2. 항소비용은 원고가 부담한다.

각 부과처분을 취소한다.

가. KAA는 2007. 12. 26. 원고의 주주인 서AA, 서BB, 서CC, 배AA과 사이에, 원고의 주식 100만 주(서BB 499,400주, 서CC 121,200주, 배AA 379,400주, 이하 '이 사건 주식'이라 한다)를 1주당 11,000원 합계 110억 원에 매수하되, 일정한 경우 KAA가 서AA(원고의 대표이사)에게 약정매매가격으로 이 사건 주식의 매수를 청구할 수 있다는 내용의 주식매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였다. 나. KAA는 이 사건 매매계약에 따라 이 사건 주식을 취득한 후, 2009. 12. 24. 서AA에게 이 사건 주식의 매수청구권을 행사하였고, 원고는 2010. 1. 15. 임시주주총회를 개최하여 KAA로부터 이 사건 주식을 취득하기로 결의한 다음, 같은 달 18. KAA로부터 이사건 주식을 OOO원에 매수(이하 '이 사건 주식취득'이라 한다)하였다.다. 피고는 이 사건 주식취득이 구 상법(2011. 4. 14. 법률 제10600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제341조의 자기주식 취득요건을 결여한 무효의 거래라는 감사지적 사항에 따라 법인세를 추가로 부과하기 위해 2012. 11. 29. 원고에게 다음과 같은 내용의 과세예고통지를 하였다. ■ 감사결과 과세예고 통지 (갑 제4호증의 1)

○ 감사지적사항에 따라 과세예고 통지함

- 법률상 무효인 자기주식 취득에 대한 법인세 부족징수

○ 과세예고 내용(감사지적사항)

- 원고는 2010. 1. 18. KAA로부터 자기주식 100만주를 14,676백만 원에 취득한 후 현재까지 소유하고 있음 - 원고의 자기주식 취득은 상법상 적법하게 취득한 것으로 볼 수 없고 무효에 해당하므로 주주에 대한 자금대여(가지급금)로 보아야 하며, 이는 자기주식 취득가액 14,676백만 원을 주주인 KAA에 대한 가지급금으로 법인세법 제52조에 의해 인정이자 익금산입 및 법인세법 제28조에 의해 지급이자 손금불산입하여 2010사업연도 법인세 374,831,040원, 2011사업연도 법인세 360,952,050원으로 결정함이 타당함. 라. 피고는 2013. 1. 2. 과세예고통지 내용대로 이 사건 주식취득 대금 OOO원을 업무무관 가지급금으로 보아 그에 대한 지급이자 OOO원(= 2010년 사업연도 OOO원 + 2011년 사업연도 OOO원)을 손금불산입하고, 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자 OOO원(= 2010년 사업연도 OOO원 + 2011년 사업연도 OOO원)을 익금산입하여, 원고에 대하여 2010년 사업연도 법인세 374,831,040원(가산세 포함) 및 2011년 사업연도 법인세 OOO원(가산세 포함)을 각 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다. 마. 원고는 이에 불복하여 2013. 3. 27. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 6. 24. 청구기각결정을 하였다.

바. 한편 피고는 당심에 이르러 이 사건 처분사유를 "원고가 KAA에게 명목상 주식대금으로 지급한 쟁점금원은 사실상 서AA가 KAA에 지급하여야 할 금원을 원고가 대신 지급한 것이므로, 이를 특수관계인인 원고의 대표이사 서AA에 대한 무상자금대여로서 업무무관 가지급금"으로 보아 그에 대한 지급이자를 손금불산입하고, 그에 대한 인정이자를 익금산입하여 이 사건 법인세 부과처분을 하는 것으로 변경하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 최초 "원고가 KAA로부터 주식을 취득한 행위는 구 상법 규정에 위반된 자기주식취득행위로서 무효임에도 불구하고, 원고가 무효인 법률행위를 위하여 지급한 주식대금을 KAA로부터 즉시 회수하지 않고 있어 위 쟁점금원을 KAA에 대한 업무무관 가지급금"으로 보아 이 사건 처분을 하였다가, 당심에 이르러 이 사건 처분사유를 "원고가 KAA에게 명목상 주식대금으로 지급한 쟁점금원은 사실상 서AA가 KAA에 지급하여야 할 금원을 대신 지급한 것이어서 이를 서AA에 대한 업무무관 가지급금"으로 보아 이 사건 법인세 부과처분을 하는 것으로 변경하였는바, 이는 기본적 사실관계에 있어 동일성이 인정되지 아니할 뿐만 아니라 원고의 방어권을 심각하게 침해하는 것이어서 처분사유의 변경이 허용되지 아니한다.

