피고가원고에게한별지목록기재각부과처분중각부가가치세부과처분을각취소한다.

2. 2002년 귀속 종합소득세에 관하여 당심에서 변경된 원고의 청구를 기각한다.

3. 2003년 귀속 종합소득세에 관한 원고의 항소를 기각한다.

4. 소송총비용은 이를 3분하여 그 중 2/3는 원고가, 나머지 1/3은 피고가 각 부담한다.

청구취지및항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한 별지 목록 기재 각 부과처분을 취소한다. (원고는, 2002년 귀속 종합소득세와 관련하여 2007. 2. 1.자 188,467,864원의 부과처분과 2007. 10. 1.자 33,762,557원의 부과처분의 각 취소를 구하다가 당심에서 2007. 10. 1.자 222,230,421원의 부과처분의 취소를 구하는 것으로 소를 변경하였다.)

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 제2쪽 제8행의 '187,260,261원'을 '187,260,601원'으로, 같은 쪽 제9행의 '2002녀 2기'를 '2002년 2기'로, 제3쪽 제15행과 제4쪽 제9행의 각 '29,808,113원'을 각 '42,150,029원'으로 각 고치고, 제1심 판결 이유 중 '2. 다. 판단' 이후의 부분을 아래와 같이 바꾸는 외에는 제1심 판결 이유의 각 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 인용한다.

2. 바꾸는 부분

『다. 판단

1) 2007. 10. 1.자 2002년 귀속 종합소득세 222,230,421원의 부과처분 및 2003년 귀 속 종합소득세 29,808,113원의 부과처분에 대하여

가) 소의 적법 여부

조세소송에 있어서는 국세기본법 규정에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니하나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적, 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무서송계속중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 통일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하 여, 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 하는데(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결), 2007. 2. 1.자 처분(이하 '당초의 처분'이라 한다)과 2007. 10. 1.자 증액경정처분은 위법사유가 공통되는 점, 원고가 이 사건 처분에 대하여 적법한 전심절차를 거쳤으므로 과세관청은 이마 자기시정의 기회를 가진 점, 원고는 당초의 처분에 대한 심사결정을 기다린 후 적법한 제소기간 내에 행정소송을 제기하였는데, 심사결정 전에 우연히 증액경정처분이 있었고, 이러한 경우에도 원고로 하여금 증액경정처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 행정소송을 제기할 것을 기대하는 것은 일반적으로 기대하기 어렵다는 점 등을 고려할 때, 원고는 전심절차를 거치지 아니하고도 증액경청처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있고, 이러한 경우 제소기간 역시 이를 준수한 것으로 보아야 한다.

나) 지급이자 31,531,603원과 식대ㆍ차량유지비 56,302,990원을 필요경비에 포함하여야 하는지 여부

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의 무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의 무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여 금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것 이 공평의 관념에 부합하는데(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결), 지급이 자, 식대ㆍ차량유지비 등은 과세관청이 이를 입증하기 곤란한 성질의 것이므로 당사자 사이의 형평 등을 고려할 때 원고가 이를 입증하여야 한다.

부동산임대소득금액ㆍ사업소득금액ㆍ일시재산소득금액ㆍ기타소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 하는데(소득세법 제27조 제1항), 갑 제7 내지 10호증(가지번호 포함)의 각 기재에 의하면, 원고의 사업장 중 일산■■■■의 대차대조표에는 제5기(2002. 12. 31. 현재)와 제6기(2003. 12. 31. 현재) 단기차입금이 138,000,000원이고, 제5기 이자비용이 8,346,587원이며, 제6기 이자비용 이 0원인 사실, 원고는 2001. 11. 27. 25,000,000원을 대출받아 2002. 1. 27.부터 2003. 12. 7.까지 6,339,927원의 대출이자를 변제하였고, 2000. 5. 13. 80,000,000원을 대출받아 2002. 1. 14.부터 2003. 12. 13.까지 13,784,507원의 대출이자를 변제하였으며, 2002. 8. 30. 20,000,000원을 대출받아 2002. 8. 30.부터 2003. 12. 1.까지 2,364,859원가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 3. 12. 선고 2009두119 판결).

갑 제4호증, 을 제3호증, 을 제4호증, 을 제6호증, 을 제10호증, 을 제11호증의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, 남대문세무서의 세무조사결과 AAA쥬얼리가 2002년 2기부터 2003년 1기 사이에 거래한 지금매입처들은 대부분 자료상이고, AAA쥬얼리는 2001년 1기부터 2003년 2기 사이에 주식회사 ★★★★골드 등에 게 지금을 매출하였다는 내용의 세금계산서를 교부하였으나, 위 매출처들은 대부분(매출액의 81.3%) 자료상 등의 범칙이력이 있는 업체로 밝혀졌으며, 나머지 거래처들에 대해서도 가공의 거래임을 이유로 관련 세액을 경정하였고, 원고가 AAA쥬얼리의 계좌에 입금한 돈은 곧바로 자료상으로 밝혀진 세일골드시스템 주식회사, ○○○○유통 주식회사, 주식회사 ◎◎◎ 등의 계좌로 재차 입금되었으며, AAA쥬얼리는 2001년 1 기부터 2003년 2기까지 사이에 실물의 지금거래가 없는 100% 자료상이라는 이유로 대표이사 조◇◇가 수사기관에 고발되었으나, 그 고발사건은 현재 주소불명으로 기소중지 상태이고, 원고가 자신의 사업장과는 무관한 ●●은행 을지로 지점, ◆◆은행 종로3가 지점, □□은행 종로3가 지점(오히려 AAA쥬얼리의 사업장과 가깝다) 등지에서 AAA쥬얼리에게 지금대금을 입금하였다는 사정만으로는 이 사건 금지금거래가 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기 어렵고, 을 제5호증, 을 제7호증 내지 을 제9호증, 을 제12호증(가지번호 포함)의 각 기재만으로는 이 사건 금지금거래가 명목상의 거래임을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

따라서 원고가 실물거래 없이 가공으로 세금계산서를 교부받은 것임을 전제로 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 모두 위법하다.』

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 별지 목록 기재 각 부과처분 중 각 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 각 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 이 사건 각 부가가 치세 부과처분의 취소를 구하는 부분에 해당하는 제1심 판결의 원고 패소부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 취소하고, 그 부분에 해당하는 처분을 각 취소하며, 종합 소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분 중 당심에서 변경된 2002년 귀속 종합소득세 에 관한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 2003년 귀속 종합소득세에 관한 원고의 청구 역시 이유 없어 이를 기각하여야 할 것이나 원고만이 항소한 사건에서 원심 보다 더 불리하게 변경할 수 없으므로 이 부분에 대한 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.