2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 일반택시 운송사업자인 AAA는 2008년 1기 확정분, 2008년 2기 예정분・확정분, 2009년 1기 예정분・확정분, 2009년 2기 예정분 부가가치세에 대하여 구 조세특례제 한법(2009년 1・기의 경우에는 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 2008년 1・기의 경우에는 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의7 제1항에 따라 경감세액을 적용하여 각 부가가치세 납부세액의 50%(2009년 1기부터는 90%)를 경감하는 것으로 부가가치세를 신고・납부하였다. ○○시 ○○구청장은 AAA에 대하여 2008년 1기 확정분, 2008년 2기 예정분・확정분, 2009년 1기 예정분・확정분, 2009년 2기 예정분 부가가치세 경감세액에 대한 사용실태를 점검한 결과, 2011. 11. 9. aaa에게 AAA가 아래와 같이 경감세액 중 일부를 사용하지 않았다고 통보하였다.

나. aaa는 위 통보 내용을 토대로 AAA가 경감된 부가가치세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 사용하지 않았다는 이유로, 구 조세특례제한법 제106조의7 제3항에 따라 2011. 11. 8. AAA에게 2008년 1기분 부가가치세 6,440,340원, 2008년 2기분 부가가치세 7,529,090원, 2009년 1기분 부가가치세 43,633,140원, 2009년 2기분 부가가치세 14,365,000원을 각 경정・고지(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

다. AAA는 이에 불복하여 2012. 2. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 8. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3

호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. AAA의 주장

○○시지방노동위원회는 1996. 1. 5.자 중재재정(95쟁의126, 198)에서, 전국택시노동조합연맹 ♡♡시지부의 1995년 임금협정서에 따른 월 임금총액 인상액에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있고, 전국택시노동조합연맹 ♡♡지역택시노동조합도 월 임금총액 인상액에 부가가치세 경감세액 중 13,112원 또는 44,852원을 포함시켰다고 인정한 후, 이러한 사정을 고려하여 전국택시노동조합연맹 ♡♡지역택시노동조합 산하 5개 회사에 대하여 34,328원의 부가가치세 경감세액을 포함하여 월 임금총액을 646,700원에서 717,500원으로 인상하는 것으로 결정한 점, AAA는 위 중재재정의 당사자는 아니지만 전국택시노동조합연맹 ♡♡지역택시노동조합에 소속된 회사로서 위 중재재정의 내용과 마찬가지로 AAA가 근로자에게 지급한 임금에는 34,328원의 부가가 치세 경감세액이 포함되어 있다고 볼 수 있는 점, AAA를 포함한 21개 운수회사로부터 위임을 받은 ♡♡택시사업자협의회와 전국택시노동조합연맹 ♡♡지역택시노동조합은 1996. 11. 4. 1996년도 임금협정을 체결하였는데, 1996년도 임금협정에는 위 중재재정 으로 인하여 34,328원의 부가가치세 경감세액이 반영될 수 밖에 없는 점, AAA에게 적용되는 1995년, 1996년, 2001년, 2005년, 2008년의 각 임금협정서에 첨부된 각 임금산정표에 의하면, AAA가 근로자 개인에게 지급하는 기본급은 1995년 이후 감소됨이 없이 꾸준히 증가되어 왔으므로, 1995년에 이미 임금에 포함되어 있던 34,328원의 부가가치세 경감세액이 현재까지 계속하여 임금에 포함되어 지급된 것으로 보는 것이 이치에 맞는 점, AAA의 노동조합이 2009. 9. 30. 기본급에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다는 사실을 인정한 점, AAA와 동일하게 전국민주택시노동조합연맹계열의 노동조합이 있는 △△운수 주식회사(원래 상호는 ♡♡산업 주식회사였는데 2009. 5. 19.경 △△운수 주식회사로 변경되었다. 이하 '△△운수'라 한다)에 재직하였던 택시기사들이 △△운수가 부가가치세 경감세액을 각 근무일수에 따라 계산하여 자신들에게 지급하여야 함에도 불구하고 2004년 2기 확정분부터 2010년 2기 확정분까지의 부가가치세 경감세액 중 일부를 지급하지 않았다고 주장하면서 △△운수를 상대로 ♡♡♡♡지방법원 2011가단42595호로 제기한 택시부가세환급금 사건에서, 위 법원은 2013. 9. 26. △△운수운수가 위 기간 동안 부가가치세 경감세액 중 34,328원을 임금에 포함하여 매달 택시기사들에게 지급하였다고 판단한 점 등에 비추어 보면, AAA가 1995년 이후 근로자 개인에게 매월 지급한 기본급에는 부가가치세 경감세액이 많게는 34,328원(또는 44,852원), 적게는 13,112원 포함되어 있다고 보아야 하고, 위 경감세액 상당액은 실질적으로 근로자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가될 수 있는 것이므로, 추징대상에서 제외되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 경감제도의 시행

