피고가 2013. 1. 2. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분 및 2011 사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 00원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 원고 회사의 설립 및 특수관계법인의 현황

1) 원고 회사는 1991. 3. 7. 의약품도매업을 주목적으로 설립된 법인으로, 2010. 2.10. 본점소재지를 '서울 00구 00로 00(연희동)'에서 '천안시 00구 000 195(00동, 00복지관 1층)'으로 이전하면서 상호를 '주식회사 UNO약품'에서 현재 상호인 '주식회사 ASUNO약품'으로 변경하였다.

2) 원고 회사와 특수관계에 있는 의약품 도소매 법인의 현황은 아래와 같다.

- 표생략 -

나. 주식회사 UNOP의 본사 이전 및 세액 감면

1) 주식회사 UNOP(이하 'UNOP'이라 한다)은 2004. 1. 3. 본점을 '서울 00구 00동 50-3'에서 '대전 00구 00동 1322'로 이전하였다.

2) UNOP은 본사 이전 당시 수도권에 소재한 약국 등의 거래처는 서울에 본점을 두고 있던 원고 회사에 인계하고, 학교법인 UJDH병원(대전 00구 소재), 의료법인 UJ병원(서울 00구 소재), 둔산 UJ약국(대전 00구 소재), HM약국(서울 00구 소재), DJ약품(대전 00구 소재, 이하 위 5개 업체를 '쟁점 거래처'라 한다) 등 일부 대형 고정거래처를 유지하면서 2004년부터 2010년까지 구 조세특례제한법(2004. 12.31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제63조의2에 의거 본사지방이전에 따른 법인세 000억 원 가량을 감면받았다.

3) UNOP은 2010. 3.경 부산에 위치한 학교법인 IJ학원과 IJ학원이 운영하는 병원에 약품을 납품하기로 협약을 체결하였으나 위 협약은 파기되었고, 현재 UNOP의 본점 소재지는 '대전 00구 00로 15(00동)'이다.

다. 원고 회사의 본사 이전, UNOP으로부터 쟁점 거래처 인수 및 세액감면

1) 원고 회사는 2009. 5. 21. 주식회사 JOY네트웍스에 매출의 대부분을 차지하는 약국 영업 부문(2009. 5. 31. 기준 원고 회사의 약국 영업에 관련된 매출채권, 거래처와의 계약관계 및 근로관계)을 000억 여 원에 매각하였고, 2010. 2. 10. 본점을 서울 00구에서 천안시로 이전하면서 수도권 소재 약국 등의 거래처 일부는 주식회사 SUUNO약품(이하 'SUUNO약품'이라 한다)에 인계하였으며, UNOP으로부터 쟁점거래처를 인수하였다. 위와 같은 거래처 인수과정에서 원고 회사, SUUNO약품, UNOP 사이에 대가가 지급된 적은 없다.

2) 원고 회사의 본사 이전으로 원고 회사 직원 21명이 2010. 1.경, 같은 5명이 2010. 2.경 각 원고 회사를 퇴사하고 특수관계법인인 SUUNO약품에 재입사하였고, 특수관계법인인 UNOP에 근무하던 직원 7명은 UNOP을 퇴사한 후 원고 회사에 재입사하였다.

3) 원고 회사는 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되어 2011. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제63조의2 지방이전 본사에 대한 세액감면 규정에 따라 아래 표와 같은 계산 하에 2010 사업연도에 0000원을, 2011 사업연도에 0000원을 감면세액(이하 위 각 감면세액을 통틀어 '지방이전 감면세액'이라 한다)으로 하여 각 사업연도 법인세를 신고・납부하였다.

라. 피고의 지방이전 감면세액 배제 결정

1) 00지방국세청은 2012. 11.경 원고 회사에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 원고 회사가 특수관계법인인 UNOP으로부터 쟁점 거래처 및 직원을 인계받은 것은 사실상 영업양수에 해당한다고 판단하였다. 이에 따라 '법인 본사가 지방으로 이전한 후에 합병 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하는 경우에는 승계 또는 인수한 사업 부분에서 발생한 소득은 감면을 적용하지 아니하고, 감면비율 산정시에도 합병 또는 사업의 양수로 승계한 인원 및 급여는 제외되어야 한다.'는 이유로 아래 표와 같은 계산 하에 2010 사업연도 지방이전 감면세액 중 000원(= 당초 감면세액 0000원 - 변경된 감면세액 0000원)을, 2011 사업연도 지방이전 감면세액 중 0000원(= 당초 감면세액 0000원 - 변경된 감면세액 0000원)을 배제하기로 하였다.

