인세 12,036,810원, 1994사업연도 법인세 44,793,000원, 1995사

업연도 법인세 52,034,190원, 1996사업연도 법인세 2,369,200원

의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 1968.5.3 설립하여 음료 및 식품통조림등의 금속포장용제관을 생산 및 판매하는 법인으로 1993사업연도～1996사업연도 법인세 신고시 같은법인이 설치 운영하는 연구개발실(이하 “이 건 연구개발실”이라 한다)이 구 조세감면규제법시행규칙 제7조에 규정된 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에 해당되는 것으로 보아 그와 관련하여 지출한 비용 및 직업훈련분담금의 지출액 101,186,045원(1993사업연도 13,388,905원, 1994사업연도 36,131,552원, 1995사업연도 44,148,244원, 1996사업연도 7,517,344원)에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받았다.

처분청은 청구법인이 운영하는 전담부서가 과학기술부장관에게 신고하지 아니하여 조세감면규제법상의 기술 및 인력개발비 세액공제의 적용대상인 전담부서에 해당되지 아니한다고 보아, 위 세액공제액중 각사업연도별로 청구법인이 직업훈련분담금으로 지출한 금액에 상당하는 세액공제액의 합계 22,577,584원(1993사업연도 6,020,632원, 1994사업연도 6,020,632원, 1995사업연도 5,001,241원, 1996사업연도 5,535,079원)을 제외한 나머지 금액에 해당되는 세액공제액(1993사업연도 7,368,273원, 1994사업연도 30,110,920원, 1995사업연도 39,147,003원, 1996사업연도 1,982,265원)의 합계 78,508,461원(이하 “쟁점세액공제”라 한다)에 대하여 기술 및 인력개발비 세액공제의 적용을 배제하고 미납부가산세를 가산하여 1998.8.13 청구법인에게 1993사업연도 법인세 12,036,810원, 1994사업연도 법인세 44,793,000원, 1995사업연도 법인세 52,034,190원, 1996사업연도 법인세 2,369,200원 등 합계 111,233,200원의 법인세를 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1998.10.9 이의신청, 같은해 12.31 심사청구를 거쳐 1999.3.19 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인이 운영하는 이 건 연구개발실은 전담부서로서의 실체적 요건을 갖추고 있으며 이는 관련법령상 강제적으로 신고하도록 규정되어 있지 아니한 것임에도 불구하고 단지 이를 신고하지 아니하였다는 이유만으로 쟁점세액공제를 배제하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 실질과세의 원칙과 세법의 해석·적용에 있어 납세자의 권익이 부당하게 침해되어서는 아니된다는 합목적적 해석의 원칙에 위배되어 부당하다.

나. 국세청장 의견

기술개발촉진법시행규칙 제5조 제2항에 전담부서의 요건을 갖춘 자로서 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 자에게는 그 사실을 신고하도록 규정하고 있으므로 전담부서의 신고의무를 강제하지는 아니하였으나 조세의 지원이 필요한 경우에는 신고하도록 하였으므로 과학기술부장관에게 신고하지 아니한 경우에는 전담부서에 해당되지 아니하는 것이라 할 것인바, 따라서 쟁점세액공제를 배제하고 미납부가산세를 가산하여 이 건 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과학기술부장관(위임받은 OOOOOO진흥협회장)에게 신고하지 아니한 전담부서의 운영에 지출한 비용이 구 조세감면규제법상의 기술 및 인력개발비세액공제를 적용받는 비용에 해당되는지 여부

나. 관련법령

조세감면규제법 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】제1항은 「제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)이 있는 경우에 당해 과세연도의 기술·인력개발비의 지출액이 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 지출한 기술·인력개발비의 연평균지출액을 초과하는 경우에는 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(…생략…) 또는 법인세에서 공제한다.」라고 규정하고 있고,

같은법시행령 제9조 제2항은 「법 제9조 제1항에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 별표4의 비용을 말한다.」고 규정하고 있으며,

같은법시행령【별표3】「기술개발준비금의 사용기준(제8조 제4항 관련)」은 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목 「자체기술개발」에서 「총리령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 자체기술개발을 위한 다음의 비용」을 규정하고 있고,

같은법시행령【별표4】「기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제1항 관련)」은 1. 기술개발란의 나목 「위탁 및 공동기술개발」의 ① 「다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용」중 ㉲는 「국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서」를 규정하고 있다.

