2. 항소비용은 피고가 부담한다.

항소취지

제1심 판결을 취소한다.

학교법인인 원고는 수익사업(부동산임대업)에 제공하던 수원시 팔달구 OO로1가 00 대 8，624미(이하 '당초 자산'이라 한다)를 AA건설 주식회사에게 매도하여(매매대금 26，035，196，382원) 2005. 11. 16 소유권이전등기를 마친 후 2006. 1. 25. 관할관청에 부동산임대업 폐업신고를 하였다. 원고는 수익사업 폐쇄에 따라 2005 사업연도(2005.3.1. - 2006.2.28.)결산 시 위 매매대금 퉁이 포함된 수익사업회계 26，581，575，134원(이하 '이 사건 전출금'이라 한다) 을 전액 비영리사업회계에 전출하고, 이를 '고유목적사업 전출' 항목으로 손금 계상하여 당기순이익(순손실) ，0，555，062，096원을 산출하였다. 원고는 이러한 결산 결과에 따라 2005 사업연도 귀속 법인세를 신고하였다(산출세액 0원). 피고는 2008. 3. 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 아래와 같이 소득금액을 조정하여 2008. 9. 1. 원고에게 2005 사업연도 귀속 법인세 3，368，259，140원(가산세 포함)을 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다)

① 고정자산 처분이익 과소신고금액 1，233，376，624원 익금 산입

② 토지가액을 임의명가하여 특별이익으로 계상한 10，349，280，000원 익금 불산입

③ 이 사건 전출금 중 20，671，550，290원 손금 불산입(이하 '이 사건 손금 불산입'이라 한다)

이 사건 손금 불산입은 이 사건 전출금 중 설제 고유목적사업에 사용된 것은 5，910，024，844원에 불과하다는 전제하에 나머지 20，671，550，290원(이 사건 전출금 - 5，910，024，844원)에 대한 손금 산입을 부인한 것이다. 다만 피고는 구체적인 조정 내용 과 관련하여 구 법인세법(2006.12.30.법률 제8141호로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제29조 제2항, 제1항에 따라 '㉠ 2005 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금 한도 초 과 9，646，210，552원(이 사건 전출금 - 법정 한도액 16，935，364，582원), 19 한도액 중 부 당 사용에 따른 손금 부인 11，025，339，738원(볍 정 한도액 - 정당 사용액 5，910，024，844 원)'으로 구성 하여 합계 20，671，550，290원을 도출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1-4호증, 을 1-7, 11호증 각 기재, 변론 전체 취지

2. 이 사건 처분 적법 여부

가. 원고 주장

원고는 수익사업 폐쇄에 따라 수익사업회계에 속하던 이 사건 전출금을 비영리사업 회계에 전출하였는데, 이는 구 법인세법 시행규칙(2006.3.14.재정경제부령 처11497호 로 개정되기 전 것, 이하 같다) 제76조 제4항이 정한 특례규정에 따라 전출 시점에 곧 바로 고유목적사업에 지출한 것이 된다. 구 법인세법 제29조 제l항, 제2항에 의하면, 비영리 내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하면 법정 한도액 범위안에서 손금에 산입하고, 고유목적사업준비금을 계상하지 아니하고 곧바로 고유목적사업에 지출한 경우에도 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 역시 손금에 산입한다. 따라서 이 사건 전출금은 비영리사업에 전출된 사실 자체로 법 정 한도액 범위 안에서 손금에 산입되어야 한다. 피고가 이 사건 전출금 중 법정 한도 액 범위 안에 있는 11，025，339，738원에 대하여 전입 후 부당 사용을 이유로 손금 불산 업한 부분은 법적 근거가 없는 것으로서 위볍하다.

나.관계법령

별지 '관계법령' 기재와 같다.

