가. 청구법인은 2004년 12월 설립된 OOO의 100% 자회사로, OOO 소유의 철도·지하철 역사 내 일부공간OOO의 사용승인을 받아 음식점업, 편의점업, 광고업 등을 영위하면서, OOO와 체결한 OOO 역사 사용에 관한 영업권계약(이하 “본건 영업권계약”이라 한다), OOO의 OOO구내영업지침 및 OOO구내영업규정OOO에 따라 매출액에 일정요율(이하 “구내영업료율”이라 한다)을 곱하여 산출한 구내영업료를 OOO에 지급하고 있고, 전문적인 노하우가 필요하여 청구법인이 직접 운영하기 어려운 업종에 관하여는 그에 관한 경영능력을 갖춘 사업자(이하 “전문사업자”라 한다)로 하여금 청구법인 명의로 전문 매장(이하 “전문점”이라 한다)을 운영하도록 하는 ‘전문점 운영계약’에 따라 매월 전문점의 매출액 중 일정비율(이하 “종합원가율”이라 한다)의 수수료(이하 “종합원가”라 한다)를 지급하고 있으며, 이와 별도로 전문점의 월 매출액이 최저하한매출액(청구법인이 전문사업자와 전문점 운영계약 체결시 전문사업자가 청구법인에게 제출한 사업제안서에 기재된 월 추정 매출액의 약 90% 상당액)에 미달하는 경우에는 그 미달 금액에 일정 비율(=100%-종합원가율)을 곱하여 산출한 금액(이하 “보전금액”이라 한다)을 전문사업자에게 지급하는 종합원가에서 공제하였고, 위 보전금액에 구내영업료율을 곱한 금액(이하 “쟁점영업료”라 한다)은 청구법인이 OOO에 지급하는 구내영업료에 포함하여 지급하였는바, 부가가치세 신고시 보전금액은 부가가치세 과세표준에서 제외하였으나, 쟁점영업료에 대하여는 이를 부가가치세 매입세액으로 공제하였다.

나. OOO국세청장은 청구법인에 대한 세무조사결과, 전문점의 월 매출액이 최저하한매출액에 미달하여 청구법인이 전문사업자에게 지급하는 종합원가에서 공제하는 보전금액은 위약금에 해당한다는 대법원 2016.9.23. 선고 2016두39900 판결(이하 “대법원 판결”이라 한다)을 근거로 하여, 보전금액에 구내영업료율을 적용한 쟁점영업료를 청구법인이 OOO에 지급한 위약금으로 보아, 이를 부가가치세 매입세액 공제 대상에서 제외하여 부가가치세를 과세하도록 처분청에 통보하였고, 처분청은 2019.3.21. 등 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2014년 제1기 부가가치세 등 합계 OOO원을 경정·고지 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.17. 등에 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점영업료는 본건 영업권계약에 따라 청구법인이 OOO 역사의 사용대가로서 지급하는 것으로 위약금에 해당하지 않는다.

대법원 판결에서 보전금액을 위약금으로 본 것은 ➀ 관련 계약인 ‘전문점 운영계약’은 청구법인이 전문사업자에게 경영을 위탁하고 위임사무처리의 대가를 지급하는 바, 수탁자인 전문사업자의 위임사무처리 결과에 대한 평가에 따라 용역이 적절하게 이행되었는지가 결정되고, ➁ 보전금액은 그러한 위임사무처리를 월 매출이라는 기준으로 평가한 결과, 당사자 간에 합의된 월 최저하한매출액에 미달하는 경우에 위탁자인 청구법인이 입게 되는 손해에 대한 배상을 위해서 지급되는 것인 바, 그 법적 성격이 위약금에 해당하기 때문이며, ➂ 전문점 운영계약상 보전금액을 ‘위약벌’로 규정하고 있는 점 또한 해당 결론을 뒷받침 하는 것으로 판단된다.

