2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지피고가 원고에 대하여 한, 2013. 8. 1.자 2009 사업연도 법인세 18,087,340원, 2010 사업연도 법인세 22,504,160원, 2011 사업연도 법인세 27,388,240원의 각 부과처분, 2013. 8. 6.자 2009년 귀속분 근로소득세 651,730원, 2010년 귀속분 근로소득세 2,447,250원, 2011년 귀속분 근로소득세 1,468,380원 부과처분 및 2013. 11. 1.자 2009년 귀속분 근로소득세 27,996,950원, 2010년 귀속분 근로소득세 43,768,370원, 2011년 귀속분 근로소득세 44,473,710원 부과처분을 각 취소한다(당사자의 의사에 반하지 아니하는 범위에서 처분일 부분을 일부 정정하였다).

가. 원고는 2003. 10. 27. 설립되어 자동차수리업 및 자동차매매업 등을 영위하는 법인이다.

나. 중부지방국세청장은 2013. 4. 23.부터 2013. 6. 11.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시하여, ① 원고가 2009 사업연도부터 2011 사업연도까지 매출누락한 총 442,039,498원을 원고의 각 사업연도별 소득금액 계산 시 익금에 산입하고, ② 신용카드로 사용한 복리후생비 중 9,993,000원을 업무무관비용으로 보아 손금불산입하였으며,

③ 세무조사 당시 제출된 자료에 의하여 확인된, 원고가 종업원 등에게 지급한 상여금 94,855,000원(= 2009년 설 상여금 20,070,000원 + 2010년 휴가철 상여금 19,002,500원 + 추석 상여금 19,077,500원 + 2011년 설 상여금 17,777,500원, 여름휴가 상여금 18,927,500원)을 매출누락금액에 대응하는 손금으로 보아 각 사업연도별 손금에 산입하고, 위 세무조사결과를 피고에게 통보하였다.다. 피고는 이에 따라 매출누락금액에서 상여금을 차감하고 신용카드사용금액을 더한 357,177,498원(= 442,039,498원 + 9,993,000원 - 94,855,000원)을 소득금액으로 보아 2013. 8. 1. 원고에게 2009 사업연도 법인세 18,087,340원, 2010 사업연도 법인세 22,504,160원, 2011 사업연도 법인세 27,388,240원을 각 경정고지하고, 사외유출된 401,381,448원을 원고 대표이사 홍**에 대한 상여로 소득처분하여 원고와 홍**에게 소득금액변동통지를 하였다.

라. 피고는, 종업원 개인별로 귀속된 상여금에 대하여 각 개인별 근로소득세를 재계산하여 2013. 8. 6. 원고에게 2009년 귀속분 근로소득세 651,730원, 2010년 귀속분 근로소득세 2,447,250원, 2011년 귀속분 근로소득세 1,468,380원을 각 고지하였다. 마. 피고는, 원고가 위 다.항 기재 대표자 상여처분에 따른 근로소득 원천징수세액을 납부하지 아니하자 2013. 11. 1. 원고에게 2009년 귀속분 근로소득세 27,996,950원, 2010년 귀속분 근로소득세 43,768,370원, 2011년 귀속분 근로소득세 44,473,710원을 각 고지(이하 위 부과처분과 피고가 원고에게 한 2013. 8. 1.자 법인세 부과처분 및 2013. 8. 6.자 근로소득세 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

바. 원고는 2013. 8. 1.자 법인세 부과처분 및 2013. 8. 6.자 근로소득세 부과처분에 대하여는 2013. 10. 28., 2013. 11. 1.자 근로소득세 부과처분에 대하여는 2014. 1. 15. 조세심판원에 각 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2014. 6. 30. 원고의 심판청구를 모두 기각하였다. 인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 종업원들에게 실제 지급한 상여금은 2009년 귀속 상여금 58,278,700원 및 성과상여금 112,560,000원, 2010년 귀속 상여금 38,390,600원 및 성과상여금 104,295,000원, 2011년 귀속 상여금 41,924,260원 및 성과상여금 51,060,000원 합계 406,508,560원인바, 그 중 피고가 이미 손금으로 인정한 94,855,000원을 제외한 311,653,560원(이하 '이 사건 부외 상여금'이라 한다)을 원고의 손금으로 추가 산입하여야 함에도, 이 사건 부외 상여금을 손금으로 인정하지 않고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락 사실을 주장・입증하여야 한다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 등 참조).이 사건에 관하여 보건대, 원고가 이 사건 부외 상여금을 종업원들에게 지급하였다는 주장에 부합하는 듯한 갑 제4 내지 12호증의 각 기재 및 증인 정순자, 윤만중의 각 증언은 앞서 본 인정사실과 을 제4, 5, 6호증의 각 기재를 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 믿기 어렵고, 달리 이 사건 부외 상여금의 지출사실을 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고 주장은 이유 없다.

1) 종업원 급여를 계좌로 지급하면서 상여금만을 현금으로 지급할 합리적인 이유를 찾기 어렵고, 원고의 회계장부와 급여대장에는 이 사건 부외 상여금의 지급내역이 반영되어 있지 않으며, 원고가 이 사건 부외 상여금에 대한 증거로써 제출한 각 자료는 세무조사 당시에는 제출하지 않았던 것이어서 이를 그대로 믿기 어렵다.

2) 원고는 이 사건 부외 상여금을 대표이사 홍**과 그 동생인 홍**의 계좌에서 현금을 인출하여 종업원들에게 현금으로 지급하였다고 주장하나, 원고가 그 증거로서 제출한 계좌인출내역(갑 제10, 11호증)만으로는 이 사건 부외 상여금의 지급시기와 비슷한 시기에 위 홍**과 홍**의 계좌에서 현금을 인출하였다는 사실만을 인정할 수 있을 뿐 그로써 이 사건 부외 상여금의 지급을 바로 인정하기는 어렵다. 또한 원고의 위 주장을 인정하려면 원고가 홍**과 홍**으로부터 차입한 자금이 장부상 차입 금 또는 가수금으로 처리되었어야 할 것인데, 원고의 2009, 2010, 2011년 귀속 표준대 차대조표에는 그러한 내역이 전혀 드러나지도 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 임**

판사 권**