2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고는 평택시 XX동 000에서 'XX건설'이라는 상호로 주택신축판매업을 영위 하는 개인사업자이다.

나. 원고는 2008년 종합소득세 과세기간 동안 별지 다가구주택 목록 기재 순번 1 내지 순번 8 각 다가구주택(이하 이를 순차로 '이 사건 제1 내지 제8 각 다가구주택'이라고 하고, 이를 통틀어 '이 사건 각 다가구주택'이라 한다)을 3,852,410,850원에 분양하였음에도, 이 사건 제1 내지 제5 각 다가구주택에 대한 매출금액 합계액 1,948,320,810 원만을 수입금액으로 산정하여 2008년 종합소득세를 신고 ・ 납부하였다.

다. 평택세무서장의 원고에 대한 세무조사결과, 위 종합소득세 신고 ・ 납부 당시 이 사건 제6 내지 제8 각 다가구주택에 대한 매출금액 합계액 1,904,090,040원 (3,852,410,850원 - 1,948,320,810원)이 누락된 사실이 확인되었다.

라. 이에 따라 피고는 원고의 2008년 종합소득세 과세기간 총수입금액을 3,852,410,850원으로 보고, 위 금액에 아래 표 기재와 같이 단순경비율에 의하여 계산한 소득금액에 국세청장이 정한 배율인 2.6을 곱하여 계산한 금액인 876,825,966원을 원고의 소득금액으로 추계하여 2010. 4. 12. 원고에게 2008년 귀속 종합소득세 399,957,880원을 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 일부추계의 원칙에 반한 위법한 부과처분

국세기본법 제16조가 정한 근거과세의 원칙에 따르면 소득세 신고에 탈루나 오류가 있는 경우에는 사실과 다르거나 기장에 누락된 부분에 한하여 추계과세를 할 수 있으므로, 원고의 2008년 종합소득세 과세기간 소득금액을 산정함에 있어서 복식장부에 의하여 정상적으로 신고된 이 사건 제1 내지 제5 각 다가구주택과 관련된 소득금액은 실지조사의 방법으로, 신고가 누락된 이 사건 제6 내지 제8 각 다가구주택과 관련된 소득금액은 추계조사의 방법으로 각 계산되어야 한다. 따라서 이와 달리 소득금액 전부를 추계의 방법으로 계산한 피고의 이 사건 부과처분은 일부추계의 원칙에 반한 위법한 처분이다.

(2) 단순경비율을 적용한 위법한 부과처분

단순경비율은 해당 과세기간의 수입금액이 일정 금액에 미달하는 사업자에게만 적용할 수 있는바, 2008년 종합소득세 과세기간의 수입금액이 38억 여원에 이르는 원고는 단순경비율적용대상자가 아님에도, 피고는 단순경비율을 적용하여 원고의 추계 소득금액을 산출하였다. 따라서 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 첫 번째 주장에 관한 판단

단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 소득세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없는바(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005두14561 판결), 원고 주장의 일부추계의 방법은 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하자는 것으로서 허용될 수 없고, 달리 실지조사에 필요한 장부와 증빙서류가 없다고 보아 2008 년 종합소득세 과세기간의 소득금액 전부를 추계의 방법으로 계산한 피고의 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 두 번째 주장에 관한 판단

2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정된 소득세법 시행령은 이전의 소득 금액 추계조사 방법인 표준소득률제도를 폐지하고 기준경비율제도 및 단순경비율제도를 도입하면서, 기준경비율제도의 시행으로 사업자의 소득세부담이 종전의 표준소득률 제도에 비해 단기간에 대폭 늘어나는 것을 완화하고 기준경비율제도가 원만하게 정착 되도록 하기 위하여 기준경비율에 의해 계산한 소득금액이 단순경비율에 의하여 계산한 소득금액[수입금액 - (수입금액 × 단순경비율)]에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우에는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있는 일몰규정을 두었는바, 구 소득세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 한다) 제143조 제3항 제1호 단서의 "다만, 기준소득금액이 제1호의2의 규정에 따른 소득금액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2009년 12월 31일까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다"는 부분이 그 일몰규정이다.

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 을 제2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합 하면, 기준경비율을 적용한 원고의 2008년 종합소득세 과세기간의 소득금액은 1,781,885,364원인 반면, 앞서 본 바와 같이 단순경비율에 의하여 계산한 소득금액에 국세청장이 정한 배율인 2.6을 곱하여 계산한 금액은 876,825,966원인바, 기준경비율에 의해 계산한 소득금액이 단순경비율에 의하여 계산한 소득금액에 국세청장이 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 이 사건에 있어서 구 소득세법 시행령 제143조 제3항 제1호 단서에서 정한 방법에 따라 원고의 2008년 종합소득세 과세기간의 소득 금액을 추계한 피고의 이 사건 부과처분은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.