2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 이를 3분하여 그 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1, 3, 6호 증, 을 제1호 증의 1 내지 7, 을 제2호 증의 1 내지4, 을 제3호 증의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

"가. 별지 2 토지 및 건물현황' 기재 각 토지(이하 이 사건 각 토지' 라 한다)를 비롯한 ○○○시 ○○동 소재 19필지 토지는 원래 소외 신○○의 소유였는데, 신○○는 1988. 2. 13. 경 이 사건 각 토지를 포함한 위 19필지 토지를 원고에게 증여하였다. 신○○가 위 19필지 토지에 대한 소유권이전등기절차이행을 거부하자 원고는 신○○를 상대로 위 19필지의 토지에 대한 소유권이전등기청구소송을 제기하였고 소송도중인 1997. 2. 21. 신○○가 사망함에 따라 그의 유족인 처 정○○ 및 자녀들인 신□□, 신△△, 신◎◎, 신▽▽, 신☆☆, 신●●이 신○○를 소송수계 하였으며(다만 원고법인의 이사장인 신□□은 원고 청구를 받아들인 것으로 보인다), 1999. 12. 13. 대법원에서 최종 승소판결이 선고됨에 따라(대법원 ○○다○○○○○호) 위 19필지 토지에 관하여 2000. 2. 9. 원고 앞으로 1988. 2. 13. 증여를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다. 원고는 위 19필지 토지를 소유하다가 2003. 2. 7. 소외 ○○○○○○ 주식회사에게 같은 해 1. 24. 대물변제를 원인으로 소유권이전등기를 경료하여 주었다.", "나. 이 사건 각 토지 위에는 원고 법인의 이사장인 신□□, 신□□의 동생인 신●● 및 신□□의 아들인 신■■ 등 3인(이하 신□□ 등' 이라 한다) 소유의 상가 및 주택들(이하 이 사건 각 건물' 이라 한다)이 건립되어 있었고 신□□ 등은 이 사건 각 건물을 임대하여 수익을 얻고 있었는데, 원고가 이 사건 각 토지의 소유권을 보유하고 있던 2000. 2. 9.부터 2003. 2. 7.까지 기간 동안 원고에게 그 토지에 대한 사용료 등 금원을 지급한 바는 없다.", "다. 피고는 원고가 공익목적으로 출연 받은 이 사건 각 토지를 특수 관계인에게 무상으로 사용 · 수익하게 한 것으로 보고 상속세 및 증여세법(이하 상속세및증여세법' 이라 한다) 제48조 제3항(공익법인 등의 자기내부거래)에 의하여 2005. 1. 6. 원고에게 별지 1 부과처분 목록의 당초 세액란 기재 각 증여세 합계금 1,947,378,720원과 임대수입누락 등에 대하여 같은 목록 당초 세액란 기재 각 법인세 합계금 169,299,780원을 결정, 고지하였다(이하 이 사건 각 부과처분' 이라 한다).",라. 원고 법인의 이사장인 신□□은 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2005. 3. 24. 국세심판원에 심판청구를 하였으나 2006. 12. 11. 기각되었다.

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 증여세 부과처분에 대하여

(가) 상속세및증여세법 제48조 제3항의 입법취지는 공익법인을 형식상 내세우고 실제로는 특수 관계인이 공익법인 소유의 재산을 사용함으로써 증여세를 회피하려는 탈법행위를 방지하기 위한 것인데, 이 사건 각 토지가 원고에게 출연되기 이전부터 그 지상에 ○○○시에 의하여 각 건물이 축조되어 ○○○시가 사용하여 왔고 신□□ 등은 ○○○시를 승계하여 이 사건 각 토지를 사용하여 왔는데 그 이후 이 사건 각 토지에 대한 소유권이 원고에게 이전되었는바, 이러한 경위에 비추어 볼 때 이 사건 각 토지의 출연자는 이러한 탈법행위의 의도가 없었으니 상속세및증여세법 제48조 제3항을 적용할 수 없다.

"또한 상속세및증여세법 제48조 제3항에서 당해 재산의 임대차 · 소비대차 및 사용대차 등의 방법으로 사용 · 수익하게 하는 경우' 란 공익법인이 고유목적에 사용하지 않고 있는 재산을 위와 같은 방법으로 특수 관계인에게 사용하게 하는 경우를 말하는데, 원고는 이 사건 각 토지에 근저당권을 설정하고 32억 원 가량을 대출받아 이를 학교 운영비 등으로 사용함으로써 이 사건 각 토지를 고유목적사업에 사용하고, 동시에 부수적으로 특수 관계인에게 사용하도록 하였으므로 이와 같은 경우 상속세및증여세법 제48조 제3항이 적용되지 않는다고 해석하는 것이 위 조항의 입법취지에 부합한다.",가사 이를 증여로 본다고 하더라도 이와 같이 원고가 이 사건 각 토지를 담보로 32억 상당을 대출받아 고유목적에 사용하였으므로 그에 상당하는 가액은 이 사건 각 토지의 가액에서 공제하고 그 나머지 가액만이 증여된 것으로 보아야 한다.

"(나) 상속세및증여세법 제48조 제3항은 사용 및 수익에 대한 대가' 를 구체적으로 규정하도록 대통령령에 위임하고 있으므로 그에 따른 시행령 제39조 제3항 전문은 사용 및 수익하게 한 경제적 이익에 상당하는 가액' 을 증여받은 재산으로 규정하였어야 하는데, 별다른 근거 없이 시행령은 무상사용의 경우에는 사용 및 수익에 대한 대가가 아닌 출연재산가액을 증여받은 재산으로 보고 과세하도록 규정하고 있다. 이와 같은 상속세및증여세법 시행령 제39조 제3항 전문은 상속세및증여세법 제48조 제3항의 위임의 범위를 벗어난 것으로서 위법하고, 이에 터 잡은 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.",(다) ○○○시는 신○○로부터 이 사건 각 토지에 관한 무상사용권을 취득하여 그 지상에 이 사건 각 건물을 신축하였고, 신□□은 ○○○시로부터 이 사건 각 건물 및 그에 부수하는 이 사건 각 토지의 무상사용권을 연부 매입하였다. 즉 신□□ 등은 ○○○시로부터 이 사건 각 건물을 양수받음에 있어 그 종된 권리인 토지의 무상사용권도 함께 양수받은 것이다. 따라서 위 각 토지를 신□□이 무상 사용하였음을 전제로 하는 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.

(라) 이 사건 각 토지 중 ○○○시 ○○동 312-4, 685-12, 687-3, 688, 688-1, 688-8 토지는 2003. 2. 7. 그 소유권이 원고에게서 ○○○○○○ 주식회사로 이전되었고, 그 후에 그 지상 건물의 소유권이 신□□ 명의로 이전되었으므로, 원고가 위 각 토지의 소유권을 보유하고 있던 시기에는 ○○○시가 그 지상 건물을 소유하고 있었다. 따라서 위 기간 동안에는 건물의 소유자인 ○○○시가 그 건물의 부지인 위 각 토지를 점유하였다고 보아야 한다. 따라서 위 각 토지를 신□□이 무상 사용하였음을 전제로 하는 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.

(마) 이 사건 각 토지 중 이 사건 건물의 부지 및 통로 등 으로 사용되고 있는 면적 등을 구체적으로 확인하지도 아니한 채 이 사건 토지의 각 필지 위의 일부에 이 사건 각 건물이 건축되어 있다는 사정만으로 이 사건 각 토지 전체를 무상 사용한 것으로 보고한 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.