다. 인정사실

원고는 2005. 8. 29. 교육인적자원부장관으로부터 처분금 용도를 '대체 수악용 기본재산(임대건물) 취득: 238억 원' 등으로 하여 당초 자산 처분허가를 받았다. 원고는 2005 사업연도 중에 23，676，654，784원을 고유목적사업준비금으로 계상하였다가 수익사업 폐쇄로 더 이상 수익사업회계를 유지할 수 없게 되자 결산시 위 준비금을 환입하는 한편 이 사건 전출금을 '고유목적사업 전출' 항목으로 손금 계상하였다. 원고는 2006. 12 18. 수익사업(부동산임대업)을 재개하기로 결의하였고, 2006. 12. 22. 이CC 으로부터 서울 강남구 OO동 000-00 대 994.2㎡, 같은 동 000-00 대 933.6㎡를 175 억 원에 매수하고, 2007. 3. 30. BB건설 주식회사와 사이에 공사대금을 85억 4，700만 원으로 정하여 위 토지상에 건물을 신축하는 도급계약을 체결하였다(위 토지와 합하여 이하 '대체 자산'이라 한다). 원고는 비영리사업회계에서 관리하고 있던 이 사건 전출금 중 5，910，024，844원은 고유목적사업에 지출하였으나 나머지는 대체 자산 취득 자금 등 수익사업에 지출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 8-10호증 각 기재, 변론 전체 취지

라.판단

1) 법인세법은 법인을 영리법인과 비영리법인으로 구분하여 영리법인에 대하여는 소득 발생 원천을 가리지 아니하고 모든 소득에 대하여 법인세 납세의무를 지우지만 비영리법인에 대하여는 법인세법 제3조 제2항 각호에서 정한 특정한 발생원천(이하 '수익사업'이라 한다)에서 생긴 소득에 한하여 납세의무를 지우고 있다. 수익사업에는 '임대업(제1호)', '고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입(제5호)'이 포함되어 있다. 법인세법 제113조는 비영리법인이 영위하는 수익사업에서 생긴 소득에 대한 과세를 위하여 비영리법인으로 하여금 자산 ・ 부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 비수익 사업에 속하는 것으로 구분경리하도록 요구하고 있다 수익사업구분경리 원칙에 의하면 수익사업과 비수익사업 간 거래는 비영리법인 내부거래이기는 하나 제3자 간 거래와 같이 인식하여야 한다 이와 관련하여 '비영리사업→수익사업 자산 이전'에는 '전입' 만 있더라도 거래를 인식하여 '자본원입'(원시출자)으로 경리하나(구 법인세법 시행규칙 제76조 제3항), '수익사업→비영리사업 자산 이전'에는 단순한 '전입'에서 나아가 실제 '지출'이 있는 경우에 한하여 거래를 인식하여 '고유목적사업(준비금) 지출, 소득금액(영 여금 포함) 지출, 자본원입액 반환' 중 하나로 경리하여야 한다(구 법인세법 제29조 제 2항, 제l항, 구 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 전문). 이와 같이 자산 이전 방향에 따라 거래 인식 시점에 차이를 둔 것은 법인세 과세대상이 되는 수익사업에 속하는 자산이 비과세 대상인 비영리사업에 이전되는 것을 최대 한 보수적으로 파악하여 국가 조세권 행사를 관철하기 위한 것이다. 그런데 구 법인세 법 시행규칙 제76조 제4항 후문은 사립학교법에 의한 학교법인을 비롯한 각종 교육관련 비영리법인에 대하여는 '수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다'고 규정하여 일반 비영리법인에 비하여 거래 인식 시점을 앞당기고 있다. 이는 교육의 공공성, 특수성을 고려하여 교육사업에 대한 재원 공급을 촉진할 필요가 있고, 학교법인의 학교회계(비영리사엽회계)에 대하여는 사립학교법에 따라 고유목적사업 외 용도로 부당 지출되는 것을 차단할 수 있는 각 종 안전장치가 확보되어 있기 때문이다[기본재산 처분 시 관할청 허가(제28조 제1항), 학교교육에 직접 사용되는 일정 재산 매도, 담보제공 금지(제28조 제2항), 교비회계 수 입 타 회계에 전출 ・ 대여 금지(제29조 제6항), 매 회계연도 개시 전, 종료 후 관할청에 예 ・ 결산 보고 ・ 공시(제31조 제1항), 법령 등 위반 예산에 대한 관할청 사정 지도(제31 조 제2항), 결산서 제출 시 감사 전원이 서명 • 날인한 감사증명서 첨부, 독립된 공인회계사 등이 작성한 감사증명서 첨부(제31조 제4항) 등]

