2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1995. 12. 13. 무선통신망의 개발, 제조, 마케팅 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인인데 1999. 3. 31. 피고에게 1998 사업연도의 법인세를 신고하면서 5,436,352,143원의 결손금이 발생하였다는 이유로 그 과세표준 및 세액을 각 0원으로 신고한 후, 피고의 세무조사가 진행되자 추후 1998 사업연도에 대하여 법인세가 부과될 것에 대비하여 2000. 3. 30. 피고에게 1999 사업연도 법인세를 신고하면서 94,074,480,468원의 결손금이 발생하였다는 이유로 그 과세표준 및 세액을 각 0원으로 신고하는 한편, 1999 결손사업연도의 결손금액 및 소급공제 받을 결손금액을 94,074,480,468원, 직전 1998 사업연도의 과세표준을 5,436,352,143원, 산출세액을 0원, 위 직전 사업연도의 법인세액 중 환급신청세액을 0원으로 한 소득공제법인세액환급신청서(을 7호증)를 제출하였다(이하 '이 사건 환급신청'이라 한다).

나. 그 후 피고가 원고에 대한 세무조사에 따라 2002. 1. 2. 원고에게 1998 사업연도 법인세 과세표준을 38,188,239,420원으로 산정하여 법인세 18,260,950,920원(=산출세액 10,680,707,037원 + 가산세액 7,580,243,883원)을 부과하자, 원고는 2002. 1. 7. 피고에게 1999 사업연도의 결손금소급공제에 의한 환급세액 10,680,707,037원을 위 산출세액에 충당하여 1999. 3. 31. 최초로 신고한 1998 사업연도 법인세의 과세표준 및 세액을 38,188,239,420원 및 7,580,243,883원으로 각 경정하는 내용의 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서(을 4호증)를 제출하였다(이하 '이 사건 경정청구'라 한다).

다. 이에 대하여 피고는 2002. 1. 17. 원고에게 1999 사업연도 법인세의 신고기간종료일인 2000. 3. 31. 현재 부과되지 아니한 1998 사업연도의 법인세액은 1999 사업연도에 발생한 결손금의 소급공제 환급대상이 아니어서 경정청구의 대상이 아니라는 내용의 통지(이하 '이 사건 거부처분'이라 한다)를 하였고, 그 후 원고가 2002. 4. 17. 감사원에 이 사건 거부청구에 관한 심사청구를 하였으나, 2002. 12. 6. 기각되었다.

라. 한편, 피고는 원고의 이의신청 및 심사청구에 따라 1998 사업연도의 법인세액을 2002. 6. 11.에는 13,050,306,722원으로, 2002. 10. 1.에는 15,265,603,370원으로, 2004. 12. 31.에는 5,917,481,073원으로 순차 경정하였고, 그 중 최종적으로 경정된 산출세액은 482,906,827원인데, 원고는 현재까지 1998 사업연도 법인세를 전혀 납부한 바 없다.

[인정 근거] 갑 1호증의 1, 2, 갑 2호증의 1 내지 3, 을 1 내지 8호증, 을 9 내지 12호증의 각 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장

가. 피고는 (1) 원고의 이 사건 환급신청 당시 직전 1998 사업연도의 법인세로 부과된 세액이 존재하지 아니하였으므로, 이 사건 환급신청은 결손금 소급공제의 실체적 요건을 갖추지 못하여 부적법하고 따라서 그에 대한 경정청구도 허용되지 아니하며, (2) 법인세법시행령 제110조 제6항 은 당초 결손금소급공제에 의한 환급결정이 있은 후 직전 사업연도의 법인세액이 달라진 것을 요건으로 하는데 피고는 이 사건 환급신청에 대하여 환급결정을 한 바 없으므로 그 후 원고에게 1998 사업연도의 법인세가 부과되었다고 하여 위 규정에 따른 환급결정을 할 의무가 있다고 볼 수 없으며, (3) 결손금 소급공제에 의한 환급은 직전 사업연도의 법인세가 납부될 것을 전제로 하는데 원고는 1998 사업연도 법인세액을 전혀 납부한 바 없으므로, 피고의 이 사건 거부처분은 적법하다고 주장한다.

