2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. (1) 원고는 1980. 3. 28. 화성시 동탄면 XX리 000 답 2,380㎡를 취득하였는데, 이후 위 토지는 같은 리 000-0 내지 0 토지로 분할되었고, 2009. 1. 28. 위 분할된 토 지 중 같은 리 000-0 답 34㎡, 같은 리 000-0 답 581㎡(이하 '이 사건 제1토지'라 한 다) 및 같은 리 000 대 645㎡, 같은 리 000-00 대 330㎡가 한국토지주택공사에 수용 되었다.

(2) 원고는 2009. 3. 27. 이 사건 제1토지를 8년 이상 자경하였다며 양도소득세가 감면되는 것으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. (1) 원고는 2001. 3. 19. 장AA으로부터 오산시 동탄면 OO리 00-0 전 4,199㎡ (이하 '이 사건 분할전 토지'라 한다)를 취득하였는데, 이 사건 분할전 토지는 분할을 통하여 같은 리 00-0 창고용지 2,229㎡, 같은 리 00-0 전 37㎡, 같은 리 00-00 전 25㎡, 같은 리 00-00 전 1,908㎡로 나뉘어졌고, 2009. 4. 2. 같은 리 00-0 창고용지 2,229㎡, 같은 리 00-0 전 37㎡, 같은 리 00-00 전 25㎡(이하 '이 사건 제2토지'라 한다)가 경기도시공사에 수용되었다.

(2) 원고는 2009. 4. 30. 이 사건 분할전 토지를 1,270,000,000원에 매수하였다며 위 실지거래가액을 기초로 이 사건 제2토지의 취득가액을 577,080,000원(=1,270,000,000원 x 1,908㎡/4,199㎡)으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 이에 피고는 2010. 4. 6. 이 사건 제1토지에 관하여는 조세특례제한법 소정의 8 년 이상 자경농지로서의 감면을 부인하여 34,911,790원의 양도소득세를, 이 사건 제2 토지에 관하여는 원고가 신고한 실지거래가액을 기초로 한 취득가액을 부인하고 환산 가액을 취득가액으로 하여 222,625,910원의 양도소득세를 각 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2010. 6. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 11. 10. 위 청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6호증, 을 제1, 10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

(1) 이 사건 제1토지에 관한 양도소득세 부분

원고는 농지인 이 사건 제1토지를 29년간 직접 경작하였다. 피고는 이 사건 제1토지가 농지가 아닌 주차장 등이라며 원고의 양도소득세를 감면신청을 부인하였으나, 이는 이 사건 제1토지의 현황이 조사될 당시 인접한 화성시 동탄면 XX리 000-0 토지에 소재한 공장건물의 직원들이 임의로 이 사건 제1토지 중 일부에 주차를 하였기 때문이다.

(2) 이 사건 제2토지 에 관한 양도소득세 부분

원고는 분양사업을 영위하던 장AA에게 12억 원 상당의 돈을 대여하였는데, 장AA이 위 대여금을 변제하기 어렵게 되자 장AA 소유의 이 사건 분할전 토지를 위 대여금 상당액인 1,270,000,000원으로 계산하여 대물변제를 하였다. 따라서 이 사건 분할전 토지의 실지거래가액은 1,270,000,000원이 명백함에도 이를 부인하여 이루어진 이 사건 제2토지에 관한 양도소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 제1토지에 관한 양도소득세 부분

조세특례제한법 시행령(2009. 6. 26. 대통령령 제21565호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제5항에서는 '양도소득세의 감면대상이 되는 토지는 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다'고 규정하고 있다.

따라서 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작하고 있지 않는 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지 소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세비과세대상인 토지에 해당하지 않는다(대법원 1991. 11. 12. 선고 91누7422 판결 참조).

그런데, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 을 제6호증의 1, 2의 각 영상에 의하면, 2008. 5. 23. 및 2008. 6. 23. 한국토지주택공사의 토지이용현황 조사결과 이 사건 제1토지 중 화성시 동탄면 XX리 000-0 답 34㎡는 하천으로, 같은 리 000-0 답 581㎡는 잡종지와 도로로 확인된 사실, 2006. 10.경 및 2009. 8.경 각 촬영된 항공사진으로도 이 사건 제1토지가 농지로 보이지 않고 공장건물 등이 건축된 인접한 XX리 000 토지 등과 물리적인 시설물로 구분되어 있지 않은 사실, 같은 리 000-0 토지에 대하여 2003년도에서 2008년도까지 그 현황을 '공장용지'로 분류하여 종합토지세가 합산 과세된 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면 이 사건 제1토지는 수용될 당시 농지가 아니었음은 물론 그것이 일시적인 휴경상태라고 보이지도 않으므로, 결국 조세제한특례법 제69조 소정의 양도소득세 감면대상이 되는 토지라 할 수 없다. 따라서 이에 반하는 원고 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 제2토지 에 관한 양도소득세 부분

소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 일부개정되기 전의 것) 제97조 제1항 제1호에 의하면, 양도차익의 계산에 있어서 필요경비로서 공제할 취득가액은 실지거래가액을 기준으로 하나, 그 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 기초로 한다고 규정하고 있다.

따라서 이 사건에서는 원고가 주장하는 실지거래가액을 인정할 수 있는지 여부가 쟁점이 되는바, 앞서 든 증거들 및 갑 제5 내지 8호증, 을 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고와 장AA은 3촌 관계인 점, ② 장AA과 원고 사이의 이 사건 제2토지에 대한 2001. 3. 19.자 매매계약 서(갑 제5호증, 이하 '이 사건 매매계약서'라 한다)에는 매매대금이 1,270,000,000원으로 기재되어 있기는 하나, 중도금 690,000,000원의 지급시기가 기재되어 있지 않고, 중개인 등 제3자의 입회 없이 작성되었으며, 그 밖에 그 기재형식 등에 비추어 진정성을 쉽사리 믿기 어려운 점, ③ 원고는 장AA에게 약 12억 원 상당의 돈을 대여하였다고 주장하나, 행정심판단계에서는 이와 달리 장AA에 대한 대여금 채권이 9억 4,200만 원이라고 진술한 바 있고, 1995년부터 금원을 대여하기 시작하였다며 원고가 제출한 갑 제7호증의 1, 2의 각 기재만으로는, 위와 같은 대여사실을 뒷받침할 수 있는 금융 자료로 보기 어려운 점, ④ 이 사건 제2토지에 대한 2001. 3. 19.경 개별공시지가는 원고 주장의 실지거래가액의 4.43%에 불과한 점, ⑤ 장AA은 위 매매대금 1,270,000,000원은 이 사건 제2토지의 전체 평수가 1,270평이었는데 평당 1,000,000원 으로 계산하여 산출한 것이고, 자신이 원고로부터 받을 돈이 몇 억 원 있으나 받지 못하고 있다는 등 원고 주장과 다소 불일치하는 증언을 하고 있는 점 등을 종합해 보면, 원고가 주장하는 이 사건 매매계약서상 가액인 1,270,000,000원을 실지거래가액으로 인정할 수 없고, 그 밖에 실지거래가액을 확인할 수 있는 자료가 없으므로, 이 사건 제 2토지에 대하여 환산가액을 적용하여 필요경비를 계산한 피고의 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.