2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2004. 9. 2 부터 ○○시 ○○동 287-65에서 '○○주유소'라는 상호로 주유소를 운영하고 있다

나. 원고는 2006년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 ◇◇코리아(이하 '◇◇코리아'라고 한다)로부터 공급가액 합계 101,999,997원의 매입세금계산서 5장을, 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 △△크(이하 '△△크'라고 한다)로부터 공급가액 합계 638,272,909원의 매입세금계산서 21장을, △△크 ▽▽지점으로부터 공급가액 합계 236,818181원의 매입세금계산서 9장을, 2007년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 △△크 ▽▽지점으로부터 공급가액 합계 791,545.451원의 매입세금계산서 34장을 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 △△크 ▽▽지점으로부터 공급가액 합계 121,545.453원의 매입세금계산서 4장을, 주식회사 ♧♧에너지(이하 '♧♧에너지'라고 한다) □□지점으로부터 공급가액 합계 466.109,087원의 매입세금계산서 7장을 각 수취하고(이하 위 80장의 매입세금계산서를 통틀어 '이 사건 세금계산서'라고 한다), 피고에게 2006년 제2기분, 2007년 제1, 2기분 및 2008년 제1기분 부가가치세를 신고하면서 이 사건 세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

다. 그런데 ☆☆지방국세청장은 피고에게 원고가 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지로부터 수취한 이 사건 세금계산서가 모두 사실과 다른 세금계산서임이 확인되었다고 홍보하였고, 이에 따라 피고는 이 사건 세금계산서를 모두 허위의 세금계산서로 보고서 그 매입세액을 공제하지 않기로 하여 2009. 3. 2 원고에게 2006년 제2기분 부가가치세 14,583,960원, 2007년 제1기분 부가가치세 120,368,770원, 2007년 제2기분 부가가치세 104,507,740원, 2008년 제1기분 부가가치세 80,255,970원을 각 경정・고지하였으며, 이 사건 세금계산서 중 2007년도에 △△크와 △△크 ▽▽지점으로부터 수취한 세금계산서에 대하여는 소득세법상 증빙율비가산세를 적용 하여 같은 날 원고에게 2007년 귀속 종합소득세 36,666,000원을 경정・고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2009. 4. 14 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원 은 2009. 9. 24 위 각 부과처분에 관하여 원고가 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지로부터 유류를 실지 매입하였는지 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다는 결정을 하였다.

마. 피고는 위 심판결정에 따라 재조사를 실시한 결과, 저유소 출하내역자료에 의하여 주식회사 에스오일로부터 △△크 ▽▽지점을 경유하여 ○○주유소에 입고된 것으로 확인된 2007년 제1기 부가가치세 과세기간 동안의 공급가액 합계 84,843.183원 및 2008년 제1기 부가가치세 과세기간 동안의 공급가액 합계 50,818.181원 상당의 거래는 정상거래로서 이에 대한 매입세액을 공제함이 상당하다고 판단한 뒤, 2010. 1. 6 원고에 대하여 2007년 제1기분 부가가치세를 108,702,010원으로, 2008년 제1기분 부가가치세를 73,315,730원으로, 2007년 귀속 종합소득세를 34,800,000원으로 경정 ・ 고지하는 한편, 나머지 부과처분은 그대로 유지하였다(이하 위와 같이유지 또는 감액된 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라 한다.)

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호층의 1 내지 5, 을 제1호증, 을 제12호증의 1 내지 5, 을 제3호증의 1 내지 3, 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지로부터 이 사건 세금계산서 기재 공급가액 합계 2,356,291,078원 상당의 유류를 실제로 공급받아 그 대금을 모두 지급하고 이 사건 세금계산서를 수취한 것이므로, 이 사건 각 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니고, 가사 허위의 세금계산서라 하더라도 원고는 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지가 실제공급자가 아니라는 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 어떠한 과실도 없었으므로, 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 모두 위법하다

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제3호층의 각 1, 2, 을 제1호증, 을 제4호증의 1, 2, 을 제6, 7호증의 각 기재, 갑 제7호증의 4, 갑 제8호증의 1, 2, 을 제8, 9호증의 각 일부 기재, 증인 김BB, 서FF의 각 일부 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

1) 중부지방국세청장은 2007. 3. 14부터 2007. 8. 31까지 △△크 본점(등기부상 대표이사 오AA)에 대한 자료상 혐의조사를 실시한 결과, △△크가 2007년 제1, 2 기, 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 걸쳐 ○○주유소와 △△크 ▽▽지점을 포함한 61개 업체에 매출금액 144억 5,600만 원(전체 매출금액의 91.9%) 상당의 가공의 매출세금계산서를 교부하는 한편, 같은 기간 주식회사 AA에너지, BB로 주식회사 등 이미 자료상으로 확정 ・ 고발된 업체로부터 매입금액 57억 8,500만 원(전체 매입금액의 98%) 상당의 가공의 매입세금계산서를 교부받았다고 판단하여, △△크를 자료상으로 확정 고발하였다.

