구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '법'이라 한다) 제5조 제6호 (자)목은 '대통령령이 정하는 1세대 1주택과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 과세하지 아니한다'고 규정하고, 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 '시행령'이라 한다) 제15조 제3항은 '주택의 일부에 점포 등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일 지번 상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만 주택의 면적이 주택 이외의 면적보다 작거나 같을 때에는 주택 부분 이외의 건물은 주택으로 보지 아니한다'고 규정하고 있는바, 시행령 제15조 제3항 본문에 의하여 겸용주택 전부가 비과세대상이라는 점은 이를 주장하는 납세의무자에게 입증책임이 있는 것이나, 그것이 시행령 제15조 제3항 단서의 규정에 의하여 다른 목적의 건물이 비과세에서 제외된다는 점은 과세관청에게 그 입증책임이 있다 할 것이다.

원심판결 이유에 의하면, 원심은 이 사건 주택 중 1층 및 2층이 이 사건 양도 당시 주택으로 사용되고 있었으므로 그 부분 면적 또한 시행령 제15조 제3항의 주택의 면적에 포함시켜 이 사건 양도소득세를 산정하여야 함에도 불구하고 이에 따르지 않은 피고의 이 사건 부과처분은 위법하다는 원고의 주장에 대하여, 이 사건 건물 중 어느 부분이 주택에 해당된다는 점은 비과세대상에 관한 사항으로서 원고가 이를 입증할 책임이 있다고 한 다음 그 판시와 같은 이유로 위 1층 및 2층이 주택으로 사용되고 있었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다고 하여 배척하고서 위 1층 및 2층이 시행령 제15조 제3항의 '다른 목적의 건물'로 보고 양도소득세를 산정한 이 사건 부과처분은 적법하다고 판단함으로써, 시행령 제15조 제3항 단서의 비과세 제외요건에 대한 입증책임의 소재에 관한 법리를 오해한 잘못을 저질렀다 할 것이다.

그러나 원고의 주장에 의하더라도 원래 이 사건 주택의 1층 및 2층에 온돌로 된 난방시설이 갖추어져 있었고 벽체가 시멘트 벽돌로 되어 있었으나 자신이 온돌과 시멘트 벽돌로 된 벽체를 제거하고 합판으로 칸막이와 바닥을 만들었다는 것이고, 기록에 의하면 이 사건 주택의 매수인인 소외인이 이 사건 주택을 취득할 당시 1층 및 2층에 연탄 아궁이나 보일러 시설 등이 없었고 바닥에 야전용 침대와 전기장판 등이 있었던 사실, 이 사건 주택의 양도시까지 원고의 주민등록이 종전의 주소지인 광주 동구 (주소 생략) ○○○○○○아파트 (동, 호수 1 생략)에 그대로 남아 있었고, 종전의 주소지에 있던 원고 명의의 전화는 1993. 7. 10. 원고의 현주거지인 같은 아파트 (동, 호수 2 생략)로 이설되어 현재까지 그대로 있는 사실을 알 수 있는바, 사정이 이와 같다면 이 사건 주택의 1층 및 2층 부분은 주택이 아닌 '다른 목적의 건물'이라고 봄이 상당하므로, 위 1층 및 2층을 시행령 제15조 제3항의 '다른 목적의 건물'로 보고 양도소득세를 산정한 이 사건 부과처분이 적법하다고 할 것이어서, 앞서 본 입증책임의 소재에 관한 법리오해의 점은 판결 결과에 아무런 영향을 줄 수 없으므로 원심판결은 결국 그 결론에서 정당하고, 그 과정에 상고이유에서 지적하는 바와 같은 심리미진 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.