가) 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 조세감면규제법이 개정되어 자동차운수사업법(「여객자동차 운수사업법」의 시행으로 폐지된 법률)상 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 중 50/100을 경감하도록 하는 제100조의2가 신설되자, 건설교통부장관(현 국토교통부장관, 이하 같다)은 전국 시・도에 '택시 부가가치세 세액감면시행에 따른 지시'라는 제목으로 조세감면규제법의 개정 취지가 부가가치세액의 감면에 따른 경감세액을 택시운전 종사자의 열악한 처우를 개선하는 데 활용되도록 지원하고자 하는 것임을 감안하여 경감세액이 그 취지에 부합되게 사용될 수 있도록 당해 사업자 및 관련 단체의 지도ㆍ감독에 철저를 기하고, 구체적 사용방법 등에 대하여는 노사 간의 협의를 통해 자율적으로 정하여 집행토록 지도하여 줄 것을 지시하는 공문을 발송하였다.

나) 그 후 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1.부터 시행된 조세특례제한법에서 제106조의4 제2항으로 '부가가치세 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다'라는 규정이 신설되자, 건설교통부장관은 '택시부가세 경감세액 사용지침(2005. 4. 건설교통부 지침, 이하 '이 사건 지침'이라 한다)'이라는 제목으로 「택시운송사업자는 부가가치세 경감세액 전액을 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하여야 하고, 과반수 이상의 근로자들이 다른 방법으로 사용할 것을 요구하지 아니하는 한 근로자 개인에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금으로 지급하여야 하며, 현금지급 방법・시기 등에 관한 세부사항은 근로자 대표와 사용자 간에 자율적으로 결정하도록 하고, 택시운송사업자는 부가가치세 경감세액 사용의 투명성 제고를 위하여 별도의 지출장부를 관리하여야 하며, 부가가치세 경감세액의 일부를 기본급에 포함하여 지급하는 경우 전체 지출규모 파악이 가능하도록 지출장부에 명기하여야 하고, 부가가치세를 경감해 주기 이전부터 사용자가 부담해 왔던 부분에 경감세액을 사용하는 행위를 금지하는 것」 등을 내용으로 하는 지침을 마련하고, 이를 지방자치단체 및 전국택시운송사업조합연합회 등에게 통보하였다.

2) AAA와 그 노동조합의 합의 경과

가) 노동조합의 현황

택시운송사업자에 대한 부가가치세액 경감제도가 시행된 1990년대 중반 무렵, 회사택시를 운전하는 근로자들이 조직한 노동조합은 한국노총 산하의 전국택시노동조합연맹(이하 '전택'이라 한다)과 전택 소속이면서도 전택과 노선을 달리하는 전국택시노동조합연맹 ♡♡지역택시노동조합 이하 '지역노동조합'이라 한다. 지역노동조합은 이후 가입 단위노조의 수가 늘어나면서 민주노총 산하의 전국민주택시노동조합연맹(이하 '민택'이라 한다)이 되었다 으로 나뉘어져 있었다. AAA의 노동조합은 지역노동조합에 소속되어 있었으나 1997년경 민택이 설립되면서 민택으로 소속을 변경하였다.

나) 1995년 임금협정

1) 전택 ♡♡시지부는 산하 163개 단위노조로부터 임금협정의 교섭・체결을 위임받아 택시회사들로부터 같은 권한을 위임받은 ♡♡택시사업자협의회와 1995. 9. 22. 월 임 금총액을 630,000원에서 697,513원으로 67,513원 인상하되 인상액 중에는 부가가치세 경감세액 중 34,328원을 포함시킨다는 내용의 1995년 임금협정을 체결하였다.