1. 원고 회사의 매출현황 - 표 생략 -

2. 원고 회사의 2010. 1.경부터 2011. 12.경까지 월별 법인 전체 근무인원・급여, 이전본사 - 표 생략 -

3. 과세표준 재계산 - 표 생략-

4. 감면비율 계산 - 표 생략 -

5. 감면소득금액 계산 - 표 생략 -

6. 지방이전 감면세액 계산 - 표 생략 -

2) 피고는 00지방국세청의 지방이전 감면세액 배제결정을 반영하여, 2013. 1. 2.원고 회사에 2010 사업연도 법인세 0000원(가산세 000원 포함), 2011사업연도 법인세 0000원(가산세 000원 포함)을 경정・고지하였다.

3) 이후 피고는 2011 사업연도와 관련해 원고 회사의 주식회사 MI약업에 대한 명의신탁주식으로 확인된 주식가액 000원이 주식회사 MI약업의 해산 및 청산에 따른 손실 확정으로 인정되자 위 금액을 직권으로 손금산입하여 산출세액을 재산정한 후 2011 사업연도 지방이전 감면세액을 0000원으로 재계산하였고, 그에따라 2011 사업연도 법인세 0000원(가산세 000원)을 재경정・고지하였다(이하 일부 취소되고 남은 위 2013. 1. 2.자 처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 전심절차

원고 회사는 이 사건 처분에 불복하여 2013. 4. 1. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2014. 8. 18. 이를 기각하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 6 내지 8, 13호증, 을 제1 내지 3, 11 내지13호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고 회사의 주장 요지

1) 지방이전 감면세액의 배제는 구 조세특례제한법 제63조의2 제7항 각 호에 정한 사유에 해당하는 경우에만 가능한데, 구 조세특례제한법 및 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30.대통령령 제22583호로 개정되어 2011. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 어디에도 '사업양수'를 세액감면 배제 사유로 규정하고 있지 않다. 따라서 피고는 사업양수를 이유로 지방이전 본사에 대한 세액감면을 배제할 수 없음에도불구하고 법률상 근거도 없이 구 조세특례제한법 제63조의2 규정을 자의적으로 해석하여 '사업양수'를 이유로 이 사건 처분을 하였다. 또한 위 관련법령 어디에도 감면비율 계산시 다른 법인에서 이직해 들어온 근로자들의 급여 및 인원수를 제외해야 한다는 규정을 두고 있지 않음에도 피고는 감면비율을 산정함에 있어 원고 회사로 이직한 UNOP 근로자들의 급여 및 인원수를 제외하여 계산하였다. 결국 이 사건 처분은 조세법률주의에 명백히 반하는 처분으로서 위법하다.

2) 사업의 양수도란 사업양도인이 사업에 관한 일체의 권리를 사업양수인에게 포괄적으로 양도하는 것으로, 영업의 일부 권리와 의무만을 이전해준 것은 사업의 양수도라 할 수 없다. 원고 회사는 UNOP이 쟁점 거래처에 대하여 가지고 있는 매출채권 등을 양수하지도 아니하였을 뿐만 아니라, UNOP은 의약품 도매업을 그대로 영위하고 있어 쟁점 거래처와 관련된 자신의 지위를 포괄적으로 원고 회사에 양도하지 않았다. 따라서 원고 회사는 UNOP으로부터 쟁점 거래처에 관한 일체의 권리를 포괄적으로 양수하였다고 볼 수 없으므로, 원고 회사가 UNOP으로부터 쟁점 거래처를 인수한 것이 사업양수도에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 설령 UNOP으로부터의 쟁점 거래처 인수가 사업양수에 해당하고 이를 이유로 지방이전 감면세액 배제가 이루어진다고 하더라도, 피고는 감면비율 중 인원비율을 산정함에 있어 2010년 1월 및 2월의 원고 회사 전체 근무인원을 잘못 계산하여 인원비율을 낮게 산정하였다. 따라서 이 사건 처분에 적용된 감면비율에는 오류가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 '관계법령' 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

가) 관련법리 및 관계법령

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 하며, 실질과세의 원칙에 의하여 납세의무자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 한다(대법원2011. 5. 13. 선고 2010두3916 판결 등 참조).

