2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

가. 원고는 1991.9.25.부터 서울 구로구 ○○동 212-○○ e-○○○○ 5층에서 ○○○○코퍼레이션(이하 이 사건 사업장이라 한다)이라는 상호로 화장품 및 건강보조식품도매업 등을 영위하여 왔는데, 2003 내지 2004 과세연도에 일본으로부터 건강보조식품(클로렐라 및 다이어트커피 등)을 수입한 후 홈쇼핑업체인 주식회사 ○○농수산방송(이하 농수산방송이라고 한다)에게 독점적으로 공급하였고, 2005 과세연도에 위와 같이 건강보조식품을 수입한 후 원고가 대표이사로 재직하고 있는 주식회사 ○○니아(이하 ○○니아라 한ㄷ)에게 그 수입물량을 공급하였다.

나. 서대문세무서장은 2006.8.16.부터 9.26.까지 사이에 서울지방국세청장으로부터 원고에 대한 2002 내지 2005 과세연도 개인제세통합조사를 위임받아 조사를 한 결과(이하 이 사건 세무조사라 한다), ① 2004 과세연도와 관련하여 이 사건 사업장의 건강보조식품 재고자산 부족분이 있음을 발견하고 이를 이 사건 사업장의 매출누락으로 보고 이에 판매단가를 곱하여 산출한 564,624,000원(실지 재고수량이 계산상 재고수량보다 부족한 부분, 이하 재고부족분이라 한다)을 그 과세연도의 매출누락액으로 산정하고, ② 2005 과세연도와 관련하여 건강보조식품의 수입면장상의 수입수량과 ○○니아에 대한 매출거래명세서상의 매출수량에 차이가 나는 것을 발견하고 그 차이분에 공급금액을 곱하여 산출한 194,614,000원(이하 매출차이분이라 한다)을 그 과세연도의 매출누락액으로 산정한 다음 위와 같은 과세자료를 피고들에게 통보하였다.

다. 이에 따라 피고들은 2007.3.2. 및 2007.3.6. 원고에게 주문 기재와 같은 각 부과처분을 하였다 (이하 이 사건 부과처분이라 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2호증의 1 내지 5, 갑 3호증의 1, 2, 을 1호증의 1 내지 5, 을 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 2004 과세연도 부과처분

(가) 원고는 수입한 건강보조식품을 농수산방송에게 독립적으로 공급하고, 농수산방송이 재고물품의 관리를 담당하는 거래구조였기 때문에 원고가 매출을 누락할 수 없었다.

(나) 재고부족분은 매출누락이 아니라 농수산방송 측의 반품처리, 시음, 관리소홀로 인한 파손ㆍ멸실 등의 원인으로 인하여 감모손실된 것으로서 이 사건 세무조사에서도 매출누락사실이 밝혀지지 않았다.

(다) 설령, 재고부족분이 매출누락에 해당한다고 하더라도 매출누락의 매출처가 농수산방송이라는 점이 밝혀지지 않은 상태에서 매출단가를 원고의 농수산방송에 대한 납품가로 산정한 것은 부당하다.

(2) 2005 과세연도 부과처분

(가) 원고는 2005.5. 내지 7.경에 ○○니아에게 총수입원가 및 부대비용 926,810,042원에 수입업종별부가율 만큼의 이윤을 고려한 1,149,721,282원 상당의 세금계산서를 교부하였고 이에 따른 세액을 신고하였다.

(나) 그런데 이 사건 세무조사 당시 담당공무원의 요구를 받은 원고의 직원 최○선이 매출거래명세서를 소급하여 작성하는 과정에서 이미 정해진 세금계산서상의 공급가액에 판매제품의 수량ㆍ단가를 맞추어 기재하다가 착오로 수입면장과 비교할 때 일부 제품의 수량을 누락시킨 결과 형식상 매출차이분이 발생하게 된 것이다.

(다) 더구나 매출차이분의 대부분을 차지하고 있는 ○○○○리필 제품은 단독으로 판매되지 않고 정식제품에 끼워서 판매하는 제품으로서 따로 그 대금을 받지 않았고, 피고들도 2004 과세연도 부과처분ㅇ시에 이를 재고누락분에서 제외하였음에도 불구하고, 2005 과세연도에 이를 매출차이분에 포함시켜 매출누락액으로 삼은 것은 부당하다.

(3) 소결

위와 같은 이유로 재고부족분과 매출차이분은 원고가 누락한 매출이 아니고, 또한 원고가 매출을 누락하였다는 매출처 및 매출단가에 대한 입증책임은 과세관청인 피고들에게 있음에도 불구하고 피고들이 이에 대하여 아무런 입증을 하지 못하고 있으므로 피고들의 이 사건 부과처분은 어느모로 보나 위법하다.

나. 관계법령

다. 인정사실

(1) 원고는 2003.12.5. 농수산방송과 사이에, 원고가 건강보조식품인 ○○○○렐라 1,2,를 1년간 농수산방송에게 독점적으로 공급하되 이를 위반하여 다른 업체에 공급할 경우 해당제품의 상품대금 중 5%에 해당하는 금액을 손해배상으로 지급하기로 하는 내용의 계약을 체결하였고, 2004.4.26. ○○○○니아 다이어트에 관하여도 같은 내용의 계약을 체결하였다.

(2) 서대문세무서장은 이 사건 세무조사 당시 2004 과세연도와 관련하여 아래 표기재와 같이 원고의 건강보조식품에 관한 수입면장상 수입수량에서 판매수량(농수산방송이 매월 원고에게 보낸 판매내역)을 공제한 재고수량과 실지 재고수량(재고수량에서 반품되거나 시음 등에 사용된 것을 공제한 수량)과 차이에 각 단가를 곱한 금액(재고 부족분)을 매출누락액으로 산정하였다.

