2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012년 제2기 부가가치세 92,729,620원(가산세 포함, 이하 같다), 2013년 제1기 부가가치세 70,700,000원, 2012년 귀속 종합소득세 9,424,190원, 2013년 귀속 종합소득세 40,277,040원의 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 2012. 5.경 함◎◎와 공사기간을 2012. 8. 16.부터 2012. 8. 24.까지, 계약금액을 900만 원(부가가치세 별도)으로 하여 서울 00구 00동 274-7 지상 건물의 내부를 보수하는 공사(이하 '이 사건 보수공사'라 한다)에 관한 도급계약을 체결하였다.

나. 원고는 2012. 8. 25. 함◎◎와 공사기간을 2012. 9. 1.부터 2012. 12. 31.까지, 계약금액을 9억 원(부가가치세 별도)으로 하여 서울 00구 00동 334-8 외 1필지에 도시형 생활주택(이하 '이 사건 주택'이라 한다)을 신축하는 공사(이하 '이 사건 신축공사'라 하고, 이 사건 보수공사와 합하여 '이 사건 각 공사'라 한다)에 관한 도급계약을 체결하였다.

다. 이 사건 보수공사는 2012. 8. 24., 이 사건 신축공사는 2013. 3. 15. 각 완료되었

고, 이 사건 주택은 2013. 3. 29. 사용승인 되었다.

라. 피고는 2016. 8. 9.부터 2016. 9. 28.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 원고가 사업자등록을 하지 않은 상태로 이 사건 보수공사 및 신축공사를 수행하여 건설용역을 제공한 것으로 확인되었음을 이유로 직권으로 사업자등록을 한 후 2016. 12. 1. 원고에 대하여 2012년 제2기 부가가치세 92,729,620원(가산세 포함, 이하 같다), 2013년 제1기 부가가치세 70,700,000원, 2012년 귀속 종합소득세 9,424,190원, 2013년 귀속 종합소득세 40,277,040원을 각 결정・고지하였다(이하 위 각 부가가치세 부과처분을 '이 사건 부가가치세 처분'이라 하고, 위 각 종합소득세 부과처분을 '이 사건 종합소득세 처분'이라 하며, 이를 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2017. 7. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였

으나 2017. 11. 29. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 각 공사를 시행한 사업자가 아니라 건축주인 함◎◎가 시행한 위 각 공사의 현장소장으로 고용된 근로자로서 함◎◎를 대신하여 공사대금을 집행한 것에 불과하고, 위 각 공사의 도급계약서는 공사비의 상한을 정해놓은 형식적 문서에 불과하므로, 원고가 위 각 공사를 수행한 사업자임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 설령, 원고가 이 사건 각 공사를 시행한 사업자에 해당하여 부가가치세 및 종합소득세를 납부하여야 한다고 하더라도, 이 사건 각 처분에는 아래와 같은 위법이 있다.

가) 이 사건 신축공사 중 골조공사 및 엘리베이터 설치공사는 분리발주되어 함◎◎와 각 시공업체 사이에 직접 공사계약이 체결되었는바, 위 각 공사는 원고와 무관한 별개의 공사로서, 그 공사대금은 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 함에도, 피고는 위 각 공사대금을 부가가치세 과세표준에 포함시켜 이 사건 부가가치세 처분을 하였다.

나) 이 사건 신축공사로 인한 사업소득의 수입시기는 위 공사를 완료한 때로 보아야 함에도, 피고는 위 공사의 작업진행률을 기준으로 사업소득의 수입시기를 파악하여 원고의 소득금액을 산정한 후 이 사건 종합소득세 처분을 하였다.

다) 이 사건 각 공사와 관련된 장부와 증빙이 존재하지 않거나 중요한 부분이 갖추어지지 않았으므로, 실지조사가 아닌 추계조사 방식에 의하여 종합소득세 과세표준과 세액을 결정하여야 함에도, 피고는 실지조사 방식에 의해 종합소득세 과세표준 및 세액을 결정하여 이 사건 종합소득세 처분을 하였다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 신축공사 도급계약에는 아래와 같은 특약사항이 포함되어 있다.