나. 이에 대하여 원고는 (1) 1998 사업연도 법인세의 신고기간 종료일 이후에 부과된 법인세액도 1999 사업연도의 결손금 소급공제에 의한 환급의 대상이고, (2) 1999 사업연도 법인세 신고기한 내에 그 결손금에 대한 소급공제환급신청서를 제출하면 직전 1998 사업연도 법인세에 대한 소급공제의 요건을 갖추게 되며 결손금 소급공제 신청시의 환급세액이 반드시 양(양, +)의 값이어야만 하는 것은 아니고, (3) 원고가 1999 사업연도의 결손금 소급공제신청 당시 직전 1998 사업연도의 법인세액이 부과되지 아니한 때문에 환급세액을 0원으로 기재하였으므로 그 환급세액을 0원으로 하는 환급결정이 있었던 것으로 보아야 하며 그 후 피고가 1998 사업연도 법인세 부과처분을 하였다면 법인세법시행령 제110조 제6항 에 따라 환급세액을 재결정하여야 하고, (4) 환급은 납부받은 세금을 반환하는 것뿐만 아니라, 공제하는 것도 포함하므로, 피고로서는 원고의 이 사건 경정청구에 따라 1998 사업연도 법인세액을 감액하거나, 1998 사업연도 법인세액에서 1999 사업연도 결손금을 공제하는 결정을 하여야 함에도 이를 거부한 피고의 이 사건 거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 1998 사업연도 법인세액 감액경정청구의 거부처분 부분

먼저, 이 사건 경정청구를 1998 사업연도 법인세액에서 1999 사업연도의 결손금을 공제하여 달라는 취지로 보아 살피건대, 이 사건 거부처분 당시 시행중이던 구 법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정된 것, 이하 '법'이라 한다)에 의하면 결손금은 각 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 말하고( 제14조 제2항 ), 어떤 사업연도에 결손금이 발생한 경우 이를 그 후 5년간 법인세액을 계산함에 있어 공제하는 이월공제의 방법( 제13조 제1호 )과 그 직전 사업연도에 과세된 법인세액을 한도로 환급받는 소급공제의 방법이 있는바( 제72조 제1항 소정의 소급공제), 헌법 제38조 소정의 조세법률주의에 의하면 조세의 종류 및 부과의 근거, 세액의 계산항목 등은 법률에 근거를 두어야 하고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로( 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누4173 판결 등 참조), 법 소정의 소급공제의 요건을 갖추지 아니한 이상 원고의 주장과 같이 1998 사업연도의 법인세를 계산함에 있어 1999 사업연도 결손금을 임의로 공제할 수 없다고 할 것인데, 원고가 1999 사업연도 결손금에 대하여 소급공제의 요건을 갖추지 아니하여 이를 1998 사업연도의 과세표준에서 공제할 수 없음은 아래에서 보는 바와 같으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 1998 사업연도 법인세액에 관한 환급금 경정청구의 거부처분 부분

(1) 원고는 이 사건 환급신청에 대하여 피고의 환급결정이 있었던 것으로 보아 국세기본법 제45조의2 에 따라 피고에게 그 경정청구를 하였다고 주장하는바, 국세기본법 제45조의2 제1항 에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 또는 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손세액 또는 환급세액을 말한다)에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때에는 법정신고기한경과 후 2년 이내에 최초 신고한 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 '결정 또는 경정'을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정되어 있는바, 여기서 '경정'은 신고에 의하여 조세채무가 확정되는 세목에 대한 것이고 '결정'은 신고에 의하여 조세채무가 확정되지 아니하는 세목에 대한 것으로 보아야 할 것이고, 법 제72조 의 결손금 소급공제에 의한 환급청구권은 납세자의 신청에 기하여 관할 세무서장이 이월결손금의 발생 등 그 실체적 요건 및 절차적 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 결정함으로써 비로소 확정되는 것인데( 대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결 참조), 갑 1호증의 2의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 피고가 원고의 이 사건 환급신청에 대하여 아무런 환급결정을 한 바 없는 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 위 법조 소정의 '경정'을 청구할 수는 없다고 할 것이고, 따라서 원고가 이 사건 경정청구로서 위 법조 소정의 결손금의 환급 '결정'을 구하는 것으로 풀이하여 그 적법 여부를 살펴본다.