(바) 신□□ 등이 2000. 2. 9.부터 2003. 1. 24.까지 이 사건 각 토지를 무상으로 이용하여 얻은 임대료상당 수익은 252,495,000원에 불과하지만 신□□이 2001. 5.부터 2003. 1.경까지 사이에 원고에게 운영비 등의 명목으로 대여하였다가 돌려받지 못한 금액은 399,771,000원에 이르므로 결국 신□□ 등이 이 사건 각 토지의 이용에 따른 임대료를 지급한 것과 다름없다.

(사) 신□□은 이 사건 각 건물 중 4동의 건물(686의 2 지상 에이, 비동 건물, 711 지상 건물 및 715 지상 건물)에 원고를 위한 근저당권을 설정하여 줌으로써 원고에게 경제적 이익을 얻도록 하였고, 원고는 그와 같은 경제적 이익을 받고 이 사건 각 토지를 신□□ 등이 사용 · 수익하게 한 것이다. 따라서 신□□ 등이 이 사건 각 토지를 무상으로 사용 · 수익하였음을 전제로 하는 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다.

(2) 법인세 부과처분에 대하여

(가) 피고가 적용한 법인세법 시행령 제88조 제1항 제5호의 특수 관계자간 토지의 무상사용으로 본 부당행위계산부인 규정은 원고가 임대 수익사업을 한다는 것이 전제되어야 하는 것인데, 원고의 사업목적에 임대수입이 포함되지 아니하고, 신□□ 개인이 원고에 입금한 금액이 쟁점건물의 임대료 수입보다 많다는 사실을 감안하면 부당행위 계산부인 대상이 아니다.

(나) 피고는 이 사건 각 건물이 이 사건 각 토지의 어느 부분을 점유하는지에 대하여 확인도 하지 아니한 채 각 필지 전체를 신□□ 등이 무상으로 점유, 사용하는 것으로 보고 법인세를 부과하였다. 따라서 신□□ 등이 사용하지도 아니한 부분도 신□□ 등이 무상사용하는 것으로 보고 한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

(다) 신□□은 이 사건 각 건물 중 4동의 건물(686의 2 지상 에이, 비동 건물, 711 지상 건물 및 715 지상 건물)에 원고를 위한 근저당권을 설정하여 줌으로써 원고에게 경제적 이익을 얻도록 하였고, 원고는 그와 같은 경제적 이익을 받고 이 사건 각 토지를 신□□ 등이 사용 · 수익하게 한 것이다. 따라서 신□□ 등이 이 사건 각 토지를 무상으로 사용하였음을 전제로 하는 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

(라) 가사 증여세 부과처분이 적법하다고 하더라도 하나의 사실관계에 대하여 증여세에 이어 법인세까지 부과하는 것은 이중과세에 해당하여 위법하다.

나. 관계규정

○ [상속세 및 증여세법] 제48조 (공익법인 등이 출연 받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등)

③ 제1항의 규정에 의하여 공익법인 등이 출연 받은 재산 등을 다음 각 호의 1에 해당하는 자에게 당해 재산의 임대차·소비대차 및 사용 대차 등의 방법으로 사용·수익하게 하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다. 다만, 공익법인 등의 직접 공익목적사업과 관련하여 용역을 제공받고 정상적인 대가를 지급하는 등 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 출연한 다른 공익법인 등

3. 제1호 및 제2호와 특수 관계에 있는 자

④ 제1항 내지 제3항 및 제8항의 규정을 적용함에 있어서 특수 관계에 있는 자의 범위, 직접 공익목적사업에의 사용여부의 판정기준, 상호출자제한기업집단과 특수 관계에 있지 아니하는 공익법인 등의 범위, 당해 공익법인 등의 출연자와 특수 관계에 있지 아니하는 내국법인의 범위, 특수 관계에 있는 출연자의 범위 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ [상속세 및 증여세법 시행령] 제12조 (공익법인 등의 범위)

법 제16조 제1항에서 " 공익법인 등" 이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 자를 말한다.

2. 「초·중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 설립·경영하는 사업

○ 제39조 (공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세 과세)

① 법 제48조 제3항 제3호에서 " 특수 관계에 있는 자" 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 관계에 있는 자를 말하며, 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 출연자에는 제13조 제6항 제1호의 규정에 의한 관계가 있는 자를 포함한다.

1. 출연자가 「민법」 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인의 경우에는 그 법인에 대한 출연자 및 그 친족

2. 출연자가 제1호외의 법인인 경우에는 당해 법인을 출자에 의하여 지배하고 있는 자 및 그 친족

② 법 제48조 제3항 단서에서 " 대통령령이 정하는 경우" 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 출연 받은 재산을 출연 받은 날로부터 3월 이내에 한하여 법 제48조 제3항 각 호의 1에 해당하는 자가 사용하는 경우

③ 법 제48조 제3항 본문에서 " 대통령령이 정하는 가액" 이라 함은 동항 각 호의 1에 해당하는 자에게 무상으로 사용·수익하게 한 경우에는 당해 출연재산가액을 말하며, 정상적인 대가보다 낮은 대가로 사용·수익하게 한 경우에는 그 차액에 상당하는 출연재산가액을 말한다.

○ [상속세 및 증여세법 기본통칙] 48-39…6[공익법인 등의 자기내부거래에 대한 증여세과세]

① 공익법인 등이 출연 받은 재산 등을 출연자등에게 사용 · 수익하게 하는 경우 영 제39조 제3항의 규정에 의한 증여세 과세가액은 다음 각 호에 의한다.

1. 대가없이 사용 · 수익하게 하는 경우 : 당해 출연재산가액

2. 낮은 대가로 사용 · 수익하게 하는 경우 :

당해 출연재산가액 X (정상적인 대가 - 실제 지급한 대가)/ 정상적인 대가

○ [법인세법] 제3조 (과세소득의 범위)

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 " 수익사업" 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

○ [법인세법] 제52조 (부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수 관계에 있는 자(이하 " 특수 관계자" 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 " 부당행위계산" 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

○ [법인세법 시행령] 제88조 (부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서 " 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우" 라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

다. 인정사실

위에서 든 각 증거에 갑 제4호 증의 1 내지 10, 갑 제5호 증의 1 내지 3, 갑 제7호 증의 1 내지 12, 갑 제8호 증, 갑 제14호 증의 1 내지 3, 갑 제15호 증, 갑 제16호 증의 1, 2, 을 제4, 5호 증의 각 1, 2, 을 제6호 증, 을 제12호 증의 1 내지 6, 을 제15호 증의 1 내지 7, 을 제16호 증의 1 내지 4, 을 제17 내지 23호 증, 을 제24호 증의 1 내지 3, 을 제25 내지 28호 증의 각 1, 2, 을 제29호 증의 1 내지 7, 을 제30호 증의 1, 2의 각 기재, 증인 신■■의 일부 증언 및 이 법원의 현장검증결과와 변론의 전 취지를 종합하면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 신○○의 증여 등

(가) 신○○는 1984.경 원고 법인(당시 명칭은 학교법인 ○○학원)을 인수한 후에 1988. 2. 13. 그 소유의 이 사건 각 토지를 포함한 19필지의 토지를 원고에게 증여하였다.

(나) 신○○가 위 19필지 토지에 대한 소유권이전등기절차를 이행하지 아니하자 원고는 신○○가 위 19필지 토지를 원고 법인에 증여하면서 작성한 출연서 및 각서를 근거로 신○○를 상대로 위 19필지 토지에 대하여 1988. 2. 13.자 증여를 원인으로 한 소유권이전등기절차의 이행을 구하는 소를 제기하여 1심(서울지방법원 ○○○지원 ○○가합○○○○호), 2심(서울○○법원 ○○나○○○○○호)을 거쳐(소송도중인 1997. 2. 21. 신○○가 사망함으로써 그의 유족인 처 정○○ 및 자녀들인 신□□, 신△△, 신◎◎, 신∇∇, 신☆☆, 신●●이 신○○를 소송수계 하였고, 원고법인의 이사장인 신□□은 원고 청구를 받아들인 것으로 보인다) 1999. 12. 13. 대법원(대법원 ○○다○○○○○호)에서 최종적으로 승소하였다. 그 후 원고는 위 각 토지에 대하여 2000. 2. 9. 그 명의의 소유권이전등기를 경료 하였다.

