가. 제1심 판결 중 원고 AAQQQ자동차매매 주식회사에 대한 부분을 취소한다.

나. 피고가 2009. 8. 2. 원고 AAQQQ자동차매매 주식회사에게 한 2002년도 귀속

법인세 000원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고 최BB의 항소를 기각한다.

3.원고 AAQQQ자동차매매 주식회사와 피고 사이에서 생긴 소송총비용은 피고가, 원고 최BB와 피고 사이에서 생긴 항소비용은 원고 최BB가 각 부담한다.

가. 1) 원고 최BB는 주식회사 CCQQQ 및 원고 AAQQQ자동차매매 주식회사 (이하 '원고 회사')의 1인 주주 겸 대표이사로 위 회사들과 함께 CCQQQ산업개발 주식회사(이하 'CCQQQ산업개발')의 주식을 보유하고 있었다.

2) 원고 최BB와 양EE은 2001. 12. 20. 원고들과 주식회사 CCQQQ가 보유한 CCQQQ산업개발 주식 전부와 양EE이 보유한 DD석유가스 주식회사(이하 'DD석유가스') 주식 전부 등을 교환하는 내용의 계약(이하 '이 사건 교환계약')을 체결하 였다.

나. 피고는 CCQQQ산업개발 주식양도로 인한 원고들의 익금 또는 양도소득의 귀속시기가 대금청산일인 2002. 3. 11.이라는 판단 아래, 2009. 8. 12. 원고 회사에게 2002년도 귀속 법인세 000원을 부과(이하 '이 사건 법인세 부과처분')하고, 2009. 8. 14. 원고 최 BB에게 2002년도 귀 속 양도소득세 477，873，700원을 부과(이하 '이 사건 양도소득세 부과처분')하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실

2. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

가. 원고 회사의 주장

1) 원고 회사는 2001. 12. 31. 폐업하여 사업을 종료하였는바, 원고 회사가 법인세 신고를 하지 못한 것은 폐업으로 인한 불가항력에 기한 것으로 폐업이 없었다면 당연히 법인세 신고를 하였을 것이므로, 이 사건 법인세 부과처분의 제척기간은 국세기본 법 제26조의2 제1항 제3호 소정의 5년이다. 따라서 가사 이 사건 교환계약에 따라 원고 회사가 한 CCQQQ산업개발 주식의 양도로 인한 익금이 2002년에 귀속되었다 하더라도, 이 사건 법인세 부과처분은 제척기간의 기산일인 2003. 4. 1.로부터 5년이 지난 2009. 8. 12.에 이루어진 것이어서 위법하다.

2) 법인의 상품 ・ 제품 또는 생산품 외의 자산의 양도로 인한 익금의 귀속사업연도는 원칙적으로 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도이고, 다만 대금을 청산하기 전 에 당해 자산을 인도한 경우에는 그 인도일이 속하는 사업연도인데, 원고회사는 2001. 12. 31. 양EE에게 원고 회사가 보유하던 CCQQQ산업개발의 주식을 인도하 였으므로, 위 주식의 양도로 인한 익금의 귀속사업연도는 2001년이다. 따라서 원고 회사가 법정신고기한인 2002. 3. 31.까지 2001년도 귀속 법인세 과세표준신고서를 제출하지 않아 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호에 따라 이 사건 법인세 부과처분의 제척기간이 7년이라 하더라도, 이 사건 법인세 부과처분은 제척기간의 기산일인 2002. 4. 1.로부터 7년이 지난 2009. 8. 12.에 이루어진 것이어서 위법하다.

나. 인정사실

1) 이 사건 교환계약 당시 CCQQQ산업개발의 총발행주식 100，000주 중, 원고 회사가 40，000주를, 주식회사 CCQQQ가 50，000주를, 원고 최BB가 10，000주를 각 각 보유하고 있었는데, 원고 최BB는 위 주식을 FF, 서GG, 최HHH 명의로 보유하였다. CCQQQ산업개발은 증권거래법에 따른 주권상장법인도 협회등록법인도 아니 고, 주권을 발행하지도 주주명부를 작성하지도 않았다.

