나. 과세처분이 면제 내지 비과세의 요건이 있는데도 과세하여 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분인 경우, 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되는지 여부(소극)

나. 공장이전 목적의 양도에 해당하여 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세를 받은 경우에 있어서도 양도일로부터 1년 이내에 신공장건축의 시공을 하지 아니하는 경우에는 구 소득세법시행령(1988.12.31. 대통령령 제12564호로 개정되기 전의 것) 제18조 제5항 제1호 에 의하여 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있는바, 이는 일단 면제 요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것이므로, 면제 내지 비과세의 요건이 있는데도 과세한 것은 일단 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분이라 할 것이고, 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되어 적법한 것으로 되는 것은 아니라 할 것이다.

상고비용은 피고의 부담으로한다.

1. 원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고와 소외 1은 이 사건 토지인 대전 중구 (주소 1 생략) 토지 외 16필지(원심판결의 별지목록 제1토지) 71,883평방미터를 각 2분의 1지분씩 보유하다가 1988.8.31. 한국토지개발공사에 3,790,031,075원에 양도하고서, 그 양도소득세는 양도 당시 시행되던 조세감면규제법 제57조 제1항 에 의하여 면제되기 때문에 그 신고를 하지 아니하고, 방위세 937,643,460원을 1988.9.30. 자산양도차익예정신고를 하면서 자진신고 납부하였다가, 그 후 이 사건 토지의 양도가 소득세법(1988.12.26. 개정되기 이전의 것) 제6조 제2항 제2호 , 같은법시행령(1988.12.31. 개정되기 이전의 것) 제18조 소정의 공장이전목적의 양도에 해당된다고 하여 자진납부한 위 방위세의 환급을 신청한 데 대하여 피고는 원고는 위 공장의 사업자등록명의자가 아닐 뿐 아니라 위 공장의 실질적 경영자도 아니라는 이유로 환급신청을 거부하고 이 사건 부과처분을 한 사실을 확정한 다음, 그 거시증거에 의하여 원고와 소외 1은 1967.5.19. 경 소외 2와 함께 동업으로 적벽돌제조업체인 유신연와공업사를 경영하기로 하면서 자본금은 금 91,800,000원으로 하고 출자는 원고와 위 소외 1이 각 금 45,600,000원씩, 소외 2가 금 600,000원을 내어 그 돈으로 이 사건 토지를 포함한 41필지를 매수하여 이 사건 토지는 원고와 소외 1의 공동명의로 나머지는 그들의 단독소유로 소유권이전등기를 하고 사업자등록은 대외적 신용도나 거래상의 불편 때문에 소외 1 단독명의로 하고 소득분배는 출자한 액수의 비율로 하도록 하고서 위 공장을 동업으로 경영하다가 위 소외 2는 1975.12.31. 원고와 소외 1로부터 800만 원을 받기로 하고 위 동업관계에서 탈퇴하였으며, 위 공장의 경영은 위 소외 1은 대외적인 일을, 원고는 거동이 불편하여 내부적인 일을 각 담당하였고, 소득의 분배는 소득세 등 비용을 제한 나머지 순 소득을 반분한 사실, 원고와 위 소외 1은 1988.8.31. 이 사건 토지를 대한주택공사에 양도한 후 신공장을 건축하기 위하여 종전공장보다 대지면적이 넓은 청원군 (주소 2 생략) 외 45필지를 원고와 위 소외 1 명의로 취득한 후 원고와 위 소외 1 명의로 건축허가를 받은 사실을 모두 인정하고, 위 인정사실에 의하면 원고와 위 소외 1은 이 사건 공장을 실제로 동업하였음은 명백하다 할 것이고, 따라서 이 사건 토지의 양도는 공장의 이전을 위한 양도에 해당하여 이 사건 방위세는 면제되어야 할 것이므로 이사건 부과처분은 위법하다고 판시하였다.

소득세법 제6조 제2항 제2호 와 방위세법 제3조 에서 공장이전 목적의 양도의 경우에 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하도록 규정하고 있는 취지는 공장을 소유 경영하다가 이를 이전하기 위하여 종전에 운영하던 공장의 대지와 건물을 양도하는 자에게 소득세 감면의 혜택을 줌으로써 이전 후에도 계속적인 공장운영을 할 수 있도록 공장이전을 지원하는 한편, 그 감면혜택이 부동산투기에 악용됨을 방지하려는 데에 있다 할 것이므로 이와 같은 입법취지와 과세관계에 있어서 형식과 실질이 다른 경우에는 형식보다는 실질에 따라서 과세하여야 한다는 실질과세의 원칙에 비추어 보면, 공장이전으로 인한 면제대상에 해당하는지 여부는 구 공장의 대지와 건물의 소유자가 그 공장을 실질적으로 경영하였는지를 따져 보아서 실질상으로 공장을 경영하던 자가 그 공장의 이전을 위하여 그 공장을 양도한 경우에 해당하면 그 양도로 인한 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세하여야 하며 사업자등록이 누구 명의로 되었는지 여부에 의하여 이를 가릴 것은 아니라 할 것인바, 이와 같은 견해를 바탕으로 한 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당하고 거기에 소론과 같은 채증법칙위배, 심리미진 내지 법리오해의 위법이 없다. 논지는 이유 없다.

2. 공장이전목적의 양도에 해당하여 양도소득세와 방위세를 면제 내지 비과세를 받은 경우에 있어서도 양도일로부터 1년 이내에 신공장건축의 시공을 하지 아니하는 경우에는 소득세법시행령 제18조 제5항 제1호 에 의하여 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있는 바, 이는 일단 면제 요건에 해당하면 그 세액을 면제하고 그 후에 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리 하는 별개의 부과처분이라 할 것이므로, 이 사건의 경우처럼 면제 내지 비과세의요건이 있는데도 과세한 것은 일단 과세요건을 갖추지 못한 위법한 처분이라 할 것이고, 소론과 같은 추징요건이 있다고 하여 그것이 위법한 부과처분의 정당성의 근거로 되어 적법한 것으로 되는 것은 아니라 할 것인 바, 이와 같은 취지의 원심판결은 정당하고 거기에 소론과 같은 법리오해의 위법이 없다. 논지는 이유 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자의 부담으로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.