2.소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 10. 1. 설립되어 금지금(金地金, 금괴 ・ 골드바 등 원재료 상태로서 순도가 1,000분의 995 이상인 금을 말한다)의 수출입업 및 도매업 등을 영위하였던 회사이다. 원고는 2005. 12. 30. 폐업하였다.

나. 피고는 ① 원고가 2002. 10. 1.부터 2003. 6. 30.까지 사이에 금지금 도매상인 주식회사 △△아, 주식회사 □□닷컴, 주식회사 ●●상사, 주식회사 ☆☆챔, 주식회사 ◆◆금은(이하 통칭하여 '이 사건 1차 매출처'라고 한다)에게 구매확인서(이하 '이 사건 구매확인서'라고 한다)에 의하여 영세율로 매출한 금지금(이하 '이 사건 1차 매출 금지금'이라고 한다) 74,108,641,000원의 거래와 2005. 5. 1.부터 2005. 6. 30.까지 사이에 주식회사 AA금은(이하 이 사건 1차 매출처와 통칭하여 '이 사건 매출처'라고 한다)에게 내국신용장(이하 이 사건 구매확인서와 통칭하여 '이 사건 구매확인서 등'이라고 한다)에 의하여 영세율로 매출한 금지금(이하 이 사건 1차 매출 금지금과 통칭하여 '이 사건 매출 금지금'이라고 한다) 5,754,569,000원의 거래를 '허위로 작성된 구매확인서와 내국신용장에 의한 거래'로 보아 부가가치세법상의 영세율(이하 '영세율'이라고 한다)의 적용을 부인하고,② 원고가 2003. 8. 1.부터 2004. 6. 30.까지 금지금 도매상인 BB즈 주식회사, 주식회사 AA금은(이하 통칭하여 '이 사건 매입처'라고 한다)으로부터 금지금(이하 '이 사건 매입 금지금'이라고 한다)을 매입하고 교부받은 합계 37,281,448,000원의 세금계산서(이하 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 매입세액을 불공제하여 원고에게 청구취지 기재와 같은 처분을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증, 을 1호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 2002년도 제2기, 2003년도 제1기 및 2005년도 제1기는 금지금을 수입하면서 외국환은행의 장이 적법하게 발급한 이 사건 구매확인서 등에 의하여 영세율 매출을 하였고, 2003년도 제2기와 2004년도 제1기에는 국내에서 금지금을 매입하여 수출하는 사업을 하는 등 정상적인 거래를 하였다. 그럼에도 불구하고 피고가 이 사건 매출 금 지금 거래를 '폭탄업체(금지금을 영세율 또는 면세로 매입하여 과세금으로 판매한 다음 단기간 내에 이익금을 전액 인출 ・ 은닉하고 폐업하는 방법으로 부가가치세를 포탈하는 업체)'와의 공모 하에 허위로 작성된 구매확인서와 내국신용장에 의한 거래로 보아 영세율의 적용을 부인하고, 이 사건 매입 금지금의 거래와 관련하여 교부받은 세금계산서를 폭탄업체와의 공모 하에 사실과 다르게 작성된 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여, 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

(가) 원고의 수입거래와 관련한 주장

원고는 이 사건 매출처 등과 부가가치세를 포탈하기로 공모한 후 허위 서류에 의하여 발급된 이 사건 구매확인서 등에 의하여 금지금을 영세율로 공급하였고, 그렇지 않다고 하더라도 원고가 공급하는 금지금이 수출용 원재료로 사용되지 않고 국내에서 폭탄업체에 의하여 과세재화로 전환되어 부가가치세의 포탈에 사용될 것이라는 사정을 알고도 영세율로 공급하였으므로, 원고와 이 사건 매출처와의 거래는 영세율의 적용대상이 되지 아니한다.

(나) 원고의 수출거래와 관련한 주장

① 원고는 이 사건 매입처 등과 공모하여 실제로는 금지금을 매입하지 않으면서 서류상으로만 매입한 것과 같은 외양을 갖추고 인터넷뱅킹 등을 통하여 그 대금이 지급된 것과 같은 금융자료를 작출 하였을 뿐이므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

② 이 사건 매입처는 폭탄영업의 도관업체로서 명목상의 매매관계를 형성하는 형식상의 거래당사자에 불과하여 실제로 금지금에 대한 소유권을 취득하지 못하였다. 따라서 원고에게 금지금을 공급할 수 있는 공급자라고도 볼 수 없는 형식상 거래당사자에 불과한 이 사건 매입처로부터 발급받은 이 사건 세금계산서는 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서에 해당한다.