제38조(특약사항) 기타 이 계약에서 정하지 아니한 사항에 대하여는 원고와 함◎◎가 합의하여 별도의 특약을 정함

- 공사대금 지불조건 : 별첨된 공사 자금수요 예정계획 참조

- 공사대금 지불 중 전세보증금은 건축물 소재지 관할구청의 부동산 중개사무소 여러 곳의 제안평균 중 원고와 함◎◎가 적정금액으로 합의하여 정하여 빠른 시간에 전세 임대하여 잔여공사비로 우선 지불되도록 조치한다.

- 본 공사는 골조공사와 마감공사를 분리하여 발주하며 골조공사는 AA종합건설 주식회사로 계약하며, 착공 및 준공에 이상 없이 하며 전기 및 설비공사는 그 법적 요건에 맞는 협력업체를 통해 준공에 이상 없이 한다. 또한 기타 공정은 전문 업체에 도급토록 하며 이에 따른 제증빙을 맞춰 이상 없이 책임지고 업무처리 한다.

- 본 도급공사비 중 별도 항목인 상하수원인자부담금은 건축주가 지불토록 한다. 전기(세대당 3kW), 수도(세대분리), 도시가스 인입공사비 및 측량비용(경계복원 및 현황)은 건축업자가 부담토록 한다.

[공사 자금수요 예정계획]

순번

구분

기성금액(원)

비고

일자

1

1차 기성금

200,000,000

건물철거 및 철근 및 콘크리트 계약,

기초 콘크리트 타설 및 2층 바닥

슬라브콘크리트 타설 후

2012. 9. 5.

2

2차 기성금

120,000,000

옥상 콘크리트 타설 및 조적, 석공사 자재 반입 후

2012.10.15.

100,000,000

외부마감

2012.10.15.

3

3차 기성금

60,000,000

준공 전 내부 마감공사

2012.11.30.

4

준공 기성금

20,000,000

준공 후 지불

2012.12.15.

소계

500,000,000

은행자금으로 지불

5

3차 기성금

100,000,000

2012. 2. 10. 이전(구정자금으로 지급)

2013. 2.10.

6

잔 기성금

300,000,000

2012. 3. 전세계약 후 보증금에서 우선 지불

2013.3.이후

소계

400,000,000

부가가치세 별도

합계

900,000,000

2) 함◎◎와 AA종합건설 주식회사 사이에 2012. 8.경 공사기간을 2012. 8. 25.부터 2012. 12. 15.까지, 계약금액을 2억 9,000만 원(부가가치세 별도)으로 하여 이 사건 신축공사 중 골조공사를 시행하기로 하는 도급계약이 체결되었고, 함◎◎와 BBB엘리베이터 유한회사 사이에 2012. 8. 24. 납기(설치완료일)를 2012. 11. 10., 계약금액을 39,050,000원(부가가치세 포함)으로 하여 이 사건 주택에 엘리베이터를 설치하기로 하는 계약이 체결되었다(이하 위 골조공사 및 엘리베이터 설치공사를 합하여 '이 사건 분리발주 공사'라 하고, AA종합건설 주식회사와 BBB엘리베이터 유한회사를 합하여 'AA종합건설 등'이라 한다).

3) 원고는 2013. 7. 15. 함◎◎를 상대로 이 사건 각 공사 도급계약에 따른 공사대금의 지급을 구하는 소를 제기하였고, 함◎◎는 2013. 11. 29. 원고를 상대로 반소를 제기하였는데[서울00지방법원 2013가합00000(본소), 2013가합11111(반소), 이하 '이 사건 관련 민사소송'이라 한다], 항소심[서울고등법원 2015나00000(본소), 2015나1111(반소)]은 2016. 3. 4. 제1심 판결을 일부 변경하여 '함◎◎는 원고에게 315,549,030원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하고, 원고의 나머지 본소청구 및 함◎◎의 반소청구를 각 기각한다'는 판결을 선고하였고, 그 무렵 위 항소심 판결이 확정되었으며, 위 항소심 판결의 주된 이유는 아래와 같다.