2) 원고는 이 사건 주식취득으로 인하여 KAA의 경영상 지시 등을 받지 않는 등 광범위한 회사 운영권을 회복하여 자본적 기초가 오히려 개선되었으므로, 상법상 요건을 결여했다는 이유만으로 이 사건 주식취득을 무효로 볼 수 없다. 가사, 무효라 하더라도 2011. 4. 14. 상법이 일부 개정되어 배당가능이익 한도 내에서는 자기주식취득이 주주총회결의에 의하여 가능한바, 2011년 말 원고의 자본변동표상의 배당가능이익이 이 사건 주식취득액 OOO원을 초과하고 있고, 당시의 주주들도 이 사건 주식취득에 모두 동의하고 있으므로, 최소한 2011. 4. 14. 상법이 개정된 이후부터는 기존 주주들이 무효인 이 사건 주식취득행위를 개정된 상법 규정에 따라 추인하였다고 할 것이다.

3) 한편 이 사건 주식취득 대금을 대여금으로 볼 아무런 법적 근거가 없는 점, 원고는 KAA의 주식매수 청구에 따라 임시주주총회 결의를 거쳐 이 사건 주식을 취득한 것이어서 이 사건 주식취득이 무효임을 전혀 알지 못한 점, 원고는 피고의 세무조사 이후 곧바로 회수절차에 착수하여 대금회수방안을 확보한 점, 원고가 기존에 차입한 금원으로 이 사건 주식취득 대금을 지급한 것이 아니라 회사의 이익잉여금으로 지급한 것인 점, KAA는 원고에게 이 사건 주식을 매도한 후 불과 5개월 만에 해산하여 실제 회수가능성도 낮았던 점 등에 비추어 보면, 이 사건 주식취득 대금은 업무무관 가지급금에 해당하지 않고, 원고가 정당한 사유 없이 KAA로부터 이 사건 주식취득 대금을 회수하지 않은 것도 아니므로, 이 사건 주식취득 대금에 대한 지급이자를 손금불산입한 것은 위법하며, 실질과세 원칙에도 위배된다.

4) 또한 부당행위계산부인 규정은 법률상 적법・유효한 행위만을 대상으로 하는 점, 이 사건 주식취득 대금은 대여금이 아니라 주식취득의 반대급부이고 시가로서 적정한 점, KAA의 주식반환의무와 원고의 대금반환의무는 동시이행관계에 있어 원고로서는 KAA에게 법정이자를 청구할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 주식취득은 정상적인 경제인의 합리적인 거래형식에 의한 행위로 보아야 하므로, 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 주식취득 대금에 대한 인정이자를 익금산입한 것은 위법하다. 5) 이 사건 처분은 KAA가 원고의 주주로서 특수관계인의 지위에 있다는 것을 전제로 하는 것인데, KAA는 2010. 5. 26. 해산하였으므로 해산한 이후부터는 KAA가 특수관계인의 지위를 상실하여 부당행위계산부인 규정과 지급이자손금불산입 규정이 적용되지 아니한다. 따라서 2010. 5. 26. 이후 기간에 대하여 부과된 2010년 사업연도 및 2011년 사업연도 법인세 각 부과처분은 위법하다. ■ 주주간계약서 (이 사건 매매계약서, 갑 제2호증)

