1. 대한민국과 일본국 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세 방지를 위한 협약(이하 ‘한일조세협약’이라고 한다) 제13조 제2항은 ‘일방체약국의 거주자가 타방체약국의 거주자인 법인이 발행한 주식의 양도로부터 얻는 이득에 대하여는 양도자에 의하여 획득되거나 소유된 주식이 양도가 발생한 과세연도 중 어느 때라도 동 법인이 발행한 총 주식의 25% 이상이고 그 양도자에 의하여 그 과세연도 동안 양도된 총 주식이 동 법인이 발행한 총 주식의 5% 이상인 경우 타방체약국에서 과세할 수 있다’고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법(2003. 12. 30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제93조 제10호 (가)목 은 법인세 과세대상인 외국법인의 국내원천소득의 하나로 ‘내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 기타의 유가증권의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 규정하고, 제98조 제1항 제4호 는 ‘외국법인에 대하여 제93조 제10호 의 규정에 의한 국내원천소득을 지급하는 자는 그 지급하는 때에 그 지급액의 10%를 당해 법인의 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 납세지 관할세무서장 등에 납부하여야 한다’고 규정하고 있다.

2. 원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 일광금속 주식회사(이하 ‘이 사건 분할법인’이라고 한다)는 일본국 법인으로서 2003. 10. 1. 일본국 상법에 따라 금속가공사업 부문을 분할하여 이를 신설되는 일광금속가공 주식회사(이하 ‘이 사건 분할신설법인’이라고 한다)로 하여금 승계하도록 하면서, 그 대가로 이 사건 분할신설법인이 발행하는 주식은 이 사건 분할법인의 발행주식 전부를 소유하고 있던 신일광HD 주식회사에 모두 배정되도록 한 사실(이하 이를 ‘이 사건 법인분할’이라고 한다), ② 그 과정에서 이 사건 분할법인은 금속가공사업 부문에서 자산으로 보유하고 있던 주식회사 피엔티의 발행주식 16만 주(지분율 약 40%)와 우진정밀공업 주식회사의 발행주식 86만 주(지분율 약 72%)(이들을 합하여 이하 ‘이 사건 주식’이라고 한다)도 장부가액으로 이 사건 분할신설법인으로 하여금 승계하도록 하였는데, 주식회사 피엔티와 우진정밀공업 주식회사는 모두 내국법인인 사실, ③ 이 사건 분할신설법인은 이 사건 주식의 승계로 인하여 이 사건 분할법인에 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목 이 규정하는 주식의 양도로 인한 국내원천소득이 발생하였다고 보아 그에 대한 법인세 2,298,298,000원을 원천징수하여 2003. 11. 10. 이를 관할세무서에 납부한 사실, ④ 주식회사 일광 마테리아르즈는 2006. 4. 1. 이 사건 분할법인과 이 사건 분할신설법인을 흡수합병하여 상호를 원고로 변경한 사실 등을 인정하였다.

원심은 이러한 사실을 토대로 하여, 이 사건 법인분할은 이 사건 분할법인의 영업 일부를 이 사건 분할신설법인이 승계하면서 이 사건 분할신설법인의 발행주식을 이 사건 분할법인의 주주들에게 그 지분비율에 따라 배정하였으므로 비례적 인적분할에 해당하고, 구 법인세법은 이와 같은 비례적 인적분할에 의하여 분할법인의 자산이 분할신설법인으로 승계되는 경우 그에 따른 소득을 분할법인의 청산소득과 분할신설법인의 분할평가차익으로 취급하여 그에 대한 과세를 완화하고 있을 뿐 분할법인의 양도소득으로 취급하지 않는다는 등의 이유로, 비례적 인적분할에 해당하는 이 사건 분할에 수반하여 이 사건 주식이 이 사건 분할법인으로부터 이 사건 분할신설법인으로 승계된 것은 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목 이 규정하는 ‘주식의 양도’에 해당하지 않는다고 보아 원고는 법인세 2,298,298,000원을 납부할 의무가 없고, 따라서 피고는 원고에게 그 법인세액을 반환할 의무가 있다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

외국법인의 분할에 따라 분할법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식을 분할신설법인에게 이전하는 것이 한일조세협약 제13조 제2항 및 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목 에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당하는지 여부는 법인분할에 따른 주식의 이전을 계기로 당해 주식에 내재된 가치증가분이 양도차익으로 실현되었다고 보아 이를 과세대상 소득으로 삼을 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다.

구 법인세법 제48조 제1항 은 내국법인이 분할한 후 존속하는 경우 그 분할로 인하여 발생하는 소득금액은 분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 분할대가의 총합계액에서 분할로 감소한 자기자본을 차감하여 계산하도록 규정하면서, 구 법인세법 시행령(2003. 11. 29. 대통령령 제18146호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고 한다) 제84조 제1항 제1호 , 제14조 제1항 제1호 (가)목 , (다)목 은 그 분할대가로 취득하는 재산이 주식인 경우에는 취득당시의 시가에 의하되, 다만 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 와 제2호 의 요건을 갖춘 경우에 한하여 액면가액에 의하도록 규정하고, 구 법인세법 제46조 제1항 은 제1호 에서 ‘분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 분할하는 것일 것’을, 제2호 에서 ‘분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식이고 그 주식이 분할법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것’을 각 규정하고 있다.

이와 같이 내국법인의 경우 구 법인세법 제48조 제1항 , 구 법인세법 시행령 제84조 제1항 제1호 , 제14조 제1항 제1호 (가)목 , (다)목 은 법인분할에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 와 제2호 의 요건을 갖춘 경우에 한하여 분할법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 양도차익이 산출되지 않도록 하여 분할신설법인이 당해 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있는 점, 이에 비하여 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인의 분할에 따른 그 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니한 점, 외국법인의 분할에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인의 분할에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유가 없는 점을 종합하면, 이 사건 법인분할은 외국법인의 분할이므로 그에 따른 이 사건 주식의 이전은 한일조세협약 제13조 제2항 및 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목 에서 말하는 주식의 양도에 해당한다고 해야 할 것이다.

그런데도 원심은 그 판시와 같은 이유로 이 사건 회사분할에 따른 이 사건 주식의 이전이 구 법인세법 제93조 제10호 (가)목 에서 말하는 ‘주식의 양도’에 해당하지 않는다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 분할회사의 자산양도소득 과세에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 잘못이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.