2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 AA토건 주식회사(이하 '소외 회사'라 한다)의 대표이사이다.

나. 소외 회사는 2002년부터 2005년까지 각 사엽연도 해당 법인세 과세표준과 세액 을 신고하였고, 각 사업연도별 신고시에 총 공급가액 544,996,876원의 가공매입세금계산서(2002 사엽연도분 26,618,182원, 2003 사엽연도분 139,610,418원, 2004 사업연도분 66,203,309원, 2005 사업연도분 312,564,886원, 이하 '이 사건 가공매입액'이라 한다)를 수취하여 이에 해당하는 금액을 위 각 사업연도 법인세 신고시 손금으로 계상하였다.

다. 강서세무서장은 이 사건 가공매입액과 관련하여, 2008. 3. 3. 소외 회사에게 법인세 201,994,570원(2002 사업 연도 12,302,190원, 2003 사업 연도 59,024,530원, 2004 사 업 연도 26,371,610원, 2005 사업 연도 104,296,240원)과 2002년 제2기부터 2005년 제2 기까지의 부가가치세 86,236,240원을 각 경정ㆍ고지함(이하 '당초의 증액경정처분'이라 한다)과 동시에 이 사건 가공매입액에 부가가치세를 합한 금액을 원고에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변경통지를 하였다.

라. 이에 소외 회사가 이의신청을 하였고, 서울지방국세청장은 2008. 7. 17.{소외 회사가 2002 사업연도부터 2005 사업연도 중 부외계상하였다고 제시한 부외경비 625,028,310원에 대한 원시자료 및 장부 등을 재조사하여 이를 그대로 확인하고 다만 그 확인된 금액을 2002년부터 2005년까지 위 각 연도별 법인세액(세액 합계 201.994.570원) 한도 내에서 손금산입하여 법인세 과세표준과 세액 및 소득처분금액을 경정한다}라는 취지로 결정하였다.

마. 강서세무서장은 2008. 1. 9. 위 결정에 따라 소외 회사의 원시자료 및 장부 등을 재조사하여 아래 [표]와 같이 위 4년간의 각 사업연도별 부외경비 총합계액을 625,028,563원으로 확정하고, 그 중 각 연도별로 손금부인된 위 가공매입금액의 한도 내에서 각 연도별로 확정된 부외경비를 각 사업연도의 손금으로 추가 인정하여 2002 년부터 2005년까지의 법인세 72,144,230원(2002사업 연도 12,302,190원, 2003사업연도 59,024,530원, 2004사업연도 1,456,000원, 2005사업연도 231,670원)을 감액결정함과 동시에, 위 손금인정액에 부가가치세 상당액을 합한 금액을 원고에 대한 당초의 상여처분금액에서 감액하였다.

"바. 피고는 원고에게도 위와 같은 소득금액변동통지를 한 후, 2009. 12. 3. 원고에게 2004년도 귀속 종합소득세 13,057,340원, 2005년도 귀속 종합소득세 136,516,640원을 각 경정ㆍ고지하였다(이하이 사건 처분'이라 한다).",[인정근거] 갑 제1호증 내지 제3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증 내지 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 위법사유가 있으므로 취소되어야 한다.

(1) 확정된 부외경비 625,028,563원 전부를 손금으로 인정하여야 하고, 각 사업연도별로 당초 증액경정고지한 201,994,570원의 한도 내에서, 확정된 부외경비의 일부만 을 손금으로 인정하는 것은 아무런 법적 근거가 없다. 피고는 위 부외경비 일부만을 손금으로 인정하여야 하는 근거로 국세기본법 제22조의2에 의하여 당초 원고의 신고에 의해 확정된 세액에 대하여는 다툴 수 없다는 것을 들고 있으나, 이 사건의 경우에는 불가쟁력이 발생한 처분이 존재하지 않으므로, 위 조항이 적용되지 않는다.