(2) 구 조세특례제한법 제63조의2는, '수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 본점 또는 주사무소를 '본사'라고 한다)를 둔 법인'(제1항 제1호, 이후로는 공장시설 이외에 본사를 이전하는 경우로 한정하여 해당 법령을 설시한다.)이 '본사를 수도권 밖으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 본사를 신축하여 사업을 개시할 경우'(제1항 제2호, 이하 그와 같은 법인을 '지방이전법인'이라 한다), '과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목1) 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득'(제2항 제2호)에 대하여 '이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면'(제2항)받을 수 있도록 규정하고 있다.

1) 가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지・건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

다만, 법인세 감면기간에 '대통령령으로 정하는 임원(이하 '임원'이라 한다)중 이전본사 근무임원 수가 수도권의 본사 근무임원과 이전본사 근무임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우'(제4항 제2호)에는 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다(제4항). 또한, 위와 같이 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호(즉, 1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병・분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다. 2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우. 3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우. 5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우. 6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우)의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다(제7항). 한편, 구조세특례제한법 시행령 제60조의2에 의하면, '구 조세특례제한법 제63조의2 제7항 제2호에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 란 제4항 각호의 요건을 갖추지 아니한 때'를 말하고(제9항), '같은 조 제7항 제5호에서 대통령령으로 정하는 기준 이상 이란 수도권 안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의50 이상인 경우'를 말한다(제11항)(이하 구 조세특례제한법 제63조의2 제4항, 제7항, 구 조세특례제한법시행령 제60조의2 제9항, 제11항을 통틀어 '이 사건 감면배제규정'이라 한다).

나) 위와 같은 법리 및 관계법령의 문언, 체계, 형식 등에 비추어 이 사건에 대하여 본다.

앞서 본 인정사실 및 증거들, 갑 제31호증, 을 제6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 모두 종합해 보면, 이 사건 처분 과정에서 피고가 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 나목 및 다목 소정의 감면비율 산정시 UNOP으로부터 승계받은 근로자의 인원 및 급여를 제외하여 계산한 것은 아무런 근거법령이 없는 것으로서 조세법률주의에 반하고, 피고가 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 가목의 '해당 과세연도의 과세표준'을 '지방이전법인이 사실상의 사업양수를 통해 발생한 사업소득을 제외한 과세표준' 또는 '본사의 지방 이전 전에 하던 사업을 계속하여 얻은 과세표준'으로 제한 해석하거나 또는 이 사건 감면배제규정에 '사실상의 사업양수를 통해 소득이 발생한 경우'까지 포함시켜 해석하는 전제에서 감면대상 과세표준을 산정함에 있어 쟁점 거래처로부터 발생한 과세표준을 제외한 것은 세법의 엄격해석 원칙에 반하여 각 허용되지 않는다고 봄이 상당하다. 이를 지적하는 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 구 조세특례제한법 제63조의2와 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 등 관계법령의 내용, 체계, 형식 등을 살펴보면, 구 조세특례제한법 제63조의2는 지방이전법인의 법인세 감면적용의 기본적인 요건을, 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제1 내지 4항은 그러한 기본요건과 함께 갖추어야 할 부가적인 요건을 각 규정하고 있고, 다만 그와 같은 지방이전법인이 구 조세특례제한법 제63조의2 제4항 및 제7항 등 이 사건 감면배제규정에 해당할 경우 그러한 혜택이 배제되는 형식으로 조문 체계가 구성되어 있다. 그런데 구 조세특례제한법 제63조의2 등 관계법령의 문언을 살펴보아도 '사실상의 사업양수로 인계받은 사업으로 발생한 소득에 대해 법인세 감면적용 대상에서 배제'하는 근거를 도저히 찾아보기 어렵다.

