가. 청구법인은 2013.4.10.부터 부동산매매업을 영위하는 사업자로, 경기도 OOO에 소재한 OOO(지하 3층, 지상 7층, 대지면적 6,280㎡, 연면적 29,854㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 분양한 시행사이다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2016.12.5.～2017.1.18. 기간 동안 청구법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점건물의 분양사업을 위해 사업부지를 매입하고 건설자금을 조달하는 과정에서 발생한 총 OOO원의 대출실행수수료, 청약금 관리 대리사무 보수 및 금융자문․주선업무수수료 등(이하 “쟁점수수료”라 한다)을 건물의 취득원가에 가산하고, 작업진행률(2014년 73.51%, 2015년 100%) 및 분양계약률(2014․2015년 96.67%)을 적용하여 각 사업연도의 분양 수익 및 원가를 재계산하며, 2014사업연도에 신고한 분양원가 OOO원을 가공원가로 확인하는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 2017.2.9. 청구법인에게 2014사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점수수료는 쟁점건물의 건축을 위하여 자금을 조달하는 과정에서 발생한 프로젝트 파이낸싱 컨설팅용역에 대한 대가 등이므로 당기 비용으로 보아야 한다.

쟁점수수료는 대출취급수수료, 담보신탁보수, 법률자문수수료, 금융자문 및 주선수수료 등으로 구성되는바, 대출취급수수료는 자금차입에 대한 대가이고 담보신탁수수료는 자금차입을 위한 담보신탁과 관련한 업무의 대행에 따른 대가이며, 법률자문수수료는 쟁점건물에 대한 근저당권을 설정하는데 소요되는 등록세 및 수수료와 법률행위를 대리하는 회사에 지급한 것이고, 금융자문 및 주선수수료는 다른 대출금융기관을 참가하게 하는데 소요되는 비용과 알선수수료이다.

「법인세법 시행령」제72조 제1항 제1호에서 매입가액에 취득세, 등록세 기타 부대비용을 가산한다고 되어 있어 취득세, 등록세에 준하는 성격의 비용이 매입가액에 포함된다고 할 수 있는바, 쟁점수수료는 자산취득의 직접적인 매입가액이 아니고 매입부대비용에도 해당되지 아니한다.

판례(대전지방법원 2007.5.9. 선고 2006구합4419)에서도 금융자문수수료는 건물신축을 위한 자금조달 컨설팅에 대한 대가로서 자산의 취득에 직접 소요된 비용이라 볼 수 없고, 이자란 타인으로부터 빌린 금전에 대하여 차용기간에 따른 일정한 비율의 대가로 지불한 비용을 의미한다고 할 것이므로 금융자문수수료는 차입금에 대한 대가로 볼 수 없다는 입장인바, 쟁점수수료는 매입에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금으로도 볼 수 없다.

(2) 쟁점건물의 분양이 완료된 시점에 세무조사가 이루어졌으므로 실제 확정된 분양가액 및 원가를 기준으로 분양수익 및 비용을 계산하는 것이 실질과세원칙에 부합한다.

분양수익 및 원가계산에 대한 처분청의 의견과 청구주장의 차이는 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

* 작업진행률 = 발생한 총공사비누적액 / 총공사예정원가

** 분양률 = 분양수익누계액 / 총분양수익금액

조사청은 「법인세법 시행령」 제69조 및 같은 법 시행규칙 제34조에 따라 분양수익 및 원가의 계산은 목적물의 건설을 완료한 정도(작업진행률)를 기준으로 하여야 한다고 주장하나, 동 법령의 입법취지는 1년 이상의 장기공사의 경우 분양이 완료되어야 해당사업에 대한 익금 및 손금액이 확정되므로 기간과세를 실현하기 위해 건설을 완료한 정도를 합리적으로 추정하여 각 사업연도의 소득금액을 산출하여야 한다는 것이다.

따라서 공사가 완료된 후에는 분양사업에 대한 수익과 비용이 확정되므로 추정에 근거한 소득금액의 산출방법을 사용하기 보다 확정된 수익과 비용으로 소득금액을 산출하는 것이 타당하다.

조사청이 주장하는 청구법인의 작업진행률도 청구법인이 임의로 산정한 총 공사예정비와 총 예정분양가액으로 단순계산하여 산출한 것에 불과하고, 조사시점(2016년 12월)은 쟁점건물을 완공하고 분양이 완료된 시점이므로 추정에 의한 총 공사예정비와 예정분양가액으로 각 사업연도의 분양소득을 계산하기보다 실제 발생되어 확정된 분양수익과 원가를 기준으로 연도별로 안분하여 손익을 인식하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다.

나. 처분청 의견

(1) 재고자산 본래의 용도대로 이용가능한 상태가 될 때까지 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금은 재고자산의 취득원가에 가산하여야 한다.

기업회계기준에 따르면 차입원가는 기간비용으로 처리하는 것이 원칙이나 재고자산의 취득을 위한 자금에 차입금이 포함된다면 이러한 차입금에 대한 금융비용은 재고자산의 취득에 소요되는 비용이다.