[인정사실]

- 원고는 2012. 5.경 함◎◎로부터 이 사건 보수공사를 도급받아 2012. 8. 24. 위 공사를 완료하였다

- 원고는 2012. 8. 25. 함◎◎로부터 이 사건 신축공사를 도급받았는데, 함◎◎는 원고로 하여금 이 사건 신축공사를 총괄하여 책임지고 준공하도록 하면서 필요한 경우 원고가 하도급업체에 하도급을 주는 방식으로 공사를 진행하기로 하였으나, 원고는 전문건설업 면허 등이 없기 때문에 그 공사를 함◎◎로부터 도급을 받을 수 없고 이를 다시 하도급 할 수도 없는 문제가 있어, 함◎◎가 각 공종별로 공사를 수행하는 업체들과 직접 계약을 체결하는 형식으로 공사도급계약서를 작성하되 원고가 그 부분 공사들까지 모두 총괄하여 감독하면서 그 업체들에게 지급하여야 하는 공사대금도 지급하기로 약정하고, 위 약정에 따라 2012. 8. 25. AA종합건설 주식회사에 골조공사를 대금 290,000,000원에, 박CC(CC설비)에게 설비 및 소방설비 공사를 대금 78,500,000원에, 주식회사 DD건설기전에 전기공사를 대금 75,500,000원에, 2012. 8. 28. 임FF(FF금속)에게 창호, 유리 및 잡철 공사를 대금 110,000,000원에 각각 분리하여 발주하는 형식으로 각 공사도급계약서를 작성하였다

- 원고와 함◎◎는 이 사건 신축공사계약 당시 건축주인 함◎◎가 상하수도 원인자부담금을 지불하기로 약정하는데, 원고가 2012. 11. 22. 상하수도 원인자부담금 7,260,000원을 납부하였다.

- 함◎◎는 2013. 3. 29. 이 사건 주택에 대하여 00구청장의 사용승인을 받았다.

- 함◎◎는 원고에게 이 사건 신축공사의 기성금 명목으로 2012. 9. 17.에 200,000,000원을, 2012. 10. 31.에 200,000,000원을, 2012. 12. 10.에 80,000,000원을, 2013. 4. 3.에 70,000,000원을, 2013. 4. 15.에 72,000,000원을, 2013. 4. 16.에 10,000,000원을, 2013. 4. 22.에 10,000,000원을 각 지급하여 총 642,000,000원을 지급하였다.

[본소청구에 대한 판단]

- 원고는 이 사건 신축공사를 완료한 뒤 이 사건 주택을 함◎◎에게 인도하였다고 볼 수 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 함◎◎는 원고에게 이 사건 보수공사비 9,900,000원(부가가치세 포함), 이 사건 신축공사비 중 미지급금 348,000,000원(부가가치세를 포함한 990,000,000원 - 함◎◎가 지급한 642,000,000원) 및 위 각 돈에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있고, 상하수도 원인자부담금 7,260,000원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

[반소청구 내지 상계항변에 대한 판단]

- 원고는 이 사건 주택을 신축함에 있어 설계도면에 따라 시공해야 할 부분을 시공하지 않거나 설계도면과 다르게 변경시공 또는 부실시공 하였고, 그로 인하여 이 사건 주택에 옥상 대리석이나 난간의 부착, 마감을 부실하게 하는 등의 하자가 발생하였으며, 이를 보수하는 데에 합계 45,100,882원(부가가치세 별도)이 소요되는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고는 함◎◎에게 위 하자보수비 상당액을 지급할 의무가 있다.