2) AAA를 비롯한 16개 운수회사로부터 위임을 받은 ♡♡택시사업자협의회와 지역노동조합은 1995. 12. 31. 1995년도 임금협정을 체결함에 있어 기본급 및 제 수당 을 인상하면서 「부가가치세 감면분의 직접 수혜분은 임금에 포함하여 계산하였으며, 간접수혜분에 대하여 사업자는 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다」라고 명시하였으나, 임금에 반영된 부가가치세 감면분의 구체적인 금액은 명시하지 않았다.

3) 한편, 지역노동조합 산하의 단위노조가 설립된 5개 회사 BB운수 주식회사(이후 상호가 DD운수 주식회사로 변경됨), CC운수 주식회사(이후 상호가 EEE택시 주식회사로 변경됨), FF교통 주식회사, GG운수 주식회사, HH택시 주식회사와 지역노동조합 간의 1995년 임금협정 체결을 위한 단체교섭이 타결되지 아니함에 따라 개시된 노동쟁의 중재신청사건(95쟁의126, 128)에서♡♡시지방노동위원회는 1996. 1. 5. 「전택 ♡♡시지부의 1995년 임금협정서에 따른 기본급 및 제 수당 인상액 67,513원에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있고, 지역노동조합에서도 월 임금총액을 697,941원에서 730,552원으로 32,611원 인상하는 경우에는 인상액에 부가가치세 경감세액 중 13,112원을 포함시켰고, 월 임금총액을 646,700원에서 730,552원으로 83,852원 인상하는 경우에는 인상액에 부가가치세 경감세액 중 44,852원을 포함시킴으로써 부가가치세 경감세액의 상당액을 임금에 포함시킨 점을 고려하여, 5개 회사에 대해서 전택 ♡♡시지부의 경우와 같은 수준으로 34,328원의 부가가치세 경감세액을 포함하여 월 임금총액을 646,700원에서 717,500원으로 인상하고, 임금인상에 반영되지 아니한 나머지 경감세액에 대해서는 근로자의 후생복지 등 처우개선 용도로 적절하게 사용하여야 한다」라는 내용으로 중재재정하였다.

다) 1996년 임금협정

AAA를 비롯한 21개 운수회사(그 중에는 중재재정 대상이었던 5개 회사 중 DD택시 주식회사를 제외한 BB운수 주식회사, CC운수 주식회사, EE교통 주식회사, GG운수 주식회사도 포함되어 있다)로부터 위임을 받은 ♡♡택시사업자협의회와 지역노동조합은 1996. 11. 4. 1996년도 임금협정을 체결함에 있어 1995년도 임금협정서와 마찬가지로 기본급 및 제 수당을 인상하면서 「부가가치세 감면분의 직접수혜분은 임금에 포함하여 계산하였으며, 간접수혜분에 대하여 사업자는 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다」라고 명시하였으나, 임금에 반영된 부가가치세 감면분의 구체적인 금액은 명시하지 않았다.

라) 이후의 임금협정

AAA는 매년 상급단체인 ♡♡택시사업조합과 지역노동조합 사이의 임금협정 결과에 따라 AAA의 노동조합과 개별 임금협정을 체결하여 왔는데, 2001년도 이후의 단체협약이나 임금협정에는 부가가치세 경감세액에 관한 명시적인 규정이 없었다.

마) AAA와 노동조합 간의 합의 및 이행

(1) 2006. 11. 14.자 합의

2006년경에 이르러 민택과 ♡♡택시사업조합 사이에 1995년도 임금협정에 따라 기본급에 부가가치세 경감세액 34,328원이 포함되어 있는지에 관하여 다툼이 있어 임금협정의 체결이 지연되자, AAA는 3차례에 걸친 협의 끝에 2006. 11. 14. AAA의 노동조합과, 부가가치세 경감세액에 대하여는 AAA가 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 근로자 1인당 월 33,000원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하기로 하되, 2006. 11. 이전에 상급 단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감세액에 대한 교섭이 체결되면 그 결과에 따르고 미지급분에 대하여는 재협의하기로 합의하였다.

(2) 2007. 6. 27.자 및 2007. 11. 1.자 합의

AAA는 2007. 6. 27. AAA의 노동조합과, 2001년도 임금협정서 및 단체협약서를 2007년 상급 단체의 교섭이 타결될 때까지 성실히 이행하기로 하되 이러한 교섭이 이루어지지 않을 경우 부가가치세 경감세액의 지급방법에 관하여 협의하기로 합의하였다. 이후 AAA는 2007. 11. 1. AAA의 노동조합과, 2008. 12. 31.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 AAA가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하고, 근로자 회식비 명목으로 2007년 1기 부가가치세 경감분에서 500만 원을 지급하기로 합의하였다.