2) 원고 최BB와 양EE은 2001. 12. 20. 이 사건 교환계약을 체결할 때 CCQQQ산업개발 주식을 양EE에게 양도한다는 내용의 양도 ・ 양수계약서(갑 2호증의 1)와 DD석유가스 등 3개 회사 주식과 CC폐차장을 원고 최BB에게 양도한다는 내용의 양도 ・ 양수계약서(갑 2호증의 2)를 각각 작성하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

3) 이 사건 교환계약에 따른 정산을 한 결과 원고 최BB가 양EE에게 000원을 더 지급하여야 했는데, 원고 최BB는 최II에게 DD석유가스 주식 전부를 매도하고(매매계약은 2002. 1. 11. 체결되었는데, 그 내용은 원고 최BB가 최II에게 DD석유가스 주식을 000원에 매도하되, 계약당일 계약금 000원 2002. 1.25. 중도금 000원, 2002. 3. 11. 잔금 000원을 받는다는 것이었다) 받은 수표와 어음 등으로 양EE에 게 , 2002. 1. 11. 000원, 2002. 1. 25. 000원, 2002. 3. 11. 000원 등 정산금 합계 000원을 지급하였다.

[인정근거] 갑 2호증의 1 내지 3, 15호증, 16호증, 을 5호증의 각 기재, 변론 전체 의 취지

다. 판단

1) 첫 번째 주장, 즉 이 사건 법인세 부과처분의 제척기간에 대한 판단

가) 폐업으로 인하여 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 못 할 불가항력적인 사유가 생겼다 하더라도 그와 같은 사유가 국세기본법 제6조 제1항 소정의 신고기한연장사유에 해당되어 과세관청의 승인 아래 과세표준신고서 제출기한 이 연장될 수 있을지언정 과세표준신고서 제출의무가 면제되는 것은 아니다. 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호는 납세자가 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니하는 경우에는 국세부과 제척기간을 7년으로 정하고 있는바, 갑 5호증의 1, 을 1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 회사는 2001. 12. 31. 폐업한 이후 법인세 과세표준신고서를 제출하지 않은 사실이 인정되므로, 이 사건 법인세 부과처분의 제척기간은 7년이다.

나) 이에 대하여 피고는, 원고 회사의 1인 주주인 원고 최JJ이 조세의 부과와 정수를 불가능하게 하기 위하여 원고 회사, CCQQQ산업개발, 주식회사 CCQQQ의 설립 때부터 종업원의 명의를 빌려 위 회사들의 주식을 취득 ・ 관리한 점, 이 사건 교환계약에 관한 양도 ・ 양수계약서(갑 2호증의 1)와 주식양도 ・ 양수계약서(갑 7호증의 1 내지 4)의 거래금액을 달리 작성하였는바, 이는 이중계약서를 작성한 거래조작행위에 해당하는 점, 이 사건 법인세 과세표준신고서를 하지 않은 점 등을 종합할 때, 원고 회사외 과세표준 미신고행위는 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당하므로 이 사건 법인세 부과처분의 제척기간은 10년이라고 주장한다. 그러나 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 사기 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우라 함은 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 위와 같은 정도에 이르지 않는 과세표준신고서 미제출행위는 같은 항 제2호가 적용될 것인데, 주식양도 ・ 양수계약서(갑 7 호증의 1 내지 4)는 이 사건 교환계약에 따른 주식에 관한 권리이전의무의 이행을 위하여 만들어진 계약서로 주식양도대금을 정함에 그 목적이 있다고 보기 어려워 이중계 약서에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 피고가 주장하는 위와 같은 사 정들만으로 원고 회사의 과세표준신고서 미제출행위가 사기 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우에 해당한다고 볼 수 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

다) 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장, 즉 주식양도에 따른 익금의 귀속사업연도에 대한 판단

가) 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제40조 제 1, 2항, 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제68조 제1항 제3호는, 상품 ・ 제품 ・ 생산품 외의 자산의 양도로 인한 익금의 귀속사업연도는 양도대금을 청산한 날이 속하는 사업연도이고, 다만 양도대금 청산 전에 자산을 인도 한 경우에는 인도일이 속하는 사업연도라고 규정하고 있다.