- 이 사건 신축공사는 도시형 생활주택에 관한 것이고 이 사건 주택의 대부분 용도(원룸형 주택) 역시 같으며, 함◎◎는 이 사건 주택을 통하여 주택임대업을 영위하는 사실이 인정되는바, 이 사건 주택의 하자보수비용 역시 부가가치세 면세사업인 위 주택임대업(부가가치세법 제26조 제1항 제12호 참조)을 위하여 소요되는 것으로 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 주택에 관한 하자보수용역의 공급으로 인한 부가가치세 상당액은 함◎◎의 면세사업에 관련된 매입세액에 해당하여 부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 함◎◎의 매출세액에서 공제하거나 환급받을 수 없을 것이므로 함◎◎는 원고에게 49,610,970원(= 하자보수비 45,100,882원 + 부가가치세 4,510,088원) 상당의 손해배상을 청구할 수 있다.

- 도급인의 하자보수에 갈음한 손해배상채권은 수급인의 공사대금 채권과 동시이행의 관계에 있는 점 등을 고려하면, 하자보수에 갈음한 손해배상채권의 변제기는 특별한 사정이 없는 한 공사대금 채권의 변제기와 동일하다고 볼 것이고, 원고가 이 사건 신축공사를 완료한 뒤 이 사건 주택을 인도한 2013. 5. 15.경 양 채권은 변제기에 도달하여 상계적상에 있었다고 봄이 상당하며, 위 각 채권을 대등액에서 상계한다는 함◎◎의 의사표시가 포함된 2015. 3. 27.자 준비서면 부본이 2015. 4. 2. 원고에게 도달한 사실은 기록상 분명하다.

- 원고의 이 사건 주택에 관한 공사대금채권 348,000,000원은 상계적상일에 소급하여 함◎◎의 원고에 대한 하자보수에 갈음하는 손해배상채권 49,610,970원과 대등액의 범위에서 소멸하였다고 할 것이므로, 위 공사대금채권은 298,389,030원(= 348,000,000원 - 49,610,970원)이 남게 되었다.

[소결]

- 따라서 함◎◎가 반소로 구하는 하자보수비 채권은 상계로써 모두 소멸하였고, 원고의 함◎◎에 대한 채권 원금은 315,549,030원(= 298,389,030원 + 9,900,000원 + 7,260,000원)이 남게 되었다.

4) 원고는 자신 명의의 QQ은행 계좌(계좌번호 777-777-7 및 888-888-8, 이하 '이 사건 계좌'라 한다)를 이용하여 이 사건 각 공사대금을 지급하였는데, 그 지급내역은 아래 표 기재와 같다.

지급상대방

지급액(원)

공급가액(원)

비고

2012년

엘리베이터 외

507,047,560

474,075,335

소계

507,047,560

474,075,335

2013년

엘리베이터 외

242,689,942

227,346,308

소계

242,689,942

227,346,308

합계

749,737,502

701,421,643

5) 원고는 2016. 9. 피고에게 아래와 같은 내용의 확인서(이하 '이 사건 확인서'라 한다)를 작성・제출하였다.

6) 피고가 2016. 9. 20. 원고로부터 받은 문답서의 주된 내용은 아래와 같다.

문 : 판결문에 의하면 진술인은 미등록사업자로 ◎◎실업으로부터 공급가액 909,000,000원에 도급을 받아 이 사건 보수공사 및 신축공사를 수행한 것으로 나타나는데 맞는가요?

답 : 도급을 받았다기보다는 그 금액으로 공사를 책임지고 완성해주겠다는 의미입니다.

문 : 진술인이 개인적으로 공사를 수행하였는지요?

답 : 네, 개인적으로 하였습니다.

문 : 미등록사업자인 이유로 골조공사 등을 ◎◎실업과 AA종합건설, CC금속, DD건설기전, CC설비와 계약서를 작성한 것으로 나오는데 맞는가요?