(2) ○○○시의 연립상가주택의 신축 등

"(가) ○○○시는 1975년경 미국대통령의 방한을 앞두고 기지촌정화사업의 일환으로 신○○와 사이에 신○○ 소유의 ○○○시 ○○농 312-4, 685-12, 686-2, 687-3, 688-8, 711, 715 등 토지 위에 2층짜리 연립상가주택(근린생활시설 및 주택) 8개동(이하 위 7필지 토지 지상에 건립된 8개동의 이 사건 각 건물을 지칭할 때는 이 사건 연립상가주택' 이라 한다) 66세대를 신축하였고, 그 신축에 소요된 비용 금 7,920만 원을 ○○○시가 신○○에게 대여한 것으로 하되 신○○는 위 금원을 1975. 8. 28.부터 1990. 5. 27.까지 분할하여 상환하며, 상환완료시까지 연립상가주택의 소유권은 ○○○시가 보유하기로(상환완료 후 그 소유권을 이전하기로) 하는 내용의 연립상가주택분양계약을 체결하였다.", "(나) 신□□은 이 사건 연립상가주택을 ○○○시로부터 인도받아 이를 일반에 임대, 분양하여 임대료 수익을 얻는 한편 1999년까지 ○○○시에 분할상환금을 모두 완납하였고, 별지1' 토지 및 건물 현황' 순번 1 내지 3, 5, 8, 10, 11의 각 기재와 같이 ○○○시의 보존등기를 거쳐 신□□ 명의로 각 소유권이전등기를 경료 하였다(다만 ○○동 711 지상의 건물은 2006. 9. 5. 멸실되었다).",(3) 그 밖의 이 사건 건물의 신축 등

"이 사건 각 토지 중 연립상가주택이 건립된 토지를 제외한 나머지 토지인 ○○○시 ○○동 687-1, 688, 688-1, 689-11 및 715-1의 각 토지 지상에도 건물이 건축되어 있는데, 그 현황은 별지2' 토지 및 건물 현황' 순번 4, 6, 7, 9, 12의 각 기재와 같다.",(4) 이 사건 건물 4동의 담보제공 등

(가) 신□□은 ○○○시 ○○동 686-2 지상 에이, 비동과 같은 동 715 지상 건물에 관하여 2000. 4. 10. 주식회사 ○○은행 앞으로 채권최고액 19억 5,000만 원, 채무자를 원고로 하는 근저당권설정등기를 경료 하였고, 다시 2002. 3. 18. ○○○농업협동조합 앞으로 채권최고액 15억 4,000만 원, 채무자를 원고로 하는 근저당권 설정등기를 경료 하였다.

또 신□□은 같은 동 711 지상 건물에 관하여 2001. 3. 9. 주식회사 ○○은행 앞으로 채권최고액 8억 2,500만 원, 채무자를 원고로 하는 근저당권 설정등기를 경료 하였고, 다시 2002. 3. 18. ○○○농업협동조합 앞으로 채권최고액 15억 4,000만 원, 채무자를 원고로 하는 근저당권 설정등기를 각 경료 하였다.

(나) 원고 법인은 위와 같은 근저당권 등을 기초로 하여 ○○은행 등으로부터 합계 3,234,600,000원을 대출받아 이를 운영비 등으로 사용하였다.

"(5) 이 사건 각 토지상에 건축된 이 사건 각 건물의 현황 및 각 토지의 사용현황은 별지2' 토지 및 건물현황' 의 기재와 같다.",(6) 이 사건 각 부과처분 등

(가) 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 그 지상에 건축된 이 사건 각 건물의 소유자인 신□□ 등 3인에게 무상으로 사용하게 함으로써 상속세및증여세법 제48조 제3항에 의하여 무상으로 사용하게 한 이 사건 각 토지를 상속인인 신□□ 등 7인이 원고에게 증여한 것으로 보아 원고 명의로 2000. 2. 9. 소유권이 이전될 당시 공시지가로 평가한 금액을 증여가액으로 결정하여 원고에게 이 사건 증여세를 부과하였다. 이 사건 각 토지의 증여세액 계산의 근거가 되는 평가금액 및 증여자별 증여재산가액은 다음과 같다.

[1999년 지번별 공시지가 평가액]

순번

소 재 지

면적(㎡)

공시지가(천원/㎡)

평가금액(천원)

1

○○○시 ○○동 312-4

167.0

576

96,192.0

2

같은 동 685-12

693.0

784

543,312.0

3

같은 동 686-2

1774.8

807

1,432,263.6

4

같은 동 687-1

107.6

507

54,553.2

5

같은 동 687-3

1393.4

799

1,113,326.6

6

같은 동 688

287.0

725

208,075.0

7

같은 동 688-1

188.2

501

94,288.2

8

같은 동 688-8

990.1

799

791,089.9

9

같은 동 689-11

141.9

721

102,309.9

10

같은 동 711

762.2

783

596,802.6

11

같은 동 715

1035.6

807

835,729.2

12

같은 동 715-1

142.7

728

103,885.6

총 계

5,971,827.8

[증여자별 증여재산가액]

증여자

법정상속지분

증여재산가액(천원)

산출근거

정○○(배우자)

1.5/7.5

1,944,364

5,971,827X1.5/7.5

신□□(자)

1/7.5

796,244

5.971,827X1/7.5

신●●(자)

1/7.5

796,244

5,971,827X1/7.5

신△△(자)

1/7.5

796,244

5,971,827X1/7.5

신◎◎(자)

1/7.5

796,244

5,971,827X1/7.5

신∇∇(자)

1/7.5

796,244

5,971,827X1/7.5

신☆☆(자)

1/7.5

796,244

5,971,827X1/7.5

총 계

1

5,971,828

(나) 또한 피고는 원고가 공익목적으로 출연 받은 이 사건 각 토지를 원고와 특수 관계자인 신□□ 등 3인에게 무상으로 사용하게 함으로써 원고 법인에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 부당행위계산의 부인 금액을 계산하여 각 사업연도의 소득금액으로 익금 산입하여 법인세 과세표준을 재계산하여 각 해당사업연도 법인세를 추가로 결정, 고지하였다. 각 사업연도 법인세 과세표준 산출근거는 다음과 같다(신●●은 689-11 토지분, 신■■는 687-1 토지분이고, 신□□은 나머지 토지 전체분임).

[2000사업연도(1999. 3. 1. ~ 2000. 2. 29.)] 단위 : 원

무상이용자

2000사업연도 부당행위계산 부인 금액

비 고

기간

일수

토지평가액

이자율(%)

부당행위계산금액①

신□□

2000.2.9.

~2001.2.28.

19

5,814,964,900

7.5

11,351,130

①=공시지가X50%X일수/365X정기예금이자율

신●●

2000.2.7.

~2001.2.28.

19

102,309,900

7.5

199,700

신■■

2000.2.7.

~2001.2.28.

19

54,553,200

7.5

106,500

합계

11,657,300

[2001사업연도(2000. 3. 1. ~ 2001. 2. 28.)] 단위 : 원

무상이용자

2001사업연도 부당행위계산 부인 금액

비 고

기간

일수

토지평가액

이자율(%)

부당행위계산금액①

신□□

2000.3.1.

~2000.6.30.

122

5,814,964,900

7.5

72,886,203

①=공시지가X50%X일수/365X정기예금이자율

2000.7.1.

~2001.2.28.

243

5,790,581,200

7.5

144,566,222

신●●

2000.3.1.

~2000.6.30.

