2. 소송비용은 원고가 부담한다.

"가. 원고는 1986. 3. 27. 남양주시 진접읍 XX리 000-1 전 1,075㎡' 1987. 4. 27. 같은 리 000 전 66㎡, 같은 리 000-1 전 1,739㎡ 합계 3필지 2,880㎡(이하이 사건 농지')를 취득한 후 2010. 2. 9. 국가(소관청: 국토해양부)에 도로수용을 원인으로 000원에 양도했다.", "나. 원고는 양도소득세 신고를 하면서 이 사건 농지를 구 조세특례제한법(2010. 3. 12. 법률 제10068호로 개정되기 전의 것, 이하 같다,구 조세특례제한법') 제69조에서 정한 8년 이상 자경농지로 보아 양도소득세 산출세액 000원에 대해 양도소득세 전액 감면신청을 했다.",다. 피고는 원고가 이 사건 농지를 자경하지 않은 것으로 보아 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정의 적용을 배제하고, 2011. 1. 3. 원고에게 구 조세특례제한법 제77조 (공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면)를 적용(20% 감면)하여 양도소득세 000원 및 농어촌특별세 000원 합계 000원을 경정・고지하는 이 사건 처분을 했다.

라. 원고는 전심절차(이의신청, 조세심판청구)를 거쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제2호증, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장 요지

"'(1) 원고는 이 사건 농지 소재지에 거주하면서 8년 이상 직접 경작했으므로 구 조세특례제한법 제69조에 의한 양도소득세 감면을 받아야 한다.",(2) 원고가 1998년도에 이 사건 농지와 비슷한 시점에 매수한 인접한 토지에 대해 자경 농지임을 이유로 양도소득세 감면결정을 받았고, 이 사건 농지와 인접한 원고의 모 현AA 소유의 농지도 진술서 등 자료만으로 감면결정을 받았는데, 이는 피고가 공적 견해를 표명한 것으로 봐야 하며 원고는 이를 신뢰해 이 사건 농지에 대해서도 양도소득세 감면신청을 했다. 그런데 피고가 자신의 선행 견해표명과는 다른 결정을 해 원고에게 양도소득세를 부과하는 이 사건 처분을 했으므로 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 위법하다.

나. 원고의 (1)주장에 대한 판단

구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문은 '농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(괄호 생략)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다'라고 규정하고, 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제13항 (2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 신설된 것임, 이하 '신설규정')은 '법 제69조 제1항에서 직접 경작이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다'라고 규정하고, 농지법 제2조 제5호에서는 '자경이란 농업인이 그 소유 농지에서 농작물 경작 또는 다년생 식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유 농지에서 농작물을 경작하거나 다년생 식물을 재배하는 것을 말한다'라고 규정하고 있다.

위와 같이 구 조세특례제한법 제69조 제1항에서 8년 이상 직접 경작한 토지를 양도소득세 면제 대상으로 선언하면서 그 구체적인 범위를 대통령령에서 정하도록 위임하고 있는바, 그 위임을 받은 시행령 제66조 제4항에서 8년 이상 자기가 경작한 농지 중 제외 되는 대상을 규정하고, 제13항에서는 농지법 제2조 제5호의 자경 규정과 통일한 내용으로 '직접 경작'의 의미를 구체화하여 규정한 것이므로, 신설규정이 위임 근거 규정이 없다거나 위임입법의 한계를 벗어난 것으로서 무효의 규정이라 할 수 없다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 참조).

이와 같이 무효의 규정으로 볼 수 없는 신설규정에서 직접 경작의 의미를 명확 하게 규정하고 있는바, 여기에 거주자가 생계나 세대를 같이하는 가족으로 하여금 경작하게 한 경우가 포함되는 것으로 해석하는 것은 문리적 해석 범위를 넘어서는 것으로 허용될 수 없고 또한 농지의 자경 사실은 이를 주장하는 자가 입증할 책임이 있다.

살피건대, 원고는 수의사로 이 사건 농지를 보유한 20여 년의 거의 대부분을 동물병원, OO섬유, 주식회사 YY, 주식회사 △△주류 등을 경영한 점, 그 사업소득 및 근로소득 금액도 상당한 점, 원고가 이 사건 농지를 취득한 1986 내지 1987년경 이 사건 농지를 포함해 소유한 토지의 규모가 11필지로 면적은 23,000여 ㎡에 달한 점 등을 감안할 때(갑 제2, 3호증, 을 제2호증, 변론 전체의 취지), 갑 제4 내지 16호증의 각 기재와 증인 박BB의 증언만오로는 원고가 이 사건 농지에서 8년 이상 동안 직접 경작 즉, 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배했다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 원고의 (2)주장에 대한 판단

조세특례제한법은 조세의 감면 특례뿐만 아니라 조세의 중과 특례, 조세의 특례 제한을 사전에 예정하고 있고(제1조), 감면에 대한 기대와 신뢰는 본래부터 영구적인 것이 아니라 법령의 개정에 따라 신축적・잠정적・일시적이고, 앞서 본 바와 같이 구 조세특례제한법상 자경의 개념에 관해 대통령령으로 2006. 2. 9. 신설규정이 시행된 후 현재까지 적용되고 있다. 설령 원고가 농지에 대한 8년 자경의 개념 및 분류와 관련해 개정 전 구법의 해석에 따라 이 사건 농지에 대하여 계속 감면대상 자경농지로 분류되리라고 신뢰했다 하더라도 감면대상 자경농지에 대한 양도소득세액 감면 조항의 신설배경 및 취지, 입법경과 등에 비춰 볼 때, 그러한 원고의 신뢰가 개정된 구 조세특례제한법의 신설규정 적용에 관한 공익상의 요구와 비교・형량하여 더 보호가치 있는 신뢰에 해당되지 않으므로 위 조항의 적용이 제한되어야 한다고 볼 수도 없다. 또한 원고 주장과 같이 1998년도에 원고가 이 사건 농지 인근 토지의 양도에 대해 원고가 자경을 이유로 감면을 적용받았거나 원고의 모 소유의 토지에 대한 양도소득세 감면결정이 있다고 하더라도 그러한 사정만으로는 신설규정에 따라 원고에게 감면적용을 배제하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분이 신의성실 원칙에 반한다고 할 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없고, 피고가 이 사건 농지에 대한 양도소득세 감면규정을 배제하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 어느 모로 보나 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.