(2) 이에 대해 피고는 '합병이나 사업양수의 경우 사업주체만 달라질 뿐 기존의 소득창출 구조 및 인적자원 등이 그대로 승계되는 성격을 가지므로, 수도권 외의 지역에서 사업을 영위하면서 지방경제 활성화에 기여하고 있는 법인을 양수하는 경우 본사만 지방으로 이전하였을 뿐 수도권 과밀화에 따른 부작용을 해소하고 수도권 외 지역에 대한 새로운 고용창출이나 새로운 투자 등이 이루어질 수 있는 경우가 아니므로 구 조세특례제한법 제63조의2의 입법취지에 부합하지 않아 위 조항에 따른 감면혜택을 줄수 없고 그것이 위 조항의 합목적적 해석에도 부합한다.'는 취지로 주장한다. 그러나 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하여야 하고, 이는 세법 문언의 가능한 범위를 넘어 납세자에게 불리한 확장해석을 할 수 없다는 취지에서 감면배제요건의 규정에 대한 해석을 함에 있어서도 마찬가지라고 할 것이다. 이에 의하면, 구 조세특례제한법 제63조의2의 경우에도 가능한 세법문언의 범위를 넘어 법인세 감면혜택을 박탈하려 한다면 오히려 지방이전법인에 법인세 감면규정을 둔 제도의 취지를 몰각하거나 잠탈하는 결과가 될 수 있고, 그것이 행여 과세형평을 기해야 할 필요성 등에 기인한 것이라면 논란의 여지가 있는 해석의 방법보다는 세법에 분명한 근거규정을 두는 등 입법을 통해 해결함이 헌법이 규정한 조세법률주의의 정신에 부합한다.

(3) 구 조세특례제한법 제63조의2 규정의 입법취지는 '수도권에 소재하는 법인의 공장

또는 본사를 지방으로 이전하도록 유도함으로서 수도권 과밀화에 따른 부작용을 해소하고 수도권 기능의 지방 분산을 통한 지역 간의 균형발전을 도모'하고자 함에 있고,여기에 지방 이전을 통해 반드시 새로운 고용창출이나 새로운 투자 등이 이루어져야하는 것까지 포함된다고 단정하기 어렵다. 위 규정의 입법취지를 그와 같이 한정해서 본다면 수도권 소재 기업들로 하여금 지방으로 이전하고자 하는 동기나 유인을 떨어뜨려 오히려 기업들의 지방 분산을 꾀하고자 하는 입법취지에 역행할 수 있고, 나아가 지방이전법인이 한계상황에 몰린 지방 소재 기업을 합병하거나 그러한 기업으로부터 기존 사업을 양수하여 이를 건실하게 운영해 나가는 순기능을 무시할 수 없으며, 지방이전법인이 이전 후에 합병이나 사업양수를 통해 새롭게 사업을 확장하고 추가적인 소득을 거두는 것이 앞서 본 구 조세특례제한법 제63조의2 규정의 입법취지에 반한다고 보기도 어렵다.

(4) 다만, 위와 같이 볼 경우 이 사건에서 피고가 우려하는 것처럼 특수관계법인 등을 통해 구 조세특례제한법 제63조의2의 규정을 악용한 조세회피행위를 규율하기 어려울 수 있다는 부작용이 발생할 수 있다. 그러나 실질과세의 원칙에 비추어 납세의무자의 거래행위를 그 형식에도 불구하고 조세회피행위라고 하여 그 효력을 부인할 수 있으려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 함은 당연하고, 아직 그와 같은 근거규정이 존재하지 않은 상태에서 납세의무자가 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택해 거래행위를 하였다면 과세관청으로서는 그것이 가장행위에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 함이 마땅하다.

