래와 같은 이유로 2012 사업연도 법인세 103,658,120원(가산세 포함), 2013 사업연도 법인세 37,033,320원(가산세 포함)을 경정.고지하는 통지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)를 하였다.

○ 부당행위계산부인(이하 '제1처분사유'라 한다)

원고가 특수관계인인 CCC의 아들인 FFF으로부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 DD 공장용지 4,221㎡ 및 그 지상건물 1,882.72㎡(이하 '이 사건 각 부동산'이라 한다)를 고가 임차하였으므로, 법인세법 제52조에 따라 적정임차료와 대가의 차액을 각 사업연도 소득금액에 익금 산입함.

○ 유형자산 거래액(이하 '제2처분사유'라 한다)

원고가 2012. 10. 5. bbb과 기계장치 및 골프회원권(이하 '이 사건 유형자산'이라한다)을 매수하면서 작성한 매매계약서에 원고가 매수대금으로 신고한 6억 500만 원 외에 2억 5,000만 원을 별도 현금으로 지급한다는 내용이 수기로 기재되어 있으므로, 이사건 유형자산의 거래가액을 8억 5,500만 원으로 보고 나머지 2억 5,000만 원을 익금 산입함.

○ 가공급여분(이하 '제3처분사유'라 한다)

원고가 2012사업연도부터 2014사업연도까지 CCC의 사촌동생인 BBB에게 급여 명목으로 489,000,000원을 입금한 다음 이를 곧바로 인출하여 DDD 계좌에 입금한 후 다시 CCC, BBB에게 입금하였던바, 그중 CCC, DDD에게 입금된 금액 16,000,000원 및 129,802,650원을 각 사업연도 소득금액에 손금 불산입하고 해당 귀속자에게 각 소득처분함.

2) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 3. 7. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2018. 11. 23. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 절차상 위법

가) 피고는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호에 따라 '신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'에 해당한다고 보아 원고를 세무조사대상자로 선정하였으나, 피고가 원고에 대하여 이 사건 세무조사를 시작할 당시 '탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료'는 존재하지 않았다. 오히려 이 사건 세무조사청은 원고를 bbb의 실질적 사주인 GGG이 차명(借名)으로 소유한 자회사(子會社)로 오인하고 이 사건 세무조사를 시작한 것이다. 따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의6 제3항을 위반하여 세무조사대상자에 해당하지 않는 원고를 세무조사대상자로 선정한 것으로 위법하므로, 이에 근거하여 이루어진 이 사건 처분도 위법하다.

나) 구 국세기본법 제81조의8 제2항은 연간 수입금액 또는 양도가액 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사기간을 20일 이내로 규정하고 있음에도 불구하고,이 사건 세무조사는 2017. 6. 14.부터 2017. 8. 18.까지 65일 동안 이루어졌다. 따라서구 국세기본법 제81조의8 제2항을 위반한 이 사건 세무조사에 근거한 이 사건 처분에는 위와 같이 조사기간을 준수하지 못한 절차상의 하자도 존재한다.

2) 처분사유의 부존재

가) 제1처분사유 관련

(1) 이 사건 각 부동산의 임대인인 FFF은 은행에서 받은 대출금으로이 사건 각 부동산을 매수하였고, 이에 원고에게 이 사건 각 부동산을 임대하면서 해당 임대료를그의 대출금 및 대출이자를 상환할 수 있는 정도의 금액으로 정하였다.

이와 같이 원고는 이 사건 각 부동산의 임대인인 FFF과의 합의에 따라 제반 사정들을 반영하여 임대료를 적정하게 책정하였으므로, 이 사건 각 부동산의 임대차계약은 법인세법에서 정한 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다.

(2) 설령 이 사건 각 부동산에 임대차가 부당행위계산 부인의 적용대상이 된다고 하더라도, 적정한 임대료의 시가(市價)는 법인세법 제52조 제2항에 따라 산정하여야 하는데, 이 사건 세무조사청은 이 사건 각 부동산과 유사한 부동산 임대사례를 적극적으로 조사하지 않았다. 뿐만 아니라, 피고는 원고와 bbb과의 임대차계약을 특수관계인 간의 거래로 보아 그 임대료를 시가로 인정하지 않았으나, 원고와 bbb은 특수관계인 관계에 있지 않다.

(3) 나아가 이 사건 각 부동산의 임대료 산정에 관하여 세법상의 규정을 적용하여야 한다고 하더라도, 이에 적용될 법규정은 상속세 및 증여세법(이하 '상속세및증여세법'이라 한다) 제61조 제1항이 아니라, 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에 따라 상속세및증여세법 제61조 제5항이 적용되어야 한다.