122

102,309,900

7.5

1,243,400

2000.7.1.

~2001.2.28.

243

100,181,400

7.5

2,501,100

신■■

2000.3.1.

~2000.6.30.

122

54,553,200

7.5

638,800

2000.7.1.

~2001.2.28.

243

54,553,200

7.5

1,362,000

합계

223,242,725

[2002사업연도(2001. 3. 1. ~ 2002. 2. 28.)] 단위 : 원

무상이용자

2002사업연도 부당행위계산 부인 금액

비 고

기간

일수

토지평가액

이자율(%)

부당행위계산금액①

신□□

2001.3.1.

~2001.4.2.

33

5,790,581,200

7.5

19,632,449

①=공시지가X50%X일수/365X정기예금이자율

2001.4.3.

~2002.2.28.

332

5,790,581,200

7.5

152,744,426

신●●

2001.3.1.

~2001.4.2.

33

102,309,900

7.5

339,600

2001.4.3.

~2002.2.28.

332

100,181,400

7.5

2,642,600

신■■

2001.3.1.

~2001.4.2.

33

54,553,200

7.5

184,900

2001.4.3.

~2002.2.28.

332

54,553,200

7.5

1,439,000

합계

176,982,975

[2003사업연도(2002. 3. 1. ~ 2003. 2. 28.)] 단위 : 원

무상이용자

2003사업연도 부당행위계산 부인 금액

비 고

기간

일수

토지평가액

이자율(%)

부당행위계산금액①

신□□

2002.3.1.

~2002.3.27.

27

5,790,581,200

5.8

12,421,986

①=공시지가X50%X일수/365X정기예금이자율

2002.3.28

~2002.6.30.

95

5,790,581,200

4.6

34,664,164

2002.7.1.

~2003.1.24.

208

6,079,360,500

4.6

79,681,262

신●●

2001.3.1.

~2001.4.2.

27

100,181,400

5.8

241,900

2001.4.3.

~2002.2.28.

95

100,181,400

4.6

599,700

2002.7.1.

~2003.1.24.

208

104,722,200

4.6

1,372,600

신■■

2001.3.1.

~2001.4.2.

27

54,553,200

5.8

117,000

2001.4.3.

~2002.2.28.

95

54,553,200

4.6

326,600

2002.7.1.

~2003.1.24.

208

57,243,200

4.6

750,300

합계

130,175,512

라. 판단

(1) 증여세 부과처분에 대하여

(가) 첫째 주장부분

상속세및증여세법 제48조 제3항의 규정이 원고의 주장과 같이 공익법인 등이 그 출연 받은 재산을 특수 관계자로 하여금 사용·수익하게 함으로써 실질적으로 증여세를 회피하고자 하는 탈법행위를 막고자하는 목적이 있기는 하나, 상속세및증여세법 제48조는 그 제1항에서 공익법인 등이 출연 받은 재산에 대하여 과세가액에 산입하지 아니함을 원칙으로 하면서도 제3항에서 일정한 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 증여된 것으로 보아 증여세를 부과하도록 하는 형태를 취하고 있는바, 이는 상속세및증여세법 제48조 제3항에 해당하는 경우에는 실질적으로 증여세를 회피하고자 하는 의도가 있는 것으로 간주한다는 취지이므로, 비록 이 사건 각 토지에 대한 원고 법인의 소유권취득이 그 출연자를 상대로 한 소송을 통하여 이루어졌고, 원고 법인이 소유권을 취득하기 이전부터 신□□ 등이 그 지상의 건물을 제3자에 임대함으로써 이 사건 각 토지를 사용·수익하여 왔었다고 하더라도 원고 법인이 이 사건 각 토지의 소유권을 취득한 이후 특수 관계자가 당해 토지를 사용함에 대하여 그 사용료를 받는 등 어떠한 조치를 취하지 아니하였다면 이를 사용·수익하게 한 것이어서 상속세및증여세법 제48조 제3항이 적용될 수 밖에 없는 것이다. 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

원고는, 이 사건 각 토지를 고유목적사업에 사용하면서 동시에 부수적으로 특수 관계인에게 사용하도록 하였으므로 이와 같은 경우 상속세및증여세법 제48조 제3항이 적용되지 않는다는 것이나, 상속세및증여세법 제48조는 원칙적으로 공익법인이 출연 받은 재산에 대하여는 과세가액에 산입하지 아니함으로써 증여세의 부과대상에서 제외하는 것이지만, 이와 같이 출연 받은 재산을 특수 관계인에게 사용, 수익하게 하는 경우에는 일정한 범위 내에서 이를 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과함을 규정하고 있는바, 원고의 주장과 같이 이 사건 각 토지를 담보로 금융기관으로부터 금원을 차용하여 원고의 운영비로 사용함으로써 목적사업에 사용하고 있다고 하여 상속세및증여세법 제48조 제3항의 규정을 배제할 수는 없다고 할 것이므로 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

원고는 이와 같이 이 사건 각 토지를 담보로 하여 금융기관으로부터 금원을 차용하여 사용하였으므로 그 금액에 해당하는 가액은 이 사건 증여가액에서 공제하여야 한다는 것이나, 상속세및증여세법 제48조 제3항이 당해 재산을 공익법인 등이 사용하는지 여부에 따라 증여받은 것으로 보는 출연재산가액을 달리 규정하고 있지 아니한 이상 원고의 주장과 같이 볼 수는 없다. 원고의 이 점에 관한 주장도 이유 없다.

(나) 둘째 주장부분

"원고는, 상속세및증여세법 제48조 제3항은 그 규정의 취지상 사용 및 수익에 대한 대가' 를 구체적으로 규정하도록 대통령령에 위임하고 있음을 전제로 상속세및증여세법 시행령 제39조 제3항 전문이 무상사용의 경우에는 사용 및 수익에 대한 대가가 아닌 출연재산가액을 증여받은 재산으로 보고 과세하도록 규정한 것은 상속세및증여세법 제48조 제3항의 위임의 범위를 벗어난 것이어서 무효라는 것이다.", "살피건대, 상속세및증여세법 제48조 제3항 본문은 공익법인 등이 출연 받은 재산 등을 일정한 관계가 있는 자에게 사용·수익하게 하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다고 규정하고 있는바, 위 규정의 내용상 상속세및증여세법 제48조 제3항 본문이 대통령령에 위임하고 있는 것은 증여받은 것으로 보는 출연재산의 가액' 임이 명백하고, 이에 따라 상속세및증여세법 시행령 제39조 제3항은 무상으로 사용·수익하게 한 경우에는 당해 출연재산가액' 을 말하고, 정상적인 대가보다 낮은 대가로 사용·수익하게 한 경우에는 그 차액에 상당하는 출연재산가액' 을 말하는 것으로 규정하고 있다. 즉 상속세및증여세법 제48조는 공익법인 등이 출연 받은 재산에 대하여는 과세가액에 불산입함을 원칙으로 하되, 이러한 출연재산을 공익법인과 일정한 관계에 있는 자에게 사용, 수익하게 하는 경우에는 출연재산의 일정가액(대통령령이 정하는 가액)은 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과한다는 것이고, 이러한 상속세및증여세법의 위임을 받아 상속세및증여세법 시행령 제39조 제3항은 무상 사용·수익의 경우에는 출연재산 전부를, 정상적인 대가보다 낮은 대가로 사용·수익하게 한 경우에는 그 차액에 상당하는 출연재산가액을 증여받은 것으로 보아(과세가액에서 불산입 하지 않고) 증여세를 부과한다는 것을 규정하고 있는 것으로서, 여기에 위임의 범위를 넘는 위법이 있다고 볼 수 없다.", "원고는 상속세및증여세법 제48조 제3항이 공익법인 등이 사용 및 수익에 대한 대가' 를 증여받은 것으로 보고 있음을 전제로 그 구체적인 범위 등을 시행령에 위임하였다는 것이나, 원고의 주장과 같이 해석할 아무런 근거가 없으므로(원고 주장의 사용 및 수익에 대한 대가' 는 공익법인 등이 증여받는 것이라기 보다는 오히려 이를 사용하는 자가 취득하는 것이다), 이와 반대의 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.", "원고는 무상으로 사용·수익한 경우는 출연재산가액 전부를 증여받은 것으로 보고, 극히 일부라도 그 대가를 지급한 경우에는 정상적인 대가와의 차액에 상당한 출연재산가액만을 증여받은 것으로 보게 되므로 양자를 질적으로 구분할 근거가 없다는 것이나, 상속세및증여세법 시행령 제39조 제3항의 정상적인 대가보다 낮은 대가로 사용·수익하게 한 경우 공익법인 등이 증여받은 것으로 보는 그 차액에 상당하는 출연재산가액' 이라 함은 정상적인 대가와 실제 지급한 대가와의 차액이 정상적인 대가에서 차지하는 비율에 상당하는 당해출연재산가액으로 봄이 상당하므로{상속세및증여세법 기본통칙 48-39…6 제1항 제2호, 당해출연재산가액X(정상적인 대가\xad실제 지급한대가)/정상적인 대가} 무상 사용·수익과 유상 사용·수익의 구분에 있어 형평에 어긋난다고 볼 수 없다.",(다) 셋째 주장부분