③ 폭탄영업의 거래당사자는 금지금을 과세거래로 매도하더라도 거래상대방으로부터 부가가치세를 거래징수하여 국가에 납부할 의사가 없어 그가 매도하는 공급대가는 실제로는 모두 공급가액에 불과하다. 그럼에도 폭탄영업의 거래당사자는 거래상대방으로 하여금 매입세액을 공제받을 수 있도록 하기 위하여 허위로 공급가액 중 일부를 부가 가치세로 구분하여 기재한다. 원고는 이 사건 매입 금지금을 공급하는 자의 위치에 있는 폭탄업체들과 부가가치세의 포탈을 공모한 후 허위로 공급가액과 구분하여 부가가치세액을 기재하였으므로, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

④ 원고는 폭탄업체들과 부가가치세를 포탈하기로 공모한 후 이 사건 매입처와의 거래를 하였다. 따라서 원고의 이 사건 매입처와의 거래는 영세율 제도를 악용하여 국고를 편취하고 부가가치세제의 근간을 해하는 중대한 범죄행위이므로, 신의성실의 원칙에 따라 이 사건 세금계산서로 인한 매입세액의 공제를 허용하여서는 아니 된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 2002.경부터 2004.경까지 서울 종로구 소재 귀금속업체들 사이에서는 영세율 또 는 면세 제도를 악용하여, 금지금을 수입한 후 이를 영세율 또는 면세로 여러 단계를 거쳐 유통시키다가 이른바 '폭탄업체'에 이르러 과세금으로 전환시킨 후, 다시 여러 단 계의 도매상을 거쳐 과세로 유통시키다가 수출하면서, 수입업체는 금지금을 수입하면 서 납부한 부가가치세를 환급받고, 폭탄업체는 부가가치세를 납부하지 않으며, 수출업체는 폭탄업체가 납부하지도 않은 부가가치세를 환급받는 형태의 이른바 폭탄영업이 만연하였다.

(2) 원고의 수입거래

원고는 금지금 수입업체로서 2002. 10. 1.부터 2003. 6. 30.까지 사이에는 홍콩의 ♧♧과 ♤♤던으로부터, 2005. 5. 1.부터 2005. 6. 30.까지 사이에는 ♧♧과 ▼▼리로부터 이 사건 매출 금지금을 수입하여 이 사건 매출처에게 영세율로 매도하고 수입 당시 납부하였던 부가가치세를 환급받거나 환급신청을 하였는데, 이 사건 매출 금지금은 원고에 의하여 수입된 날에 6-7단계의 거래를 거쳐 대부분 당일 또는 그 익일에 수출업체에 의하여 다시 수출되었다.

원고는 주식회사 ★★티 등에 수입대행을 의뢰하였고, 수입한 금지금을 운송업체인 ▽▽즈를 통하여 이 사건 매출처로 운송하도록 하였다.

(3) 원고의 수출거래

원고는 2003. 8. 1.부터 2004. 6. 30.까지 사이에 금지금 수출업체로서 이 사건 매입처로부터 이 사건 매입 금지금을 과세로 매입하여 대부분 당일 또는 그 익일에 주식회사 ★★티의 중개로 ♧♧에게 수출하고 매입세액을 환급 또는 공제받았는데, 이 사건 매입 금지금은 수입업자에 의하여 수입된 날에 6-7단계의 거래를 거쳐 대부분 당일 또는 그 익일에 원고에 의하여 수출되었다.

원고는 이 사건 매입처로부터 매입한 이 사건 매입 금지금을 운송회사인 ▽▽즈를 통하여 홍콩에 있는 ♧♧으로 수출하였다.

(4) 원고가 수입하였던 이 사건 매출 금지금의 거래와 관련하여서는 원고로부터 수출업체까지의 모든 거래 단계의 대금결제가 역순으로 완료되었고, 원고가 수출하였던 이 사건 매입 금지금의 거래와 관련하여서는 수입업체로부터 원고까지의 모든 거래 단계의 대금결제가 역순으로 완료되었다.

(5) 원고가 수입하였던 이 사건 매출 금지금과 원고가 수출하였던 이 사건 매입 금지금은 대부분 폭탄업체들이 과세재화로 전환한 후 자신들의 매입가액보다 낮은 공급 가액(다만 여기에 부가가치세액을 더한 액수, 즉 공급대가는 매입가액보다 높다)으로 매출하고 폐업 등의 방법으로 부가가치세 납부의무를 이행하지 아니하는 폭탄영업과 관련되어 있다.

