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기각
연구.인력개발비 세액공제를 부인하여 과세한 처분의 당부(기각)

조세심판원 조세심판 | 조심2011중2017 | 법인 | 2011-07-22

[사건번호]

조심2011중2017 (2011.07.22)

[세목]

법인

[결정유형]

기각

[결정요지]

청구법인이 창업일로부터 5년이 경과한 점, 청구법인은 실제 연구전담요원은 3인에 불과한 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, 이 건 과세처분은 잘못이 없음

[관련법령]

조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 / 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.11.14. 창업하여 살균 및 악취제거제 등의 제조·판매를 영위하는 법인으로서 OOO OOO OOO OOO OOO파크에 사업장과 기업부설연구소(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 운영하고 있으며, 2008 및 2009사업연도 법인세 신고시 쟁점연구소 직원에게 지급한 인건비와 재료비를 「조세특례제한법」제10조에 따른 연구·인력개발비로 보아 세액공제를 신청하였다.

나. 처분청은 청구법인에 대한 탈세제보를 받고 이에 대한 현장확인 결과 청구법인이「기술개발촉진법」에 따른 기업부설연구소 설립요건을 충족하기 위해 실제로 쟁점연구소에 근무하지 않는 황OO 및 변OO(이하 “쟁점연구원들”이라 한다)을 연구전담요원으로 허위등재하여 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받았다 하여 청구법인이 감면받은 연구·인력개발비 세액공제를 부인하고 2010.12.17. 청구법인에게 2008 및 2009사업연도 법인세 11,438,660원, 16,618,470원을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.2.28. 이의신청을 거쳐 2011.5.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

황OO와 변OO(쟁점연구원들)은 2007.7.2.부터 쟁점연구소에서 근무를 시작하여 각각 2008.9.9., 2009.6.15. 퇴직하였으며, 동 근무기간 동안 쟁점연구원들이 OOOO컨설턴트로부터 받은 별도의 수입이 있었다는 이유만으로 이들을 쟁점연구소의 연구전담요원이 아니라 하여 기업부설연구소 인정(기업부설연구소로 인정받기 위해서는 연구전담요원 5인이 필요하며, 쟁점연구원들을 제외시 쟁점연구소의 연구전담요원은 3인임)을 부인하고 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

설령, 쟁점연구원들이 쟁점연구소의 연구전담요원이 아니라 하더라도 청구법인은 2007.3.26. 벤처기업으로 인정받았고, 벤처기업의 경우 기업부설연구소로 인정받기 위한 연구전담요원의 수는 2인 이상이며, 쟁점연구소의 연구전담요원은 3인이므로 이 건 법인세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

처분청은 쟁점연구소가「기술개발촉진법」상 기업부설연구소로 인정받기 위해서는 연구전담요원이 5인 이상 있어야 하나 쟁점연구소는 연구전담요원이 3인 밖에 없어 청구법인의 공동창업자이자 주주인 백OO(OO대학교 보건대학원 교수)이 운영하고 있는 OOOO컨설턴트에서 연구원으로 근무하는 쟁점연구원들을 쟁점연구소의 연구전담요원으로 등재하였다는 제보를 받고 이를 확인한 결과 사실로 확인되었다.

또한, 청구법인은 벤처기업으로서 연구전담요원이 2인 이상이면 기업부설연구소로 인정받을 수 있는 바 쟁점연구소는 쟁점연구원들을 제외하더라도 연구전담요원이 3인이므로 이 건 법인세 부과처분은 부당하다고 주장하고 있으나,「기술개발촉진법 시행령」에서 연구전담요원이 2인 이상임에도 기업부설연구소로 인정되는 벤처기업은 창업일로부터 5년까지의 벤처기업에 한정하고 있어 창업일(2001.11.14.)로부터 5년이 경과한 청구법인의 경우 이를 적용받을 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점연구소가기업부설연구소의 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구법인의 연구·인력개발비 세액공제를 부인한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2008.12.26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(괄호 생략)이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

(2) 조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다.