건물의 취득과 관련된 금융비용 및 차입과 관련한 기타비용은 그 자산을 취득하지 아니하였다면 부담하지 않을 수 있었던 비용으로서 의도된 용도로 사용하거나 판매할 수 있는 상태가 될 때까지 발생하는 차입금에 대한 금융비용은 자본화하여 해당 자산의 취득원가에 산입하여야 한다.

「법인세법 시행령」제72조 제2항 제2호에서 자산의 취득가액은 자기가 제조․생산․건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산으로 재료비․노무비․운임․하역비․보험료․수수료․공과금․설치비 기타 부대비용의 합계액으로 규정하고 있다.

같은 법 시행령 제52조에서 건설자금에 충당한 차입금의 이자란 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입․제작 또는 건설에 소요되는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말하는 것이라고 되어 있다.

청구법인은 쟁점건물을 신축․분양할 목적으로 총사업비 OOO원을 대출받기 위해 이사회 회의를 거쳐 사업계획을 수립하는 과정에서 자금차입과 관련하여 발생된 법률자문비용, 금융자문․주선․주관비용인 쟁점수수료를 총사업비에 포함하였다.

이와 같이 사업용 자산의 취득에 필수불가결하게 소요된 쟁점수수료는 차입과 직접 관련하여 발생한 수수료 및 기타 이와 유사한 금융원가로서 쟁점건물의 신축이 발생하지 아니하였다면 부담하지 않았을 비용이다.

쟁점건물이 본래의 용도대로 이용가능한 상태가 될 때(준공일)까지 지출한 금융비용인 쟁점수수료는 차입금에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금으로 분양수익에 직접 대응하는 분양원가로 자산의 취득원가에 가산하여야 한다.

만약, 쟁점수수료를 자산의 취득원가에 가산하지 않고 발생연도에 즉시 기간비용으로 인식한다면 비용을 먼저 인식하는 결과가 되어 수익비용대응의 원칙에 위배된다.

청구법인은 대전지방법원 판례(대전지방법원 2007.5.9. 선고 2006구합4419 판결)를 원용하면서 쟁점수수료가 당기비용이라 주장하나, 동 판례는 매입당시 건설을 완료하여 건설기간이 전혀 없는 열병합발전시설을 인도받아 즉시 사용한 경우로 타인에 의해 건설이 완료된 자산의 취득을 위해 지급한 금융비용을 일반판매관리비로 본 것이므로 이 건과는 사실관계가 다르다.

(2) 각 사업연도 손익귀속시기에 의해 분양수익 및 분양원가를 계상하다가 조사청의 조사시점(2016.12.5.～2017.1.17.)을 기준으로 손익의 귀속시기를 변경해 달라는 청구주장을 받아들일 수 없다.

청구법인은 분양원가에 대해 허위분양원가를 제외하고는 분양계약률을 적용하지 아니하고 작업진행률을 적용하는 등 손익의 귀속사업연도 및 계산에 대한 착오로 잘못 적용한 부분이 있었으나, 세법의 규정에 따라 작업진행률과 분양계약률을 기준으로 법인세 신고를 하고 있었다.

「법인세법 시행령」제69조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제34조는 건설착수일부터 인도일까지의 기간이 1년 이상인 경우, 그 기간 동안의 손익의 귀속과 관련하여 당해 사업연도말까지 발생한 총 공사비누적액을 총 공사예정비로 나누어 산출한 작업진행률 및 분양률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각 귀속사업연도에 해당하는 익금과 손금에 산입하도록 규정하고 있다.

즉, 손익의 귀속사업연도를 적용함에 있어 작업진행률을 적용하여 계산한 수익과 비용을 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하여야 하는 것이다. 따라서 조사시점을 기준으로 완공․분양되어 확정된 수익과 비용을 인식하여 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점수수료를 쟁점건물 취득원가에 가산하여 법인세를 과세한 처분의 당부

② 세무조사 시점에는 쟁점건물이 완공되어 분양이 완료되었으므로 실제 발생된 분양 수익과 원가를 기준으로 손익을 인식하여 법인세를 경정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 법인세법 제28조[지급이자의 손금불산입] ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자

제40조[손익의 귀속사업연도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제41조[자산의 취득가액] ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

(2) 법인세법 시행령 제52조[건설자금에 충당한 차입금의 이자의 범위] ① 법 제28조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자"란 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입ㆍ제작 또는 건설(이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설등에 소요된지의 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다. 이하 이 조에서 "특정차입금"이라 한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금(이하 이 조에서 "지급이자등"이라 한다)을 말한다.

② 특정차입금에 대한 지급이자등은 건설등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 특정차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감한다.

제69조[용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도] ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 "건설등"이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 "작업진행률"이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

1. 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

2. 법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로서 국제회계기준을 적용하는 법인이 수행하는 예약매출의 경우

제72조[자산의 취득가액 등] ② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

(3) 법인세법 시행규칙 제34조[작업진행률의 계산등] ① 영 제69조 제1항 본문에서 "건설등을 완료한 정도"란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간·작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 "작업시간등"이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.