(3) 2008. 6. 20.자 합의

AAA는 2008. 6. 20. AAA의 노동조합과 2007. 11. 1.자 합의에 추가하여 「1. 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여 전액 현금을 지급함을 원칙으로 한다. 2. AAA는 조세특례제한법에 의하여 부가가치세 경감세액을 지급하여 왔으나 2007. 11. 1. 노사협의회에서 그동안 지급해 오던 부가가치세 경감세액의 지급기일을 맞추기 위하여 2007. 1.부터 2008. 12.까지 2년분의 부가가치세 경감세액을 2007. 11.부터 2009. 3.까지 17개월에 걸쳐 근로자 1인당 월 5만 원씩을 지급하기로 합의한 것이다. 다만, 차액은 제 간접비용・조합원 후생복리기금・임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다. 3. 합의기간 중에는 부가가치세 경감세액 지급요구에 관한 민・형사상 책임을 묻지 않으며 합의사항에 대하여 노사는 성실히 이행한다. 4. 본 합의서의 효력은 2007. 11. 1.로 소급하여 적용한다」라고 합의하였다.

(4) 2009. 2. 27.자 합의

AAA는 2009. 2. 27. AAA의 노동조합과 「1. AAA는 조합원들의 근로를 장려하기 위하여 2009년 상반기 중 신차부터 50%(20대)를 콜 카드 단말기를 장착하고 점차적으로 확대한다. 2. 2008년 2분기 학자금은 3. 15.까지 지급하고 4분기 학자금은 4. 15.까지 지급한다. 3. 부가가치세 경감세액은 3. 20. 7만 원, 4. 20. 8만 원 지급한다. 4. 동복은 회사의 어려움을 감안하여 2009. 11. 중 지급한다」라고 합의하였다.

(5) 2009. 9. 23.자 합의

AAA는 2009. 9. 23. AAA의 노동조합과 「1. 카드 단말기는 빠른 시일 안에 전 차량에 장착한다(다만, 금년에 폐차되는 차량은 제외). 2. 2008년 4분기 학자금은 2009. 9. 이전에 지급한다. 3. 1) 부가가치세 경감세액에 대하여는 경감세액 전액 지급을 원칙으로 한다. 2009. 1.부터 2009. 6.까지 6개월분은 월 6만 원씩 1인당 36만 원을 2009. 10. 1.까지 지급한다. 또한, 2009. 7.부터는 임금에 1인당 8만 원씩 선지급한다 (다만, 차액은 임금・후생복리비・제 간접비에 포함하여 지급된 것으로 한다). 2) 지급시기는 여건 변동으로 노사 합의가 있을 때까지 계속 유효하다. 3) 합의기간 중 부가가치세 경감세액 지급 요구에 관하여 민・형사상 책임을 \u3000지지 않으며 노조는 회사가 부가가치세와 관련하여 불이익을 당하지 않도록 협조하고 합의사항에 대하여 노사는 성실히 이행한다」라고 합의하였다.

(6) 2009. 9. 30.자 합의

AAA는 2009. 9. 30. AAA의 노동조합과 2009. 9. 23.자 합의의 세부사항을 보완하기로 하고 「1. 2009. 9. 23. 합의한 노사합의서는 계속 유효하며 노사는 성실히 준수한다. 2. 2009. 9. 23.자 합의서 제3의 1)항 부가가치세 경감세액에 대하여는 경감세액 전액 지급을 원칙으로 한다. 2009. 1.부터 2009. 6.까지 6개월분은 월 6만 원씩 1인당 36만 원을 2009. 10. 1.까지 지급한다. 또한, 2009. 7.부터는 임금에 1인당 8만 원씩 선지급한다(다만, 차액은 임금・후생복리비・제 간접비에 포함하여 지급된 것으로 한다).

3. 단서 조항의 차액은 임금에 포함되었다는 것은 운전기사 1인당 월 34,328원이 임금에 포함되었다는 것을 의미한다. 4. 합의기간 중 부가가치세 경감세액 지급 요구에 관하여 민・형사상 책임을 \u3000지지 않으며 노조는 회사가 부가가치세와 관련하여 불이익을 당하지 않도록 협조하고 합의사항에 대하여 성실히 이행한다」라고 합의하였다.