그런데 이 사건에서 원고 회사와 UNOP이 법인세법상 특수관계법인의 관계에 있다거나 피고의 주장대로 원고 회사가 UNOP의 사업을 양수받아 세제혜택을 입었다고 하는 사정 또는 피고가 제출한 을 제6 내지 8호증의 각 기재(을 제6호증은 거래처가 분리될 경우에 관계회사 간 예상매출액과 법인세 감면효과를 분석한 자료이고, 을 제7호증은 이미 천안 지역으로 본사를 이전한 원고 회사가 대전광역시로 본사를 이전할 경우에 발생할 수 있는 문제점 등을 검토한 자료로서 2011. 9.경 이후에 작성된 것으로 보이고, 을 제8호증은 원고 회사 직원들의 출퇴근 기록 보완, 차량 현황파악 및 차량운행일지를 보완하려는 취지에서 작성된 것으로 보인다.)만으로는 원고 회사가 UNOP의 쟁점 거래처를 인수하고 UNOP 직원들 중 일부를 직원으로 채용한 것이 조세회피 목적을 위한 가장행위에 해당한다고 섣불리 단정하기 어렵다.

(5) 피고는 이 사건 처분 과정에서 UNOP으로부터 승계받은 근로자의 인원 및 급여를 감면비율 산정시 제외하게 된 것과 관련해 '이에 대한 근거법령이 별도로 없고, 다만 국세청 유권해석인 "법인 본사가 지방으로 이전한 후에 합병 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하는 경우에는 승계 또는 인수한 사업부문에서 발생하는 소득은 조세특례제한법 제63조의2 규정에 의한 감면대상이 아니므로 같은법 제143조의 규정에 의하여 구분경리를 하여야 한다." I재조예 46019-42(2001. 3. 7.),

제도 46012-12105(2001. 7. 13.) �, "피합병법인이 사업부문에서 발생한 소득은 동 조항의 감면소득에 해당하지 아니하므로, 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따른 감면소득 계산 시에도 합병으로 승계한 인원 및 급여를 제외하여 계산하는 것"(법인세과-76, 2010. 1. 27.) 등에 기하여 그와 같이 제외하였다.'는 취지로 주장한다. 그러나 그와 같은 국세청의 유권해석・질의회신 등은 행정청 내부의 사무처리 기준에 불과할 뿐 법원이나 국민을 기속하는 대외적인 효력이 없다.

(6) 피고는 '조세특례제한법상 해당 요건의 구비 여부는 형식보다는 실질에 의하여 판단되어야 하는바, 원고 회사가 기존에 영위하고 있던 수도권의 거래처와 직원 21명을 특수관계법인인 SUUNO약품에 인계하고, 이미 지방에서 사업하고 있던 특수관계법인인 UNOP으로부터 거래처와 직원을 인수한 것은 실질적으로 보아 본사의 지방이전으로 볼 수 없다.'는 취지로 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제63조의2 제1항에 의하면 수도권과밀억제권역 안에 3년이상 계속하여 본사를 둔 법인이 수도권 밖으로 본사를 이전하여 2011. 12. 31.까지 사업을 개시하기만 하면 구 조세특례제한법 제63조의2 소정의 지방이전법인이 되는 것인데, 앞서본 바와 같이 원고 회사는 그와 같은 요건을 모두 구비한 점, 원고 회사는 2010년도에 '쟁점 거래처 외 과세표준'만도 전체 감면대상 과세표준 중 67.45%에 이르는바, 피고의 주장에 따르면 이 부분은 지방이전법인에 해당하고, 나머지 부분은 지방이전법인이 아니라는 것과 다름 아니어서 하나의 법인을 이처럼 인위적으로 나누어 볼 수 있을지도 의문인 점 등에 비추어 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2) 정당세액의 계산

가) UNOP 전입자를 포함하는 경우의 감면비율(구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호 나목 및 다목 관련) 이와 관련해 원고 회사는, '감면비율 중 인원비율을 계산함에 있어 원고 회사 직원들 중 2010년 1월 21명, 2010년 2월 5명이 SUUNO에 입사하였으므로 그와 같은 중도퇴사자를 제외한 나머지 인원, 즉 2010년 1월 9명(= 30명 - 21명), 2010년 2월 7명(= 12명 - 5명)을 기준으로 법인 전체 근무인원을 산정하여 인원비율을 계산하여야 함에도 피고는 이를 간과하고 2010년 1월 30명, 2010년 2월 12명의 인원을 기준으로 계산하였다.'는 취지로 주장한다(원고 회사의 세 번째 주장 관련).