나) 위 규정을 토대로 이 사건으로 돌아가 살피건대, 원고 회사가 2002. 3. 11. 양EE에게 이 사건 교환계약에 따른 정산금을 지급함으로써 원고 회사 보유 주식의 양도에 따른 대금을 청산한 사실은 앞에서 본 바와 같으나, 한편 갑 6호증의 1 내지 3, 7호증의 1 내지 4, 17호증의 1, 2, 18호증의 각 기재와 제1심증인 이KK, 허LL, 최MM의 각 증언, 당심증인 FF의 일부 증언 및 감정인 김NN의 감정결과에 변론 전체의 취지를 종합하면，① 이 사건 교환계약 당시 원고 최BB와 양EE은 2002. 1. 1.부터 매수인인 양EE이 CCQQQ산업개발을 경영하기로 약정하였고, 이에 따라 양EE이 그때부터 CCQQQ산업개발에 출근하면서 이를 경영한 사실(반면에 원고 최BB는 이KK를 통하여 2002. 1. 1.부터 DD석유가스, 대선택시 주식회사, 주식회사 PPP 등을 경영하였다), ② 이 사건 교환계약 당시 원고 최BB와 양EE이 중도금 지급 시에 교환대상 주식을 양도하기로 약정하였는데, 중도금 지급기일인 2001. 12. 31. 중도금 000원을 받았다는 내용의 각 영수증(갑 17호증의 1, 2)을 수수하는 한편, 원고들과 주식회사 CCQQQ가 그날 양EE에게 CCQQQ산업개발의 주식 전부를 양도한다는 내용의 주식양도 ・ 양수계약서(갑 7호증의 1 내지 4)를 작성 ・ 교부한 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 2001. 12. 31. CCQQQ산업개발의 경영권이 원고들과 주식회사 CCQQQ로부터 양EE에게 양도되고, 양EE이 2002. 1. 1.부터 CCQQQ산업개발을 경영하였다고 할 것이고, 그 경영권의 양도와 함께 위 주 식양도 ・ 양수계약서가 작성됨으로써 원고들과 주식회사 CCQQQ가 보유한 CCQQQ산업개발의 주식도 인도되었다고 봄이 타당하다. 이에 대하여 피고는, 원고 회사가 피고에게 위 주식 양도를 신고하지 않았던 점, 주식양도 ・ 양수계약서(갑 7호증의 1 내지 4)에 양도인의 기재만 있을 뿐 양수인의 기재가 없는 점, 위 계약서에 첨부된 원고 회사와 최HHH의 인감증명서 발급일자가 2001. 7. 10.과 2001. 9. 7.로 위 계약서상의 작성일자와 많은 차이가 있고 2001 12 31 이라는 스탬프가 찍혀 있어 누군가가 날짜를 소급하여 작성하였을 가능성이 있는 점 등에 비추어 보면, 주식양도 ・ 양수계약서(갑 7호증의 1 내지 4), 영수증(갑 17호증 의 1, 2), 확약서(갑 14호증=갑 18호증) 등은 신빙성이 없어 원고 회사가 2001. 12. 31. 양EE에게 위 주식을 인도하였다고 보기 어렵다고 다툰다.

그러나 갑 2호증의 1, 2, 6호증의 3의 각 기재와 제1섬증인 이KK의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 주식양도 ・ 양수계약서(갑 7호증의 l 내지 4)에 양수인란이 기재되어 있지 않은 것은 이 사건 교환계약 체결 당시 원고 최BB와 양EE은 원고 회사의 주식을 양EE이 지정하는 사람에게 양도할 수 있다고 약정한 것에 기언한 것으로 볼 수 있는 점，② 원고 최BB와 양EE은 위 교환계약 당시 2001. 12. 31.을 기준으로 그 이전에 발생한 제세공과금은 양도인 이, 그 후에 발생한 제세공과금은 양수인이 책임지기로 약정한 점，③ 원고 최BB는 자신의 섬복인 이KK를 통하여 2002. 1. 1.부터 DD석유가스의 경영권을 행사한 점, ④ 앞에서 본 바와 같이 원고 최BB는 2002. 1. 11. 최II에게 DD석유가스 주식을 000원에 양도하였는바, 이는 그 전에 양EE으로부터 위 주식을 인도받았음을 전제로 하는 점，⑤ 감정인 김NN의 감정결과에 의하면, 위 확약서(갑 14호증)와 각 영수증(갑 17호증의 1, 2)은 최근에 작성된 것으로 보이지 아니하고, 2001년이나 2002년에 가까운 시기에 작성된 것으로 추정된다는 것인 점 등에 비추어 피고가 드는 사정들 만으로 주식양도 ・ 양수계약서(갑 7호증의 1 내지 4) 등이 소급하여 작성되었다거나 신빙성이 없다고 볼 수 없다.