【별표 6】연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)

구분

비용

1. 기술개발

가. 자체기술개발

① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품·부품·원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구·시험용 시설(제10조제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목ⓛ에 규정된 기관의 연구·시험용 시설의 이용에 필요한 비용

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2009.4.7. 기획재정부령 제70호로 개정되기 전의 것) 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다.

②영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 "기획재정부령이 정하는 자"라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

(4) 기술개발촉진법(2011.3.9. 법률 제10445호로 개정되기 전의 것) 제7조【특정연구개발사업의 추진 등】① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 "특정연구개발사업"이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다.

2.연구인력·시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 "기업연구소"라 한다) 및 기업의 연구개발전담부서

(5) 기술개발촉진법 시행령(2011.3.30. 대통령령 제22787호로 개정되기 전의 것) 제15조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제7조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소"라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. (후단 생략)

1. 「중소기업기본법」제2조에 따른중소기업자가 설립한 기업부설연구소: 5명 이상. 다만, 2009년 7월 1일부터 2011년 6월 30일까지는 3명 이상으로 한다.

3. 교육과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조의 규정에 의한벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다)

③ 제1항 및 제2항에 따른 연구전담요원은「대학설립ㆍ운영 규정」에 따른 자연과학계열ㆍ공학계열 및 의학계열(이하 "자연계분야"라 한다)의 학사 이상의 학위를 가졌거나「국가기술자격법」에 따른 기술ㆍ기능분야의 기사 이상의 기술자격을 가진 자이어야 한다. (단서 생략)

④ 제3항에도 불구하고 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업의 기업부설연구소 및 전담부서의 경우에는 전문대학에서 자연계분야에 관한 학과의 소정의 과정을 마치고 졸업한 자 또는 이와 동등 이상의 학력이 있다고 인정되거나「국가기술자격법」에 따른 기술ㆍ기능분야의 산업기사 이상의 기술자격을 가진 자로서 해당 연구분야에 2년 이상 근무한 자를 연구전담요원으로 할 수 있다. (단서 생략)

(6) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조【기업부설연구소의 신고 등】②영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제출한 자료에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 2007.7.2. 한국산업기술진흥협회장에게 제출한 기업부설연구소 신고서의 연구원 현황은 아래와 같다.

O) OOOOOO

(나) 한국산업기술진흥협회장이 2010.3.17. 발급한 기업부설연구소인정서(OOOOOOOOOO)에서 청구법인의 공기과학연구소를 「기술개발촉진법」제16조동법 시행령 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정(OOOOO OOOOOOOOOO)한다고 기재되어 있다.

(다) 기술보증기금 이사장이 2007.3.26. 발급한 벤처기업확인서(OOOOOOOOOOOOO)에는 청구법인이 「벤처기업 육성에 관한 특별조치법」제25조에 따라 벤처기업임을 확인한다고 기재되어 있으며, 기술보증기금의 벤처확인·공시시스템에서 청구법인이 2007.3.26.부터 2012.3.25.까지 벤처기업인 것으로 나타난다.

(2) 청구법인의 2007 ~ 2009사업연도 법인세 과세표준 신고서에 따른 연구·인력개발비 세액공제 내역은 아래와 같다.

(단위 : 천원)

사업연도

수입금액

과세표준

산출세액

세액공제

납부세액

2007

218,257

△28,795

0

0

0

2008

772,195

74,797

8,227

8,227

0

2009

1,019,311

130,850

14,393

14,393

0

(3) 처분청의 탈세제보자료 현장확인 보고서(2010년 10월)에 따르면, 황OO와 변OO(쟁점연구원들)은 쟁점연구소에서 근무하였다고 주장하는 기간(황OO는 2007년 7월 ~ 2008년 9월, 변OO은 2007년 7월 ~ 2009년 6월) 동안 청구법인의 공동창업자이자 주주인 백OO(OOOOO OOOOO OO)이 운영하는 OOOOO OOO OO동 소재의 OOOO컨설턴트에서 근무하면서 2007년에는 각각 4,820만원씩, 2008년에는 각각 3,297만원, 4,947만원의 소득이 발생(변OO은 2009년에도 5,905만원 발생함)하였고,