(2) 법인세법 제14조 제2항, 제13조 제1항에 의하면 그 사업연도에 속하는 손금의 총액이 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 그 사업연도의 결손금으로 하고, 당해 연도의 결손금은 5년에 걸쳐 이윌하여 공제할 수 있으므로, 2002, 2003 사업연도에 산입되지 않고 남아있던 결손금은 2004, 2005 사업연도의 과세표준에서 이월 공제하여야 한다.

(3) 대표자 인정상여처분은 법인의 소득이 법인 외부로 유출된 것이 분명하되, 그 귀속자가 불분명한 때에 법인의 대표자에게 귀속되는 것으로 보는 것인데, 이 사건 부외경비는 소외 회사의 거래처들에게 지급된 것임이 명백하므로 귀속자 불명으로 보아 대표자에게 인정상여처분한 것은 부당하다.

나. 관계법령

별지 관계법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고의 가.(1)항 기재 주장에 대한 판단

국세기본법 제22조의2 제1항에 의하면, 세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 마치지 아니하므로, 증액경정처분이 있는 경우, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 될 뿐이다. 그런데 법인세는 신고납부방식의 조세로서, 소외 회사가 2002년부터 2005년의 각 사엽연도 해당 법인세를 신고한 때에 당초의 각 법인세가 확정되었고, 이 부분에 대하여는 국세기본법 제22조 제1항에 의하여 다툴 수가 없으며, 따라서 위 확정된 부외경비는 각 해당 사업연도별 부외경비 중 그 해당 사업연도의 세액에 대응하는 범위 내에서만 손금으로 인정될 수 있다.

또한 법인세법 제60조, 제66조 등의 규정에 따르면, 법인세는 그 신고 및 납부를 사업연도를 단위로 할 뿐만 아니라, 과세표준의 결정 및 경정도 역시 사업연도를 단위로 하므로, 경정ㆍ고지된 법인세에 대한 불복청구 대상 세액 및 그 한도액도 사업 연도 단위로 구분하여 적용하여야 한다. 따라서 각 사업연도별로 확정된 부외경비는 그 해당 연도의 손금으로 인정될 수 있을 뿐이고, 확정된 부외경비의 일부를 사업연도를 달리하는 손금으로 인정할 수 없다.

결국 위와 같은 법리에 따라 확정된 부외경비를 각 사업연도별로 나누어 그 해당 연도의 세액한도 내에서 손금산입한 이 사건 처분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 가.(2)항 기재 주장에 대한 판단

납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액이 허위임이 밝혀졌거나 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되었거나 납세의무자 스스로 신고금액이 허위임을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용이 소요되었다고 주장하는 경우에는, 그 다른 비용의 존재와 액수에 대하여는 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다고 할 것인바(대법원 1994. 10. 28. 선고 94누5816 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조), 소외 회사가 2002년 및 2003년 사업연도의 증액경정처분을 감액하면서 인정한 부외경비를 포함하여 당해 사업연도에 속한 손금총액이 당해 연도에 속한 익금총액을 초과하여 결손금이 발생하였음을 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 그 결손금의 이월이 인정된다고 하여도 이러한 사정이 이후 사업연도의 법인세 신고액 납부에 의하여 확정된 세액에 대하여 그 영향을 미칠 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(3) 원고의 가.(3)항 기재 주장에 대한 판단

법인세법시행령 제106조 제1항 제1호에 의하면, 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명하고 그 귀속자가 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보는 데, 앞서 본 바에 의하면, 각 사업연도 가공매입세금계산서상 금액 중 그 한도 내에서 각 사업연도별 부외경비로 공제된 금액을 제외한 나머지 손금불산입액은 세무조정결과 소외 회사의 잉여금 증가액에 해당하고 이는 법인외부로 유출되어 그 귀속자가 불분명한 경우임이 분명하다.

따라서 위 금원을 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에서 규정한 대표자 인정상여로 인정하고, 이에 따라 소득세법 제20조 제1항 제3호에 따라 원고에 대한 소득으로 인정한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다.