○ 서AA(갑), 박AA(을), 서CC(병), 배AA(정)(이하 갑, 을, 병, 정을 '기존주주'라 함)과 KAA는 다음과 같이 본 계약을 체결한다. ○ 본 계약상 기존주주와 서BB은 본 계약체결일 현재 원고의 보통주식 2,497,000주(회사가 발행한 보통주식 중 100%)를 보유하고 있다. ○ 또한 서BB과 '병', '정'(이하 '매도인들'이라 함)은 KAA와 2007. 12. 26. 매도인들이 보유하고 있는 원고의 보통주식 100만 주를 KAA가 취득하기로 하는 거래의 조건을 규정하는 주식매매계약(이하 '주식매매계약'이라 함)을 체결하였다. 제2조(회사주식의 취득)

KAA는 주식매매계약에서 정한 바에 따라 회사(원고)의 보통주식을 취득하며, KAA가 주식매매계약에 의하여 취득한 회사의 보통주식을 '본건주식'이라 한다. 제12조(기타 약정)

① KAA는 다음 각 호의 경우 KAA의 본건 주식에 관하여, KAA의 본건 주식 취득단가 및 이에 대하여 KAA의 본건 주식 취득일로부터 본건 주식 매도일까지 연복리 15%의 이율로 계산한 금액을 합한 가격(이하 '약정매매가격'이라 함)으로 매수할 것을 갑에게 청구할 수 있고, 갑은 KAA의 매수요청을 받은 날로부터 30일 이내에 이를 매수하여야 한다. 1. 2009. 12. 31.까지 코스닥시장 또는 유가증권시장 상장이 이루어지지 않는 경우, 단, 당사자들이 합의한 경우 코스닥시장 또는 유가증권시장 상장기한을 1년 연장할 수 있다. ② 회사가 본 조 제1항 제1호에서 정하는 바와 같이 코스닥시장 또는 유가증권시장 상장이 이루어지지 않는 경우, 제12조 제1항에서 정하는 것과 동일한 효과가 발생하도록 기존주주는 기존주주의 보유주식과 KAA가 보유한 본건 주식에 대하여 회사가 유상소각 등을 실시하는 것에 합의한다. 다만, 만약 유상소각 등이 관련법령상 허용되지 않는다면 이에 대하여는 제12조 제1항에서 정하는 것과 동일한 효과가 있는 방법을 당사자들이 추후 협의하여 정하여 추진하기로 한다. 나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) KAA가 2007. 12. 26. 원고의 주주 서AA, 박AA, 서CC, 배AA과 사이에 체결한 이 사건 매매계약의 주요 내용은 다음과 같다.

2) 원고는 2009. 12.경까지 코스닥시장 또는 유가증권시장 상장을 하지 못하였고, 이에 KAA는 2009. 12. 24. 이 사건 매매계약 제12조 제1항에 따라 서AA에게 이 사건 주식 100만 주를, 취득단가에 매수일까지 연복리 15%로 계산한 금액을 가산한 금 원(약정매매가격)으로 2010. 1. 23.까지 매수할 것을 청구하였다.

3) KAA가 서AA에게 주식매수를 청구하였는데, 원고가 위 매수청구에 응하여 2010. 1. 15. 임시주주총회를 개최하여 이 사건 주식의 취득을 결의한 후, 2010. 1. 18. KAA로부터 이 사건 주식을 14,676,184,449원에 매수하고, 그 대금을 모두 지급하였다. 4) 한편 KAA는 2010. 5. 26. 5년의 존립기간 만료로 해산하였고, 원고는 피고로부터 과세예고통지를 받은 후인 2013. 5. 24. KAA 및 서AA를 상대로 조정신청(서울중 앙지방법원 2013머34637호)을 하였는데, 2013. 6. 24. 위 법원에서 KAA는 2013. 7. 31.까지 이 사건 주식인도청구권을 서AA에게 양도하고, 서AA는 KAA의 원고에 대한 주식매매대금반환채무 14,676,184,000원을 인수하며, 원고는 서AA가 위 매매대금반환 채무를 인수함과 동시에 이 사건 주식을 서AA에게 인도한다 는 내용의 조정에 갈음하는 결정이 내려졌고, 쌍방이 이의를 제기하지 아니함으로써 2013. 7. 30. 위 결정이 확정되었다(그러나 서AA가 이 사건 주식취득 대금을 원고에게 반환하였음을 인정할 아무런 증거가 없다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 8, 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 증인 김AA의 일부 증언, 변론 전체의 취지 라. 판단