원고는, 신□□ 등이 ○○○시가 가지고 있던 이 사건 각 토지의 무상사용권을 양수 받은 것이므로 당연히 신□□ 등이 이 사건 각 토지를 무상사용할 수 있는 것이어서 상속세및증여세법 제48조 제3항의 규정이 적용될 수 없다는 취지이나, 앞서 본 바와 같이 ○○○시는 신○○ 소유였던 이 사건 각 토지 중 7필지 지상에 이 사건 연립상가주택을 신축하고 신○○에게 그 신축대금 상당을 분할상환받기로 하는 방식으로 분양하였고, 신□□이 1999년경까지 그 상환을 완료함으로써 이 사건 연립상가주택의 사실상의 처분권한을 취득한 후, 이 사건 각 토지의 소유권이 원고에게 이전되었을 뿐이므로, 신□□이 이 사건 연립상가주택을 ○○○시로부터 매수하였다하여 그 부지부분의 소유권을 취득한 원고에 대하여 그 부지에 대한 무상사용권을 주장할 수는 없다고 할 것이다. 이 점에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

(라) 넷째 주장부분

원고는 이 사건 각 토지 중 ○○○시 ○○동 312-4, 685-12, 687-3, 688, 688-1, 688-8 토지에 대하여 2003. 2. 7. 각 그 소유권이 원고 법인으로부터 ○○○○○○주식회사로 이전되었고, 그 이후 각 그 지상 건물의 소유권이 ○○○시에서 신□□ 명의로 이전되었으므로 원고가 위 각 토지의 소유권을 보유하고 있을 당시에는 건물의 소유자인 ○○○시가 각 토지의 점유자이고, 신□□은 그 지상 건물의 소유자가 아니어서 그 부지에 해당하는 토지를 점유하고 있지 않다는 것이다.

살피건대, 이 사건 연립상가주택 중 ○○○시 ○○동 312-4 지상 건물에 대하여는 2006. 11. 2. 같은 동 685-12 지상 건물에 대하여는 2003. 3. 13. 같은 동 687-3 지상 건물에 대하여는 2003. 8. 14. 같은 동 688-8 지상 건물에 대하여는 2003. 4. 15. 각 ○○○시로 소유권보존등기가 경료됨과 동시에 신□□ 명의로 소유권이전등기가 경료 되었음은 앞에서 본 바와 같으나, 을 제23호 증, 을 제24호 증의 1 내지 3, 을 제25 내지 28호 증의 각 1, 2의 기재에 의하면, 신□□은 1975년경 신○○가 ○○○시와 사이에 이 사건 연립상가주택분양계약을 체결한 후 그 무렵부터 이를 인도받아 일반에 임대하여 사용·수익해 왔고, 이 사건 연립상가주택 중 ○○○시 ○○동 312-4 지상의 건물 및 같은 동 685-12 지상 건물에 대하여는 1990. 8. 21.까지, 같은 동 687-3 지상 건물 및 같은 동 688-8 지상 건물에 대하여는 1999. 8. 21.까지 각 그 분할금 상환을 완료하였으며, 신□□은 위 312-4 지상 건물, 위 687-3 지상 건물 및 위 688-8 지상 건물에 대하여는 2000년도부터, 위 685-12 지상 건물에 대하여는 1995년부터 각 재산세를 납부하여오고 있는 사실을 인정할 수 있는 바, 위 사실관계에 의하면, 신□□은 ○○○시로부터 이 사건 연립상가주택을 인도받아 사용·수익해 오면서 위 각 건물에 대한 분할상환금을 완납하였을 때 위 건물들에 대한 사실상의 처분권을 취득한 것으로 보아야 할 것이므로, 위 각 건물에 대한 소유권이전등기일자를 기준으로 위 각 건물의 부지에 해당하는 토지부분의 점유여부를 판단해야 한다는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

한편, 원고는 같은 동 688 및 688의 1 지상 건물도 위 688 및 688의 1 토지의 소유권이 ○○○○○○주식회사 명의로 이전된 후에 신□□ 앞으로 소유권이전등기가 되었으니 같은 이유로 원고가 위 토지의 소유권을 보유하고 있는 기간 동안 신□□이 위 토지를 점유한 것이 아니라는 취지로 주장하고 있으나, 갑 제4호 증의 8 및 을 제16호 증의 3의 각 기재에 의하면, 위 같은 동 688, 688-1 지상 건물은 건축물대장상 1999. 7. 3. 신□□ 명의로 소유권등록이 되었다가 2004. 6. 11. 신□□ 명의로 소유권보존등기가 경료 되었음을 알 수 있고, 따라서 신□□은 건물이 신축되고 건축물대장상 그 앞으로 소유권등록을 마친 때부터 위 건물을 소유하고 있었다고 할 것이므로 이 부분 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

(마) 다섯째 주장부분

원고는 이 사건 각 토지에 이 사건 각 건물이 건축되어 있다고 하더라도 신□□ 등은 이 사건 각 건물을 소유함으로써 그 부지에 해당하는 부분만을 점유, 사용하고 있다고 할 것이므로 적어도 이 사건 각 토지의 부지를 제외한 나머지 토지부분은 원고법인이 증여받은 것으로 보는 출연재산에서 제외되어야 한다는 것이다.

살피건대, 신□□ 등은 이 사건 각 건물을 소유하면서 이를 제3자에 임대하여 사용·수익하여 왔고, 이에 따라 이 사건 각 건물의 임차인들은 이 사건 각 건물의 각 임차 부분을 점유, 사용하면서 그에 부속한 이 사건 각 토지를 마당, 텃밭, 주차장이나 자재보관 장소 등으로 사용하여 왔음은 앞에서 본 바와 같은 바, 사정이 이러하다면, 신□□ 등은 이 사건 각 건물을 소유함으로써 이 사건 각 토지 중 각 그 지상 건물의 부지에 해당하는 부분을 점유, 사용하고 있을 뿐만 아니라 이 사건 각 건물을 제3자에게 임대하여 각 그 임차인들로 하여금 이 사건 각 건물의 부지부분을 제외한 나머지 부속 토지 부분을 점유, 사용하도록 허용하였다고 할 것이므로, 결국 신□□ 등이 이 사건 각 토지 전부를 사용·수익한 것으로 볼 것이다.