나) 제2처분사유 관련

원고가 bbb과 체결한 이 사건 유형자산의 매매계약에 따른 매매대금은 매매계약서에 기재된 6억 500만 원에 불과하다. 이와 달리 매매계약서에 추가로지급한다고 수기(手記) 기재된 2억 원 부분은, CCC과 bbb 사이의 개인적인 거래관계에 기초한 것일 뿐이고, 피고가 주장하는 바와 같이 원고가 bbb에게 매매대금조로 추가로 지급하기로 한 돈은 아니다.

다) 제3처분사유 관련

BBB는 원고의 대표이사로서 실제로 업무를 수행한 바 있으므로, BBB의 급여는 적정하다. 오히려 피고가 산정한 급여 계산방식에 의하면, BBB의 월급은 일반 직원들보다 현저히 낮은 100만 원이 되는 부당한 결과가 발생한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 위법(違法) - 세무조사대상자 선정의 위법

1) 관련 법리

가) 구 국세기본법 제81조의6 제3항은 '세무공무원은 정기선정에 의한 조사외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다'고 규정하면서 '신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'(제4호)를 세무조사대상자 선정사유로 들고 있다. 한편 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되는 것이고(헌법재판소 1992. 12.24. 선고 92헌가8 전원재판부 결정, 헌법재판소 1998. 5. 28. 선고 96헌바4 전원재판부결정 등 참조), 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위하여 필요불가결할 뿐만 아니라 종국적으로는 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보하는 중요한 기능을 수행하는 세무조사에 있어서도, 위와 같은 적법절차의 원칙은 마땅히 준수되어야 한다. 그런데 국세기본법은 2002. 12. 18. 법률 제6782호로 개정되면서 세무조사의 공정성과 객관성을 확보하고, 세무조사가 과세목적 이외에 다른 목적으로 이용되거나 자의적인 세무조사권 발동으로 오 ・ 남용된다는 시비를 차단하고자 구 국세기본법 제81조의3과 같이 '세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다'는 규정을 신설하는 한편, 구 국세기본법 제81조의6 제3항 각 호 사유가 있는경우에 정기선정에 의한 조사 외에도 세무조사대상으로 선정할 수 있도록 하는 규정을 마련하였다.

이와 같이 세무조사대상의 기준과 선정방식에 관한 구 국세기본법 제81조의6이 도입된 배경과 취지, 구 국세기본법 제81조의6이 포함된 제7장의2에 관한 국세기본법과 개별 세법의 관계 등을 종합하여 보면, 구 국세기본법 제81조의6이 마련된 이후에는 개별 세법이 정한 질문 ・ 조사권은 구 국세기본법 제81조의6이 정한 요건과 한계 내에서만 허용된다고 보아야 한다. 또한 구 국세기본법 제81조의6이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은, 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의6을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결).

나) 세무조사가 납세자의 재산권이나 영업에 미치는 막대한 영향, 과세관청이 함부로 세무조사를 하는 경우에 발생할 수 있는 각종 부작용 등에 비추어 보면, 세무조사는 위와 같이 법이 정한 사유에 해당하는 경우에 한하여 개시될 수 있고, 세무조사 개시 사유에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석되어야 하며(대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결 참조), 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에대하여는 과세처분이 적법하다고 주장하는 피고에게 증명책임이 있는 것이 원칙이므로, 적법하게 세무조사가 개시되었다는 점 역시 피고가 증명하여야 한다(대법원 2016.12. 15. 선고 2016두47659 판결로 확정된 서울고등법원 2016. 7. 13. 선고 2015누57408 판결에서 설시한 법리 참조).

다) '신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우'란 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원2010. 12. 23. 선고 2008두10461 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결,대법원 2016. 7. 7. 선고 2016두34387 판결 등 참조).

2) 판단

위 법리 등을 기초로 갑 제1호증, 을 제3호증, 을 제7 내지 9호증의 각 기재, 이 법원의 조사청에 대한 문서제출명령결과 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 세무조사는 구 국세기본법에서 정한 세무조사 대상자 선정사유에 해당하지 아니함에도 세무조사권을 남용하여 이루어진 것으로 위법하고, 이 사건 처분도 위와 같이 위법한 세무조사를 통하여 수집한 과세자료에 기초하여 이루어진 것으로서 적법절차의 원칙에 위배되어 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 살필 필요 없이 위법하여 취소되어야 한다.