이와 달리, ➀ 본건 영업권계약은 단순히 청구법인이 OOO 소유의 역사를 사용하고 그에 대한 대가를 지급하는 것으로, 계약 상 용역이 적절하게 이행되었는지에 대한 평가가 요구되지 않는 점, ➁ 본건 영업권계약상 구내영업료의 액수는 계약 당사자 간 합의에 따라 결정되는 것으로, 후술하는 바와 같이 청구법인과 OOO가 쟁점영업료를 구내영업료에 포함하기로 합의하였기 때문에 지급된 것일 뿐, OOO의 손해에 대한 배상과는 무관한 점, ➂ 본건 영업권계약 또는 관련 합의 과정에서 쟁점영업료를 위약금으로 규정한 사실도 없는 점 등을 고려하면, 쟁점영업료는 본건 영업권계약상 청구법인의 OOO 역사 사용에 대한 대가로서 위약금에 해당하지 않음이 명백하다.

이처럼 보전금액의 근거가 되는 ‘전문점 운영계약’과 쟁점영업료의 근거가 되는 ‘본건 영업권계약’은 성격이 다를 뿐만 아니라 엄연히 구분되는 별개의 계약이므로, 보전금액과 쟁점영업료의 법적성격을 동일하다고 볼 아무런 근거가 없고, 쟁점영업료의 법적성격 자체로 판단하더라도 청구법인의 OOO에 대한 손해배상적 성격이 없음에도 처분청은 쟁점영업료를 보전금액과 동일하게 청구법인의 OOO에 대한 “위약금”에 해당한다고 보아 본건 부과처분에 이른바, 이는 쟁점영업료의 법적 성격 및 위약금에 대한 개념을 오인한 것이다.

처분청은 ‘OOO가 청구법인으로부터 월 최저하한 미달 매출액에 대한 구내영업료를 징수하고자 하였다면, 최저하한매출액제도 자체를 철도공사와 청구법인 간에도 적용하고자 한 것이므로 쟁점영업료는 대법원 판결과 같이 위약금에 해당한다’는 의견이나, 쟁점영업료는 월 최저하한매출액제도에 대해 규정하고 있는 전문점 운영계약과는 별개의 계약인 ‘본건 영업권계약’상 용역의 대가로서, 본건 영업권계약 내용(구내영업료 산정)의 변경 합의에 따라 징수된 것이다.

(2) 쟁점영업료는 계약 당사자 간 합의에 따라 본건 영업권계약에 따른 시설물 사용에 대한 대가(용역대가)에 포함된 것으로, 이를 지급하는 청구법인(공급받는 자) 입장에서는 「부가가치세법」상 매입세액 공제대상에 해당한다.

(가) 「부가가치세법」은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것을 용역의 공급 유형 중 하나로 규정하고 있는바, 구내영업료는 구내영업장(본건의 경우 OOO 역사)에 대한 사용·수익의 대가로 지급되는 것이므로 법문상 용역의 공급에 대한 대가로 해석된다.

이와 관련하여 법원은 ‘시설물 또는 부동산을 사용하게 함에 따른 대가는 부가가치세 과세대상에 해당한다’는 취지로 일관되게 판시하고 있고(대법원 1997.11.14. 선고 97누11164 판결, 대법원 2007.6.28. 선고 2007두8546 판결, 부산고등법원 2007.6.1. 선고 2006누5236 판결 등), 다수의 유권해석 또한 ‘시설물 사용에 따른 대가를 수탁자로부터 받는 경우에는 부동산임대용역에 해당하므로 부가가치세가 과세된다’는 취지로 회신된 바 있다(국세청 서면3팀-1579, 2007.5.25., 부가46015-2259, 1998.10.7. 등).

(나) 본건 영업권계약에 따라 청구법인이 OOO 역사 사용대가로 지급할 구내영업료는 계약의 내용으로서, 사적자치의 원칙에 따라 당사자 간의 합의로 정해진다. 즉, ➀ 이를 청구법인의 OOO 역사 사용에 따른 매출액의 일정비율로 정하든, ➁ 정액으로 정하든, ➂ 매출액의 일정비율로 하되 특정 조건 충족 시 추가적인 지급이 있는 것으로 하든, 이는 원칙적으로 계약당사자인 청구법인과 OOO가 상호 의사합치를 통해 자유롭게 정할 수 있는 것이다.

