2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 4. 1. 원고에 대하여 한 법인세 2009년 귀속 1,812,630원, 2010년 귀속 1,529,220원, 2011년 귀속 1,022,680원의 각 부과처분 및 대표사원 이○○에 대한 상여 2009년 귀속 201,610,660원, 2010년 귀속 94,510,261원, 2011년 귀속 177,158,236원의 각 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 1973. 10. 16. 설립되어 여객자동차 운수사업법에 따라 택시운수업을 영위하는 법인사업자이다. 피고는 2012. 9. 3.부터 2012. 9. 21.까지 원고에 대한 세무조사(조사대상기간: 2009. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지, 조사대상세목: 법인세 및 부가가치세, 이하 '1차 조사'라 한다)를 실시하였고, 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 '국세기본법'이라 한다) 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지절차를 거치지 않고 2012. 8. 27. 원고에게 세무조사 통지서를 발송하였다.

나. 피고는 1차 조사 결과 원고가 여객자동차 운수사업법에 따른 일반택시 운수종사자(이하 '운수종사자'라 한다)에게 급여를 지급하면서 ① 실제로는 기준수입금액(사납금) 미달액, 연료비 초과사용액, 업무관련 범칙금(과태료)(이하 통칭하여 '이 사건 미달액 등'이라 한다)을 급여에서 공제하였음에도 정해진 급여를 모두 지급한 것처럼 회계처리하였다는 이유로 위 금액을 익금에 산입하고, ② 기준수입금액 초과액, 연료비 미달사용액(이하 통칭하여 '이 사건 초과액 등'이라 한다)은 운수종사자에게 성과급 형태로 지급하였음에도 정해진 급여만을 지급한 것처럼 회계처리하였다는 이유로 위 금액을 손금에 산입하였으며, ③ 2011년도의 매출 34,179,881원(운휴차량 운행, 공급대가 37,697,870원)이 누락되었다고 판단하여 이를 기초로 법인세 과세표준을 변경하고 ④ 위 익금과 손금의 차액 상당액을 대표자에게 상여처분하는 내용으로 2012. 10. 10. 원고에게 세무조사결과통지(상세내역은 별지1 제1항 기재와 같다2), 이하 '1차 통지'라 한다)를 하였다.

다. 그런데 피고는 위 조사기간이 끝난 후에도 원고가 추가로 제출한 급여대장 등 과세자료와 소명자료 등을 검토(이하 '2차 조사'라 한다)하였고, 조사종결보고서(정정)를 작성한 후 2012. 12. 14. 변경된 세무조사결과통지(상세내역은 별지1 제2항 기재와 같다, 이하 '2차 통지'라 한다)를 하였다.

라. 원고는 2013. 1. 10. 2차 통지에 대하여 과세전적부심사청구를 한 결과 2013. 3. 8. 소득금액변동통지금액 중 2009년 귀속분 5,360,480원, 2011년 귀속분 45,717,332원을 각 차감하는 결정을 받았으나, 나머지에 대하여는 기각결정을 받았다.

마. 피고는 2013. 4. 1. 원고에 대하여 법인세 2009년 귀속 1,812,630원, 2010년 귀속 1,529,220원, 2011년 귀속 1,022,680원의 각 경정.고지(이하 '이 사건 법인세 부과처분' 이라 한다) 및 원고의 대표사원 이해영에 대한 상여 2009년 귀속 201,610,660원, 2010년 귀속 94,510,261원, 2011년 귀속 177,158,236원의 각 소득금액변동통지(이하 '이 사건 소득금액변동통지처분'이라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 통칭하여 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이에 대하여 2014. 3. 27. 조세심판원에 심판청구(조심2014중2955)를 제기하면서, 원고는 일단 예상되는 운송수입금 전액을 수입으로 회계처리하고 이 사건 미달액 등은 가지급금으로 회계처리하였다가 급여 지급 후 가지급금 변제로 회계처리한 것이어서, 결과적으로는 실제 운송수입금과 실제로 지급한 급여만을 회계처리한 것과 순자산가액의 차이가 없으므로, 피고가 이 사건 미달액 등을 잡이익으로 익금산입하고 대표자 상여처분한 것은 부당하다고 주장하였다. 조세심판원은 2015. 5. 18. '원고가 운수종사자의 급여 지급시 공제한 이 사건 미달액 등이 각 사업연도에 신고한 수입금액에 포함되었는지 여부를 조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라'는 내용으로 일부인용(재조사결정)하고, 나머지 청구는 기각하였다.

