가. 피고가 원고에 대하여 2004. 7. 1. 한 부가가치세 1999년 제1기분 93,092,703원의 부과처분 중 78,261,906원을 초과하는 부분, 2004. 10. 1. 한 부가가치세 1999년 제2기분 98,373,720원의 부과처분 중 81,608,698원을 초과하는 부분, 2000년 제1기분 132,155,250원의 부과처분 중 120,606,113원을 초과하는 부분, 2000년 제2기분 108,909,900원의 부과처분 중 95,223,345원을 초과하는 부분, 2001년 제1기분 104,237,470원의 부과처분, 2001년 제2기분 90,982,550원의 부과처분 중 75,724,714원을 초과하는 부분, 종합소득세 1999년 귀속분 720,212,830원의 부과처분 중 575,176,150원을 초과하는 부분, 2000년 귀속분 898,035,940원의 부과처분 중 766,193,475원을 초과하는 부분, 2001년 귀속분 714,058,080원의 부과처분 중 166,064,993원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 이를 3분하여 그 중 1은 피고의, 나머지는 원고의 각 부담으로 한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이미 1차 세무조사를 실시하여 원고의 수입누락금액을 확정하고 추가로 부가가치세 등을 결정, 고지한 바 있음에도 불구하고 그 후 동일한 사안에 대하여 2차 세무조사를 실시하여 수입누락금액을 다시 적출한 후 이 사건 처분을 한 것은 국세기본법 제81조의3 소정의 중복조사금지의 원칙에 위배된다.

(2) 이 사건 처분은 다른 자료에 대한 조사 없이 오로지 원고가 작성한 확인서만을 근거로 하여 이루어진 것이므로 근거과세원칙에 위배된다.

(3) 이 사건 처분의 기초가 된 수입누락금액 인정에는 다음과 같은 잘못이 있다.

(가) 주류매입액의 필요경비 불산입

원고는 □□호텔 영업을 위하여 주류를 매입하고 매입대금 중 1999년에 535,154,000원, 2000년에 399,773,000원 합계 934,927,000원에 관하여 주식회사 ○○문 (이하 '△△문'이라 한다)을 공급받는 자로 한 세금계산서를 발급받았는데 그 대금은 실제로 원고가 전액 지급하였으므로 위 주류매입금액을 □□호텔의 수입금액에 대응되는 필요경비로 산입하여야 함에도 피고는 이를 산입하지 않았다.

(나) 광고선전비의 필요경비 불산입

원고는 □□호텔과 △△문이 운영하는 ▽▽호텔의 광고선전비를 지출하면서 세금계산서 전액을 △△문 명의로 교부받았으므로 총 광고선전비 지출의 50%인 109,725,000원을 □□호텔의 광고선전비로 인정하여 필요경비에 산입하여야 함에도 피고는 이를 산입하지 않았다.

(다) 봉사료의 부당한 수입 금액 가산

피고는 원고가 □□호텔에서 봉사료로 받은 1999년도 231,757,030원, 2000년도 263,725,188원, 2001년도 260,686,043원 합계 756,168,261원을 수입금에서 누락시켰다는 이유로 이를 모두 익금에 가산하였으나, 봉사료가 종업원에게 지급된 사실 및 내역에 대한 입증 없이 이를 전부 총수입금액에 산입한 것은 그 자체로서 위법할 뿐만 아니라 피고가 적출한 봉사료는 이미 수입금액에 산입된 것을 이중으로 가산한 것이어서 위법하다.

(라) 신용카드 매출액의 과다 계상

원고의 2001. 1.분 신용카드 매출액은 303,285,000원이고, 2001. 2.분 신용카드 매출액은 264,039,000원인데, 피고는 2001. 1분을 873,096,410원으로, 2001. 2.분을 620,507,346원으로 하여 합계 926,279,756원을 과다 계상하였다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 원고의 주장에 대한 판단

(1) 첫 번째 주장에 대하여

(가) 인정사실

1) 서울지방국세청장은 □□호텔을 비롯하여 원고가 개인 명의로 운영하는 2개 사업체와 ○○문 등 법인 명의로 운영하는 3개 사업체로 이루어진 이른바 △△문 그룹에 대한 1차 세무조사를 실시하여 이 사건 처분의 원인이 된 매출누락 등의 혐의를 포착하였다.

2) 서울지방국세청 조사4국 3과 8반이 1차 세무조사를 담당하였는데, △△문 그룹의 부회장인 김AA는 위 조사4국 3과 과장인 홍BB의 사무실 등에 수시로 드나들면서 적극적인 로비활동을 하였고, 그 과정에서 정치인이나 고위관료와의 친분을 과시하기도 하였다.