또한, 본건 영업권계약은 OOO가 청구법인으로 하여금 시설물(역사)에서 영업을 하는 것(사용)을 허락하고, 그 반대 급부(사용대가)로 청구법인은 해당 시설물을 본인 사업에 사용함으로써 그 시설물에서 발생하는 매출액 중 일부를 OOO에 지급하는 것인 바, 위와 같은 본건 영업권계약의 본질을 고려하더라도 사용대가의 산정기준이 되는 ‘시설물에서 발생하는 매출액’은 그 발생원인이나 종류를 가리지 않는 것으로 보아야 한다.

따라서 당초 본건 영업권계약에 따라 정해진 구내영업료에 쟁점영업료를 추가적으로 지급하는 것으로 OOO 역사의 사용대가를 정하는 것 자체는 적정하고, 청구법인과 OOO가 이에 합의하였다면, 쟁점영업료와 당초 구내영업료를 달리 볼 이유도 없다.

(다) 청구법인이 OOO에 쟁점영업료를 지급하게 된 것은 OOO가 2012년 6월 청구법인에게 해당 내용을 포함한 ‘구내영업 운영개선 방안’을 송부(청약)하고 청구법인이 이에 동의(승낙)함으로써 본건 영업권계약 내용의 변경에 대한 계약당사자 간의 합의(또는 쟁점영업료 수수계약의 체결)가 이루어졌기 때문이다.

본건과 같이 쟁점영업료 지급에 대한 명시적인 서면 약정 또는 본건 영업권계약서의 문구 변경이 없는 경우에도 그러한 합의가 있다고 볼 수 있는지와 관련하여, 대법원은 ‘일반적으로 계약이 성립하기 위해서는 청약과 승낙이라는 서로 대립하는 의사표시가 합치될 것을 요건으로 하는 것이지만, 그러한 의사표시는 반드시 서면에 의하여야 하는 것은 아니고 명시적인 경우뿐만 아니라 묵시적으로도 이루어질 수 있는 것’이라고 판시하여 묵시적인 합의에 의한 계약의 성립을 인정하고 있다(대법원 2011.9.29. 선고 2011다30765 판결, 대구고등법원 2014.4.24. 선고 2013나3461 판결, 대법원 2002.1.25. 선고 2001다63575 판결, 대법원 1998.1.20. 선고 97다43499 판결).

조세심판원(국심 97서997, 1997.12.19.)도 ‘명시적인 사전약정서가 없이 지급된 경우에도 이를 관행적으로 계속하여 지급한 사실이 확인된다면 일반적인 거래관행상 묵시적인 사전약정을 인정할 수 있는 바’라고 판시하여 서면에 의하지 않은 경우에도 묵시적인 약정이 인정된다는 입장이며, 국세청도 유권해석을 통해 동일한 입장으로 회신한 바 있다(국세청 심사부가 2007-326, 2008.10.9.).

(3) 이와 같이 쟁점영업료의 근거가 되는 본건 영업권계약과 대법원 판결에서 위약금으로 판단한 보전금액의 근거가 되는 전문점 운영계약의 성격이 다르고 엄연히 구분되는 별개의 계약인 점, 청구법인의 OOO에 대한 손해배상적 성격이 없다는 점에서, 위약금에 해당하지 않음이 명백하다.

