1. 주위적 청구에 관하여

과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 감액경정처분으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송 대상은 당초의 부과처분 중 경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 경정처분이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부, 제소기간의 준수 여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 한다. 이러한 법리는 국세심판원이 심판청구를 일부 인용하면서 정당한 세액을 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 당해 행정청으로 하여금 구체적인 과세표준과 세액을 결정하도록 함에 따라 이루어진 감액경정처분의 경우에 있어서도 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한사정이 없는 한 마찬가지로 적용된다고 할 것이다 ( 대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768 판결 , 대법원 1998. 5. 26. 선고 98두3211 판결 등 참조).

원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고는 이 사건 각 처분에 대하여 이 사건 건물의 취득가액, 위 건물에 대한 자본적 지출액 등 합계 13억 8,280여 만 원을 부당하게 인정하지 않고 과세표준을 산정한 결과라고 다투면서 국세심판원에 심판청구를 하였는데 반하여, 국세심판원은 원고의 주장 중 자본적 지출액으로서 3,900만 원은 인용하고, 피고로 하여금 약 6억 990만 원의 금액이 자산의 취득가액 및 자본적 지출액으로 인정될 수 있는지 여부를 재조사하여 과세표준과 세액을 다시 결정하도록 하며, 원고의 나머지 청구를 기각한다는 취지로 결정하였는바, 원고는 위 심판결정만으로 그 쟁송목적을 전부 달성한 것이 아님이 명백하므로 원고로서는 위 심판결정의 취지에 따른 행정청의 새로운 처분을 기다릴 필요 없이 바로 위 심판결정에 대하여 행정소송을 제기하여 이 사건 각 처분에 대한 취소를 구하였어야 하는데, 원고는 위 심판결정서를 송달받은 때로부터 90일이 이미 경과한 이후에야 이 사건 각 처분에 대한 취소를 구하는 이 사건 소송을 제기하였으므로 원고의 이 사건 소 중 이 사건 각 처분에 대한 취소청구의 부분은 부적법하다고 판단하였다.

위 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같은 위법이 없다.

2. 예비적 청구에 관하여

원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 이 사건 건물의 양도차익과 관련하여 사업연도의 소득에 대한 법인세 외에 특별부가세를 부과하는 것은 이중과세에 해당하지 아니하므로 위 특별부가세의 근거규정이 위헌·무효이고 따라서 이에 근거한 이 사건 특별부가세 부과처분은 무효라는 취지의 원고 주장을 배척하였는바, 관계 법령에 비추어 살펴보면 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같은 위법이 없다.

3. 결 론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하는 것으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.