3) 위 조사4국 3과 8반 소속 세무조사관 신CC은 2002. 6. 10. 당시 조사하고 있던 조세탈루혐의 전부에 대하여 과세할 경우 어느 정도 세금이 부과될 것인지를 검토하여 '□□ 관련 적출혐의 내역'을 작성하고, 그에 기하여 같은 날 추정예상세액 이 112억 4,500만 원, 88억 9,900만 원, 73억 2,600만 원으로 기재된 '추정 예상세액 ' 1, 2, 3안을 각 작성하였다.

4) 서울지방국세청의 세무조사관은 2002. 6. 24. 원고를 상대로 사업체별 조세 탈루혐의를 확인하면서 원고로 하여금 여러 장의 확인서에 서명・날인하도록 하였는데, 원고는 그 중 일부 확인서에 서명・날인하였으나, □□호텔의 봉사료에 관한 확인서 등 일부 확인서에는 서명・날인을 거부하여 □□호텔의 봉사료 및 △△문의 주류가공매입 부분 등에 관하여는 거래 상대방에 대한 추가 조사가 필요한 상황이었다.

5) 그러나 홍BB은 신CC에게 △△문 그룹에 대한 전체 추정예상세액을 약 23억 원으로 맞추라고 지시하는 한편 위와 같은 추가 조사를 위한 조사기간 연장건의 도 거부하였다. 그에 따라 ▽▽호텔 인수시 인수가액 조정합의에 따른 조정이익 14억 1,400만원을 수익으로 회계처리하지 아니한 부분에 대하여 △△문에게 법인세 합계 609,343,190원을 부과하는 등 당시 조사가 진행되고 있던 조세탈루혐의 중 일부에 대 하여 △△문 그룹에 약 23억 원의 법인세 등이 부과되었다.

6) 그 후 김AA로부터 홍BB은 5,000만 원, 신CC은 1,000만 원의 뇌물을 받은 사실이 밝혀졌고, 그와 관련한 검찰 수사과정에서 원고가 작성한 확인서 및 추정 예상세액 1, 2, 3안의 존재가 확인되었으며, 이를 계기로 서울지방국세청 조사4국 2과 3반이 담당이 되어 2003. 9. 16.부터 2004. 6. 10.까지 아래에서 보는 바와 같이 서울 지방검찰청검사장으로부터 건네받은 과세자료에 대한 자체분석, △△문이 가공으로 주류를 매입한 상대방인 ◇◇유통 주식회사 등에 대한 조사 △△문으로부터 제출받은 계정별 원장에 대한 분석 등 2차 세무조사를 실시한 결과 □□호텔과 관련하여 총 3,277,668,705원의 수입금 신고누락 사실이 확인됨으로써 피고가 이 사건 처분을 하게 되었다.

[인정근거] 갑 제3, 4, 8, 9호증 을 제1 내지 4, 6호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

(나) 소결

위 인정사실에 의하면, 1차 세무조사와 2차 세무조사의 과세기간, 세목 및 조사대상자가 동일하나, 한편 1차 세무조사 중에 원고가 작성한 확인서는 언제든지 작성자가 진술을 번복할 수 있는 것이고, 신CC이 작성한 추정예상세액 1, 2, 3안도 그 작성시점에서 과세 가능한 금액을 추정한 것에 불과하여 관련된 장부 및 증빙자료의 확보 또는 거래상대방에 대한 추가 확인조사 등을 거쳐야 비로소 부과처분을 할 수 있을 뿐 즉시 부과처분이 가능한 정도로 증빙자료를 확보한 것으로는 보이지 않는 점, 1차 세무조사에서 △△문 그룹 전체에 대하여 약 23억 원으로 축소 과세된 이유는 김AA의 적극적인 로비와 홍BB, 신CC 등에게 뇌물을 주었기 때문인 것으로 보이는 점, 검찰의 수사과정에서 추정예상세액 1, 2, 3안의 존재가 확인되고 서울지방검찰청검사장이 서울지방국세청장에게 업무협조 공문을 발송함으로써 비로소 2차 세무조사가 실시된 점, 서울지방검찰청검사장으로부터 건네받은 과세자료에 대한 자체분석, 원고가 가공으로 주류를 매입한 상대방인 ◇◇유통 주식회사 등에 대한 조사, △△문으로부터 제출받은 계정별 원장에 대한 분석 등 2차 세무조사를 실시한 결과 32억 원에 이르는 □□호텔의 수입금 신고누락 사실을 확인한 점 등을 종합하여 보면, 서울지방국세청장이 실시한 2차 세무조사는 서울지방검찰청검사장이 수사 중 확보한 과세자료의 진위 여부를 조사하여 결과를 통보하여 달라고 함에 따라 이루어진 것으로서, 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제81조의3 제2항에서 위임하여 중복조사금지원칙의 예외를 규정하고 있는 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령 령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제63조의2 제2호 '각종 과세자료의 처리를 위한 재조사'에 해당되므로 중복조사금지 규정에 위배되지 않는다고 할 것이어서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대하여