답 : AA종합건설 계약서는 사실대로 작성하였고, 나머지는 건물을 취등록할 때 계약서가 필요하여 허위로 CC금속, DD건설기전, CC설비 계약서를 만들었습니다.

문 : 진술인이 정상적으로 사업자등록을 한 상태로 ◎◎실업과 거래를 하였으면 ◎◎실업이 AA종합건설 외 3개 업체와 별도로 계약서를 작성할 이유가 없었을 것으로 판단되는데, 어떻게 생각하시는지요?

답 : 네, 제가 사업자등록을 한 상태였으면 계약서를 작성할 필요가 없었을 것입니다. 시공업자라기보다 사실상 현장소장의 입장에서 공사를 맡아 한 것입니다.

문 : AA종합건설이 위 공사와 관련하여 세금계산서를 수취한 하도급업체들에게 진술인이 직접 대금을 지급한 것으로 확인되는데 맞는지요?

답 : 네, 제가 현장소장으로서 회사를 대신해서 전도금을 집행한 것입니다.

문 : 이 사건 신축공사와 관련한 거래처들에게 공사대금을 직접 주었는지요?

답 : 네, 제가 AA종합건설 공사대금은 AA종합건설 명의로 지급하였고, 나머지는 함◎◎ 명의로 대금을 지급하였습니다.

문 : 계좌이체를 통해 공사대금을 거래처에 지급하였는지요?

답 : 네, 제 명의의 00은행 계좌를 통해 지급하였습니다.

7) 원고는 2000년 이후 AA종합건설 주식회사, PP종합건설 주식회사, OO종합건설 주식회사, II종합건설 주식회사, UU주택종합건설 주식회사 등 여러 건설업체에 근무하면서 급여를 지급받았고, 2012년에 OO종합건설 주식회사로부터 13,683,868원, 2013년에 AA종합건설 주식회사로부터 450만 원의 급여를 지급받았다.

8) 피고는 아래 표 기재와 같이 이 사건 각 공사대금을 과세표준으로 하여 원고에게 2012년 제2기 및 2013년 제1기 부가가치세를 부과하였다.

(단위 : 천 원)

과세기간

과세표준

산출세액

가산세

고지세액

2012년 제2기

509,000

50,900

41,829

92,729

2013년 제1기

400,000

40,000

30,700

70,700

합계

909,000

90,900

72,529

163,429

9) 피고는 소득세법 시행령 제48조 제5호 단서에서 정한 '작업진행률'을 기준으로 이 사건 신축공사로 인한 사업소득의 수입시기를 파악하여, 2012년 수입금액 522,683,868원(= 이 사건 각 공사로 인하여 발생한 2012년 사업소득 수입금액 509,000,000원 + 2012년 근로소득 수입금액 13,683,868원)에서 원고가 이 사건 계좌를 통해 지급한 공사대금 474,075,335원을 필요경비로 공제하여 원고의 2012년 소득금액 40,266,599원을 산출하고, 2013년 수입금액 404,500,000원(= 이 사건 각 공사로 인하여 발생한 2013년 사업소득 수입금액 400,000,000원 + 2013년 근로소득 수입금액 4,500,000원)에서 원고가 이 사건 계좌를 통해 지급한 공사대금 227,346,308원 및 하자보수비 49,610,970원 합계 276,957,278원을 필요경비로 공제하여 원고의 2013년 소득금액 123,942,722원을 산출하여 원고에게 2012년 및 2013년 귀속 종합소득세를 부과하였다.