(7) 2010. 12. 31.자 합의

AAA는 2010. 12. 31. AAA의 노동조합과

「1. 부가가치세 경감세액을 1인당 매월 95,252원씩 임금에 포함하여 지급한다(다만, 1인당 임금에 8만 원을 지급하고 제세공과금과 간접비가 포함된 금액임).

2. 부가가치세 경감세액 중 임금에 40,872원이 포함된 것으로 한다(다만, 임금에 기히 포함된 34,328원의 제세공과금 및 간접비가 포함된 금액임).

3. 시행일은 2010. 7. 1.부터 소급하여 시행한다.

4. 노사는 부가가치세 경감세액에 대한 새로운 합의가 있을 때까지 계속 유효하며 노사가 합의한 대로 회사가 부가가치세 경감세액을 지급할 경우 민・형사상 어떠한 책임도 지지 않고 회사가 부가가치세와 관련하여 불이익을 당하지 않도록 노조는 협조하며 합의내용에 대하여 노사는 성실히 이행한다」라고 합의하였다.

(8) 2011. 3. 31.자 합의

AAA는 2011. 3. 31. AAA의 노동조합과 2010. 12. 31.자 합의와 같은 내용의 노사합의를 하면서 「부가가치세 경감세액 중, 26일 만근자에게 만근수당으로 1인당 1만 원을 지급한다」라는 내용을 추가하였다.

3) AAA에게 적용되는 1995년, 1996년, 2001년, 2005년, 2008년의 각 임금협정서에 첨부된 각 임금산정표상 AAA가 근로자에게 지급하는 기본급은 1995년 392,480원, 1996년 392,480원, 2001년 431,850원, 2005년 521,000원, 2008년 615,000원으로 순차 증가되었다.

4) AAA는 심판청구 당시 근로자들에게 부가가치세 경감세액보다 많은 금액을 지급하였다고 주장하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 7, 9, 10, 11호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 개정된 조세감면규제법 제100조의2는 일반택시운수종사자의 열악한 처우를 개선하고 복지를 향상하기 위하여 부가가치세 납세의무자인 일반택시 운송사업자로 하여금 임금인상의 재원(재원) 등으로 사용할 수 있도록 부가가치세 납부세액의 50/100을 경감하는 제도를 도입하였다. 그러나 본래 취지와 달리 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 종전에는 자신이 부담해 왔던 후생복지비용에 충당하는 등의 문제로 노사분규가 자주 발생하자, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 조세특례제한법 제106조의4 제2항은 부가가치세 경감세액 전부를 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하도록 하는 규정을 두게 되었고, 건설교통부장관이 2005. 4. 제정한 「택시 부가가치세 경감세액 사용지침」도 '원칙적으로 부가가치세 경감세액을 근로자 개인에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금으로 지급하되, 사업장별 과반수의 근로자들이 현금 이외의 다른 방법으로 그 일부를 사용하도록 요구하는 경우에는 예외를 인정하며, 사용자가 부가가치세 경감 이전부터 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지한다' 는 등의 규정을 두었다. 나아가 2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정된 조세특례제한법 제106조의4 제3항은 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니한 경우에는 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세를 경감하여야 할 아무런 이유가 없으므로 일반택시 운송사업자로부터 사용하지 아니한 부가가치세 경감세액 상당액을 추징하는 규정을 두게 되었고, 일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감에 관한 위 제106조의4 규정은 조세특례제한법이 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되면서 제106조의7로 자리를 옮기게 되었다. 이후 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 부가가치세 경감률이 50/100에서 90/100으로 확대되었다.

일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 경감제도를 마련한 입법취지와 관련 규정의 제・개정경위 등에 비추어 볼 때, 노사간에 부가가치세 경감세액 중 일부만을 직접 지급하고 나머지는 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다는 합의하였다고 하더라도, 노사간에 이미 지급된 부가가치세 경감세액의 액수에 대하여 다툼이 있어 그 부분은 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다고 합의를 한 경우와 같이 합의에 이르게 된 동기와 경위 등에 비추어 부가가치세 경감세액 전부가 실질적 으로 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 없는 한 실제로는 지급하지 아니한 채 단지 노사간 합의에 의하여 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 경감세액 상당액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 없어 조세특례제한법 제106조의4 제3항에서 규정한 부가가치세의 추징대상에 해당한다고 할 것이다(대법원 2013. 6. 13. 선고 2010두18369 판결 참조).