갑 제1, 2, 4호증, 을 제1호증의 1, 을 제2, 3, 5 내지 9호증(각 가지번호 포함) 의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 서울지방국세청장은 서울지방검찰청검사장으로부터 수사과정에서 확보한 과세자료를 건네받은 후 위 과세자료에 대한 자체분석을 실시하여 원고가 □□호텔의 수입금액을 누락하여 신고한 혐의를 포착하고 국세청의 TIS(국세통합전산망)에 의하여 확인되는 신용카드매출금액, □□호텔에 비치되어 있던 영업일보 및 영업상보에 의하여 확인되는 현금매출액, 기타 장부에 의 하여 확인되는 각종 수입금액을 합산한 금액에서 이 사건 처분 전의 과세표준금액을 차감하여 약 32억 원의 매출누락금액을 산정한 사실, 2차 세무조사를 담당한 세무조사관은 2004. 6.경 위와 같은 조사결과를 토대로 심층조사 종결보고서를 작성하였고, 이를 근거로 피고가 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 처분은 검찰의 통보자료 및 서울지방국세청이 실시한 2차 세무조사에 의하여 확보된 객관적인 자료에 의하여 뒷받침된다고 할 것이어서 근거과세원칙에 위배된다고 할 수 없으므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 세 번째 주장에 대하여

(가) 주류매입액의 필요경비 불산입이 위법한지 여부

납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고 누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자가 주장 ・ 입증하여야 할 것인바(대법원 1998. 4. 10. 선고 98두328 판결 등 참조), 이 사건에서 갑 제25, 26, 27호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위 △△문을 공급받는 자로 한 세금계산서 기재 각 금액을 실제로는 원고가 □□호텔의 주류매입비로 지출하였다는 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 광고선전비의 필요경비 불산입이 위법한지 여부

살피건대, 갑 제16 내지 21, 28호증(각 가지번호 포함)의 각 기재만으로는 위 △△문 명의로 교부받은 세금계산서 기재 금액의 50%를 실제로는 원고가 □□호텔의 광고선전비로 지출하였다는 사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로 원고의 이 부부 주장 또한 이유 없다.

(다) 봉사료의 수입금액 가산에 있어서의 위법 여부

1) 사업자가 음식・숙박용역이나 개인서비스용역을 공급하고 그 대가와 함께 받는 종업원의 봉사료를 세금계산서, 영수증, 신용카드매출전표 등에 그 대가와 구분하여 기재한 경우로서 봉사료를 당해 종업원에게 지급한 사실이 확인되는 경우에는 그 봉사료는 과세표준에 포함하지 않는데(부가가치세법 시행령 제48조 제9항), 여기에서 세금계산서, 영수증, 신용카드매출전표 등에 구분 기재된 봉사료가 당해 종업원에게 지급되었다는 사실에 관한 입증책임은 납세의무자에게 있다고 보아야 할 것인바, 이 사건에서 아래와 같은 방법으로 산출하여 총수입금액에 포함된 봉사료가 당해 종업원에게 그대로 지급되었다는 사실을 인정할 아무런 증거가 없으므로 이 점에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

2) 나아가 갑 제4호증의 11, 을 제5 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 원고가 □□호텔을 운영하면서 발생한 봉사료의 누락액만을 적출한 것이 아니라 현금매출, 신용카드매출 봉사료 등 총수입금액에서 누락된 금액을 적출한 후 1차 세무조사를 통하여 적출한 수입금액에 위와 같이 적출된 누락액을 합산한 금액을 총수입금액으로 하여 산출한 세액에서 종전에 원고가 납부한 세액을 차감한 세액에 관하여 이 사건 처분을 한 사실, 피고는 세무조사 결과 원고가 □□호텔을 운영함에 있어서 재화 또는 용역의 공급가액에 10%의 봉사료를 추가하여 지급받았음에도 불구하고 이를 총수입금액에 산입하지 않았음을 확인한 사실, 피고는 총수입금액 누락액을 적출하기 위하여 ① 현금수입 부분은 □□호텔에서 작성된 영업일보와 영업상보에 기재된 현금수입액을 1.21로 나누어 부가가치세와 봉사료를 공제한 금액을 공급가액으로 하고,② 신용카드수입 부분은 TIS에서 확인된 신용카드 매출금액을 1.1로 나누어 부가가치세를 공제한 금액을 공급가액으로 하며,③ 현금외상매출금 부분은 □□호텔 대차대조표의 총계정원장상 외상매출금 당기 발생액에서 부가가치세와 봉사료 및 원고가 확인한 외상매출금 신용카드결제내역에 나타난 회수금액을 공제한 금액을 공급가액으로 하고,④ 봉사료 부분은 영업상보에 나타난 매출액 중 '봉사료' 또는 'SVC-CHARGE' 항목의 금액을 봉사료로 하며,⑤ 기타수입 부분은 원고의 당해 과세기간에 관한 부가가치세 신고 내용을 그대로 반영하여 산정한 ① 내지 ⑤의 합계액을 총수입금액으로 확정한 사실을 인정할 수 있으므로, □□호텔의 총수입금액을 산출함에 있어 현금수입액, 현금외상매출금액에는 봉사료가 모두 공제되어 있어 그 부분에 관한 한 봉사료가 중복하여 가산되었다는 원고의 주장도 이유 없다.