보건대, 을 제9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ① 원고 회사의 2010년 1월 총 근무인원은 51명인데 그 중 중도퇴사자는 21명이므로 이를 제외한 원고 회사의 실질적인 1월 근무인원은 30명인 사실, ② 원고 회사의 2010년 2월 총 근무인원은 17명인데 그 중 중도퇴사자는 5명이므로 이를 제외한 원고 회사의 실질적인 2월 근무인원은 12명인 사실이 각 인정된다. 이에 의하면, 피고가 2010년 1월 30명, 2010년 2월 12명을 기준으로 법인 전체 인원을 산정한 것은 정당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다(그 외에 이 사건 처분의 위법성 및 정당세액을 계산함에 있어 원고 회사의 나머지 주장은 특별한 판단을 요하지 아니하므로 더 나아가 살피지 아니한다.)

그렇다면 UNOP 전입자를 포함하는 경우의 감면비율을 산정함에 있어서도 법인 전체 인원은 2010년 1월 30명, 2010년 2월 12명을 기준으로 하고, 그에 따라 감면비율을 계산하여 보면 다음과 같다. - 표생략 -

나) 총과세표준과 감면대상과세표준

각 해당연도의 총과세표준과 감면대상과세표준(쟁점거래처 과세표준을 포함한 것임)은 다음과 같고 그 내역 및 금액과 관련해서는 당사자 사이에 다툼이 없다. 한편, 아래표 중 2011 사업연도의 감면대상 과세표준은 00000원에서 00000원 �아래 '다)항'에서 보는 바와 같이 2011 사업연도의 과세표준 00000원이 00000원으로 재경정되었고, 재경정된 과세표준(00000원)에서 부당과소신고 소득금액 000원을 공제하고 남은 금액임 으로 변경되었다.

다) 2011 사업연도의 법인세 재경정

앞서 본 바와 같이 2011 사업연도의 법인세와 관련해 재경정된 부분의 계산식은 다음과 같다.- 계산식 생략 -

라) 2010, 2011 각 사업연도 법인세 재산정(가산세 포함)

위 가)항에서 재산정된 각 해당연도의 각 감면비율 중 작은 값과 위 나)항의 쟁점거래처의 과세표준이 포함된 감면대상 과세표준을 적용하여 각 해당연도의 법인세(가산세 포함)를 재산정하면 다음과 같다.

- 계산식 생략 -

마) 소결

따라서 피고가 2013. 1. 2. 원고 회사에 대하여 한 2010 사업연도 법인세0000원의 부과처분 중 000원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 2011사업연도 법인세 0000원의 부과처분 중 00원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하고, 원고 회사 가 당심에서 변경한 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용할 것인바, 당심에서 변경된 청구에 따라 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다.

▣ 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1. 시행되기 전의 것)

제63조의2(법인의 공장 및 본사의 수도권외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면)

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 수도권 외 지역이전법인 이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면 받을 수 있다. 다만, 대통령령이 정하는 부동산업・소비성서비스업 및 건설업을 영위하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권 과밀억제권역 안에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 3년이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 본사 라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지및개발에관한법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2005년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 수도권 외의 지역에 2008년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2005년 12월 31일까지 보유하고 2005년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권 외 지역이전법인은 다음 각 호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액

나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 이전 후에 받는 급여총액이 법인 전체인원이 받는 연간급여총액에서 차지하는 비율

다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다)

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

▣ 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되어 2011. 1. 1. 시행되기 전의 것)제63조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 지방이전법인 이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 소비성서비스업, 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 본사 라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정하는 바에 따라 2011년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2014년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2011년 12월 31일까지 보유하고 2011년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년)이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지・건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 이전 본사 근무 인원이 이전 후에 받는 급여 총액이 법인 전체 인원이 받는 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전 본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호를 적용할 때 이전 본사 근무인원이란 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 이전본사 라 한다)에서 본사 업무에 종사하는 상시 근무인원의 연평균 인원(매월 말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 개월 수로 나누어 계산한 인원을 말하며, 이전일부터 소급하여 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 이후 수도권 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 근무인원이 이전본사로 이전한 근무인원은 제외한다)에서 이전일부터 소급하여 3년이 되는 날이 속하는 과세연도에 이전본사에서 본사 업무에 종사하던 상시 근무인원의 연평균 인원을 빼고 계산한 인원을 말하며, 법인전체 근무인원이란 법인 전체의 상시 근무인원의 연평균 인원을 말한다.