2) 위와 같은 법리에 기초하여 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, AAA가 1995년 이후 근로자에게 지급한 기본급에 근로자 1인당 많게는 34,328원(또는 44,852원), 적게는 13,112원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있었다고 볼 수 없고, 위 금액이 근로자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 있었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, AAA의 위 주장은 이유 없다.

① AAA를 비롯한 16개 운수회사와 AAA의 노동조합이 속한 지역노동조합이 기본급 및 제 수당을 인상하는 1995년도 임금협정을 체결하면서 '부가가치세 경감세액 중 직접 수혜분은 임금에 포함하여 계산하였으며, 부가가치세 경감세액 중 간접 수혜분은 사업자가 조합원의 복리후생 증진에 사용 한다'고 명시하였고, AAA와 지역노동조합이 체결한 1996년도 임금협정에도 같은 내용이 있었으나, 2001년도 이후의 단체협약이 나 임금협정에는 부가가치세 경감세액에 관한 명시적인 규정이 없었다. 뿐만 아니라 1995년도 및 1996년도 임금협정에도 부가가치세 경감세액 중 임금에 포함하여 계산된 금액은 명시되지 않았다.

② 2006년경까지는 AAA와 그 노동조합 사이에 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 그 후에도 계속하여 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있었는지 여부를 둘러싼 다툼이 있었고, 그 과정에서 AAA와 그 노동조합은 2006. 11. 14. '부가가치세 경감분에 대하여 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 1인당 33,000원을 지급하되, 그 이전이라도 상급단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감분에 대한 교섭이 체결되면 그에 따르고 미지급에 대하여 재협의 한다'고 합의하기도 하였다.

③ 그 후 AAA와 그 노동조합은 '부가가치세 경감세액은 임금과 별도로 직접 지급하되, 그 지급액이 실제 부가가치세 경감세액과 차이가 나는 경우 그 차액은 제 간접비용・조합원 후생복리기금・임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 본다'는 내용의 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의를 하였고, 이러한 합의는 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액 상당액이 적어도 2007년도부터는 부가가치세 경감세액의 지급액 명목으로 임금에 포함되어 있지 아니함을 전제로 한 것으로 보이므로 단체협약이 실효되었다고 하더라도 임금 등 개별적인 노동조건에 관한 부분은 그 단체협약의 적용을 받고 있던 근로자의 근로계약의 내용이 되어 여전히 사용자와 근로자를 규율하지만, 그것을 변경하는 새로운 단체협약이 체결될 경우에는 더는 개별적인 근로계약의 내용으로 남아 있지 않게 되므로(대법원 2007. 12. 27. 선고 2007다51758 판결 등 참조), 임금 등 개별적인 노동조건에 관한 1995년도 또는 1996년도 임금협정의 효력이 그 후에 새로 체결된 단체협약 또는 임금협정의 효력발생일 이후까지 그대로 미친다고 단정하기는 어렵다, 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의에 의하여 임금에 포함되어 지급된 것으로 보기로 한 부가가치세 경감세액 상당액은 실질적으로 근로자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가될 수 없다.

④ ♡♡시지방노동위원회의 1996. 1. 5.자 중재재정(95쟁의126, 198)은 AAA가 그 당사자가 아니므로 위 중재재정에서 근로자의 임금 인상액 중 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함된 것으로 결정하였다고 하더라도, 그에 따라 AAA의 경우에도 1995년부터 위와 같은 금액의 부가가치세 경감세액이 임금에 포함되어 지급되었다고 볼 수는 없다.

⑤ 설령 1995년 및 1996년에 위와 같은 금액이 임금에 포함되어 지급된 것으로 볼 수 있다고 하더라도, 2001년 임금협정 이후에는 부가가치세 경감세액의 지급 여부 및 그 방법에 관하여 아무런 규정이 없으므로, 기본급에 위 금액의 부가가치세 경감세액이 당연히 포함되어 지급되었다고 보기 어렵다.

⑥ AAA는 부가가치세 경감세액이 임금에 포함되어 지급되었는지 여부를 둘러싸고 다툼이 있자 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의에 이르게 되었다.

⑦ AAA는 부가가치세 경감세액 사용에 관한 별도의 지출장부를 관리하지 아니하였을 뿐만 아니라 지출장부나 월급명세서에 부가가치세 경감세액의 일부가 기본금에 포함되었다는 내용을 기재하지 않는 등 이 사건 지침에서 규정하는 사항을 준수하지 않았다.