3) 그러나, 갑 제23, 24, 30호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, □□호텔의 나이트클럽 부분을 제외한 나머지 객실, 업장 부분의 신용카드 매출전표에는 봉사료를 별도로 구분하여 기재하지 아니한 사실을 인정할 수 있는바, 그렇다면 국세청 TIS에서 확인된 신용카드 매출금액 중 나이트클럽 매출을 제외한 나머지 부분에는 봉사료가 포함되어 있다고 할 것이어서 그 부분에 대하여는 1.21로 나누어 봉사료를 공제한 금액을 신용카드 수입금액으로 산정하여야 할 것임에도 피고는 전체 신용카드 매출금액을 1.1로 나누어 부가가치세만을 공제하였으므로 이 부분의 봉사료가 중복하여 가산되었다는 원고의 주장은 이유 있다.

(라) 신용카드 매출액의 과다 계상 여부

살피건대 을 제5, 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 2001. 1.분 신용카드 매출액은 303,285,000원이고, 2001. 2.분 신용카드 매출액은 264,039,000원인데, 피고는 2001. 1분을 873,096,410원으로, 2001. 2.분을 620,507,346 원으로 하여 합계 926.279.756원을 과다 계상한 사실을 인정할 수 있으므로 이 부분 원고의 주장은 이유 있다(이에 대하여 피고는 원고가 2001. 1. 31.과 2001. 2. 28. 2회에 걸쳐 원고의 동생인 문DD이 운영하는 주식회사 □□산업을 공급받는 자로 하여 발행한 세금계산 2장의 기재 금액 합계 842,488,324원은 원고의 기타수입금액에 해당하는데 이를 신용카드 매출액 부분에 계상한 것이라고 주장하나, 피고 주장의 금액이 위 과다 계상된 금액과 일치하지 아니하므로 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다).

라. 정당한 세액

따라서, □□호텔의 총수입금액 중 신용카드 매출액에 위와 같이 일부 중복하여 가산된 봉사료와 2001. 1.분 및 2001. 2.분의 신용카드 매출액 중 위와 같이 과다 계상된 금액을 공제하여 이 사건 처분에 해당하는 정당한 세액(가산세 포함)을 재산정 하여야 할 것인바, 그와 같이 재산정하면 1999년 제1기분 부가가치세는 78,261,906원, 1999년 제2기분 부가가치세는 81,608,698원, 2000년 제1기분 부가가치세는 120,606,113원, 2000년 제2기분 부가가치세는 95,223,345원, 2001년 제1기분 부가가치세는 0원, 2001년 제2기분 부가가치세는 75,724,714원, 1999년 귀속 종합소득세는 575,176,150원, 2000년 귀속 종합소득세는 766,193,475원, 2001년 귀속 종합소득세는 166,064,993원이다(재산정한 세액 자체에는 원 ・ 피고 모두 다투지 아니한다).

4. 결 론

그렇다면, 피고가 원고에 대하여 2004. 7. 1. 한 부가가치세 1999년 제1기분 93,092,703원의 부과처분 중 78,261,906원을 초과하는 부분, 2004. 10. 1. 한 부가가치세 1999년 제2기분 98,373,720원의 부과처분 중 81,608,698원을 초과하는 부분, 2000년 제1기분 132,155,250원의 부과처분 중 120,606,113원을 초과하는 부분, 2000년 제2기분 108,909,900원의 부과처분 중 95,223,345원을 초과하는 부분, 2001년 제1기분 104,237,470원의 부과처분, 2001년 제2기분 90,982,550원의 부과처분 중 75,724,714원 을 초과하는 부분, 종합소득세 1999년 귀속분 720,212,830원의 부과처분 중 575,176,150원을 초과하는 부분, 2000년 귀속분 898,035,940원의 부과처분 중 766,193,475원을 초과하는 부분, 2001년 귀속분 714,058,080원의 부과처분 중 166,064,993원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 하므로, 원고의 이 사건 청구 는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 일부 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이 를 기각할 것인바, 이와 결론을 일부 달리한 제1심 판결은 부당하므로 이를 변경하기 로 하여 주문과 같이 판결한다.