사. 피고는 2015. 6. 22.부터 2015. 7. 11.까지 재조사를 실시한 다음 2015. 9. 2. 원고에게 당초의 처분이 정당하다는 내용의 세무조사결과통지서를 발송하였고, 원고는 2015. 9. 8. 위 통지서를 수령하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~7(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 2, 11의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장요지

(1) 중복세무조사 등 절차적 위법

㈎ 금지되는 중복세무조사에 해당

피고의 세무조사결과통지는 항고소송의 대상이 되는 행정처분이고, 피고가 1차 조

사 당시 이미 취득.작성한 과세자료에 기초하여 같은 세목, 같은 기간에 대한 2차 조사를 실시한 것은 국세기본법 제81조의4 제2항이 금지하는 중복세무조사를 실시한 것에 해당한다. 따라서 이 사건 각 처분은 세무조사권의 남용으로 위법한 부과처분이다.

㈏ 세무조사결과통지 수정 불가

피고는 1차 조사를 종결하고 세무조사결과통지까지 끝냈음에도 이미 취득한 자료를 근거로 1차 통지를 보완하는 정도를 넘어서 새로운 판단을 하고 2차 통지를 하였는 바, 국세기본법이 세무조사결과통지를 수정하는 절차를 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 2차 조사 및 2차 통지는 국세기본법이 정한 절차에 의하지 아니하고 임의적인 방법으로 세액을 부당히 증액시킨 것이다.

㈐ 세무조사 기간 연장사유 및 승인, 통지의 부존재

2차 조사가 중복세무조사에 해당하지 않는다면 적어도 1차 조사의 연장이라고 할

것인데, 피고는 국세기본법 제81조의8 제1항이 정한 세무조사 기간 연장사유가 없고 같은 조 제3항에 따라 세무관서의 장의 승인을 받지 아니하였음에도 불구하고 임의로 조사기간을 연장하였고, 같은 조 제6항에 따른 문서 통지도 하지 아니하였으므로, 2차 조사에는 절차적 위법이 있다.

(2) 이 사건 법인세 부과처분의 실체적 위법

원고는 회계처리 과정에서 이 사건 미달액 등을 포함한 전체 금액을 운송수입금으로 처리하고 이 사건 미달액 등을 가지급금으로 처리하였을 뿐, 피고의 주장과 같이 실제로 입금된 금액만을 운송수입금으로 처리하였음에도 급여는 모두 지급한 것으로 처리함으로써 이 사건 미달액 등을 익금에서 누락한 것은 아니다.

(3) 이 사건 소득금액변동통지처분의 실체적 위법

㈎ 2009년, 2010년 급여대장은 피고의 주장에 의하더라도 1차 조사 당시 이미 확보된 자료였던 점, 원고의 매출누락분은 1차 통지 당시에 '기타'였다가 2차 통지 당시 '대표자 상여'로 변경되었으나 2차 조사와는 아무런 연관관계가 없는 점 등의 사정에 비추어 보면, 2차 조사 당시 추가로 제출된 자료{인천광역시장 해석사례, 노사합의서, 2011년 급여대장}와 이 사건 소득변동통지처분 사이에는 인과관계가 없다. 즉, 피고는 1차 조사에서 이미 취득한 자료만을 근거로 하여 다시 위법한 2차 조사(재조사)를 거쳐 위 처분을 하였는바, 이는 앞서 본 바와 같이 중복세무조사금지 규정에 위반한 것 일 뿐 아니라 근거과세원칙에 반하여 위법하다.

㈏ 원고가 기준수입금액 미달액을 운수종사자에 대한 급여에서 차감한 것은 사내유보 처리되어야 하고, 범칙금은 실제 범칙금으로 납부된 금액이므로 그 귀속자가 대표자도 아니고 귀속이 불분명한 경우에도 해당하지 않으므로 대표자에게 상여처분할 수 없다.