2) 또한, 중부지방국세청장은 2007. 3. 14 부터 2007. 8. 31. 까지 △△크 ▽▽지점에 대한 자료상 혐의조사를 실시한 결과, 김BB이 형식상으로만 △△크의 이 사건 각 지점장으로 되어 있을 뿐 실제로는 이 사건 각 지점의 사업자등록을 별도로 한 후 독립적으로 이 사건 각 지점을 운영하고 있으면서, 2007년 제1, 2기, 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 걸쳐 △△크, 주식회사 AA에너지 등 자료상으로 확정 ・ 고발된 업체로부터 79억 1,500만 원(전체 매입금액의 100%) 상당의 가공의 매입세금계산서를 교부받는 한편, 같은 기간 ○○주유소를 포함한 23개 업체에 매출금액 80억 1,123만 원(전체 매출금액의 91.9%) 상당의 가공의 매출세금계산서를 교부하였다고 판단하여 자료상 실행위자 김BB을 고발하였다.

3) 한편, ♧♧에너지는 장CC가 실물거래 없이 허위 세금계산서를 교부받거나 교부하면서 이익을 얻는 소위 자료상을 하기 위하여 설립한 법인으로, 2007. 6. 19 경부터 석유판매업 영업을 개시하여 2008. 4경 폐업하였는데, 2007. 7경부터 실물거래 없이 주유소들에 ♧♧에너지 명의의 매출세금계산서를 교부하고 일정 수수료를 지급받는 거래를 하였으나, 이러한 거래를 할 주유소를 확보하는 것이 원활하지 않자 무자료로 거래되는 비과세 유류의 유통일을 하는 조DD 등과 연계하여 그 유통과정에 참여하여 주유소에 무자료 유류가 배달되도록 하고 ♧♧에너지가 해당 세금계산서 등의 자료를 교부하거나 교부받는 거래를 하였으며, 석유판매입사업자등록을 하면서 그 등록요건을 구비하기 위하여 임대차계약을 체결한 CC널 주식회사의 저장시설인 저유소와 수송차량 등은 한번도 사용한 적이 없었다. 또한 ♧♧에너지는 정상적인 거래방식과 달리 유류 출하 당일 배달운전기사에게 출하전표를 발행하지 않아 해당 주유소에 ♧♧에너지의 출하전표가 교부되지 않았고, 유류가 배달된 후 ♧♧에너지에서 허위의 출하전표를 작성함과 동시에 출하된 유류 내역에 맞추어 세금계산서를 작성한 다음 위 출하전표 및 세금계산서를 우편 또는 택배로 해당 주유소에 보내 주는 방식으로 거래하였다.

4) 이에 부산지방국세청장은 2008. 6 경 ♧♧에너지에 대한 자료상 혐의조사를 실시한 결과, ♧♧에너지가 2007년 제2기. 2008년 제2기 부가가치세 과세기간에 걸쳐 ○○주유소를 포함한 181개 업체에 매출금액 350억 9,200만 원(전체 매출금액의 100%) 상당의 가공의 매출세금계산서를 교부하는 한편, 같은 기간 주식회사 ●●에너지 등 이미 자료상으로 확정 ・ 고발된 업체로부터 매입금액 349억 원(전체 매입금액의 100%) 상당의 가공의 매입세금계산서를 교부받았다고 판단하여, ♧♧에너지를 자료상으로 보아 고발하였고, ♧♧에너지의 실제 사업자인 실행위자 장CC는 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(허위세금계산서교부 등)죄로 기소되어 2010. 3. 25 서울고등법원(2009노2687)에서 원고를 비롯한 각 주유소들에 총 공급가액 33,994,003,106원의 허위 매출세금계산서를 교부하고, 공급가액 33,813,257,915원의 허위 매입세금계산서를 교부받았다는 이유로 징역 1년 6월 및 벌금 7,000,000,000원을 선고받았으며, 위 판결은 대법원(2010도4068)에서 상고기각 되어 2010. 7. 22 확정되었다.

5) ○○주유소는 원고의 명의로 사업자등록이 되어 있으나 실제로는 원고의 남편 장EE이 운영하고 있고, 위 장EE은 10여 년 전부터 알고 지내던 김BB의 권유로 △△크, △△크 ▽▽지점과 거래를 시작하였으며, ♧♧에너지와의 거래는 장EE이 2004년 초경 세녹스 판매를 하는 DD주유소를 잠시 운영하면서 거래처 직원으로 알게 된 서FF의 권유로 시작하였다.