원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(바) 여섯째 주장부분

원고는 신□□ 등이 이 사건 각 토지를 사용하여 얻은 임대료상당 수익보다 신□□이 원고 법인에 대여해 주었다가 돌려받지 못한 금원이 더 많으므로 결국 신□□ 등에게 이 사건 각 토지를 무상으로 사용하게 한 것이 아니라는 것이나, 을 제8, 9호 증의 각 1, 2의 각 기재에 변론의 전 취지를 종합하면, 원고의 2001년도 법인회계결산서 및 감사보고서에 토지임대수입금액 결산금액이 0원으로 기재되어 있고, 은행차입금은 643,600,000원, 개입차입금은 260,924,459원으로 이중 197,310,569원은 신□□으로부터 일시 차입하여 학교운영비로 사용한 것으로 되어 있으며, 2002년도 법인회계결산서 및 감사보고서에 토지임대수입금액 결산금액이 0원으로 기재되어 있고, 은행차입금이 1,100,000,000원, 신□□으로부터 개인차입금이 202,460,973원으로 기재되어 있는 사실, 원고와 신□□ 등과 사이에 이 사건 각 토지사용에 대한 임대차계약서 등을 작성한 적이 없는 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 원고가 신□□으로부터 차입한 합계 399,771,542원(197,310,569원 + 202,460,973원)은 신□□이 원고에게 대여한 것으로서 향후 원고로부터 상환 받아야 할 개인 채권으로서 이 사건 각 토지의 임료로 지급되어진 것이 아닐 뿐만 아니라 신□□의 위 대여금채권과 원고의 이 사건 임료채권액을 그 대등액에서 상계하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없는 이상 위 신□□이 원고에게 대여한 금원을 이 사건 각 토지의 사용대가로 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(사) 일곱째 주장부분

원고는, 신□□은 이 사건 각 건물 중 4동의 건물에 근저당권을 설정하여 줌으로써 원고로 하여금 그에 상당한 경제적 이익을 얻도록 하였으므로 신□□ 등이 이 사건 각 토지를 무상으로 사용 · 수익하였음을 전제로 하는 이 사건 증여세 부과처분은 위법하다는 것이다.

살피건대, 신□□은 원고 법인을 채무자로 하여, ○○○시 ○○동 686-2 지상 에이, 비동 건물과 같은 동 715 지상 건물에 관하여 2000. 4. 10. 채권최고액을 19억 5,000만 원으로 하는 근저당권설정등기를, 같은 동 711 지상 건물에 관하여 2001. 3. 9. 채권최고액을 8억 2,500만 원으로 하는 근저당권설정등기를 각 경료 하였고, 위 각 건물에 관하여 다시 2002. 3. 18. 채권최고액을 15억 4,000만 원으로 하는 근저당권설정등기를 경료 하였으며 원고 법인은 위와 같은 근저당권 등을 기초로 하여 ○○은행 등으로부터 금원을 대출받아 이를 운영비 등으로 사용하였음은 앞서 본 바와 같다.

한편, 채무자가 금융기관 등으로부터 금원을 대출받음에 있어 제3자로부터 그 소유인 부동산을 담보로 제공받은 경우, 채무자는 그 부동산의 가액의 범위 내에서 채권최고액을 한도로 하는 피 담보채권액 상당의 담보가치를 제공 받은 것이므로, 채무자가 이로 인하여 얻은 경제적 이득은 위와 같은 담보가치의 사용이익(사용료)상당이라 할 것인데, 원고 법인은 신□□으로부터 위 각 건물을 담보로 제공받음으로써 위와 같은 담보가치의 사용이익 상당의 경제적 이득을 얻었다고 할 것이다.

그러므로 나아가 이와 같은 신□□의 위 각 건물의 담보제공행위가 이 사건 각 토지를 사용함에 대한 일종의 대가의 지급으로 볼 수 있는 지 여부에 관하여 본다.

비록 위 각 건물을 담보로 제공함에 있어 원고 법인과 신□□ 사이에 그 제공에 따른 대가의 지급 등에 관하여 어떠한 명시적인 약정이 있었음을 인정할 아무런 자료가 없기는 하나, 이는 이 사건 각 토지를 사용 · 수익하는 자가 원고 법인의 이사장인 신□□, 신□□의 아들인 신○○, 신□□의 동생인 신■■ 등으로 원고 법인과 특수한 관계에 있어 원고 법인으로서는 소송을 통하여 이 사건 각 토지에 대한 소유권을 취득한 2000. 2. 9. 이후, 그 이전부터 이 사건 각 토지상에 건축되어있던 신□□ 등 소유 건물의 존재나 또 신□□ 등이 위 각 건물을 소유하면서 이를 제3자에 임대하는 등으로 이 사건 각 토지를 사용 · 수익하고 있음에 대하여 그 사용료를 징수하는 등 별다른 문제제기를 한 바 없고, 신□□ 역시 원고 법인의 이사장으로서 그 소유인 위 각 건물을 원고 법인에게 담보로 제공함에 있어 어떠한 대가를 받아야 한다는 인식이 없었기 때문인 것으로 보여 진다.

이와 같은 사정과 위 686-2 지상의 에이, 비동 건물과 715 지상의 건물에 대하여는 원고 법인이 위 각 토지에 대한 소유권을 취득한 2000. 2. 9. 로부터 3개월 이내(상속세및증여세법 제48조 제3항 단서, 같은 법 시행령 제39조 제2항 제1호는 출연 받은 재산을 출연 받은 날로부터 3개월 이내에 한하여 특수 관계자가 사용하는 경우에는 증여의제규정을 배제하고 있다)인 2000. 4. 10. 원고 법인에게 담보로 제공함으로써 원고 법인이 그로 인한 경제적인 이득을 얻은 이상, 적어도 신□□의 위 686-2 토지 및 715 토지에 대한 사용 · 수익과 원고 법인의 위 각 토지상의 각 건물에 대한 담보이용은 서로 대가의 관계에 있다고 보는 것이 합당하다할 것이고, 위 711 지상 건물에 관하여는 원고 법인이 위 토지에 대한 소유권을 취득한 2000. 2. 9. 로부터 3개월이 초과된 2001. 3. 9. 에 이르러서야 신□□으로부터 이를 담보로 제공 받았으므로 위 토지에 관하여 2000. 2. 9. 부터의 사용 · 수익에 대한 대가를 지급한 것으로 볼 수는 없다.

원고는, 위와 같은 신□□의 위 각 건물에 대한 담보제공은 이 사건 각 토지 전부에 대한 사용대가라는 것이나, 앞서 본 바와 같은 담보제공경위에 비추어 볼 때, 위 각 건물의 담보제공으로 인하여 원고가 얻은 이익이 위 각 건물이 축조되어 있는 당해 필지의 토지를 포함하여 이 사건 각 토지에 대한 사용대가인 것으로 볼 수는 없다고 할 것이므로, 위 686-2 및 715 토지를 제외한 나머지 각 토지 부분에 대한 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면, 이 사건 각 토지 중 위 686-2 토지 및 715 토지에 관한 한 신□□이 이를 무상으로 사용 · 수익한 것으로 볼 수 없으므로, 이러한 경우 피고로서는 그 사용 · 수익에 대한 대가를 적정하게 산정하여 그것이 정상적인 대가보다 낮은지 여부를 살펴본 다음 그와 같은 대가가 정상적인 대가보다 낮은 경우 그 차액에 상당하는 출연재산가액에 대하여만 이를 원고 법인이 증여받은 것으로 보고 이에 대하여 증여세를 부과하여야 할 것임에도 그 전부를 증여받은 것으로 보아 증여세를 부과하였으므로 이 사건 증여세 부과처분 중 위 686-2, 715 토지에 대한 부분은 위법하다 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 위 토지에 대한 부분에 한하여 이유 있다.

