1. 가. 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항은 주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산 과세대상 토지(이하 '주택 등'이라 한다)의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액(이하 '주택 등 종합부동산세액'이라 한다)에서 각각 이를 공제하도록 규정하고 있다.

나. 먼저 원심은, 피고들이 원심 판시 별지1 처분목록의 순번 1 내지 26 기재 각 처분일에 해당 원고들에게 2009년도 주택 등 종합부동산세와 농어촌특별세를 부과하는 처분을 하고, 피고 중부세무서장이 2010. 2. 23. 원고 주식회사 AAA의 주택 등 종합부동산세 및 농어촌특별세의 경정청구를 거부하는 처분을 하면서(이하 각 부과처분 및 경정거부처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다), 주택 등 종합부동산세액에서 공제할 각각의 재산세액을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항 [별지 제3호 서식 부표(2) 중 작성요령]에서 정한 '(공시가격 - 과세기준금액) x 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식(이하 '이 사건 시행규칙 산식'이라 한다)에 따라 산정한 사실 등을 인정하였다.

나아가 원심은, (가) 구 종합부동산세법 시행령(2011, 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 '주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 주택 등의 재산세로 부과된 세액'을 '주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산 한 재산세 상당액 + 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식(이하 '이 사건 시행령 산식'이라 한다)에 따라 각각 계산한 금액으로 하도록 정하고 있는데, 공제되는 재산세액 산정의 기준이 되는 금액이 '과세기준금액을 초과하는 공시가격'이라면 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액 ) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 하지만, 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항이 재산세액 산정의 기준이 되는 금액을 '종합부동산세의 과세표준'으로 정하였으므로 공제되는 재산세액은 '(공시가격- 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 함은 이 사건 시행령 산식과 이 사건 시행규칙 산식의 문언상 분명하고, (나) 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항은 '과세기준금액을 조과하는 공시가격' 전부가 아니라 그중 종합부동산세 공정시장가액비율에 해당하는 금액만을 종합부동산세의 과세대상으로 한 것이므로 '과세기준금액을 초과하는 공시가격' 전부에 대한 재산세액을 공제하지 아니하였다고 하여 이중과세의 문제가 발생하는 것은 아니며, (다) 종합부동산세액에서 공제할 재산세액은 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 것만 공제하여야 하는데, 만약 공제되는 재산세액을 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정할 경우에는 종합부동산세의 과세표준에서 제외된 부분, 즉 '(공시가격 – 과세기준금액) × (1 - 종합부동산세 공정시장가액비율)' 부분에 대하여는 종합부동산세가 부과되지 않음에도 재산세만 공제되는 불합리한 결과가 발생한다는 등의 이유로, 피고가 공제되는 재산세액을 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정한 것은 적법하다고 판단하면서, 공제되는 재산 세액을 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정 시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다는 원고들의 주장을 배척하였다.

2. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유에서 그대로 수긍하기 어렵다.

가. 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준 금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다.

그런데 위 적용비율이 매년 단계적으로 인상되도록 확정되어 있어 적정한 수준의 세부담이 될 수 있게 탄력적으로 조정하는 데에 어려움이 있었으므로, 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였고, 다만 위 지방세법 부칙 제5조는 재산세 연도별 적용비율 제도에 관한 경과조치를 두었다가 2009. 2. 6. 이를 폐지함으로써 2009년도 과세분부터 재산세와 종합부동산세에 관한 공정시장가액비율 제도가 전면 시행되도록 하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4 제1항은 주택 및 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항 단서는 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대한 별도합산과 세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 70으로 각각 정하고 있고, 구 지방세법 (2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제187조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부 개정되기 전의 것) 제138 조 제1호는 토지 및 건축물의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택 의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.

한편 2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세 대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. L 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다, 이에 구 종합부동산세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 공제되는 재산세액을 '주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 + 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액'의 산식(이하 '종전 시행령 산식'이라 한다)에 따라 산정하도록 규정하였다.