1) 처분사유 변경의 가부

과세처분취소소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 과세표준 및 세액의 객관적 존부이고, 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지 그 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침하기 위하여 처분의 동일성이유지되는 범위 내에서 처분사유를 추가・변경할 수 있는바(대법원 2002. 3. 12. 선고 2000두2181 판결 등 참조), 이 사건 처분에 대한 처분사유로서, 원고가 서AA를 대신하여 KAA로부터 자기주식을 취득함으로써 해당 법률행위가 무효로 귀속됨에 따라

KAA로부터 쟁점금원을 회수하여야 할 것인데 이를 회수하지 않고 있다는 이유로 쟁점

금원을 KAA에 대한 업무무관 가지급금으로 보거나, 원고가 서AA에게 그가 KAA로부터 이 사건 주식을 취득하기 위한 취득자금을 대여한 것으로 보아 쟁점금원을 서AA에 대한 업무무관 가지급금으로 보거나 간에, 동일한 금원에 대하여 인정이자를 계산하여 익금산입하고 그 지급이자를 손금불산입한 것이어서 이를 통해 나온 과세표준과 세액 또한 동일하므로, 이는 처분의 동일성이유지되는 범위 내의 처분사유 변경에 해당하여 허용된다 할 것이다.

2) 업무무관 가지급금 및 부당행위계산 해당 여부

가) 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 법인세법 시행령 제53조 제1항은 "법인 이 법인세법 제52조 제1항의 규정에 의한 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 대한 차입금의 이자는 손금에 산입하지 아니한다"고 규정하고, 법인세법 제52조 제1항은 "법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 과세관청이 이를 부당행위계산으로 보아 익금에 산입할 수 있다"고 규정하고 있다. 그리고 법인세법 시행령 제88조 제1항은 "금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율・요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우(제6호)", "그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우(제9호)" 등을 부당행위계산의 유형으로 들고 있다. 위와 같이 법인세법상 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 업무무관 가지급금에는 순수한 의미의 대여금은 물론 구상금채권 등과 같이 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 업무와의 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단되어야 할 것인데, 법인이 특수관계인으로부터 지급받아야 할 매매대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 매매대금이 계약상의 의무이행기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 매매대금 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 "업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등"에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 아니한다. 또한 그와 같은 매매대금의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 법인세법 제52조, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호의 규정에 의한 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두1558 판결, 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두5646 판결 등 참조). 나) 먼저 이 사건 주식취득 대금이 업무무관 가지급금에 해당하는지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면 서AA는 원고의 대표이사로서 특수관계인에 해당하고, 서AA, 서BB, 서CC, 배AA이 2007. 12. 26. KAA에게 이 사건 주식을 매도하면서, 2009. 12. 31.까지 이 사건 주식의 상장이 이루어지지 않으면 KAA가 서AA에게 약정매매가격으로 이 사건 주식을 매수청구할 수 있다는 내용의 이 사건 매매계약을 체결한 사실, 그런데 위 일시까지 이 사건 주식의 상장이 이루어지지 아니하여 KAA가 서AA에게 주식매수청구권을 행사한 사실, 이 사건 매매계약상 매수청구의 상대방은 원고가 아닌 원고의 대표이사 서AA이므로 서AA가 주식매수 대금을 지급하여야 함에도 불구하고 원고는 서AA를 대신하여 KAA에 주식매수 대금을 지급한 사실, 원고는 피고로부터 과세예고통지를 받기 전까지는 KAA나 서AA로부터 이 사건 주식취득 대금의 회수를 위한 아무런 조치를 취하지 않았고, 그 사이에 KAA가 존립기간 만료로 해산한 사실, 원고는 피고로부터 과세예고통지를 받은 후인 2013. 5. 24.에야 KAA 및 서AA를 상대로 조정신청(서울중앙지방법원 2013머34637호)을 하였고, 2013. 6. 24. 위 법원에서 KAA는 2013. 7. 31.까지 이 사건 주식인도청구권을 서AA에게 양도하고, 서AA는 KAA의 원고에 대한 주식매매대금반환채무 14,676,184,000원을 인수하며, 원고는 서AA가 위 매매대금반환채무를 인수함과 동시에 이 사건 주식을 서AA에게 인도한다 는 내용의 조정에 갈음하는 결정이 내려져 2013. 7. 30. 위 결정이 확정된 사실을 알 수 있으며, 서AA가 위 조정에 갈음하는 결정에 따라 KAA의 원고에 대한 주식매매대금반환채무 14,676,184,000원을 인수하였음에도 현재까지 이 사건 주식취득 대금을 원고에게 반환하였음을 인정할 아무런 증거가 없다. 위와 같은 사실들을 종합하여 볼 때, 원고는 서AA에게 주식취득 자금을 무상으로 대여하였다 할 것이므로, 원고가 KAA에 지급한 이 사건 주식취득 대금은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 특수관계인인 서AA에게 업무와 무관하게 지급한 가지급금이라고 할 것이다. 따라서 피고가 이 사건 주식취득 대금에 대한 지급이자를 손금불산입한 것은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 또한 원고는 기존에 차입한 금원으로 이 사건 주식취득 대금을 지급한 것이 아니라 원고가 보유하고 있던 이익잉여금으로 지급하였으므로, 이 사건 주식취득 대금에 대한 지급이자는 없다는 취지로 주장하나, 갑 제12호증의 기재만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