6) 장EE은 2008. 3. 25 ○○세무서에 김BB을 통하여 유류를 공급받을 당시 교부받은 것이라며 소명자료로 출하전표 35매를 제출하였는데, 정상적인 유통경로를 거쳐 유류가 주유소에 배달되는 경우에는 정유사의 저유소 등에서 출하 당시 출하전표가 전산으로 발행되고, 거기에 출하일시, 출하 당시의 용도, 비중 등이 기재되어 있음에 반하여, 장EE이 제출한 출하전표는 모두 유류운송차량의 배달기사가 출하전표를 가지고 다니면서 배달현장에서 수기로 작성한 깃들이고, 대부분의 출하전표에 용도 및 비중이 전혀 기재되어 있지 않으며, 그 중 17매는 ○○주유소에서 매입세금계산서를 수취한 내역이 없는 △△크 ☆☆지점(사업자번호 0000)에서 발행된 것인데다가, 나머지 출하전표는 아예 제출하지 못하고 있다.

7) 또한, 장EE은 과세당국의 조사과정에서 ◇◇코리아로부터 수취한 매입세금계산서 5장과 관련하여, ◇◇코리아로부터 해당 유류를 공급받고 매입세금계산서를 교부받았으나 △△크가 ◇◇코리아를 인수하는 과정이었기 때문에 유류대금은 △△크의 법인계좌로 송금하였다고 진술하였으나, 이와 관련한 출하전표 등 ◇◇코리아와의 거래사실을 인정할 수 있는 자료가 전혀 없을 뿐만 아니라, ◇◇코리아는 △△크와 별도의 사업자로서 이후 △△크에 합병되거나 한 사실이 없고 △△크에서 ◇◇코리아에 해당 유류대금을 전달해 준 바도 없다.

"8) 한편, 장EE이 서FF를 통하여 유류를 공급받고 나서 수취한 출하전표에는 출하 당시의 석유제품의 온도가 전혀 기재되어 있지 아니하고, 밀도는826.0'으로 동일하며, 출하지도 ♧♧에너지의 사업장 소재지가 아닌 '○○저유소'로 기재되어 있는데, 당시 유류를 운반하였다는 김EE 작성의 확인서에는 ○○주유소에 배달한 유류는 ○○저유소에서 출하된 것이 아니고 ▽▽ ◆◆주유소 뒤편 저장소에서 가져온 것이라고 기재되어 있다.",라. 판단

1) 각 부가가치세 부과 처분

가) 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

(1) 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 채화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이라고 할 것이다(대법원 1996. 12. 10 선고 96누617 판결 등 참조).

(2) 원고가 이 사건 세금계산서에 기재된 물량의 유류를 실제로 매입하였다고 하더라도, 과연 원고에게 유류를 공급한 거래처가 세금계산서상의 공급자와 일치하는 지에 관하여 보건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① △△크, △△크 ▽▽지점 및 ♧♧에너지는 모두 과세당국에 의하여 실물거래 없이 세금계산서만을 발행하거나 수취한 자료상으로 확정 고발된 업체들이고, 특히 ♧♧에너지의 실제 운영자인 장CC는 허위 매입 ・ 매출세금계산서를 수수 ・ 교부하였다는 이유로 유죄판결을 받아 그 판결이 확정된 점,② △△크 ▽▽지점과 ☆☆지점은 △△크 본점과 별도로 사업자등록을 하고 각각 독자적으로 세금계산서를 발행하였는데, 원고가 유류를 공급받으면서 교부받은 출하전표의 발행처와 해당 거래에 대한 세금계산서의 발행처가 서로 일치하지 않는 경우가 많은데다가, 그 출하전표의 대다수는 작성자나 작성방법이 통상적인 예와 크게 차이가 나고, 일부 거래에 대하여는 그러한 출하전표조차 없어 그 거래사실을 인정할 수 있을 만한 객관적인 증거가 없는 정,③ 또한 원고는 ◇◇코리아로부터 공급가액 합계 101,999,997원 상당의 매입세금계산서를 교부받았는데 해당 유류대금은 ◇◇코리아와 아무런 관련이 없는 △△크의 법인 계좌로 송금하였고, 달리 원고가 ◇◇코리아로부터 유류를 공급받았나는 객관적인 증거가 없는 점,④ ♧♧에너지는 가공 매입세금계산서를 수취하고 무자료 유류 유흥업자로 하여금 무자료 유류를 물색하여 공급하도록 하였을 뿐 실제 유류를 매입한 사실이 없고, 실제 매입한 유류가 없는 사정은 △△크 및 △△크 ▽▽지점도 마찬가지인바, 매입한 유류가 없는 상태에서 ♧♧에너지, △△크 및 △△크 ▽▽지점이 원고 등 다른 주유소에 대하여 실제로 자신의 유류를 공급하였다고 볼 수는 없는 점 등을 종합하면, 원고는 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지로부터 이 사건 세금계산서 기재 해당 유류들을 직접 공급받은 것이 아니라 제3자로부터 공급받은 것으로 보이므로, 결국 이 사건 세금계산서는 공급자가 사실과 다르게 허위로 기재된 세금계산서로 봄이 상당하다.