(6) 과세관청은 원고 및 원고의 대표이사 전AA가 수입업체 및 수출업체로서 폭탄 영업에 가담하여 조세범처벌법 위반행위를 하였다는 취지로 수원지방검찰청 성남지청 2008형제23609호로 고발하였으나 원고 및 전AA는 2008. 9. 24. 증거불충분의 혐의 없음 처분을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 3호증, 을 2 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 원고의 수입거래 관련 부분

수입업자가 그 거래처에 공급한 재화가 실제로 수출되었는지 여부는 수입거래 단계에서 영세율의 적용 여부에 영향을 마칠 수 없고, 또한 그 거래처가 제시한 외국환은행의 장 명의의 구매확인서가 허위의 수출계약서에 근거하여 발급되었다고 하더라도 그것이 당연 무효가 된다고는 볼 수 없으므로, 재화의 공급자인 수입업자가 구매확인서의 발급에 하자가 있음을 알고 있었다는 등의 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 발급과정의 하자만을 이유로 곧바로 그 구매확인서에 의하여 이루어진 재화의 공급을 영세율 적용 대상에서 제외할 수는 없고, 이 경우 수입업자가 구매확인서 발급과정의 하 자를 알고 있었다는 등의 특별한 사정은 과세요건사실의 존재와 조세부과처분의 적법성에 관한 입증책임을 부담하는 과세관청이 입증하여야 한다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15490 판결 등 참조). 위와 같은 법리는 외국환은행의 장 명의의 내국신용장에 대하여도 마찬가지라고 할 것이다.

살피건대, 을 2 내지 12호증 등 피고가 제출한 증거를 종합하여 보더라도 원고가 이 사건 구매확인서 등의 발급과정에 하자가 있다는 사정을 알고 있었다는 사실을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고와 이 사건 매출처 사이의 이 사건 매출 금지금의 거래를 '허위로 작성된 구매확인서와 내국신용장에 의한 거래'로 보아 영세율의 적용을 부인한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 원고의 수출거래 관련 부분

(가) '사실과 다른 세금계산서'라는 주장(① 내지 ③ 주장)에 대하여

부가가치세법 제1조 제1항 제l호는 부가가치세의 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 '재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다'고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 인 도 또는 양도는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용 ・ 소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별 로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적 ・ 구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 이 사건 매입 금지금의 경우 수입업체로부터 원고에 이르기까지 실제로 금지금이 실물로 전전 유통된 사실과 원고는 이 사건 매입처로부터 금지금을 인도받고 그 대금을 지급한 후 이 사건 세금계산서를 교부받았으며 나아가 인도받은 금지금을 수출한 사실이 인정되는 이상, 이 사건 매입 금지금이 수입되어 수출되기까지의 일련의 거래가 모두 짧은 기간 내에 이루어지고 그 중간 단계에 폭탄업체가 별도 로 존재하고 있다는 등의 사정만으로는, 이 사건 매입 금지금 거래가 세금계산서만을 발행하여 수수한 것이거나 폭탄영업을 실제 거래로 위장하기 위하여 금지금이 인도되고 대금이 지급되는 외관만을 취한 명목상의 거래로서 부가가치세의 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기는 어렵고, 달리 원고가 이 사건 매입처 등과 공모하여 실제로는 금지금을 매입하지 않으면서 매입한 것과 같은 외양을 갖추고 금융자료를 작출 하였다는 사실이나 이 사건 매입처가 형식상의 거래당사자에 불과하다는 사실을 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 ①,② 주장은 이유 없다.

또한 을 2 내지 12호증 등 피고가 제출한 증거를 종합하여 보더라도 원고가 폭탄업체들과 부가가치세를 포탈하기로 공모한 후 허위로 공급가액과 구분하여 부가가치세액 을 기재하였다는 사실을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 ③ 주장도 이유 없다.

그 밖에 달리 이 사건 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다고 볼 만한 증거가 없다.

(나) 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장(④ 주장)에 대하여

납세의무자에게 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는 객관적으로 모순되는 납세의 무자의 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있어야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006두14865 판결 참조). 을 2 내지 12호증 등 피고가 제출한 증거를 종합하여 보더라도 원고가 폭탄업체들과 부가가치세를 포탈하기로 공모한 사실이나 원고에게 객관적으로 모순되는 행태가 존재한다는 사실을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 피고의 위 주장도 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

(다) 소결론

따라서 이 사건 세금계산서를 '사실과 다른 세금계산서'로 보아 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.