④ 제2항 제2호를 적용할 때 법인세 감면기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 해당 과세연도부터 제2항에 따라 법인세를 감면받을 수 없다.

1. 삭제 <2008.12.26>

2. 대통령령으로 정하는 임원(이하 이 조에서 임원 이라 한다) 중 이전본사 근무 임원 수가 수도권의 본사 근무 임원과 이전본사 근무 임원의 합계 인원에서 차지하는 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우

⑤ 지방이전법인이 수도권과밀억제권역에 있는 공장 또는 본사를 양도함으로써 발생한 양도차익에 대한 법인세에 관하여는 제60조 제2항・제4항・제6항 또는 제61조 제3항・제5항・제6항을 준용한다.

⑥ 지방이전법인(공장을 이전한 경우만 해당한다)이 소유(합병・분할 또는 분할합병으로 인하여 소유권이 이전된 경우를 포함한다)한 이전 전 공장용 건축물의 부속토지로서 공장 이전일 현재 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 가목이 적용되는 토지는 공장을 전부 이전한 날부터 5년간 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 가목을 적용하는 토지로 본다. 다만, 공장을 이전하여 사업을 개시한 후 그 사업을 폐업한 이후에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제2항에 따라 법인세를 감면받은 지방이전법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 공장 또는 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 그 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 합병・분할 또는 분할합병으로 인한 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우

3. 수도권에 본사 또는 제1항에 따라 이전한 공장에서 생산하는 제품과 같은 제품을 생산하는 공장을 설치한 경우

4. 삭제 <2001.12.29>

5. 본사를 이전한 경우로서 수도권에 대통령령으로 정하는 기준 이상의 사무소를 둔 경우

6. 본사를 이전한 경우로서 제4항 제2호에 해당하는 경우

⑧ 제2항에 따라 감면받은 법인세액을 제7항에 따라 납부하는 경우에는 제33조의2 제4항의 이자 상당 가산액에 관한 규정을 준용한다.

⑨ 제6항에 따라 이전한 날부터 5년간 이전 전 공장용 건축물의 부속토지에 대하여 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 가목을 적용받은 지방이전법인이 제7항 제1호부터 제3호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 재산세액 및 종합부동산세액과 이자 상당 가산액을 추징한다.

⑩ 제1항부터 제5항까지 및 제7항을 적용하는 경우 기간 계산의 방법, 급여의 범위, 세액감면신청, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제143조(구분경리)

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 감면대상사업 이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산・부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.

▣ 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되어 2011. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제60조의2(법인의 공장 및 본사를 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 등 감면)

① 법 제63조의2 제1항 각호 외의 부분 단서에서 대통령령으로 정하는 부동산업 및 건설업 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 말한다. 다만, 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조 제2호의 이전공공기관 은 예외로 한다.

1. 부동산임대업

2. 부동산중개업

3. 「소득세법 시행령」 제122조 제1항에 따른 부동산매매업

4. 삭제 <2007.2.28>

5. 건설업(「소득세법 시행령」 제150조의2 제3항에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업을 포함한다)

② 법 제63조의2 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 기간계산은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다.

1. 공장을 이전하는 경우에는 공장시설을 법 제2조 제1항 제9호의 규정에 따른 수도권(이하 수도권 이라 한다) 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역 안에서 조업(「대기환경보전법」, 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 또는 「소음・진동관리법」에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선・이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있을 것

2. 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 본사 라 한다)를 이전하는 경우에는 본사의 이전등기일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 수도권 과밀억제권역 안에 본사를 두고 사업을 영위한 실적이 있을 것

③ 삭제 <2002.12.30>

④ 법 제63조의2 제1항 제2호의 규정에 의하여 공장시설의 전부 또는 본사를 이전하는 법인은 다음 각 호의 어느 하나의 요건을 갖추어야 한다. 이 경우 법 제63조의2 제5항의 규정을 적용함에 있어서는 수도권 과밀억제권역안의 공장 또는 본사를 양도하는 경우에 한한다.