같은법시행규칙 제7조【기술·인력개발비 및 연구시험용 시설의 범위】제1항은 「영 별표3의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.」고 규정하고 있다.

참고로, 위의 같은법시행규칙 제7조 제1항은 1998.3.21 개정시 「영 별표 3의1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비의 가목에서 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.」로 개정되어 신고요건이 추가되었다.

한편, 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항 본문은 「영 별표1. 기술개발준비금의 사용기준 제1호 가목의 규정에서 “총리령에서 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 영 제14조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소와 다음 각호의 요건을 갖춘 기업내의 연구개발전담부서를 말한다.(이하 제1호 내지 제3호 생략)」라고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 「과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 제1항의 규정에 의한 기업내의 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 이를 신고하게 할 수 있다. 이 경우 신고에 관하여 필요한 사항은 과학기술처장관이 따로 정하여 고시한다.」고 규정하고 있다.

참고로, 과학기술처 고시 제1994-16호(1994.11.10)【기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령】제4조(전담부서의 신고사항 등) 제1항 본문은 「규칙 제5조 제2항의 규정에 의하여 전담부서를 신고하고자 하는 자는 별지 제1호 서식에 의한 신고서에 다음 각호의 사항을 기재한 서류를 첨부하여 OOOOOO진흥협회장에게 제출하여야 한다.(이하 제1호 내지 제3호 생략)」고 규정하고 있고, 같은조 제2항은 「OOOOOO진흥협회장은 제21항의 규정에 의하여 신고를 받은 때는 별지 제2호 서식에 의한 연구개발전담부서 확인서를 교부하여야 한다.」고 규정하고 있다.

다. 세액공제대상 여부

청구법인은 과학기술촉진법시행규칙 제5조 및 과학기술처 고시 제94-16호(1994.11.10)【기업부설연구소와 기업의 연구개발전담부서 및 과학기술분야의 영리를 목적으로 하는 법인의 신고요령】에도 기업의 연구개발전담부서의 신고가 전담부서 인정의 필수요건으로 되어 있지 않고, 또한 조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시에 신고요건을 추가하였으므로 동 규정이 적용되기 이전(1998.12.31 이전)에는 신고되지 아니한 기업의 연구개발전담부서에 지출한 기술·인력개발비에 대하여도 세액공제를 적용하여야 한다는 주장이다.

살피건대,

(1) 관련규정의 내용을 보면, 구 조세감면규제법 제9조 제1항은 “대통령령이 정하는 비용(이하 “기술·인력개발비”라 한다)”을 지출한 경우에 세액공제를 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제9조 제2항은 위의 “대통령령이 정하는 비용”이란 “별표 4”의 비용을 말한다고 규정하고 있으며, “별표 4”의 “1.” 나목은 국내외 기업의 전담부서에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 등을 규정하고 있다.

한편, 같은법시행령 “별표 4”보다 앞서 규정되어 있는 “별표 3”의 “1.” 가목은 “총리령이 정하는 기업의 연구개발 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)”를 규정하고 있고, 이에 따른 같은법시행규칙 제7조 제1항은 별표 3의 1. 가목의 “총리령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다고 규정하고 있다.

기술개발촉진법시행규칙 제5조는 제1항에서 연구개발전담부서의 요건을 규정하고 있고, 제2항에서 과학기술처장관은 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우에는 연구개발전담부서의 요건을 갖춘 자에 대하여 신고하게 할 수 있다고 규정하고 있다. 그러나 조세의 경우에 있어서 조세법률주의원칙상 과세대상과 과세요건을 법률로 명확하게 정할 것을 요구하고 있으므로 여기에서 조세·금융 기타의 지원이 필요하다고 인정되는 경우란 기술개발을 위한 장기저리 자금지원 기타 기술개발장려시책강구 등을 말하는 것으로 해석하여야 할 것이고 조세에 관한 사항까지 과학기술부장관에게 신고하도록 한 것은 아니라고 보아야 할 것이다.

따라서, 조세감면규제법시행규칙 제7조에서 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발전담부서라고 규정한 것은 기술개발촉진법시행규칙 제5조 제1항에 규정된 요건을 갖춘 전담부서를 말하는 것이라고 보아야 할 것이다.