나아가 위 각 건물을 담보로 제공함으로 인한 대가를 그 사용 · 수익에 대한 정상적인 대가로 볼 수 있는 지 또는 정상적인 대가보다 낮은 것인지 여부에 관하여 보면, 의 686-2 및 715 토지의 사용 · 수익에 대한 정당한 대가는 그 토지에 대한 임료 상당금액이라 할 것이고, 위 각 건물을 담보로 제공함으로 인한 경제적 이익은, 각 건물의 가액의 범위 내에서 채권최고액을 한도로 하는 피 담보채권액 상당의 담보가치를 이용한 이익이라 할 것인데, 위 담보가치를 이용한 이득은 이를 구체적으로 금액으로 산정할 수 없으므로 결국 위 682-2 토지와 715 토지 전체에 대한 증여세 부분을 취소할 수 밖에 없다.

(아) 소결

따라서 이 사건 증여세 부과처분 중 위 686-2, 715 토지에 대한 부분은 위법하므로 이를 취소하고, 나머지 토지들에 대하여만 정당한 증여세액을 계산하면, 별지3 증여세액 계산표의 각 증여자별 총결정세액란 기재와 각 같다.

(2) 법인세 부과처분에 대한 주장에 대하여

(가) 첫 번째 주장에 대한 판단

법인세법 제52조 제1항 및 같은 법 시행령 제88조 제1항 제6호의 규정에 의하면, 내국법인이 특수 관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 이를 그 법인의 소득금액으로 계산할 수 있도록 규정하고, 법인의 자산을 무상으로 제공한 경우에도 이에 포함되는 것으로 규정하고 있다.

이 사건의 경우, 원고와 특수 관계에 있는 신□□ 등이 그 대가를 지불하지 아니하고 이 사건 각 토지를 무상으로 사용 · 수익하고 있음은 앞서 본 바와 같고(앞서 본 바와 같이 ○○○시 ○○농 686-2 및 715 토지는 제외), 또한 공익목적으로 하는 비영리법인이라 하더라도 법인세법 제3조 제1항, 제2항에서 부동산 임대업 등 수익사업으로 인하여 발생하는 소득의 경우에는 법인세납부의무를 부담한다 할 것이며, 신□□이 원고 법인에 대여해 준 금원은 신□□이 원고로부터 향후 반환받아야 할 대여채권액에 불과하고 이를 원고에게 이 사건 각 토지에 대한 임료로 지급하거나 상호간에 상계를 한 바가 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 원고와 특수 관계에 있는 신□□ 등이 이 사건 각 토지를 무상으로 사용함으로써 원고의 소득금액을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 이를 부당행위로서 그 부인금액을 그 법인의 각 사업연도의 소득금액으로 계산하여 한 이 사건 법인세 부과처분에 원고의 위 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 둘째 주장에 대한 판단

원고는 이 사건 각 토지 일부에 이 사건 각 건물이 건축되어 있음에도 피고가 이 사건 각 토지 전체를 그 건물부지로 보고 이를 전제로 하여 법인세를 부과하여 위법하다는 것이나, 앞의 (1)의 (마)항에서 판단한 바와 같이 신□□ 등이 각 그 토지의 전체를 사용 · 수익하고 있다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(다) 셋째 주장에 대한 판단

살피건대, 원고가 신□□으로부터 그 소유의 ○○○시 ○○동 686-2, 715 소재 각 건물을 담보로 제공받아 이를 이용하여 금융기관으로부터 대출을 받아 원고 법인 운영비로 사용함으로써 경제적 이익을 얻었고 그 이익은 신□□이 위 686-2, 715 토지를 사용하는 것에 대한 대가로 봄이 합당함은 위 (1)의 (사)항에서 판단한 바와 같으므로, 이러한 경우 피고로서는 원고 법인이 얻은 경제적 이익을 가액으로 산출하여 그 토지 등의 정당한 사용 · 수익에 대한 대가와 비교하여 정당한 대가보다 적은 차액부분에 한하여 이를 부당행위로서 계산부인하여 원고의 각 사업연도의 소득금액으로 익금산입 하였어야 할 것임에도 위 2필지 토지도 신□□이 이를 무상으로 사용하고 있음을 전제로 하여 그 토지 이용대가 전액을 원고의 각 사업연도 소득금액으로 익금산입하여 이 사건 법인세를 산출하였으니, 이 사건 법인세 중 위 2필지에 대한 이용대가 부분은 위법하다 할 것이고, 그와 같은 경제적 이익은 이를 구체적인 금액으로 산정할 수 없음은 위 (1)의 (사)항에서 판단한 바와 같으므로 결국 위 2필지에 대한 이용대가 전부를 익금산입액에서 제외하여야 할 것이다.

원고의 이 부분 주장은 위 인정범위 내에서 이유 있다.

그 밖에 신□□이 위 711 지상 건물에 관하여도 담보로 제공하였으니 그 사용 · 수익에 대한 대가를 지급한 것으로 보아야 한다는 주장이나, 위와 같은 신□□의 위 각 건물에 대한 담보제공은 이 사건 각 토지 전부에 대한 사용대가라는 주장은 앞의 (1)의 (사)항에서 살펴본 바와 같이 이를 받아들일 수 없다.

(라) 넷째 주장에 대한 판단

원고는 하나의 사실관계에 대하여 증여세에 이어 법인세까지 부과하는 것은 이중과세로서 위법하다는 것이나, 증여세와 법인세는 그 과세요건 등을 서로 달리하는 것으로서 각각의 과세요건에 따라 별도로 부과되어야 할 것이므로 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(마) 소결

따라서 이 사건 각 법인세 부과처분 중 위 686-2, 715 토지의 이용대가를 원고의 각 사업연도에 익금산입 하여 산출한 법인세부분은 위법하다 할 것이므로, 이 사건 각 토지에 대한 이용대가 중 위 2필지에 대한 이용대가를 제외한 나머지 토지에 대한 이용대가만을 각 사업연도의 부당행위계산 부인금액을 산정하면, 별지4 연도별 부당행위계산 부인액 계산내역의 각 기재와 같고, 이 금액을 원고의 각 사업연도 소득에 익금산입 하여 정당한 법인세액을 산출하면, 별지5 법인세액 산출내역의 각 사업연도별 차감 징수할 세액란 기재와 같다.

3. 결론

그렇다면, 피고가 2005. 1. 6. 원고에 대하여 한 각 증여세 부과처분 중 별지1 부과처분목록의 각 증여자별로 정당한 세액란 기재 각 금원을 초과하는 부분, 각 법인세 부과처분 중 같은 목록의 각 사업연도별로 정당한 세액란 기재 각 금원을 초과하는 부분은 각 위법하여 그 취소를 면할 수 없다고 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

(별지1) 부과처분목록

부과일자

세목

당초세액(원)

(가산세포함)

정당한 세액(원)

(가산세포함)

비고

2005. 1. 6.

증여세

444,843,840

227,122,159

정○○분(1.5/7.5)

증여세

250,422,480

124,276,515

신□□분(1/7.5)

증여세

250,422,480

124,276,515

신●●분(1/7.5)

증여세

250,422,480

124,276,515

신△△분(1/7.5)

증여세

250,422,480

124,276,515

신◎◎분(1/7.5)

증여세

250,422,480

124,276,515

신▽▽분(1/7.5)

증여세

250,422,480

124,276,515

신☆☆분(1/7.5)

증여세

합계

1,947,378,720

972,781,249

2005. 1. 6.

법인세

3,522,369

2,184,641

2000사업연도

(1999.3.1.~2000.2.29.)

법인세

86,160,563

45,761,224

2001사업연도

(2000.3.1.~2001.2.28.)

법인세

49,888,440

26,230,110

2002사업연도

(2001.3.1.~2002.2.28.)

