1. 원고들의 상고이유에 대하여

구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제14조 제1항 은 제4호 에서 ‘벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분’의 양도로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세의 과세대상에서 제외하는 과세특례를 정하는 한편, 그 단서에서 ‘타인의 주식이나 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하여 양도하는 경우’를 위 과세특례의 적용대상에서 제외하고 있다. 그리고 구 조특법 제14조 제1항 제4호 의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 조특법 시행령’이라고 한다) 제12조 제1항 은 “ 법 제14조 제1항 제4호 에서 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분이라 함은 제1호 및 제2호 의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다”고 하면서, 제1호 에서 ‘창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것’을, 제2호 전문에서 ‘개인이 그와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제14조 의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것’을 들고 있다.

구 조특법 제14조 제1항 제4호 가 규정하는 벤처기업에의 출자에 대한 양도소득세 과세특례제도는 종전에는 개인이 조합을 결성하여 벤처기업에 투자하는 경우에만 조세감면 혜택을 부여함에 따라 개인의 벤처기업에 대한 투자실적이 저조하였던 점 등을 고려하여 개인이 벤처기업에 직접 투자하는 경우에도 각종 조합을 통하여 투자하는 것과 동일한 조세감면 혜택을 줌으로써 개인의 벤처기업에 대한 직접 투자를 활성화하려는 취지에서 도입된 것이다.

한편 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법(이하 ‘개정 조특법’이라고 한다) 제13조 는 제1항 에서 중소기업창업투자회사 등이 벤처기업 등에 ‘출자하여 취득한 주식 또는 출자지분’의 양도차익에 대한 법인세 비과세를 정하면서, 그 제2항 에서 제1항 의 적용대상을 ‘그 각 호가 정하는 4가지 방법(① 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법, ② 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법, ③ 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법, ④ 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법)으로 취득한 주식 또는 출자지분’으로 명문화하였다. 그리고 개정 조특법 제14조 는 같은 내용을 구 조특법 제14조 제1항 이 규율대상으로 삼았던 벤처기업 등에의 출자에 대한 양도소득세 과세특례제도에 관하여도 그대로 규정함과 아울러 구 조특법 제14조 제1항 제4호 의 법문에 있었던 ‘최초로’라는 문구를 삭제하였다. 이러한 개정 조특법의 규정은 제13조 제1항 의 법인세 비과세제도와 제14조 제1항 의 양도소득세 과세특례제도의 주된 취지가 자금조달능력이 부족한 창업 초기의 벤처기업 등에 대한 신규투자를 지원하려는 데 있음을 감안하여 그 적용대상을 일률적으로 ‘기업 설립 후 7년 이내에 취득하는 주식 또는 출자지분’으로 제한하면서 ‘출자에 의한 주식 또는 출자지분 취득’의 유형을 구체화한 것일 뿐, 그 취득의 유형을 종전보다 확대하여 정한 것으로 볼 수는 없다.

위와 같은 구 조특법 제14조 제1항 제4호 의 입법 취지, 관련 규정의 개정 연혁 및 체계 등에 비추어 보면, 구 조특법 제14조 제1항 단서가 말하는 ‘타인의 주식이나 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하는 경우’란 결국 ‘출자에 의하여 최초로 주식 또는 출자지분을 취득하는 것이 아닌 경우’를 확인적으로 설명한 것으로 이해되므로, 구 조특법 제14조 제1항 제4호 에서 말하는 ‘벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득하는 주식’이란 ‘출자자의 지위에서 벤처기업으로부터 직접 취득하는 주식’을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 개인이 벤처기업이 설립되는 때에 자본금을 납입하여 주식을 취득하여 보유하던 중 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되어 이를 취득하는 경우에는 그 무상주 역시 출자자의 지위에서 벤처기업으로부터 직접 취득한 주식에 해당하여 구 조특법 제14조 제1항 제4호 에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상이 된다. 주식발행초과금의 자본전입에 따라 무상주가 발행되더라도 주주의 입장에서는 원칙적으로 그가 가진 주식의 수만 늘어날 뿐이고 그가 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치에 차이가 없다( 대법원 2009. 3. 12. 선고 2007두8652 판결 등 참조)는 점에 비추어 보더라도 위와 같이 해석할 것이다.

그런데 원심은, 구 조특법 제14조 제1항 제4호 에서 말하는 ‘출자에 의하여 최초로 취득한 주식’은 출자에 의하여 ‘처음으로’ 취득한 주식을 가리키는데 주식발행초과금의 자본전입에 따라 취득한 무상주는 거기에 해당하지 아니하여 위 규정에서 정한 양도소득세 과세특례의 적용대상이 될 수 없다는 이유로, 벤처기업인 주식회사 텔레칩스(이하 ‘텔레칩스’라고 한다)의 발기인으로서 자본금을 납입한 주주들인 원고들이 주식발행초과금의 자본전입에 따라 취득한 이 사건 무상주의 양도에 대하여는 양도소득세가 과세되어야 한다고 판단하였다.

이러한 원심의 판단에는 구 조특법 제14조 제1항 제4호 에서 정한 양도소득세 과세특례대상인 ‘출자에 의하여 최초로 취득한 주식’의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 원고들의 상고이유 주장은 이유 있다.

2. 피고들의 상고이유에 대하여

원심은 채택 증거들을 종합하여 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 구 조특법 시행령 제12조 제1항 제2호 에서 정한 특수관계가 있는지는 출자 당시를 기준으로 판단하여야 하는데, 원고들이 발기인으로서 텔레칩스에 자본금을 납입하여 그 주식을 취득할 당시에는 원고들과 텔레칩스 사이에 특수관계가 없었고, 원고들은 위와 같은 출자의 결과 텔레칩스의 임원 및 최대 주주로서 위 회사의 경영에 사실상 영향력을 행사하게 된 것에 불과하다는 이유로, 피고들의 주장, 즉 원고들과 텔레칩스 사이에 구 조특법 시행령 제12조 제1항 제2호 에서 정한 특수관계가 있다는 주장을 배척하였다.

앞서 본 규정과 관련 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 간다. 거기에 피고들이 상고이유에서 주장하는 바와 같이 구 조특법 시행령 제12조 제1항 제2호 에서 정한 ‘특수관계’의 해석·적용 또는 실질과세의 원칙에 관한 각 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 결론

그러므로 원심판결 중 원고들 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 피고들의 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.