(단위 : 천 원)

과세기간

사업소득

근로소득

과세표준

결정세액

가산세

고지세액

수입금액

필요경비

2012년 제2기

509,000

474,075

13,683

37,151

4,188

5,254

9,424

2013년 제1기

400,000

276,957

4,500

119,519

26,824

13,452

40,277

합계

909,000

751,032

18,183

156,670

31,012

18,706

49,701

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 5 내지 7호증, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고가 사업자에 해당하는지 여부

"가) 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제1호에서사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'란 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다(대법원 2002. 12. 10. 선고 2002두1274 판결, 대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 등 참조).",나) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 각 공사와 관련하여 함◎◎에게 고용된 근로자가 아니라 부가가치를 창출하여 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 위 각 공사를 직접 수행한 시공자로서 사업자에 해당한다고 봄이 상당하다.

① 원고는 함◎◎와 이 사건 각 공사를 시행하기로 하는 도급계약을 체결하고 위 각 공사를 완료하였으며, 함◎◎로부터 원고 명의의 이 사건 계좌로 이 사건 신축공사 대금 중 일부를 지급받은 뒤 위 신축공사와 관련한 하도급업체 등에게 공사대금을 직접 지급하였다. 또한 이 사건 각 공사 도급계약의 계약금액 합계가 9억 900만 원에 이르는 거액이고, 원고는 이 사건 보수공사와 관련하여 1년간의 하자담보책임을 부담하기로 약정하였으며, 원고는 이 사건 각 공사에 관한 도급계약 체결을 전후하여 상당한 기간 동안 종합건설업체에 근무한 경력을 가지고 있다.

② 이 사건 각 공사 도급계약서 계약금액에는 '부가가치세 별도'라는 문구가 기재되어 있고, 원고는 위 도급계약에 따라 함◎◎에게 건설용역을 제공하였음을 전제로 함◎◎를 상대로 부가가치세를 포함하여 위 도급계약에 따른 공사대금의 지급을 구하는 이 사건 관련 민사소송을 제기하기도 하였는바, 원고도 스스로 사업자임을 전제로 부가가치세 등을 신고ㆍ납부할 것으로 예상하고 있었다고 할 것이다.

③ 조세재판에 있어서 이와 관련된 민・형사 사건 등의 확정판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거자료가 된다고 할 것인데(대법원 1995. 10. 13. 선고 95누3398 판결 등 참조), 이 사건 관련 민사소송에서는, 원고가 이 사건 각 공사 도급계약에 따라 위 각 공사를 완료하였고, 원고는 이 사건 신축공사를 총괄하여 책임지고 준공하기로 하면서 필요한 경우 하도급을 주는 방식으로 공사를 진행하기로 하였으나, 전문건설업 면허 등이 없어 원고의 명의로 하도급업체와 도급계약을 체결할 수 없으므로, 함◎◎가 각 공정별로 공사를 수행하는 업체들과 직접 계약을 체결하는 형식으로 도급계약서를 작성하되 원고가 그 부분 공사들까지 모두 총괄하여 감독하면서 그 업체들에게 지급하여야 하는 공사대금도 지급하기로 하였음을 전제로, 함◎◎가 원고에게 이 사건 각 공사대금을 지급할 의무가 있다고 보았고, 위 관련 민사소송 판결이 확정되었다.

④ 원고는, 이 사건 신축공사기간 4개월 동안 월 150만 원의 급여를 받기로 하고, 공사가 잘 진행되면 추가 인센티브를 받기로 함◎◎와 약정하고, 현장책임자로서 함◎◎를 대신하여 공사대금을 집행한 것에 불과하다고 주장하나, 위와 같은 약정의 존재 내지 건축주인 함◎◎가 이 사건 각 공사를 직접 시행하였다고 볼 만한 자료가 존재하지 않는다.