㈐ 원고는 이 사건 초과액 등을 운수종사자에게 성과급으로 지급하였는바, 그 이익이 운수종사자에 귀속된 것이므로 대표자에 대한 다른 상여처분액에서 공제하여야 한다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

(1) 중복세무조사 등 절차적 위법 여부

㈎ 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부・서류 그 밖의 물건을 검사・조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 '납세자 등'이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령이 세무조사의 종류에서 제외하고 있더라도 그것은 재조사가 금지되는 '세무조사' 에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당한다고 볼 것은 아니다.

그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 '세무조사'에 해당하는지 여부 는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등 이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실・사업장・공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부・서류・물건 등을 검사・조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조).

한편, 위와 같은 법리 및 관계법령에 비추어 보면 국세기본법 제81조의4에 의하여 재조사가 금지되는 '세무조사'인지 여부를 판단함에 있어서는 세무조사 행위 그 자체의 성격을 살펴야 하는 것이지, 세무조사결과통지가 항고소송의 대상이 되는 행정처분인 지 여부는 이와 직접적인 연관성은 없다고 할 것이다.

㈏ 검토

1) 앞서 든 증거들에 을 3~10의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 관련 법리에 비추어 보면, 2차 조사는 원고 신고 내용의 오류 또는 누락을 경정한 것으로서 '세무조사'라 보기 어렵고, 설령 세무조사라고 보더라도 '재조사가 금지되는 세무조사'에 해당되지 않는다고 봄이 상당하다. 그리고 피고가 조사권을 남용하였다는 등의 사정이 없는 이 사건에서, 그 일련의 경위 등에 비추어 보면 피고가 세무조사기간을 연장한 것이라고 평가하기 어렵거나 사전통지 절차를 누락하였다는 사정만으로 이 사건 각 처분을 취소할 정도의 중대한 하자가 있다고 단정하기도 어렵다.

① 1차 조사의 조사목적.경위와 획득한 자료

피고는 법인세 등의 탈루 혐의를 확인하는 1차 조사를 하는 과정에서 조사대상 기간의 급여대장 제출을 요구하였다. 그런데 원고는 2009년과 2010년도와 관련해서

정확한 자료를 제출하였고, 2011년도 급여대장은 제출하지 않았다. 피고는 일단 위 자료 등을 토대로 원고에 대하여 2009년분과 2010년분, 2011년 사업년도분 법인세와 2009년 원천징수분 소득세에 대하여 일응의 추징세액을 산정하고, 2010년과 2011년도 원천징수분 소득세에 대하여는 기재하지 않았다(한편, 원고가 1차 조사 당시 피고 측에게 2011년 급여대장 및 추가 소명자료 등의 제출을 이유로 관련 부과처분의 결정을 미루어 달라는 요청을 한 정황이 나타나 있다).

② 2차 조사로 획득한 자료 및 획득 경위

원고는 2012. 12. 7. 2차 조사 무렵 직전에 이르러서야 2009년부터 2011년까지 의 급여대장{2009년도와 2010년도분: 새롭게 제출(정규직과 일용직 구분하여 별도 제출), 2011년도 급여대장: 처음 제출}을 최종적으로 모두 제출한 것으로 보인다.

원고는 1차 조사결과의 내용에 비추어 피고가 2009년도부터 2011년도까지의 급여대장을 1차 조사 기간 중에 위와 같은 최종본을 이미 제출받아 가지고 있었다고 주장하나, 을 2-1 내지 을 2-3, 을 4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 사정, 즉 원고의 부사장 이용진이 2차 조사 직전인 2012. 12. 7. 피고에게 2009년부터 2011년까지의 급여대장을 제출하면서 위 급여대장 이외에 다른 급여대장은 존재하지 않는다는 취지의 확인서(붙임자료로 해당기간 각 급여대장 각 12부를 첨부하였다)를 작성해 주었던 점, 이 사건 각 처분은 이 사건 과세기간에 해당하는 급여대장 최종본 등을 토대로 다시 검증절차를 거쳐 위 확인서 제출 이후에 곧바로 경정.고지된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고 주장은 받아들이기 어렵다.