가) 피고는, ① CCC이 2012. 9.경 bbb을 퇴사한 후 2012. 10.경 원고의 대표이사가 된 점, ② CCC이 bbb의 대표이사로 재직하는 동안 GGG의 bbb에 대한 주식을 차명으로 보유하였던 점, ③ 원고의 업종이 bbb oo공장의 업종과 동일하고, CCC이 대표이사로 취임하기 전까지는 bbb과의 거래가 없다가 CCC의 대표이사 취임 직후인 2012. 2기부터 2013. 2기까지 매출 대부분이bbb과의 거래에서 발생하게 된 점, ④ bbb의 oo공장에서 발행한 세금계산서와 원고가 발행한 세금계산서의 IP(Internet Protocol) 주소가 동일하다는 점을 근거로 원고와 bbb 사이에 조세 포탈의 혐의가 있다고 판단하였고, 위와 같은 사정들을 '탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료'라고 주장하고 있다.그러나 피고가 주장하는 위와 같은 사정들은 그 내용 자체만 보더라도 원고가 bbb과의 거래에서 조세 포탈을 하였을 가능성을 추측한 것에 불과할 뿐이고, 이를 원고의 탈루 혐의를 뒷받침하는 객관성과 합리성이 있는 자료로서 '탈루나 오류의 혐의를 인정할 명백한 자료'에까지 해당한다고 볼 수는 없으며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 그리고 이러한 결론은 아래 사정들을 보더라도 더욱 그러하다.

(1) 이 사건 세무조사청이 원고를 세무조사 대상으로 선정하기 전에 법인세 신고 서류를 근거로 원고의 신고 누락 혐의를 확인하였다거나, 원고가 한 법인세 신고 내용 자체에 대하여 탈루나 오류 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있다고 볼수 있는 어떠한 증거도 존재하지 않는다.

(2) 이 사건 세무조사청은 이 법원이 조사대상 선정검토표, 분석보고서등에 대하여 한 문서제출명령에 대하여, 공공기관의 정보공개에 관한 법률 제9조 제1항 제5호에 따라 '세무조사 대상자의 선정과 관련된 중요한 정보로서 공개될 경우 공정한 국세행정의 수행에 현저한 지장을 초래한다고 인정되는 정보'에 해당한다는 이유로 공개를 거부하였다.행정소송법 제8조 제2항에 따라 이 사건에 준용되는 민사소송법 제349조는 '당사자가 문서제출명령에 따르지 아니한 때에는 법원은 문서에 관한 상대방의 주장을 진실한것으로 인정할 수 있다'고 규정하고 있는바, 이는 당사자가 법원의 문서제출명령에 응하지 아니하는 경우 법원이 문서의 성질, 내용, 성립의 진정에 관한 당사자의 주장을 진실한 것으로 인정할 수 있다는 의미이다(대법원 1998. 11. 13. 선고 97다2351 판결 참조).

그런데 ① 이 법원이 제출을 명한 조사대상 선정검토표는 이 사건 세무조사에 구국세기본법 제81조의6 제3항에서 정한 '세무조사 대상자 선정사유'가 존재하는지를 알 수 있는 중요한 자료에 해당하고, 달리 구 국세기본법 제81조의6에서 정한 세무조사사유가 있는지 알 수 있는 다른 자료가 존재하지 않음에도 불구하고, 이 사건 세무조사청은 이에 관한 구체적 이유 설명 없이 조사대상자 선정검토표 등을 제출하지 않은 점,② 피고의 주장에 의하더라도, bbb과 원고에 대한 세무조사가 이루어진 이상, 조사대상 선정검토표 등이 공개된다고 하더라도 공정한 국세행정의 수행에 현저한 지장을 초래한다고 인정할 만한 정황을 찾아볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 세무조사청이 이 법원의 문서제출명령에 따르지 아니한 것은 조사 개시 당시 탈루 혐의에 대한 객관적이고 명백한 자료가 존재하지 않았다는 원고의 주장을 진실하다고 인정할 수 있는 유력한 정황에 해당한다.

