1. 원고의 상고이유에 대한 판단

가. 원고가 소외 주식회사의 과점주주인지 여부 및 제2차 납세의무의 범위에 대하여

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 소외 주식회사의 100% 과점주주에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였는바, 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 구 국세기본법(2006. 4. 28. 법률 제7930호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 소정의 과점주주 및 제2차 납세의무의 범위에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

나. 시가산정방법에 대하여

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고 주장의 매매실례가격은 이 사건 토지에 대한 객관적인 교환가치를 적절하게 반영한 것이라고 보기 어렵다는 이유로 구 법인세법 시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의2 에 따라 구 상속세법 시행령(1996. 6. 29. 대통령령 제15093호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 을 준용하여 이 사건 토지의 시가를 보충적 평가방법인 개별공시지가에 의하여 산정하여 한 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였는바, 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 제4호 소정의 시가산정방법에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

다. 이 사건 부과처분이 부과제척기간 경과 후 이루어진 것인지 등에 대하여

(1) 소외 주식회사에 대한 부과제척기간의 경과 여부

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 소외 주식회사가 1996 사업연도 법인세 및 특별부가세 과세표준과 세액에 대하여 그 신고기한 내에 신고를 하였다고 볼 증거가 없어 소외 주식회사의 1996 사업연도 법인세 및 특별부가세에 대한 부과제척기간은 7년이고, 피고의 소외 주식회사에 대한 부과처분이 부과제척기간 7년 내인 2003. 12. 2. 이루어졌으므로 결국, 이 사건 부과처분은 적법하다고 판단하였는바, 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 구 국세기본법 제26조의2 제1항 소정의 부과제척기간에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

(2) 이 사건 부과처분이 부과제척기간 경과 후 이루어졌는지 여부

구 국세기본법 제26조의2 는 ‘국세부과의 제척기간’이라는 제목으로 그 제1항 에서 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간으로 규정하고 있다.

제2차 납세의무자에 대한 납부고지는 주된 납세의무자에 대한 부과처분과는 독립된 부과처분의 성격을 가지는 점 ( 대법원 1998. 10. 27. 선고 98두4535 판결 참조), 제2차 납세의무가 성립하기 위하여는 주된 납세의무자의 체납 등 그 요건에 해당되는 사실이 발생하여야 하므로 그 성립시기는 적어도 ‘주된 납세의무의 납부기한’이 경과한 이후라 할 것인 점 ( 대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 판결 참조), 구 국세기본법 제26조의2 제4항 의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 은 제2차 납세의무에 대해서는 그 기산일인 ‘부과할 수 있는 날’에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하나, 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날이라고 함은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한이 규정되어 있는 경우를 제외하고는 원칙적으로 그 납세의무의 성립시기라고 할 것인 점 ( 대법원 1999. 4. 9. 선고 98두11250 판결 참조) 등을 종합하여 볼 때, 제2차 납세의무에 대해서도 주된 납세의무와는 별도로 그 부과의 제척기간이 진행한다고 할 것이고, 그 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이를 부과할 수 있는 날인 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년간으로 봄이 상당하다.

원심이 적법하게 확정한 사실에 의하면, 과점주주로서 제2차 납세의무자인 원고에 대한 이 사건 부과처분은 이 사건 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년이 경과하기 전에 이루어진 사실을 알 수 있는바, 원심이 제2차 납세의무에 대해서는 원칙적으로 부과제척기간에 관한 규정이 적용되지 않고, 설령 적용된다고 하더라도 제2차 납세의무에 대한 부과제척기간이 주된 납세의무에 대한 그것과 같은 시기에 진행한다고 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 부과처분은 그 부과제척기간이 경과한 후 이루어진 것이라는 원고의 주장을 배척한 것은 그 이유 설시에 다소 적절하지 아니한 점은 있지만 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 구 국세기본법 제26조의2 제1항 소정의 부과제척기간에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 피고의 상고이유에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것이다( 대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결 , 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 피고의 원심 판시 제1차 부과처분에 따라 그 세액을 전액 납부하였음에도 피고가 주된 납세의무자인 소외 주식회사에 대한 부과처분(이하 ‘당초처분’이라 한다)에 고지절차상의 하자가 있음을 이유로 당초처분을 직권으로 취소하고 본세는 동액으로 하되 당초처분 고지일 이후의 미납부가산세 등을 부과함으로써 당초처분보다 증액된 이 사건 부과처분을 한 후 당초처분의 취소로 인한 국세환급금 및 환급가산금 전액을 이 사건 부과처분의 납부할 세액의 일부에 충당하였으므로 원고에게는 당초처분 고지일 이후의 미납부가산세에 대해서 그 납부의무의 불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단하였는바, 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 가산세 부과에 있어서 정당한 사유에 관한 법리오해의 위법이 없다. 상고이유에서 지적하고 있는 대법원판결은 이 사건과는 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.

3. 결 론

그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 각자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.