다) 다음으로 이 사건 주식취득 대금의 회수 지연이 부당행위계산부인의 대상이

되는지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하면 원고가 서AA를 대신하여 KAA에게 지급한 이 사건 주식취득 대금은 서AA에 대한 대여금으로서 이를 회수하여야 할 것임에도, 원고가 2010. 1. 18. 이 사건 주식을 취득한 이후 현재까지 서AA로부터 아무런 이유 없이 위 주식취득 대금을 회수하지 않고 이자 등을 지급받지도 아니하였는바, 이는 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 경제적 합리성에 반하는 비정상적인 행위로서 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 및 제9호의 "금전 기타 자산 등을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우" 또는 "그에 준하는 행위"에 해당하여 부당행위계산부인의 대상이 된다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이 사건 주식취득 대금에 관한 인정이자를 익금산입한 것은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장 또한 없다.

3) 원고의 나머지 주장에 관한 판단

앞서 본 바와 같이 원고가 KAA에게 명목상 주식대금으로 지급한 쟁점금원이 사실상 서AA가 KAA에 지급하여야 할 금원을 대신 지급한 것이어서 서AA에 대한 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 그에 대한 지급이자를 손금불산입하고, 인정이자를 익금산입하여 이 사건 법인세 부과처분을 하는 것으로 이 사건 처분사유가 변경된 이상, ① 원고의 이 사건 주식취득이 상법상 자기주식취득의 예외에 해당하거나 추인을 통하여 유효하게 되었다는 원고의 주장, ② 가사 무효라 하더라도 원고가 정당한 사유 없이 KAA로부터 주식취득 대금을 회수하지 않은 것이 아니어서 이 사건 주식취득 대금에 대한 지급이자를 손금불산입한 것이 위법하다는 주장, ③ 부당행위계산부인 규정은 법률상 적법・유효한 행위만을 대상으로 할 뿐만 아니라 이 사건 주식취득이 정상적인 거래여서 부당행위계산부인 규정이 적용되지 아니한다는 원고의 주장, ④ 이 사건 처분이 KAA가 원고의 주주로서 특수관계인의 지위에 있다는 것을 전제로 하는 것인데, KAA가 2010. 5. 26. 해산하였으므로 해산한 이후부터는 KAA가 특수관계인의 지위를 상실하여 부당행위계산부인 규정과 지급이자손금불산입 규정이 적용되지 않는다는 원고의 주장 등 나머지 주장은 변경된 이 사건 처분사유의 위법 여부와는 아무런 관계가 없거나 위에서 본 결론에 영향을 미칠 수 있는 것이 아니므로, 이에 대하여는 더 나아가 살필 필요 없이 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.