1. 원심은, 이 사건 과세처분의 근거 법령으로서 양도소득세를 산정함에 있어 상속 또는 증여받은 자산에 대한 취득 당시의 실지거래가액에 관하여 규정하고 있는 구 소득세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18173호로 개정되기 전의 것) 제163조 제9항 본문(이하 ’이 사건 조항‘이라 한다)은 모법인 소득세법의 규정과 부합하지 않을 뿐 아니라 소득세법상 위임의 근거도 없이 모법에 규정된 과세요건의 내용을 확장하거나 함부로 유추하는 내용의 해석규정으로서 무효라고 판단한 후 이 사건 조항이 유효함을 전제로 한 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 , 제96조 제1항 , 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서 및 (다)목 에 의하면, 양도자산이 고가주택 등에 해당하는 경우에는 양도차익을 산정함에 있어 양도가액과 취득가액을 실지거래가액에 의하여야 하고, 이 경우 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없을 때에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 순차로 적용하여 산출한 금액을 취득가액으로 할 수 있으며, 한편 구 소득세법 제97조 제5항 은 “취득에 소요된 실지거래가액의 범위, 증여세 상당액 계산 등 필요경비의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”고 규정하고 있고, 이 사건 조항은 “상속 또는 증여받은 자산에 대하여 법 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서의 규정을 적용함에 있어서는 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조 의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득 당시의 실지거래가액으로 본다.”고 규정하고 있다.

위 각 규정의 취지를 종합해 보면, 양도자산이 상속 또는 증여받은 자산 이외의 일반 자산으로서 고가주택 등에 해당하여 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에 따라 그 양도로 인한 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하여 할 경우에 그 취득에 소요된 실지거래가액을 확인할 수 없을 때에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액에 의하여 산정할 수 있다고 할 것이나, 상속 또는 증여받은 자산이 고가주택 등에 해당되어 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 (가)목 단서에 따라 양도차익을 실지거래가액에 의하여 산정하여야 하는 경우에는 취득 당시의 실지거래가액이 존재하지 아니하므로 취득 당시 실지거래가액에 관하여 별도의 규정을 둘 필요가 있고, 그에 따라 이 사건 조항에서 상속 또는 증여받은 자산의 경우 상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조 의 규정에 의하여 평가한 가액을 취득에 소요된 실지거래가액으로 본다고 규정하고 있는 것이다.

따라서 이 사건 조항은 ‘취득에 소요된 실지거래가액의 범위’ 등 필요경비 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정할 수 있도록 위임하고 있는 구 소득세법 제97조 제5항 에 근거를 둔 규정으로서 모법의 위임이 없는 무효의 규정이라고 볼 수 없고, 또한 상속 또는 증여받은 자산을 양도한 경우 상속세 또는 증여세 과세표준에 해당하는 가액(상속개시일 또는 증여일 현재 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제66조 의 규정에 의하여 평가한 가액)은 양도차익 산정시 당해 자산의 필요경비로 인정해 주고, 양도가액이 위 가액을 초과하여 양도소득이 있는 경우에만 양도소득세를 부과하는 것이 조세누락이나 이중과세를 방지할 수 있다는 점에 비추어 볼 때, 이 사건 조항이 모법의 위임범위를 벗어나 과세요건을 부당하게 확장한 무효의 규정이라고 볼 수도 없다.

그럼에도 불구하고, 이 사건 조항이 무효이므로 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하다고 판단한 원심판결에는 이 사건 조항의 효력에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.