1. 수도권 밖으로 공장을 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 공장을 양도하거나 수도권과밀억제권역 안에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태일 것

2. 수도권 과밀억제권역 안의 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지 또는 건물을 임차하여 자기공장시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다)부터 2011년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 공장을 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월31일까지 사업을 개시할 것

3. 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도(제11항이 정하는 기준 미만의 사무소로 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로 전환할 것

4. 수도권 과밀억제권역 안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환한 날부터 2011년 12월 31일까지 수도권 밖에서 사업을 개시하거나 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 2011년 12월 31일까지 부지를 취득(부지를 보유하고 있는 경우를 포함한다)하고 2014년 12월 31일까지사업을 개시할 것

⑤ 법 제63조의2 제2항 각 호 외의 부분에서 대통령령으로 정하는 지역 이란 별표 9에 따른 지역을 말한다.

⑥ 삭제 <2003.12.30>

⑦ 법 제63조의2 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 급여는 「소득세법」 제20조 제1항 제1호 및 제4호에 따른 급여와 소득을 말한다.

⑧ 법 제63조의2 제4항 제2호에서 대통령령으로 정하는 임원 이란 「법인세법 시행령」 제20조 제1항 제4호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 상시 근무하지 아니하는 임원을 제외한다.

⑨ 법 제63조의2 제7항 제2호에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 공장 또는 본사를 수도권밖으로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 란 제4항 각호의 요건을 갖추지 아니한 때를말한다.

⑩ 삭제 <2001.12.31>

⑪ 법 제63조의2 제7항 제5호에서 대통령령으로 정하는 기준 이상 이란 수도권안의 사무소에서 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원이 본사업무에 종사하는 연평균 상시근무인원의 100분의 50 이상인 경우를 말한다.

⑫ 법 제63조의2 제7항의 규정에 의하여 납부하여야 하는 세액은 다음 각 호의 구분에 의하여 계산한다.

1. 법 제63조의2 제7항 제1호에 해당하는 경우 : 사업폐지일 또는 법인해산일부터 소급하여3년 이내에 감면된 세액

2. 법 제63조의2 제7항 제2호에 해당하는 경우 : 제4항 각 호의 요건을 갖추지 못하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

3. 법 제63조의2 제7항 제3호에 해당하는 경우 : 본사설치일 또는 공장설치일부터 소급하여5년 이내에 감면된 세액. 이 경우 이전한 공장이 2 이상이고 동 공장에서 서로 다른 제품을 생산하는 경우에는 수도권 안의 공장에서 생산하는 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 인하여 감면받은 분에 한한다.

4. 법 제63조의2 제7항 제5호에 해당하는 경우 : 제11항에서 규정하는 기준 이상의 사무소를둔 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

5. 법 제63조의2 제7항 제6호에 해당하는 경우 : 동호에 규정된 비율에 미달하게 되는 날부터 소급하여 5년 이내에 감면된 세액

⑬ 법 제63조의2 제2항의 규정에 의하여 법인세의 감면을 받고자 하는 법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑭ 법 제63조의2 제9항에 따라 추징하여야 하는 재산세액은 다음 각 호의 기간에 법 제63조의2 제6항을 적용받아 납부한 재산세액과 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 또는 제2호를 적용할 경우 납부할 재산세액의 차액을 말하고, 법 제63조의2 제9항에 따라 추징하여야 하는 종합부동산세액은 다음 각 호의 기간에 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 또는 제2호를 적용할경우 납부할 종합부동산세액을 말한다.

1. 법 제63조의2 제7항 제1호에 해당하는 경우: 사업폐지일 또는 법인해산일부터 소급하여 3년 이내

2. 법 제63조의2 제7항 제2호에 해당하는 경우: 제4항 각 호의 요건을 갖추지 못한 날부터소급하여 5년 이내

3. 법 제63조의2 제7항 제3호에 해당하는 경우: 공장설치일부터 소급하여 5년 이내

⑮ 법 제63조의2 제9항에 따른 이자상당가산액은 제14항에 따른 재산세액의 차액과 종합부동산세액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

1. 법 제63조의2 제6항을 적용받은 과세연도의 납부기한의 다음 날부터 법 제63조의2 제9항에 따라 추징할 세액의 고지일까지의 기간

2. 1일 1만분의 3