또한 본건 영업권계약은 OOO가 청구법인으로 하여금 시설물인 OOO 역사를 사용하게 하는 것으로서 「부가가치세법」상 과세대상인 용역의 공급에 해당하고, 쟁점영업료를 포함한 구내영업료는 OOO가 청구법인에 공급하는 용역에 대한 대가로서 관련 법리에 의할 때 그 지급에 관하여 계약 당사자 간의 합의가 존재하는바, 쟁점영업료는 이를 지급하는 청구법인에게는 「부가가치세법」상 매입세액 공제 대상임이 명백함에도 이에 반하여 쟁점영업료가 위약금에 해당한다는 전제하에 이루어진 본건 부과처분은 위법·부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점영업료를 본건 영업권계약에 포함시키기로 당사자간 합의하였으므로 지급 근거가 있다고 주장하나, OOO국세청장은 청구법인에 대한 세무조사시 청구법인이 당초 OOO의 쟁점영업료 징수 시도에 대해 고문 변호사의 자문을 받아 최저하한 미달 매출액은 실제 발생한 매출액이 아니므로 구내영업료 부과 대상이 아니어서 철도구내영업규정 등의 변경 없이 지급하는 경우 세법상 문제가 발생한다는 의견을 OOO에 개진하였으나, OOO가 내부 법률 검토를 거쳐 구내영업료 부과를 강행한 것을 확인하였고, OOO국세청장이 위 사실을 확인하기 위해 OOO 담당자에게 출석요구를 하였으나 OOO와 청구법인간 충분한 협의를 통해 구내영업료 부과 결정이 이루어졌다는 원론적인 답변만 하였을 뿐 출석이나 관련 근거를 제시하지는 아니하였다.

또한 구내영업료 부과 근거인 철도구내영업규정 등은 구내영업료 문제가 발생한 시기 이후 몇 차례 개정이 있었으나, 청구법인과 OOO간 합의했다는 내용은 전혀 반영되어 있지 않는바, 이는 /*한국철도공사*/가 당초부터 청구법인이 전문점에서 수취하는 위약금에 대해서는 구내영업료 징수가 불가함을 알고 있었고, 그러한 이유로 쟁점영업료를 위약금이 아닌 기타 매출로 계리토록 하여 편법 징수를 추진한 것으로 보이며, 결국 쟁점영업료가 실제 매출액을 기준으로 하여 정상적으로 산정되는 것이 아니기 때문에 당사자간 합의가 어려웠던 것으로 판단된다.

(2) 청구법인은 전문점 운영계약과 본건 영업권계약은 별개의 계약이므로 쟁점영업료는 위약금이 아니라고 주장하나, 쟁점영업료는 구내영업료 산정 근거가 되는 철도구내영업규정 등이나 본건 영업권계약서상 실제 발생한 매출액에 근거한 것이 아니므로 용역 공급에 대한 대가가 아닌 것으로 판단된다.

청구법인도 대법원 판결 이전에 조세심판원에 제기한 심판청구이유서에 위 전문점 운영계약의 성격에 대해 전형적인 임대차계약이 아니라 임대차나 위임, 도급계약이 혼합된 일종의 무명계약이라고 주장한 바 있고(조심 2013서3380, 2014.06.17.), 본건 영업권계약의 근거가 되는 OOO의 철도구내영업규정(제정 2014.7.28. 규정 제135호, 개정 2016.12.8. 제2016-91호)에 의하면, 영업권계약 또한 임대차나 위임 등의 계약이 혼합되어 있음을 알 수 있다.

전문점 운영계약과 본건 영업권계약이 별도의 계약임은 당연하나, 위에서 살펴본 바와 같이 공히 임대차나 위임 계약적 성격을 가지고 있고, 위 철도구내영업규정에서 월 최저하한매출액을 적용하는 영업장의 경우에도 휴업, 무허가 및 비정상 영업에 대한 영업료 징수를 청구법인에게 위임하고 있는 것처럼, OOO가 청구법인이 전문점으로부터 수취하는 위약금(보전금액)의 일정 비율을 구내영업료로 받아가는 것 또한 같은 맥락에서 이해하는 것이 합리적이다.

OOO는 청구법인의 지분 100%를 보유한 모회사로서 청구법인에 대한 감사실시 등 업무 내역을 완전 지배하고 있으므로 내부 규정 및 계약서상 조건과 달리 임의로 그 조건 변경을 용인하는 경우 규정과 계약의 의미는 사라지고 수시로 상호간 이익 조정 등의 유인이 발생하며 이를 달리 방지하기 어렵다. 따라서 청구법인이 OOO에 근거 없이 지급한 쟁점영업료는 철도구내영업규정 등과 본건 영업권계약에 따른 구내영업료가 아닌 것이 분명하여 용역 공급에 대한 대가가 아니므로 관련 매입세액은 공제 대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점영업료를 부가가치세 매입세액 공제 대상에서 제외하여 과세한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