③ 2차 조사의 대상 및 방법, 조사결과 등

앞서 본 바와 같이 피고는 원고가 신빙성 있는 과세자료를 지연 제출하는 바람에 2010년 및 2011년의 원천징수분 소득세(대표자 상여)에 관하여 판단을 보류하였던 것으로 보일 뿐이고, 2차 조사 당시 원고 스스로 제출한 소명자료에 대한 분석(재검토)을 통하여 대표이사에 대한 상여처분액 등을 경정한 것으로 보인다.

이러한 사정에 비추어 보면, 피고는 1차 조사 이후에 원고가 추가로 제출한 위 급여대장과 노사합의서 및 인천광역시장의 회신서를 수령한 이후 원고 측 관계자를 접촉하여 추가로 현장 조사 또는 질문조사를 하거나 장부.서류.물건 등을 검사하지는 않고, 단지 1차 조사 당시 제출된 자료들과 2차 조사에 새롭게 제출된 자료에 대한 단기간의 분석을 통하여 신고사항의 적정여부를 검증한 후에 원고 측 사정으로 제대로 분석이 이루어지지 않은 원천징수분 소득세 등에 관하여 1차 조사에서의 오류나 누락된 부분을 다시 경정한 것으로 보인다(운휴차량 운행수입의 매출누락 부분에 관한 조사경위 및 조사방법, 조사결과 등에 비추어 볼 때, 이 부분만을 떼어내 달리 평가하기도 어렵다).

④ 2차 조사의 평가

앞서 본 2차 조사의 일련의 경위 및 조사방법 등에 비추어 볼 때, 2차 조사는 원고 측의 사정으로 자발적인 자기 시정의 기회를 주고자 한 것으로 볼 여지가 있고(원고의 소명에 따라 일부 감액되기도 하였다), 실제로 피고 측이 원고 사업장을 방문 하여 장부.서류.물건 등을 조사하는 등 원고에게 수인의무를 부과한 사실은 없어 보인다. 피고는 원고 측 사정으로 사후에 제출된 과세자료 및 소명자료 등에 대한 사실관계 확인이나 분석을 통하여 원고가 기존에 신고한 부분에 오류가 있음을 발견하고 수정하기 위한 차원에서 2차 조사를 실시하였던 것으로 보이고, 이러한 과정에서 원고의 영업에 큰 지장을 초래한 것으로도 보이지 않는다(원고 주장에 의하더라도 2차 조사 당시 원고가 스스로 제출한 자료 이외에 새로 자료제출을 요구받은 사실은 없다는 취지이다).

여기에 과세관청은 납세의무자인 법인이 스스로 신고한 법인세 신고 내용에 오류 또는 누락이 있을 때에는 증액경정을 할 수 있는 점(법인세법 제66조 제2항 제1호, 제4항 참조)의 사정을 보태어 보면, 결국 이 사건 2차 조사는 적어도 중복조사가 금지되는 '세무조사'라 평가하기 어렵다.

(2) 이 사건 법인세 부과처분의 실체적 위법 여부

㈎ 관련 법리

법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조).

㈏ 쟁점

원고가 운수종사자에 대한 급여를 지급함에 있어 이 사건 미달액 등이 있으면 차감하고, 이 사건 초과액 등이 있으면 성과급으로 추가지급한 사실, 그런데 원고는 운수 종사자에 대한 급여를 회계처리함에 있어 이 사건 미달액 등과 이 사건 초과액 등을 반영하지 아니한 기준급여액(이하 '기준급여액'이라 한다)만을 지급한 것으로 처리한 다음 위 기준급여액을 손금에 산입한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증 거들에 의하여 인정할 수 있다.

이와 관련된 원고의 주장은 회계처리에 있어 이 사건 미달액 등을 모두 포함한 금액을 운송수입으로 하고, 이 사건 미달액 등은 가지급금으로 처리하였다가 기준급여액 지급 후 변제받은 것으로 처리하였으므로 결국 원고가 누락한 손금이 없다는 취지이고, 피고의 주장은 원고가 회계처리에 있어 이 사건 미달액 등이 포함되지 아니한 실제수입을 운송수입으로 하였음에도 기준급여액을 손금산입하였기 때문에 이 사건 미달액 등에 해당하는 금원은 원고의 잡이익으로 귀속되었다는 취지이다.