청구법인의 대표자인 김OO는 청구법인이 쟁점연구원들에게 지급한 급여를 차용해서 사용하고 이에 대한 대가로 추후 김OO가 소유하고 있는 주식을 주당 5,000원에 쟁점연구원들에게 양도하기로 약속한 차용증을 제시하였으나 처분청의 현장확인일까지 주식이 양도된 사실이 없으며, 황OO는 청구법인에 근무할 당시 OOOOO OO학 박사과정에, 변OOO OOOOO OOOOO 석사과정에 재학 중이었으나 청구법인으로부터 받은 급여는 월 120만원 수준에 불과하여 이들의 학력을 감안할 때 쟁점연구원들이 쟁점연구소에서 실지로 근무하였다고 보기 어렵고,

처분청이 청구법인에게 쟁점연구원들의 업무실적 제출을 요구하였으나 청구법인은 쟁점연구원들로부터 받은 이메일 자료들만을 제출하였는 바, 이는 실내 공기오염의 위험성에 관한 신문보도자료 내지는 쟁점연구원들이 과거 대학원 과정(2005년)에서 제출한 논문 등으로 이를 청구법인에서 연구한 실적으로 볼 수는 없고 이외에 연구실적을 입증할 수 있는 다른 증빙자료는 없다고 기재되어 있다.

(4) 「조세특례제한법」제10조에 따라 연구·인력개발비 세액공제를 받기 위한 기업부설연구소는 「기술개발촉진법 시행규칙」제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소로서 동 연구소는 「기술개발촉진법 시행령」제15조 제1항에 따라 연구전담요원이 중소기업의 경우에는 5인 이상, 벤처기업의 경우에는 2인 이상(창업일로부터 5년간에 한한다) 늘 확보된 연구소라고 규정되어 있다.

(5) 살피건대, 청구법인은 황OO와 변OO(쟁점연구원들)이 각각 2007.7.2. ~ 2008.9.9., 2007.7.2. ~ 2009.6.15.까지 쟁점연구소에서 근무하였음에도 OOOO컨설턴트로부터 별도의 수입을 받았다는 이유만으로 이들을 쟁점연구소의 연구전담요원이 아니라 한 처분은 부당하며, 설령 쟁점연구원들을 제외한다 하더라도 동 법인은 벤처기업으로 쟁점연구소에서 근무하는 연구전담요원이 2인 이상인 경우에도 쟁점연구소는 기업부설연구소로 인정된다고 주장하고 있으나,

청구법인이 쟁점연구소에 쟁점연구원들을 허위로 등재하여 연구·인력개발비 세액공제를 감면받았다는 탈세제보가 있었고, 쟁점연구원들이 쟁점연구소에서 근무하였다고 주장하는 기간 동안 청구법인의 공동창업자이자 주주인 백OO이 운영하는 OOOO컨설턴트에서 근무하면서 2007년부터 2009년까지 소득이 발생한 사실이 있으며, 쟁점연구원들이 쟁점연구소에서 상시적으로 근무하였다고 하면서도 청구법인으로부터 받은 급여가 이들의 학력에 비해 낮고 쟁점연구원들의 연구실적을 입증할 자료가 신문보도자료 또는 쟁점연구원들의 과거 논문 외에 제시되지 않고 있는 점 등을 감안할 때 쟁점연구원들을 쟁점연구소의 연구전담요원으로 보기 어려우므로 쟁점연구소가「기술개발촉진법」에서 인정되는 기업부설연구소의 요건을 충족하지 못한다 하여 이 건 법인세를 부과한 당초 처분은 잘못이 없다 하겠다.

또한,「기술개발촉진법 시행령」은 연구전담요원이 2인 이상임에도 기업부설연구소로 인정되는 벤처기업을 창업일로부터 5년까지의 벤처기업에 한정하고 있으므로 창업일(2001.11.14.)로부터 5년이 경과한 청구법인은 이에 해당되지 않는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.