2) 비영리법인이 수익사업을 영위하여 영리법인과 경쟁관계에 서게 되는 이상 양자 간 세 부담에 차이를 두게 되면 불공정한 결과가 초래될 수 있으므로 비영리법인이라 하더라도 수익사업소득금액에 대한 과세는 불가피하다. 한편 구 법인세법 제19조 제2 항은 법인세법에서 인정되는 손비 범위에 관하여 '법인 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것'이라고 규정하고 있다. 수익사업회계에서 비영리사업에 이전되는 자산은 수익 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 것이 아니고 수익과 직접 관련된 것도 아니므로 손금으로 인정받을 수 없고 비영리법인은 법인세 부과 후 소득에 한하여 비영리사업 에 지출할 수 있는 것이 원칙이다(이를 초과하면 자본원입액 반환에 해당). 그러나 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세소득에 한하여 비영리사엽에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다. 구 법인세법 제29조 제1항은 이러한 상황을 방지하기 위하여 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법정 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있도록 하는 특례를 마련하였다. 같은 이유에서 비영리법인이 고유목적사업준비금을 계상하지 아니한 채 수익사업에서 생긴 소득을 곧바로 고유목적사업에 칙접 지출한 경우에도 법인세 부담을 변해줄 필요가 있고(단순한 준비금 적립이 아니라 실제 지출이므로 필요성은 더 크다), 이에 따라 구 법인세법 제29조 제2항은 직접 지출액은 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입할 수 있도록 하였다.

3) 원고는 사립학교법에 따라 설립된 학교법인으로서 2005 사업연도 결산 시 부동산임대업에 제공하던 종전 자산을 매각하여 수익사업을 폐쇄하면서 수익사업회계에 속 하던 이 사건 전출금을 비영리사업회계에 전출하였다. 구 법인세법 시행규칙 제76조 제4항은 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다고 규정하고 있으므로 원고는 전출 시점에 이 사건 전출금 전액을 비영리사업에 지출한 것이 된다. 원고가 2004 사업연도까지 계상 한 고유목적사업준비금 잔액이 없었으므로 고유목적사업에 지출한 것으로 의제된 이 사건 전출금은 구 법인세법 제29조 제2항에 따라 고유목적사업에 실제 사용되었는지 여부에 관계없이 전액 2005 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 고유목적사업준비금 손금 산입에 관한 제1항 규정(법정 한도액)을 적용받게 된다. 이 사건 전출금 중 구 법인세법 제29조 제1항 각호에 따라 계산한 법정 한도액에 해당하는 16，935，364，582원 범위 안에 있는 11，025，339，738원에 대하여 실제 고유목적사업이 아닌 대체 자산 취득 등 수익사업에 사용되었다는 이유로 한 이 사건 손금 불산입(~부분)은 위법하다.

4) 피고는, 원고가 수익사업회계에 속하는 이 사건 전출금을 비영리사업회계에 전출한 것은 실제 고유목적사업에 사용하기 위한 것이 아니라 수익사업에 제공할 자산을 대체하는 과정에서 일시 수익사업이 폐쇄되는 바람에 벌어진 명목상 거래에 불과하므로 실질과세 원칙에 비추어 허용될 수 없다고 주장한다. 구 법인세법 제29조 제1항, 제2항의 입법취지는 수익사업회계에서 발생한 소득이 실 제로 고유목적사업에 사용될 것을 전제로 비영리법인에 대하여 조세우대 혜택을 부여 하고자 하는 것이다. 또한 원고가 대체 자산 취득을 조건으로 수익용 기본재산인 당초 자산 처분을 허가받았고, 이 사건 전출금 중 상당 부분은 처음부터 다시 수익사업에 사용될 것으로 예정하고 있었으며 실제 자금사용이 그러하였던 것도 사실이다. 그러나 구 법인세법 제74조 제4항 후문이 교육의 공공성, 특수성을 고려하여 사립학 교법에 따른 각종 자금유용 방지 수단을 담보로 학교법인에 대하여 일반 비영리법인과 달리 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입하였다는 형식적인 사실만 으로 비영리사업에 지출한 것으로 의제하는 특례 조항을 마련한 취지에 비추어 보면, 전입 후 실제 사용 용도에 따라 손금 산입 허용 여부를 달리하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