다) 따라서 원고 회사의 CCQQQ산업개발 주식 양도로 인한 익금의 귀속사업 연도는 그 대금 청산일인 2002. 3. 11.에 앞선 주식 인도일인 2001. 12. 31.이 속하는 2001년이라 할 것이므로， 이 사건 법인세 부과처분은 2001년도 법인세 부과처분의 기산일 2002. 4. 1.로부터 7년이 지난 2009. 8. 12.에 이루어진 것이어서 위법하고， 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 이 사건 양도소득세 부과처분의 적법 여부

가. 원고 최대수의 주장

구 소득세법(2002. 12. 18. 법률 제6781호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 소득세 법') 제98조， 같은 법 시행령(2002. 3. 30. 대통령령 제17555호로 개정되기 전의 것， 이하 '구 시행령') 제162조 제4항에 의하면， 주주 1인 및 그와 국세기본법 시행령 제20조 의 규정에 의한 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 '기타주주')가 당해 법인의 주식 합계액 중 주주 1인과 기타주주가 소유하고 있는 주식의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인 주식의 합계액의 100분의 50 이상을 양도하는 경우 그 양도 시기는 사실상 주식을 양도한 날이 된다. 그런데 원고 최대수와 원고 회사는 국세기본법 시행령 제11호 소정의 특수관계에 었고， 원고들은 CCQQQ산업개발의 발행주식 100분의 50 이상을 보유하면서 이를 양도하였으므로， 위 법령에 따라 이 사건 교환계약에 따른 원고 최대수의 주식양도로 인한 양도소득 귀속사업연도는 "사실상 주식을 양도한 날"인 2001. 12. 31.이 속하는 2001년이 된다. 따라서 이 사건 양도소득세 부과처분은 그 기산일인 2002. 6. 1.로부터 제척기간 7년이 지나 이루어진 것이어서 위법하다.

나. 판단

1) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 다목은 '주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식'을 양도소득 과세대상으로 규정하고 있고, 같은 법 제98조, 구 시행령 제162조 제1항은 자산의 양도차익을 계산함에 있어 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우와 대금을 청산하기 전에 명의 개서 등을 한 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날이라고 규정하고 있으므로, 대금 청산일이 불분명하거나 대금 청산 전에 명의개서 등이 이루어진 경우가 아닌 한 주권상장법인 또는 협회 등록법인이 아닌 법인의 주식의 양도시기는 대금 청산일이다.

2) 원고 최BB는, 자신은 원고 회사와 국세기본법 시행령 제20조 제11호 소정의 특수관계에 었고, 원고 회사와 함께 발행주식 100분의 50 이상을 보유하는 CCQQQ산업개발 주식의 전부를 양도하였다고 하면서 위 양도에는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호, 구시행령 제164조 제4항이 적용되어야 한다고 주장하나, 구 소득세법 제94조 제1항 제4호는 "주식 등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인"에 적용되는 규정으로 주권을 발행하지 아니한 CCQQQ산업개발 주식의 양도에는 적용될 여지가 없으므로, 위 주식의 양도시기를 원고 최BB의 주장과 같이 볼 수 없다.

3) 결국 원고 최BB의 주식 양도로 인한 양도소득의 귀속시기는 대금 청산일로 보아야 하고, 앞에서 본 인정사실에 의하면, 원고 최BB는 2002. 3. 11. 양EE에게 이 사건 교환계약에 따른 정산금을 최종적으로 지급함으로써 주식 양도대금을 청산하였다 할 것이므로, 원고 최BB의 주식 양도로 인한 양도소득은 2002. 3. 11.이 속하는 2002 년에 귀속하고, 이 사건 양도소득세 부과처분은 그 기산일인 2003. 6. 1.로부터 제척기간 7년안에 이루어진 것이어서 적법하다. 따라서 원고 최BB의 위 주장은 이유 없다.

4. 결론

그러므로 원고 회사의 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 원고 최BB의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리 하여 부당하므로 원고 회사의 항소를 받아들여 제1심 판결 중 원고 회사에 대한 부분을 취소하고, 이 사건 법인세 부과처분을 취소하며, 원고 최BB의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.