⑧ AAA의 주장에 따르면 AAA는 근로자에게 실제 경감된 세액보다 많은 금액을 지급한 것이 되므로, AAA로서는 노동조합과의 합의 당시 근로자에게 초과로 지급된 부가가치세 경감세액의 처리 방법에 관하여 논의를 하였어야 할 것임에도 오히려 2008. 6. 20.자 및 2009. 9. 23.자 합의서에는 부가가치세 경감세액 중 일부가 근로자에게 지급되지 않았음을 전제로 하여 '차액은 제 간접비용・후생복리비・임금에 포함하여 지급된 것으로 한다'라고 기재되어 있다.

⑨ AAA는, 1995년에 부가가치세 경감세액을 재원으로 하여 임금이 인상되었음이 명백하고, 2001년 및 2005년의 임금협정서에 첨부된 임금산정표의 임금이 부가가치세 경감세액에 해당하는 금액만큼 감액되지 않았으며, 오히려 1995년, 1996년, 2001년, 2005년, 2008년의 각 임금협정서에 첨부된 각 임금산정표에 의하면 AAA가 근로자 개인에게 지급하는 기본급은 1995년 이후 꾸준히 증가하였으므로, 1995년에 이미 임금에 포함되어 있던 34,328원의 부가가치세 경감세액이 현재까지 계속하여 임금에 포함되어 지급된 것으로 보는 것이 이치에 맞고, 2001년 및 2005년의 임금협정서에 부가가치세 경감세액에 관하여 명시적인 언급이 없다는 점만으로는 기존에 임금인상액에 포함되었던 부가가치세 경감세액이 갑자기 제외되었다고 할 수는 없다고 주장한다. 그러나 앞서 본 여러 사정에 비추어 보면 AAA가 주장하는 사정만으로는 1995년 이후 근로자에게 지급된 기본급에 근로자 1인당 많게는 34,328원(또는 44,852원), 적게는 13,112원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있었다고 보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면, AAA의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

▣ 조세감면규제법(1995. 8. 4. 법률 제4952호로 개정된 것)

제100조의2 (납부세액경감)

자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감한다.

[본조신설 1995・8・4]

▣ 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 것)

제106조의4 (일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감)

① 여객자동차운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을

2006년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 여객자동차운수사업법상 일반택시 운

수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

[본조신설 2004.12.31]

▣ 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정된 후 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되

기 전의 것)

제106조의4 (일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감)

① 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50

을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 「여객자동차 운수사업법」상 일반택

시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 건설교통부장관은 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된

세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지

아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장에게 통보

하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장은 다음 각 호의 규정

에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다. <신설 2006.12.30>

1. 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지

아니한 경감세액상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액상당액의 이자상당액

이자상당액 = 제1호의 경감세액상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기

한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세

- 20 -

▣ 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정된 후 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되

기 전의 것)

제106조의7 (일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감)

① 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50

을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 「여객자동차 운수사업법」상 일반택

시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 건설교통부장관은 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된

세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지

아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장에게 통보

하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장은 다음 각 호의 규정

에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.

1. 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지

아니한 경감세액상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액상당액의 이자상당액

이자상당액 = 제1호의 경감세액상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기

한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세

▣ 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 후 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기

전의 것)

제106조의7 (일반택시 운송사업자의 부가가치세 납부세액 경감)

① 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 90

을 2011년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다.

② 제1항에 의한 경감세액은 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 「여객자동차 운수사업법」상 일반택

시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.

③ 국토해양부장관은 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운송사업자가 제1항의 규정에 따라 경감된

세액을 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 제2항의 규정에 따라 사용하지

아니한 것을 확인한 경우에는 이를 즉시 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장에게 통보

하여야 하며, 이를 통보받은 국세청장 또는 일반택시 운송사업자 관할세무서장은 다음 각 호의 규정

에 따라 계산한 금액의 합계액을 추징한다.

1. 「여객자동차 운수사업법」상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용하지

아니한 경감세액상당액

2. 다음 산식에 따라 계산한 제1호의 경감세액상당액의 이자상당액

이자상당액 = 제1호의 경감세액상당액 × 제1항의 규정에 따라 경감된 부가가치세의 신고납부기

- 21 -

한 종료일의 다음날부터 추징세액의 고지일까지의 기간(일) × 3/10,000

3. 제1호의 경감세액상당액의 100분의 20에 해당하는 금액의 가산세. 끝.