그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아니다. 따라서 퇴직급여충당금이나 이를 재원으로 하여 지급되는 중간정산퇴직금은 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것 및 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 의 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한다.

1. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것 및 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제10조 제1항 은 내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 ‘연구·인력개발비’라 한다)이 있는 경우에는 그 각 호에서 정한 금액을 해당과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 [별표 6] 및 구 조세특례제한법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표 6]은 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 “기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 ‘전담부서’라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비”를 연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용의 하나로 열거하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고가 2006 내지 2009 사업연도 법인세를 신고하면서 전담부서에 근무하는 연구원들에게 각 사업연도의 퇴직급여충당금 설정액 한도 내에서 지급한 2006 내지 2009 사업연도 중간정산퇴직금 합계 924,333,504원을 구 조세특례제한법 제10조 제1항 이 정한 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비로 신고하여 세액공제를 받은 사실, 피고는 위 중간정산퇴직금이 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당하지 않는다고 보아 2010. 12. 1. 원고에게 2006 내지 2009 사업연도 법인세를 각 경정·고지한 사실 등을 인정한 다음, 원고가 각 사업연도의 퇴직급여충당금 설정액 한도 내에서 지급한 중간정산퇴직금도 구 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구·인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당한다는 이유로, 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 수긍할 수 없다.

조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로 ( 대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조), 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 할 것이다. 그런데 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 퇴직급여충당금은 법인세법상 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입될 수 있다고 하더라도 이는 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 것이어서 이를 반드시 정책적 목적의 조세특례제한법상 세액공제 대상인 인건비에 해당한다고 볼 것은 아니다 .

따라서 퇴직급여충당금이나 이를 재원으로 하여 지급되는 중간정산퇴직금은 구 조세특례제한법 제10조 제1항 의 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니한다 .

그렇다면 이와 다른 전제에 선 원심판단에는 구 조세특례제한법 제10조 제1항 이 정한 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비의 범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.