(2) 위 국세기본법 소정의 결정청구가 인정되기 위하여서는 최초 신고한 결손금 소급공제에 의한 환급신청이 적법하여야 할 것인바, 결손금 소급공제에 의한 환급제도는 경영이 어려운 중소기업의 자금난을 덜어주려는 조세정책적 목적에서 예외적으로 인정되는 제도인 점에 비추어 그 환급요건에 관하여는 엄격한 해석을 할 필요가 있고( 대법원 2003. 7. 25. 선고 2001두10721 판결 등 참조), 법 제72조 에 의하면 결손금 소급공제에 의한 환급을 받기 위하여서는 어떤 사업연도에 결손금이 발생하고 그 직전 사업연도에 과세된 법인세액이 있어야 하는 등의 실체적 요건과 당해 사업연도 법인세의 과세표준 및 세액에 대한 신고기한 내에 결손금 소급공제에 의한 환급신청을 하는 절차적 요건이 모두 충족되어야 하는바, 앞서 본 사실에 의하면 원고는 1998 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 각 0원으로 신고하였고 피고가 2002. 1. 2.에 이르러서야 1998 사업연도 법인세를 부과하였으므로 원고가 2000. 3. 30. 피고에게 1999 사업연도 결손금에 기하여 이 사건 환급신청을 할 당시에는 직전 1998 사업연도 소득에 대하여 과세된 법인세액은 존재하지 아니하였으며, 이에 원고는 추후 1998 사업연도 법인세가 부과될 경우에 대비하여 1998 사업연도 법인세에 관하여 0원의 환급신청서를 제출하였으므로, 이 사건 환급신청은 그 신청 당시 존재하지도 아니한 1998 사업연도 법인세액에 대한 환급을 구하는 것으로서 결손금 소급공제에 의한 환급신청의 실체적 요건을 갖추지 못하였을 뿐 아니라, 단지 이후의 이 사건 경정청구를 하기 위한 수단으로 0원의 환급을 구한 것이어서 실질적인 결손금 환급신청으로 볼 수 없으므로 부적법하다고 할 것이고, 이는 나중에 원고가 당초 신고한 바와 달리 1998 사업연도의 소득이 있는 것으로 확인되어 그 법인세액이 부과되었다고 하여 달리 볼 수 없으며, 따라서 이를 전제로 하여 당초의 이 사건 환급신청에 의한 환급금액이 과소 기재되었음을 이유로 한 원고의 이 사건 경정청구는 부적법하다고 할 것이므로, 이 부분 원고의 주장 역시 이유 없다.

(3) 법시행령 제110조 제6항 에 의하면 세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다고 되어 있는바, 이는 납세자의 환급신청에 대하여 과세관청의 환급결정이 있은 후에 직전 사업연도의 법인세액 등이 달라진 경우를 상정한 규정으로 보이는데, 이 사건의 경우 피고가 당초 원고의 이 사건 환급신청에 대하여 아무런 환급결정을 한 바 없음은 위에서 본 바와 같으므로 그 후 피고에 의하여 1998 사업연도의 법인세액이 부과되었다고 하더라도, 피고로서는 위 법시행령에 따른 환급세액의 재결정 또는 추가환급 의무를 부담한다고 할 수 없으므로, 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

(4) 한편, 법 제72조 제3항 에 의하면 납세지 관할세무서장이 제2항 의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체 없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조 의 규정에 의하여 환급하여야 한다고 되어 있는바, 국세기본법 제51조 제1항 본문은 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부(납부)한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고, 같은 법 제52조 는 세무서장이 같은 법 제51조 의 규정에 의하여 지급하는 때에는 소정의 국세환급가산금을 국세환급금에 가산하여야 한다고 규정하고 있으므로, 법 제72조 소정의 '환급'은 직전 사업연도의 법인세액이 납부된 것을 전제로 이를 반환받는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이고, 따라서 원고가 1998 사업연도의 법인세를 전혀 납부하지 아니한 상태에서 이 사건 환급신청을 한 것은 위법하고 이에 터잡은 원고의 이 사건 경정청구 역시 위법하므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

판사 노만경(재판장) 손승온 송동진

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