따라서 이 부분의 쟁점은 원고가 회계처리시 운송수입액에 이 사건 미달액 등을 포함시켜 계상하였는지가 된다고 할 것이다.

㈐ 검토

앞서 든 증거들에 을 12~20의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 관련 법리에 비추어 보면, 원고가 회계처리시 운송수입액에 이 사건 미달액 등을 포함시키지 아니한 사정이 상당한 정도로 증명된 것으로 보인다. 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없다.

① 원고는 매일 운수종사자들이 입금하는 현금을 기준으로 운송수입액을 계상한 것으로 보인다. 원고 스스로도 조세심판원의 재조사결정으로 인한 조사과정에서 운송 수입액 관련 자료를 제출하면서, 운수종사자들이 '매일 입금한 운송요금'을 법인세 신고시 운송수입금액으로 신고하였다고 소명한 바 있다. 따라서 원고의 운송수입액은 이 사건 미달액 등이 포함되지 아니한 실제의 수입액이었던 것으로 보인다.

② 기준수입금액, 연료비 기준금액, 범칙금 등은 운수종사자의 운행현황에 따라 미 달되거나 초과할 수 있는데, 발생여부도 불확정적인 기준수입금액 미달액, 연료비 초과 사용액, 범칙금 등을 굳이 운송수입금, 가지급금의 형태로 회계처리한다는 것은 경험칙 상으로도 선뜻 납득하기 어렵다.

③ 원고는 이 사건 미달액 등과 관련된 운수종사자들의 운행기록일보나 자금일보 등 객관적인 자료를 제출하지 못하였고, 이 사건 미달액 등을 운송수입액이나 가지급 금 등으로 회계처리하였다는 구체적인 증거도 전혀 제출하지 못하였다.

(3) 이 사건 소득변동통지처분의 실체적 위법 여부

㈎ 관련 법리

법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공 의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 등 납세자 측에서 입증할 필요가 있다(대법원 2006. 1. 12. 선고 2003두11797 판결 등 참조). 그리고 장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과세관청이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없는 것이고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 참조).

㈏ 검토

① 원고가 이 사건 미달액 등을 실제로는 운수종사자에 대한 급여에서 차감하여 지급하였음에도 모두 급여로 지급한 것처럼 회계처리하고 손금산입한 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 이 사건 미달액 등(익금산입액)은 특별한 사정이 없는 한 실제로는 운수종사자에게 지급되지 아니하고 사외로 유출되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고 주장처럼 운수종사자 등에게 귀속되었다고 단정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 뚜렷한 증거가 없다. 따라서 이를 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없다.

② 원고는 이 사건 초과액 등을 대표자에 대한 상여처분액에서 공제하여야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 원고는 1일 평균 차종별 연료기준사용량을 정해놓고 초과사용량을 급여에서 공제하고 미달사용량을 성과급으로 지급하기로 하면서도, 실제로는 초과사용량 공제 전 금액과 성과급지급 전금액을 급여로 신고한 것으로 보인다. 피고는 그에 따라 공제액과 지급액을 차감하여 공제액이 더 많은 경우에는 잡이익으로 익금산입하고 성과급지급액이 더 많은 경우에는 급여로 손금산입하고, 익금산입 중 사외유출된 부분을 대표자상여처분을 한 것으로 보이는바, 결국 원고 주장은 받아들이기 어렵다.

③ 원고가 1차 조사 이후에 2009년부터 2011년까지의 최종 급여대장과 소명자료 등을 제출하고 이를 토대로 검증 및 분석절차를 거쳐 이 사건 각 처분을 한 사실은 앞 서 본 바와 같은바, 이와 다른 전제에 선 이 부분 원고 주장도 받아들이기 어렵다[피고가 운휴차량 운행수입누락 부분과 관련된 대표자상여처분의 과세 근거자료로 2차 조사 당시 추가로 제출된 관련 자료{인천광역시장 해석사례 및 노사합의서(을 8 참조), 2011년 급여대장}를 삼은 것은 아닌 것으로 보이지만 앞서 살펴 본 바와 같이 이 부분 과세는 원고의 추가 소명자료 등의 제출을 기다려 1차 조사자료와 함께 분석을 거쳐 그 오류를 경정한 것으로 보이므로 근거과세 원칙에 위반하였다고 볼 수 없다].

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.