(2) 조세감면의 신청과 관련하여 대법원에서는, 조세감면규제법 제55조의 “자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제”를 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 되어있는 규정에 대하여, 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제는 그 면세요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니며, 그 면제신청은 양도인의 협력의무에 불과하다는 입장(대법원 97누10628, 1997.10.24)이고, 구 조세감면규제법(1991.12.27 법률 제4451호로 개정되기 전의 것) 제62조(현행 제66조)의 “국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세 등의 감면”의 경우 주택건설등록업자가 감면신청을 한 경우에 한하여 이를 적용한다고 되어있는 규정에 대하여, 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 할 것이므로 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세 등을 면제받을 수 없다는 입장(대법원 95누9822, 1997.7.8)을 취하고 있다.

위 판례의 사례에서 알 수 있는 바와 같이 감면신청을 한 경우에 한하여 적용한다고 한 경우처럼 감면신청이 조세감면의 필수적요건(신청감면)임이 명시된 경우에는 감면신청을 하지 않은 자에 대하여 감면을 배제하지만, 감면을 적용받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다고 한 경우에는 감면신청이 납세자의 협력의무에 불과하다고 하여 감면을 허용(당연감면)하고 있으며, 이러한 대법원 판례의 내용에 따라 이와같은 해석방법은 현재 조세감면신청여부에 따른 감면적용의 일반화된 해석기준으로 통용되고 있다.

이처럼 감면신청을 필수적 감면요건으로 법령에 명시한 경우에 한하여 감면신청이 없는 경우에 대해 감면을 배제한다는 해석기준은 연구개발전담부서의 신고에 따른 감면적용여부의 판단에 있어서도 적용되어야 할 것이다.

(3) 조세법의 해석은 과세요건은 물론이고 납세자에게 혜택을 주는 감면요건도 엄격하게 해석하여야 하는 것이 판례 등에 의하여 확립된 해석기준임에도, 처분청에서는 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서 연구개발전담부서를 일정한 경우에 신고하게 할 수 있다고 한 규정을 근거로 하여 신고하지 아니한 연구개발전담부서에 지출한 기술·인력개발비를 세액공제대상에서 제외하였다. 그러나 기술개발촉진법시행규칙을 보면 기업부설연구소에 대하여는 그 제6조에서 OOOOOO진흥협회장에게 신고서를 제출하도록 규정하고 있는 반면에 연구개발전담부서에 대하여는 그와 같은 명문의 규정이 없고, 그 제5조에 단지 신고하게 할 수 있다고 규정하여 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 아니하며, 또한 인력개발비세액공제 신청시 과세표준신고서와 함께 기술 및 인력개발비 지출에 관한 명세서를 소관세무서장에게 제출하도록 규정하고 있을 뿐 과학기술처장관등으로부터 발급받은 확인서등의 첨부를 요건으로 규정하고 있지 아니하다. 이처럼 조세감면에 관한 내용을 규정한 조세법령에서 연구개발전담부서의 신고를 필수요건으로 명시하고 있지 않으며, 또한 조세감면규제법시행규칙에서 인용한 기술개발촉진법시행규칙 제5조에서도 신고를 기업의 의무로 규정하고 있지 않은 이상 이를 신고하지 않은 것을 이유로 들어 조세감면을 배제하여서는 안된다고 본다(국심 99경 756, 1999.12.27 합동회의, 같은뜻).

조세감면규제법시행규칙 제7조는 1998.3.21 개정시 종전의 “ 기술개발촉진법시행규칙 제5조에 규정된 기업의 연구개발 전담부서”를 “ 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서”로 개정하여 이 규정은 1998년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용하도록 하고 있다. 이러한 조세감면규제법시행규칙의 개정취지는 과학기술부장관에의 신고가 세액공제를 받기 위한 필수적인 요건인지의 여부가 불분명하던 것을 명확하게 하기 위한 것으로 보이는 바 법령에서 명확하게 규정하지 아니한 경우에는 정책목적이나 집행과정상의 특별한 사유가 있는 경우를 제외하고는 그동안 일반적으로 받아들여온 해석기준에 따르는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 따라서 청구법인이 연구개발 전담부서를 설치운영하고 있는 사실과 기술 및 인력개발비를 실제 지출한 사실 등에 다툼이 없는 이 건의 경우 OOOOOO진흥협회장에게 신고한 연구개발전담부서가 아니라는 이유로 쟁점세액 공제를 배제하여 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.