그 후 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 구 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항이 개정되면서 공제되는 재산세액의 계산방법을 이 사건 시행령 산식, 즉 '주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 수 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액1의 산식에 의하도록 변경하였는데, 이는 연도별 적용비율 제도를 폐지하고 재산세와 종합부동산세 모두 과세기준금액을 초과하는 분에 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 과세표준을 산정하게 됨에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 변경하기 위한 것이다.

이러한 지방세법, 종합부동산세법 및 종합부동산세법 시행령 관련 규정의 개정 경위와 취지 등에 비추어 보면, 종전 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등 과세기준금액을 초과하는 분'이 이 사건 시행령 산식의 분자에 기재된 '주택 등의 과세표준'으로 변경되었다고 하더라도, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본취지에는 아무런 변화가 없으므로, 공제되는 재산세액의 계산방법이 종전 시행령 산식에서 이 사건 시행령 산식으로 변경되었다고 하더라도 이러한 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소・변경하려는 것이었다고 볼 수는 없다.

나. 나아가 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액의 계산방법을 살펴본다.

종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산되고, 같은 부분에 대한 종합부동산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율'의 산식을 기초로 계산된다. 그런데 이 두 금액은 '공시가격 - 과세기준금액' 부분에 관하여 각각 재산세와 종합부동산세가 부과되는 부분을 뜻하므로, 그 중 서로 중첩되는 부분, 즉 '(공시가격 – 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율' 보다 적거나 같은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율' 부분은 중복하여 재산세가 부과되는 부분에 해당한다. 더불어 종합부동산세 공정시장가액 비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분에 대하여는 아예 종합부동산세가 부과되지 않으므로 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 이 부분은 고려할 필요가 없다.

이러한 점을 종합하여 볼 때, 이 사건 시행령 산식에 따라 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 할 것이다. 따라서 재산세 공정시장가액비율이 종합부동산세 공정시장가액비율보다 적거나 같은 2009년도 종합부동산세의 경우 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 '(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율'의 산식에 따라 산정하여야 한다.

다. 한편 법령에서 행정처분의 요건 중 일부 사항을 부령으로 정할 것을 위임한 데 따라 시행규칙 등 부령에서 이를 정한 경우에 그 부령의 규정은 국민에 대해서도 구속력이 있는 법규명령에 해당한다고 할 것이지만, 법령의 위임이 없음에도 법령에 규정된 처분 요건에 해당하는 사항을 부령에서 변경하여 규정한 경우에는 그 부령의 규정은 행정청 내부의 사무처리 기준 등을 정한 것으로서 행정조직 내에서 적용되는 행정명령의 성격을 지닐 뿐 국민에 대한 대외적 구속력은 없다고 보아야 한다. 따라서 어떤 행정처분이 그와 같이 법규성이 없는 시행규칙 등의 규정에 위배된다고 하더라도 그 이유만으로 처분이 위법하게 되는 것은 아니라 할 것이고, 또 그 규칙 등에서 정한 요건에 부합한다고 하여 반드시 그 처분이 적법한 것이라고 할 수도 없다. 이 경우 처분의 적법 여부는 그러한 규칙 등에서 정한 요건에 합치하는지 여부가 아니라 일반 국민에 대하여 구속력을 가지는 법률 등 법규성이 있는 관계 법령의 규정을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2011두10584 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액은 이 사건 시행령 산식에 따라 산정하여야 하므로 이를 이 사건 시행규칙 산식에 따라 산정하였다는 이유만으로 이 사건 각 처분이 적법하다고 볼 수는 없다.

3. 그런데도 원심은 이와 달리, 피고들이 이 사건 시행규칙 산식을 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 것이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 계산방법에 관한 법리를 오해한 위법이 있다. 이를 지적하는 항소이유 주장은 이유 있다.

4. 그렇다면 원고의 항소이유 주장은 이유 있어 이를 인용할 것인바, 이와 결론을 달리한 1심 판결은 부당하므로 이를 취소하기로 하고, 주문과 같이 판결한다.