나) 원고가 선의 ・ 무과실인지 여부

(1) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없고, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28 선고 2002두2277 판결 등 참조).

(2) 그런데, 원고가 제출한 갑 제4호증, 갑 제5 내지 8호증(각 가지번호 포함) 갑 제9호증의 각 기재 및 증인 김BB, 서FF의 각 일부 증언만으로는 원고가 이 사건 세금계산서의 명의 위장 사실을 알지 못하였고, 아울러 알지 못한 데에 과실이 없다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 앞에서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 유류업계의 공급 구조가 복잡하고 면세유 등을 이용한 무자료 거래가 빈번하다는 사실이 사회문제화 되어 있으므로, 통상적인 주유소 운영자라면 유류공급업체가 실제 공급자인지 여부에 대하여 특히 주의를 기울일 필요가 있는 점.② 원고는 앞서 본 바와 같이 일반적인 유류거래와 달리 유류의 인수 당시 운반차량의 운전기사로부터 저유소 발행의 원 출하전표를 교부받는 것이 아니라 운반차량의 운전기사가 배달 현장에서 수기로 작성하여주는 비정상적인 출하전표를 교부받거나, 나중에 세금계산서와 함께 출하전표를 우편으로 전달받는 방식으로 거래하였고(일부에 대하여는 그 출하전표를 아예 제출하지 못하고 있다). ◇◇코리아로부터 공급받았다는 유류에 대하여는 그 대금을 △△크의 법인 계좌로 송금하였으면서도 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지가 실제 공급자가 맞는지 여부에 대하여 확인을 게을리 한 점.③ 원고는 △△크와 △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지가 교부한 출하전표에 기재된 저유소 현황 및 소재지를 파악하여 해당일자에 실제로 유류가 출고되었는지 여부 및 거래처 ・ 도착지 등을 문의하였다면 실제로 위 업체들에 출하된 것이 아님을 쉽게 알 수 있었을 것으로 보임에도 이와 같은 확인을 전혀 하지 아니한 점 등을 종합하면, 원고가 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지가 실제로 이 사건 유류를 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못하였다거나 알지 못하였음에 과실이 없었다고 볼 수 없다.

다)소결론

따라서 이 사건 세금계산서는 사실파 다른 세금계산서에 해당하고, 또한 공급 받는 자인 원고가 선의 무과실이라고 보기 어려우므로, 이 사건 세금계산서 상당의 매입세액을 공제하지 아니한 피고의 이 사건 처분은 적법하다

2) 종합소득세 부과 처분

구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제4항은 사업자가 사업과 관련하여 다른 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 동법 제160조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액(증빙불비가산세)을 결정세액에 가산하여 징수하도록 규정하고 있는데, 그 취지는 사업자의 경비지출내용의 투명성을 제고함과 아울러 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서, 과세표준 양성화 대상이 되는 거래상대방 사업자에게 성실신고의무를 부과하는 것만으로는 이러한 입법목적 달성에 어려움이 있으므로, 재화나 용역을 공급받는 사업자에게 경비 등의 지출증빙서류를 수취하도록 하고 그 의무위반에 대하여 그 수취 하지 아니한 금액의 일정비율에 상당한 금액을 추가하여 납부하도록 제재하는 것에 있다.

살피건대, 원고가 이 사건 세금계산서상 유류를 ◇◇코리아, △△크, △△크 ▽▽지점, ♧♧에너지가 아닌 제3의 거래처로부터 공급받았음에도 불구하고, 위 각 업체들로부터 공급받은 것처럼 사실과 다른 세금계산서를 받았을 뿐, 실제 공급처로부터는 각 세금계산서 등 증빙서류를 전혀 받지 아니하였음이 명백한 이상, 피고가 이를 이유로 구 소득세법 제81조 제4항의 가산세 규정을 적용하여 종합소득세 경정 ・ 고지를 한 것은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.