⑤ 이 사건 각 공사 진행 방식과 경과 등을 고려할 때, 독립한 사업장의 설치나 종업원의 사용이 반드시 전제되어야 위 각 공사의 수행이 가능한 것은 아니므로, 원고가 위 각 공사를 수행함에 있어 사업장이나 종업원을 따로 두지 아니하였더라도 위와 같은 사정만으로는 사업자에 해당하지 않는다고 할 수 없고, 이 사건 신축공사 도급계약서에 원고가 수급인 겸 현장책임자로 기재되어 있다거나 이 사건 각 공사 도급계약서에 첨부된 공사비 산출내역서에 이윤이 포함되어 있지 않다는 것만으로, 원고가 함◎◎의 근로자에 불과하다거나 위 도급계약서가 형식적으로 작성된 것에 불과하다고 볼 수도 없다.

2) 이 사건 분리발주 공사가 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 하는지 여부

살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건 분리발주 공사는 원고와 함◎◎ 사이의 이 사건 신축공사에 포함된 것이고, 위 분리발주 공사대금 또한 원고가 이 사건 계좌를 통해 지급한 점, ② 원고가 이 사건 신축공사를 총괄하여 책임지고 준공하기로 하면서 필요한 경우 하도급업체에 하도급을 주는 방식으로 공사를 진행하기로 하였으나, 전문건설업 면허 등이 없어 원고의 명의로 하도급계약을 체결할 수 없으므로, 함◎◎가 각 공종별로 공사를 수행하는 업체들과 직접 계약을 체결하는 형식으로 공사도급계약서를 작성하되 원고가 그 부분 공사들까지 모두 총괄하여 감독하면서 그 업체들에게 지급하여야 하는 공사대금도 지급하기로 하였고, 이에 따라 함◎◎ 명의로 AA종합건설 등과 이 사건 분리발주 공사에 관한 도급계약이 체결된 것으로 보이는 점, ③ 함◎◎가 이 사건 분리발주 공사에 직접 관여하였다고 볼 만한 증거가 존재하지도 않는 점 등을 종합하면, 이 사건 분리발주 공사대금은 원고가 공급한 건설용역의 대가로서 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다고 봄이 상당하므로 이 사건 부가가치세 처분은 적법하다.

3) 이 사건 신축공사 관련 사업소득 수입시기를 작업진행률에 따라 파악할 수 있는지 여부

가) 소득세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25193호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조는 '사업소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다'고 하면서 제5호에서 '건설・제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함한다)의 경우 용역의 제공을 완료한 날(목적물을 인도하는 경우에는 목적물을 인도한 날)로 하되 다만, 계약기간이 1년 이상인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 작업진행률(이하 '작업진행률'이라 한다)을 기준으로 하여야 하며, 계약기간이 1년 미만인 경우로서 기획재정부령이 정하는 경우에는 작업진행률을 기준으로 할 수 있다'고 규정하고 있다. 한편, 소득세법 시행규칙(2015. 6. 30. 기획재정부령 제488호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제5항은 '영 제48조 제5호 단서에서 계약기간이 1년 미만인경우로서 기획재정부령이 정하는 경우라 함은 계약기간이 1년 미만인 경우로서 사업자가 그 목적물의 착수일이 속하는 과세기간의 결산을 확정함에 있어서 작업진행률을 기준으로 총수입금액과 필요경비를 계상한 경우를 말한다'고 규정하고 있다.

나) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건 신축공사는 계약기간이 1년 미만이고, 원고는 함◎◎와 그 공사대금을 공사 진행 정도에 따라 2012년부터 2013년까지 나누어 지급받기로 약정한 점, ② 실제로 원고는 함◎◎로부터 이 사건 신축공사대금으로 2012년에는 3회에 걸쳐 총 480,000,000원(2012. 9. 17. 200,000,000원, 2012. 10. 31. 200,000,000원, 2012. 12. 10. 80,000,000원), 2013년에는 4회에 걸쳐 총 162,000,000원(2013. 4. 3. 70,000,000원, 2013. 4. 15. 72,000,000원, 2013. 4. 16. 10,000,000원, 2014. 4. 22. 10,000,000원)을 이 사건 계좌로 지급받은 점, ③ 원고가 이 사건 각 공사와 관련한 수입금액 및 필요경비를 2012년분과 2013년분으로 나누어 산정한 이 사건 확인서를 작성하여 피고에게 제출하기도 한 점, ④ 피고는 위와 같은 원고와 함◎◎ 사이의 공사대금 지급방식 및 지급내역 등을 고려하여 소득세법 시행령 제48조 제5호 단서의 '작업진행률'을 기준으로 이 사건 신축공사로 인한 사업소득의 수입시기를 정한 점 등을 고려할 때, 원고의 이 사건 신축공사와 관련한 피고의 소득금액 산정과 이 사건 종합소득세 처분은 적법하고, 원고가 종합소득세를 신고하지 않아 피고가 직권으로 사업자등록을 하고 종합소득세를 부과하는 이 사건에 있어 소득세법 시행규칙 제20조 제5항에서 정한 바에 따라 원고가 작업진행률을 기준으로 총수입금액과 필요경비를 계상하지 않았다고 하여 피고의 위 사업소득 산정 및 이 사건 종합소득세 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.

4) 원고의 사업소득을 추계조사의 방법으로 산정하여야 하는지 여부

가) 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제80조 제3항은 '납세지 관할 세무서장은 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다'고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제143조 제1항 제1호는 '과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우'를 소득세법 제80조 제3항 단서에서 말하는 예외사유의 하나로 규정하고 있다.

한편, 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치・기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 되고, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사 결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

나) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가 실지조사 방법에 의하여 원고의 2012년 및 2013년 귀속 종합소득세 과세표준과 세액을 결정한 것은 적법하다고 할 것이다.

① 원고와 함◎◎ 사이에 이 사건 각 공사에 관한 도급계약이 체결되고, 원고는 이 사건 계좌를 통해 함◎◎로부터 위 도급계약에 따른 공사대금을 지급받은 뒤 하도급업체 등에게 공사대금을 지급하였는바, 원고가 비록 소득세법이 정하는 장부를 비치・기장한 바 없다고 하더라도 위 도급계약서나 위 계좌거래내역 등 다른 증빙서류를 근거로 종합소득세 과세표준을 계산할 수 있다고 할 것이고, 피고는 이 사건 각 공사 도급계약의 계약금액에서 원고가 이 사건 계좌를 통해 지출한 금액과 하자보수비를 필요경비로 공제하는 방식으로 원고의 2012년 및 2013년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액을 결정하였다.

② 이 사건 각 공사와 같은 건설업의 경우 그 사업의 특성상 세금계산서 등 증빙을 갖추기가 비교적 용이하고, 소득세법 제160조의2 제1항에 따르면 사업소득금액을 계산함에 있어서 필요경비로 인정받기 위해서는 증빙서류를 갖추어야 할 의무가 있는바, 실지조사 방법에 의하여 수입금액과 필요경비가 인정된 이상, 경비에 관한 일부 증빙이 불비한 부분이 있더라도 그로 인한 불이익은 원칙적으로 위와 같은 의무를 해태한 원고가 부담하여야 하고 이를 이유로 추계조사 방법의 적용을 요구할 수는 없다.

③ 원고가 단순경비율을 적용받을 수 있는 신규사업자 또는 직전사업연도 수입금액이 일정 규모에 미달하는 경우에 해당한다고 하더라도, 실지조사 방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 있다면 단순경비율을 적용한 추계의 방법으로 과세표준과 세액을 결정할 수는 없고, 단순경비율은 국세청장이 규모와 업황이 평균적인 기업에 대하여 평균적인 경비비율을 참작하여 결정한 것이고 개별 기업의 특성이 반영된 지표가 아니므로, 실지조사 방법에 의하여 인정된 경비율이 단순경비율보다 낮다고 하더라도 그러한 사실만으로 납세자의 과세표준을 계산함에 있어 필요한 장부 및 세금계산서, 기타 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당한다거나 과세형평에 반한다고 할 수 없다.

5) 소결

따라서 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.