(3) 한편 ○○니아는 2005.7.경 "2005.1.11.및 2005.4.10. 농수산방송을 통하여 ○○○○렐라 제품을 판매하면서 허위ㆍ과대표시 광고금지 규정을 위반하였다는 이유로 서울특별시 양천구청장으로부터 영업정지 1월의 처분을 받았다.

(4) 원고는 2005.5.부터 7.경까지 사이에 일본으로부터 건강보조식품을 수입하여 ○○니아에게 판매하고, 2005.5.31. 청즙 808,551,117원 상당, 2005.6.20. 청즙 200,046,520원 상당, 2005.7.31. ○○○○렐라 등 141,123,645원 상당의 세금계산서를 교부하였는데, 각 세금계산서에는 물품의 수량 및 단가는 기재되어 있지 않았고, 공급가액과 세액만 기재되어 있었다.

(5) 원고가 2005.5.부터 7.경까지 수입한 내역 및 ○○니아에 대한 매출내역은 아래표 기재와 같다.

(6) 이 사건 세무조사 당시 담당공무원이 원고의 물류담당직원인 최○선에게 위 매출에 매출거래명세서의 제출을 요구하자, 최○선은 수입면장(수입면장에는 수량과 금액이 기재되어 있었다)과 세금계산서를 근거로 소급하여 위 매출에 관하여 수량과 단가를 기재한 매출거래명세서(을 8호증1 내지3)를 작성하였는데, 이를 작성하면서 착오로 일부 제품의 수량을 누락하거나 당초 정하지 않았던 제품의 단가를 기재하는가하면 실제로 수입한 물건이 아닌 ○○다이어트 캔 뚜껑, ○○다이어트 빈 캐, empty box 등을 임의로 기재하기도 하였다.

(7) 피고들은 수입면장과 최○선이 작성한 매출거래명세표를 비교한 결과 아래 표기재와 같은 누락부분(매출차이분)이 있다는 이유로 원고에게 앞서 본 2005 과세연도에 관한 부과처분을 하였다.

(8) 원고가 수입한 건강보조식품은 원고가 직접 재고관리를 하는 것이 아니라, 공항에서 운송회사를 통하여 막바로 대전에 있는 농수산방송의 물류보관창고로 이송된 후 농수산방송의 물류창고 담당직원들의 관리하에 보관되다가 방송을 본 소비자들의 주문에 의하여 물류창고에서 세트 단위로 포장되어 소비자들에게 배송되었다.

(9) 원고는 이 사건 세무조사 당시 서대문세무서장의 소명요구에도 불구하고 재고부족분 및 매출차이분의 거래내역이나 사용내역을 알 수 있는 장부 등의 증빙자료를 제출하지 못하였다

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3호증의 각 1, 2, 갑 5, 6호증, 갑 7, 8호증의 각 1 내지 3, 을 2, 3호증, 을 4호증의 1 내지 20, 을 5호증의 1 내지 14, 을 6, 8호증의 각 1 내지 3, 을 7, 9 호증의 각 1, 2, 을 10호증의 1 내지 12, 을 11호증의 1 내지 5의 각 기재, 증인 송○수, 조○현, 최○선의 각 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 2004 과세연도 부과처분에 관하여

소득세법상 과세요건인 매출누락이 있었는지 여부나 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부 및 그 과세표준인 공급가액 등에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이므로, 단지 장부상 계산된 재고수량과 실지 재고수량 사이에 차이가 발생한다는 사정만으로 그 입증책임이 납세의무자에게 전환된다고 할 수 없다(대법원 1992.9.22. 선고 92누2431 판결, 1993.2.23. 선고 92누15161 판결, 2003.6.24. 선고 2001두7770 판결 등 참조)

이 사건에 있어서, 앞서 본 바와 같이 원고가 건강보조식품을 농수산방송에게만 독점적으로 공급하였고, 농수산방송에서 물품을 보관하고 재고를 관리한 점과 반품ㆍ시음뿐만 아니라 도난ㆍ폐기ㆍ훼손 등으로 인한 감모손실도 발생할 수 있는 점 등의 사정에 비추어 보면, 재고부족분 상당의 물품이 어느 매출처에 판매된 것인지, 판매되었다면 그 매출수익이 얼마인지 등을 알 수 있는 과세자료가 전혀 없는 상태에서 단지 재고부족분에 시음 등의 수량이 반영되었다는 이유만으로 위 재고부족분이 다른 매출처에 판매되었다고 단정할 수 없고, 달리 이를 인정할 아무런 자료가 없다.

따라서 재고부족분을 매출누락액으로 단정하고 한 피고들의 이 부분 부과처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 살필 필요 없이 위법하다.

(2) 2005 과세연도 부과처분에 관하여

위 인정사실에 의하면, 이 부분 부과처분에 관한 과세자료인 최○선이 작성한 매출거래명세서는 이 사건 세무조사 당시 소급하여 작성된 것으로서 최○선이 세금계산서의 금액과 일치시킨다는 생각에서 수입면장상의 일부 제품을 누락한 것이라고 봄이 상당하므로(○○니아가 영업정지처분으로 인하여 수입업무를 할 수 없게 되자 계속적으로 수입을 하기 위하여 원고 명의로 수입을 하고 이를 전부 ○○니아에게 판매한 것으로 보인다), 위 매출거래명세서의 기재는 사실과 다른 것으로서 그 기재와 수입면장상 수량과의 차이인 형식상의 매출차이분을 원고의 실질적인 매출누락액으로 볼 수는 없다고 할 것이다.

따라서 형식상 발생한 매출차이분을 원고의 매출누락액으로 단정하고 한 피고들의 이 부분 부과처분도 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 받아들이기로 하여 주문과 같이 판결한다.