5) 원고가 형식적으로 수입사업회계와 비영리사업회계 간 전출입 거래를 하였을 뿐 실제로는 이 사건 전출금 중 대부분을 계속하여 수익사업에 사용하였음에도 불구하고 그 중 일부에 대한 법인세 부담을 면하는 것이 부당한 것으로 보일 수 있다. 그러나 이 문제는 이 사건 전출금 중 손금 산입을 시인받은 금액이 다시 수익사업에 지출한 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도 익금에 산입하는 방법으로 해결된다. 그 근거는 다음과같다. 구 법인세법 제29조 제4항 제4호는 고유목적사엽준비긍을 설정하여 손금 산입한 비 영리법인이 손금 산입 사업연도 종료일 이후 5년 내에 기설정된 준비금을 고유목적사 업에 사용하지 아니한 때에는 사용하지 아니한 잔액에 한하여 5년이 되는 사업연도에 익금 산입하도록 규정하고 있다. 이는 5년이라는 기한을 정하여 기설정된 고유목적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하는 것이다. 그런데 고유목적사업준 비금을 설정하여 손금 산입한 비영리법인이 5년 내에 준비금을 임의 환입하여 더 이상 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해 진 경우에는 준비금을 고유목적사업에 사 용하지 아니한 때에 해당하므로 5년 기한이 오기까지 기다릴 필요없이 곧바로 해당 사업연도 익금에 산입할 수 있다(고유목적사업준비금 환업에 관한 구 법인세법 제29조 제3항 각호 사유는 국가가 기존에 손금 산입을 허용하였던 부분에 대하여 일방적으로 다시 익금 산입하여 법인세를 과세하기 위한 근거규정일 뿐 고유목적사업준비금을 설정한 비영리법인이 내부적 자금 사정 등을 이유로 과세이면 혜택을 포기하고 준비금을 임의 환급하는 것을 막는 취지는 아니다) 구 법인세법 제29조 제2항, 제1항에 의하면 고유목적사업준비금을 설정하지 아니한채 곧바로 고유목적사업에 지출한 경우에도 손금 산입이 허용되는바, 이처럼 실제 사 용을 요건으로 손금 산입한 경우라면 일단 사용된 고유목적사업비가 수익사업에 익금 산입되는 경우는 상정하기 어렵다. 그런데 학교법인은 구 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후단이 정한 특례 조항에 의하여 비영리사업회계에 전출한 자체로 지출을 의제하여 손금 산입한 것이므로 비영리사업회계에 전입된 자금이 사후에 다시 수익사업에 사용된 경우에는 고유목적사업준비금을 임의환급한 경우에 준하여 손금 산입에 대한 반대조정(익금 산입)을 할 수 있는 장치가 확보되어야 한다. 그렇지 아니하면 학교법인인 경우 단지 수익사업회계와 비영리사업회계 간 전출입 거래를 반복하는 수법으로 볍 인세 부담을 회피할 수 있기 때문이다. 이와 같은 조세법상 부정의는 사립학교법에 의 하여 예방하거나 사후 시정될 수 있는 것이 아니다.

6) 이 사건 손금 불산입 중 법정 한도액 내 부당 사용을 이유로 한 11，025，339，738 원 부분은 위법하다. 이 부분 손금 산입을 시인하여 다시 산출한 정당 세액은 별지 계산내역 기재와 같이 부의 금액이 된다.

3. 결 론