(2) 소득세법 제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

10. 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 소득으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 위약금

나. 배상금

(3) 소득세법 시행령 제41조(기타소득의 범위 등) ⑧ 법 제21조 제1항 제10호에서 "위약금과 배상금"이란 재산권에 관한 계약의 위약 또는 해약으로 받는 손해배상(보험금을 지급할 사유가 발생하였음에도 불구하고 보험금 지급이 지체됨에 따라 받는 손해배상을 포함한다)으로서 그 명목여하에 불구하고 본래의 계약의 내용이 되는 지급 자체에 대한 손해를 넘는 손해에 대하여 배상하는 금전 또는 그 밖의 물품의 가액을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) OOO, 청구법인, 전문사업자간 거래구조는 다음과 같다.

(나) 처분청이 제출한 구내영업료 관련 지침 및 규정의 연혁은 아래 ＜표1＞과 같다.

(다) 본건 영업권계약서 및 철도구내영업규정 등의 주요내용은 다음과 같다.

(라) 전문점 운영계약서의 월 최저하한매출액에 대한 주요내용은 다음과 같다.

(마) OOO가 2012년 6월 청구법인에게 송부한 ‘구내영업 개선방안’의 주요내용은 다음과 같다.

(바) 처분청이 제출한 청구법인이 OOO의 전문점 월 최저하한 매출제도 시행과 관련하여 청구법인의 고문변호사에게 문의하여 회신 받은 주요내용은 다음과 같다.

(사) 처분청이 제출한 청구법인의 직원이 구내영업료 산정기준 개선관련 실무 업무협의 등을 위해 OOO에 출장하여 작성한 보고서의 주요내용은 다음과 같다.

(아) 쟁점영업료와 보전금액을 비교한 내용은 아래 ＜표2＞와 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 “전문사업자가 전문점의 월 매출액이 월 최저하한매출액에 미달하여 청구법인에게 지급하는 보전금액은 ‘경영위탁계약(전문점 운영계약)’에서 수탁자(전문사업자)의 위임사무처리 결과를 월 매출이라는 기준으로 평가하고 그 기준이 월 최저하한매출액에 미달하는 경우에 위탁자(청구법인)가 입게 되는 손해에 대한 배상을 위하여 지급되는 일종의 위약금에 해당한다”는 대법원 판결에 따라 청구법인이 위 보전금액에 일정 비율을 적용하여 산출한 쟁점영업료를 위약금으로 볼 수 있을 뿐만 아니라, 쟁점영업료는 청구법인과 OOO가 체결한 ‘본건 영업권계약’ 및 OOO의 철도구내영업규정 등에 그 지급근거가 명확하지 않으므로 부가가치세 매입세액 공제대상이 아니라는 의견이나, 청구법인이 코레일 역사에서 일정한 노하우 등이 필요한 사업을 영위함에 있어 그에 관한 노하우를 보유하고 있는 전문사업자에게 경영을 위탁하고 그 위임사무처리의 대가로 사업에 따른 매출액 중 일정한 비율의 금원을 지급하는 경영위탁계약에 해당하는 ‘전문점 운영계약’은 청구법인과 OOO가 체결한 ‘본건 영업권계약’과 그 계약의 방식 및 성격 등이 다른 별개의 계약으로 보이는 점, OOO가 2012년 6월 청구법인에게 송부한 ‘구내영업 개선방안’에 의하면, OOO는 전문점의 월 실매출액이 최저하한매출액보다 적은 경우 부족한 금액분에 대하여 청구법인으로부터 구내영업료를 징수할 수 있는 것으로 나타나는 점, 청구법인이 전문사업자로부터 지급받는 보전금액은 ‘전문점 운영계약서’에 ‘위약벌’이라고 명시되어 있는 반면에 청구법인이 OOO에 지급하는 쟁점영업료는 ‘구내영업 개선방안’에 구내영업료로 명시되어 있는 점 등에 비추어, 처분청이 본건 영업권계약 등에 쟁점영업료의 지급근거가 불명확하다는 등의 이유로 이를 매입세액 공제대상에서 제외하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.