법인세

29,728,428

16,596,709

2003사업연도

(2002.3.1.~2003.2.28.)

법인세

합계

169,299,800

90,772,684

(별지2) 토지 및 건물 현황

지번

(○○○시

○○동)

면적

건물

건물

보존등기

건물

이전등기

토지사용현황

1

312-4

167㎡

근린생활시설 및 주택

1층 50.67㎡

2층 50.67㎡

2006.11.2.

○○○시

2006.11.2.

신□□

건물부지 및 텃밭

2

685-12

693㎡

근린생활시설 및 주택

1층 181.19㎡

2층 181.19㎡

2003.3.13.

○○○시

2003.3.13.

신□□

건물부지, 주차장,

자재보관장 (담으로 구분)

3

686-2

1774.8㎡

근린생활시설 및 주택

1층 175.57㎡

2층 175.57㎡

부속건물 72㎡

2000.4.1.

○○○시

2000.4.1.

신□□

2000.4.10.

근저당권

건물부지, 마당, 텃밭, 주차장 등

(무허가 건물 있고, 담으로 구분)

근린생활시설 및 주택

1층 94.74㎡

2층 94.74㎡

4

687-1

107.6㎡

무허가 3층 건물

무허가

신■■

건물부지

5

687-3

1393.4㎡

근린생활시설 및 주택

1층 255.11㎡

2층 255.11㎡

2003.8.14.

○○○시

2003.8.13.

신□□

건물부지, 주차장 등

6

688

287㎡

근린생활시설

지하1층 166.81㎡

지상1층 내지 5층

각 385.89㎡

옥탑층 35.2㎡

2004.6.11.

신□□

건물부지

7

688-1

188.2㎡

8

688-8

990.1㎡

근린생활시설 및 주택

1층 224.07㎡

2층 224.07㎡

2003.4.15.

○○○시

2003.4.15.

신□□

건물부지, 주차장 등

9

689-11

141.9㎡

근린생활시설 및 주택

1층 내지 3층

각 81.58㎡

지층 111.68㎡

1997.8.20.

신○○

1997.8.20.

신●●

건물부지

10

711

762.2㎡

점포 및 주택

1층 420.99㎡

2층 420.99㎡

2001.3.9.

○○○시

2001.3.9.

신□□

2001.3.9.

근저당권

건물부지, 주차장 등

11

715

1035.6㎡

점포 및 주택

1층 456.43㎡

2층 456.43㎡

2000.4.1.

○○○시

2000.4.1.

신□□

2000.4.10.

근저당권

건물부지, 기숙사 마당

(담으로 구분)

12

715-1

142.7㎡

차고 및 사무실

(44.99㎡)

건축물대장

1974.7.9.

신○○

명의등록

건물부지(담으로 구분)

(별지3) 증여세액 계산

성명

지분

증여세 과세가액(과세표준)의 계산

세율

산출세액

가산세

총결정세액

차감고지세액

당초 결정

차감

본 건

신고불성실

납부불성실

정○○

1.5/7.5

1,194,365,602

453,598,560

740,767,042

30%

162,230,113

32,446,023

32,446,023

227,122,159

227,122,159

신□□

1/7.5

796,243,733

302,399,040

493,844,693

20%

88,768,939

17,753,788

17,753,788

124,276,515

124,276,515

신●●

1/7.5

796,243,733

302,399,040

493,844,693

20%

88,768,939

17,753,788

17,753,788

124,276,515

124,276,515

신△△

1/7.5

796,243,733

302,399,040

493,844,693

20%

88,768,939

17,753,788

17,753,788

124,276,515

124,276,515

신◎◎

1/7.5

796,243,733

302,399,040

493,844,693

20%

88,768,939

17,753,788

17,753,788

124,276,515

124,276,515

신▽▽

1/7.5

796,243,733

302,399,040

493,844,693

20%

88,768,939

17,753,788

17,753,788

124,276,515

124,276,515

신☆☆

1/7.5

796,243,733

302,399,040

493,844,693

20%

88,768,939

17,753,788

17,753,788

124,276,515

124,276,515

합계

7.5/7.5

5,971,828,000

2,267,992,800

3,703,835,200

694,843,747

138,968,751

138,968,751

972,781,249

972,781,249

(별지4) 연도별 부당행위계산부인액 계산내역

2000사업연도(1999. 3. 1. ~ 2000. 2. 29.)

구분

토지평가액

대상제외2필지

대상금액

부당행위금액(신□□)

신●●

신■■

부당행위금액합계

합 계

당초결정

5,814,964,900

5,814,964,900

11,351,130

199,700

106,500

11,657,330

11,657,330

경정결정

5,814,964,900

2,267,992,800

3,546,972,100

6,923,883

199,700

106,500

7,230,083

7,230,083

2001사업연도(2000. 3. 1. ~ 2001. 2. 28.)

구분

토지평가액

대상제외2필지

대상금액

부당행위금액(신□□)

신●●

신■■

부당행위금액합계

합 계

당초결정

5,814,964,900

5,814,964,900

72,886,203

1,243,400

683,800

74,813,403

5,790,581,200

5,790,581,200

144,566,222

2,501,100

1,362,000

148,429,322

223,242,725

경정결정

5,814,964,900

2,267,992,800

3,546,972,100

44,458,622

1,243,400

683,800

46,385,822

5,790,581,200

2,248,320,000

3,542,261,200

88,435,219

2,501,100

1,362,000

92,298,319

138,684,141

2002사업연도(2001. 3. 1. ~ 2002. 2. 28.)

구분

토지평가액

대상제외2필지

대상금액

부당행위금액(신□□)

신●●

신■■

부당행위금액합계

합 계

당초결정

5,790,581,200

5,790,581,200

19,632,449

339,600

184,900

20,156,949

5,790,581,200

5,790,581,200

152,744,426

2,642,600

1,439,000

156,826,026

176,982,975

경정결정

5,790,581,200

2,248,320,000

3,542,261,200

12,009,721

339,600

184,900

12,534,221

5,790,581,200

2,248,320,000

3,542,261,200

93,438,057

2,642,600

1,439,000

97,519,657

110,053,878

2003사업연도(2002. 3. 1. ~ 2003. 2. 28.)

구분

토지평가액

대상제외2필지

대상금액

부당행위금액(신□□)

신●●

신■■

부당행위금액합계

합계

당초결정

5,790,581,200

5,790,581,200

12,421,986

241,900

117,000

12,780,886

5,790,581,200

5,790,581,200

34,664,164

599,700

326,600

35,590,464

6,079,360,500

6,079,360,500

79,681,262

1,372,600

750,300

81,804,162

130,175,512

경정결정

5,790,581,200

2,248,320,000

3,542,261,200

7,598,878

241,900

117,000

7,957,778

5,790,581,200

2,248,320,000

3,542,261,200

21,205,043

599,700

326,600

22,131,343

6,079,360,500

2,374,788,000

3,704,572,500

48,555,273

1,372,600

750,300

50,678,173

80,767,294

(별지5) 법인세 산출내역

구 분

2000사업연도

(1999.3.1.

~2000.2.29.)

2001사업연도

(2000.3.1.

~2001.2.28.)

2002사업연도

(2001.3.1.

~2002.2.2.28.)

2003사업연도

(2002.3.1.

~2003.2.28.)

결산서상

당기순이익

소득

금액

조정

익금산입

7,230,083

138,684,141

110,053,878

80,767,294

손금산입

0

0

0

0

차가감소득금액

7,230,083

138,684,141

110,053,878

80,767,294

각사업연도

소득금액

7,230,083

138,684,141

110,053,878

80,767,294

이월결손금

과세표준

7,230,083

138,684,141

110,053,878

80,767,294

세율

16.0%

28.0%

28.0%

16.0%

산출세액

1,156,813

26,831,559

18,8

심급 사건

참조조문