상고 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

먼저, 이 사건 과세의 근거조문을 보면, 1973.3.12. 법률 제2593호로써 개정된 지방세법 제161조 제1항 은 제3조 제34호 에 “보세에 관한......운송”을 신설한 뒤 1974.12.31 영 제7532호로써 개정된 같은 법시행령 제124조 제1항 별표는, 그 제3종 제31호에 “보세에 관한......운송”을 규정하고, 다시 1976.12.31. 영 제8339호로써 개정된 위 시행령 제124조 제1항 별표는, “보세에 관한 운송”을 그 제5종 제41의 4호로 옮겨 규정하다가 1977.9.20. 영 제8697호로써 개정된 같은 법시행령 제124조 제1항 별표는 위 제5종 제41의 4호를 삭제하였음을 알 수 있고 한편, 지방세법 제65조 에 의하면, 지방세의 부과와 징수에 있어서도 국세기본법을 준용하게 되어 있는 바, 국세기본법 제18조 제2항 에 의하면, 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는, 그것에 위반하여 과세할 수 없게 되어 있음을 알 수 있다. 그런데, 이 사건에 있어서 원심이 확정한 사실에 의하면, 이 사건 과세의 근거조문이 제정된 위 1973.3.12부터 그 조문이 폐지된 1977.9.20까지의 4년반동안 한 건도 보세운송면허세가 부과되지 아니하였으며, 면허권자인 관세청장은 관세법 제128조 의 규정에 의한 보세운송면허는 운송영업을 할 수있는 면허가 아니라, 단지 수출ㆍ입 외국물품의 소유주가 세관의 감시하에 일정한 장소 상호간 보세상태로 운송을 할 수 있도록 하는 면허로서 수출물품에 대한 것이 대부분을 차지하고 있고, 운송기간을 대부분 10일 이내로 한정하고, 그 기간 그 물품에 대하여서만 효력이 있으며, 보세운송 영업행위에 대하여는 지방세법시행령 별표 제1종 제53호의 규정에 의하여, 자동차운송사업 면허시에 그 면허세를 부과하므로, 매 운송시마다 다시 보세운송면허세를 부과함은 동일 영업행위에 대하여 이중으로 세부담을 주는 문제점이 있다는 이유로 1976.12.14에 내무부장관에게 지방세법시행령 개정시에 해당조문을 소급 삭제하여 달라고 건의하여 앞으로 지방세법 개정시에 참고하겠다는 통보를 받고 1977.7.20에 서울특별시장에게 서울특별시에서도 이러한 문제점을 감안하여 보세운송면허에 대하여는 면허세 부과대상에서 제외될 수 있도록 동 시행령 개정을 내무부에 건의하여 달라고 요청하자 서울특별시장은 1977.7.22에 관세청장에게 위 협조사항에 대하여는 지방세법시행령 개정을 건의하겠다고 통보함과 동시에 내무부 장관에게 그 개정을 건의하여 1977.9.20 지방세법시행령 개정시에 위와 같이 보세운송 면허세가 면허세과세대상에서 제외되었으나, 1977.9.19 이전의 면허분은 소급제외되지 아니하였으므로, 관세청장은 다시 그 조문이 폐지된 후인 1978.6.23에 1977.9.19이전 면허분의 면허세를 소급제외하여 줄 것을 내무부 장관과 국무총리 기획조정실장에게 거듭 건의함과 동시에 서울특별시장에게도 이들 면허세가 소급제외 되도록 협조하여 줄 것을 요청하였다는 것이고, 한편 원고는 그 동안 이 사건 면허세가 부과되지 아니하는 것으로 믿고 항공회사들로부터 면허세 상당액이 포함되지 아니한 일정액의 간이 보세운송료만을 받고 각 그 보세운송절차를 대행하여 주었는데도 피고는 원고의 이 사건 면허는 구지방세법시행령 제124조 제1항 별표 제5종 제41의 4호에 규정된 “보세에 관한 운송”에 해당한다고 보아 원고에게 원고가 1973.12.경부터 1977.9.19까지 보세운송한 도합 5,438건에 대한 면허세를 1978.12.16 원심판시와 같이 부과처분 하였다는 것이니 , 이 사건에서 문제가 된 보세운송면허세의 부과근거이던 지방세법이 1973.3.12에 제정되고 그것이 같은 법시행령으로 넘겨졌다가 1977.9.20 폐지될 때까지 4년반 동안에 한 건도 과세된 일이 없고, 면허의 주무관청인 관세청장이 수출확대라는 공익상의 필요에서 면허세부과의 문제점을 지적하고 위와 같이 그 소급 제외를 거듭 건의하였던 것이라면, 이 사건 과세권자인 피고로서도 과세하여야 할 것을 알면서도, 위와 같은 이유로 과세하지 아니하였던 것이라고 보아야 할 것이고, 한편 원고로서도 위와 같은 사정으로 보아 그 비과세를 믿을 수 밖에 없었던 것이라고 보아 그로써 비과세의 관행이 이루어진 것이라고 보아 마땅하다 할 것이니, 그렇다면 근거법규가 폐기된지도 1년 3개월이나 지난 1978.12.16에 이르러서야 이미 4년 동안에 보세운송한 도합 5,438건에 대한 면허세 금 55,306,800원을 일시에 부과한다는 것은 세법상의 신의성실이나 납세자가 받아들인 관행을 무시한 위법한 처분이라고할 것인 바, 같은 취지에서 피고의 이 사건 처분을 위법한 것이라고 본 원심의 판단은 정당하고 , 거기에 소론과 같은 법리오해나 심리미진 또는 이유불비의 위법이 있다고 할 수 없다. 논지는 이유없다.

따라서 이 상고는 이유없으므로 이를 기각하기로 하고, 상고 소송비용은 패소자의 부담으로 하여 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.