(3) 피고는 원고에게 이 사건 세무조사 통지를 보내면서 동시에 EEE, BBB, DDD, CCC, FFF, AAA, HHH, PPP에 대하여도 증여세에 관한 세무조사를 실시한다는 내용의 세무조사 통지를 보냈다. 그런데 위 EEE 등에게 세무조사의 사유로 'bbb의 실질적 사주인 GGG 소유인 원고의 주식 명의수탁에 관한 부분'이라고 기재하였고, 이 사건 세무조사에 관한 조사종결보고서(을 제4호증)에도 원고를 bbb의 관련 기업으로 기재하였다. 또한 이 사건 세무조사청은 이 사건 세무조사가 개시된 직후인 2017. 6. 26. CCC, DDD에 대하여 첫 조사를 하면서, bbb과 원고 사이의 연관성, 원고의 설립배경, 원고가 발행한 주식의 실질적인 주주가 누구인지 여부에 관하여 중점적으로 조사하였을 뿐이고, 그 후 원고에 대하여 전반적인 세무조사를 진행한 후인 2017. 7. 말경에 이르러서야 CCC, DDD에 대하여 bbb과 원고 사이의 연관성 여부가 아닌, 제1, 2, 3처분사유에 관하여 구체적으로 조사하기 시작하였다.

즉, 피고는 bbb의 실질적인 대표자인 GGG이 원고를 실질적으로 소유하였음( 이 사건과 달리 피고 측에서 조사대상자 선정검토표 등을 제출한 다른 사안들도 다수 존재한다.)에도 불구하고 원고의 주식을 타인들에게 명의신탁한 것이라고 판단하여 원고를 세무조사 대상자로 선정하였으나, 세무조사를 시작한 다음 bbb과 원고 사이의 특수관계가 밝혀지지 않자 조사 범위를 넓혀 CCC, BBB, DDD, CCC에 대한 금융거래내역을 검토함으로써 제1, 2, 3처분사유를 조사하게 된 것일 뿐, 개시 당시부터 원고에게 탈루의 혐의가 인정될 만한 객관적인 자료를 가지고 세무조사에 들어간 것은 아닌 것으로 파악된다.

(4) 이 사건 조사종결보고서에 의할 때, 원고와 bbb 사이에 체결된이 사건 유형자산에 대한 매매계약에서 거래금액을 과소신고한 부분이 발견되었다고 하더라도, 앞서 본 여러 사정들에 비추어 보면 이는 피고의 세무조사 결과 밝혀진 사실에 불과하다. 다시 말하면, 피고가 적법하게 세무조사가 개시되었다는 점에 대한 증명책임을 지는 이 사건에서, 피고가 원고를 이 사건 세무조사의 대상자로 선정할 당시부터 이미 이 사건 유형자산에 대한 매매계약에 관하여 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있었다고 볼 수는 없다.

또한 이 사건 조사종결보고서는 이 사건 세무조사 후에 작성된 문건에 불과하므로,그 자체 성질상으로도 '조세의 탈루나 오류 사실이 확인될 만한 상당한 개연성이 인정되는 객관적인 자료'라고 볼 수 없다.

(5) 피고는 광주지방법원 2017. 12. 21. 선고 2017구합10678 판결을 이사건 처분의 근거로 들면서, 이 사건 세무조사 대상자 선정에 위법함이 없는 이상, 추후 이 사건 세무조사 결과 원고에 대한 일부 혐의가 인정되지 않았다는 사정만으로 이사건 세무조사 대상자 선정이 위법해지는 것은 아니라는 취지로 주장한다. 그런데 위 광주지방법원 2017구합10678 판결은 해당 사건의 원고에게 '수입금액 누락, 가공원가 계상, 인건비 등 과다계상, 특수관계인 자산 매수자금의 출처 부족' 등의 탈루 혐의가 존재한다는 판단에 따라 원고를 세무조사 대상자로 선정하였고, 그 선정당시부터 위 각 혐의에 대하여 해당 원고가 각 연도별 부가가치세, 종합소득세 신고당시 제출한 종합소득세 및 법인세 신고자 명단, 매출처별 세금계산서 합계표 명단, 종합소득세신고서, 부가가치세신고서와 같이 객관성과 합리성이 충분히 뒷받침되는 자료가 존재하였던 사안에 해당할 뿐 아니라, 세무조사청이 제기한 수개의 혐의 중 하나를 제외한 나머지 혐의가 모두 인정된 경우에 해당한다. 한편 이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이, 피고가 제출한 증거들만으로는 세무조사개시 당시부터 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 있는 자료들이 확보되어 있었다고 볼 수 없고, 오히려 피고가 이 사건 세무조사를 하면서 추가로 수집한 CCC, BBB, DDD의 금융거래내역 등에 기하여 새로이 제1, 2, 3처분사유를 인정한 경우에 해당한다. 따라서 이 사건은 세무조사 선정 당시부터 이미 '탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'가 존재하였던 광주지방법원 2017구합10678 판결과는 그 사안이 다르므로, 위 판결을 이 사건에 그대로 원용할 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.