항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결의 해당 부분 기재와 같다.

2. 원고의 주장

원고는 이 사건 경감세액과 관련하여 근로자 1인당 매월 기본급에 OOOO원씩을 포함하여 지급하였고, 노사합의에 따라 근로자 1인당 매월 OOOO원씩을 추가로 지급하였으며, 노동조합에 복지향상비 명목으로 매월 OOOO원씩을 지급하였다. 따라서 원고가 2007년 제2기 부가가치세 확정분 및 2008년 제1기 부가가치세 예정분과 관련하여 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용한 금액이 같은 기간의 부가가치세 경감세액을 초과한다.

가사 원고가 근로자들에게 매월 기본급으로 OOOO원씩 지급한 사실이 인정되지 않는다고 하더라도, 원고가 노사합의에 따라 근로자 1인당 매월 OOOO원씩을 추가로 지급하였고, 노동조합에 복지향상비 명목으로 매월 OOOO원씩을 지급하였으므로, 2007년 제2기 부가가치세 확정분과 관련하여 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용한 금액이 같은 기간의 부가가치세 경감세액을 초과한다.

3. 인정사실

제1심 판결의 제7쪽 제4행의 '2007. 1l. 7.자 노사합의'를 '2007. 11. 1.자 노사합의'로 수정하는 외에는 제1심 판결의 해당 부분 기재와 같다.

4. 판단

가. 노사합의에 의하여 매월 기본급에 OOOO원씩 지급되었는지 여부

상고법원은 상고에 정당한 이유가 있다고 인정할 때에는 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송할 수 있고, 이때 사건을 환송받은 법원은 상고법원이 파기의 이유로 삼은 사실상 및 법률상 판단에 기속되므로(행정소송법 제8조제2항, 민사소송법 제436조제1항・제2항), 이 법원은 환송판결의 기속력에 따라 다음과 같이 판단한다.

구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정된 후 2007. 12. 3l. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, '조세특례제한법'이라 한다) 제106조의4는 제1항에서 '여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 2008년 12월 31일까지 종료하는 과세기간분까지 경감한다고 규정하고, 제2항에서 '제1항에 의한 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다.'고 규정하였으며, 개정 조세특례제한법(2007. 12. 3l. 법률 제8827호로 개정된 후 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 '개정 조세특례제한법'이라 한다)도 제106조의7제1・2항에서 같은 내용을 규정하고 있다. 또한 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 개정된 구 조세감면규제법 제100조의2는 일반택시 운수종사자의 열악한 처우를 개선하고 복지를 향상하기 위하여 부가가치세 납세의무자인 일반택시 운송사업자로 하여금 임금인상의 재원 등으로 사용할 수 있도록 부가가치세 납부세액의 100분의 50을 경감하는 제도를 도입하였다.

그러나 본래 취지와 달리 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 종전에 자신이 부담해 왔던 후생복지비용에 충당하는 등의 문제로 노사분규가 자주 발생하자, 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 구 조세특례제한법 제106조의4제2항은 부가가치세 경감세액 전부를 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상을 위한 목적으로만 사용하도록 하는 규정을 두게 되었고, 이 사건 지침도 '원칙적으로 부가가치세 경감세액을 근로자 개인에게 기본급, 수당 등의 명목으로 현금으로 지급하되, 사업장별 과반수의 근로자들이 현금 이외의 다른 방법으로 그 일부를 사용하도록 요구하는 경우에는 예외를 인정하며 사용자가 부가가치세 경감이 전부터 부담해 왔던 부분에 사용하는 것을 금지한다'는 등의 규정을 두었다.

나아가 2006. 12. 30. 개정된 조세특례제한법 제106조의4제3항은 일반택시 운송사업자가 부가가치세 경감세액을 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니한 경우에는 그 경감세액을 일반택시 운송사업자가 보유하여야 할 아무런 이유가 없으므로 이를 일반택시 운송사업자로부터 추징하는 규정을 두게 되었고, 이 규정은 개정 조세특례제한법으로 개정되면서 제106조의7제3항으로 자리를 옮겼다 이와 같이 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 경감제도를 마련한 조세특례제한법 및 개정 조세특례제한법의 입법취지와 관련 규정의 제・개정 경위 등에 비추어 보면, 부가가치세 경감세액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 실제로 사용되어야 하며, 그와 같이 사용되지 아니한 2007. 1. 1. 이후의 부가가치세 경감세액은 추징 대상이 된다.

따라서 노사간에 부가가치세 경감세액 중 일부만을 직접 지급하고 나머지는 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 본다는 합의를 하였다고 하더라도, 종전에 실제로 지급된 부가가치세 경감세액의 액수에 대하여 다툼이 있어 그 다툼이 있는 금액 범위 내에서 임금 등에 포함되어 지급된 것으로 처리하기로 하는 합의를 하는 경우와 같이 합의에 이르게 된 동기와 경위 등에 비추어 실질적으로 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 없는 한, 실제로는 지급되지 아니한 채 단지 지급된 것으로 처리하기로 하는 부가가치세 경감세액 상당액은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 없다.

이 사건의 경우 위 '3 인정사실에서 본 바와 같이, ① 2006. 11. 14.자 노사합의에서는 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따라 임금 인상분에 포함되어 계산되었던 부가가치세 경감세액이 그 후의 임금에도 마찬가지로 포함되어 지급되었는지 여부에 관하여 다툼이 있어 잠정적인 지급에 관한 합의가 이루어졌으나, 이와는 달리 2007. 11. 1.자 노사합의 및 2008. 6. 20.자 노사합의에서는 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여는 전액 현금으로 지급하기로 하고 그 이행을 위해서 2007. 11.부터 17개월간 근로자 1인당 월 OOOO원씩을 지급하기로 합의(이하 이 사건 분할 지급 합의'라 한다)하는 한편, 실제의 경감세액과 이 사건 분할 지급 합의에 따른 금액과의 차액에 관하여는 간접비용, 조합원 후생복리기금, 임금에 일부 포함하여 지급 된 것으로 한다는 합의(이하 '이 사건 간접비용 등 지급 간주 합의'라 한다)를 하였으므로, 2007. 1.부터 2008. 12.까지의 부가가치세 경감세액에 대하여는 더 이상 2006. 11. 14.자 노사합의시 다툼이 되었던 1995년도 및 1996년도 임금협정에 따른 임금 인상분은 고려할 필요 없이 2007. 11. 1.자 노사합의 및 2008. 6. 20.자 노사합의를 기초로 그 실제 지급여부를 가려야 하는 점, ② 원고와 노동조합 사이에 2007. 6. 27. 체결된 노사합의각서 제1항에는 2001년도 임금협정서 및 단체협약서가 적용되고 있다고 기재되어 있는데, 2001년도 단체협약서(갑 제16호증)나 2001년도 임금협정서(갑 제25호증의 1)에는 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다는 취지의 기재가 없는 점, ③ 원고는 경감세액 사용에 관한 별도의 지출장부를 관리하지 아니하였을 뿐만 아니라 지출장부나 월급명세서에 경감세액의 일부가 기본급에 포함되었다는 내용을 기재하지 않는 등 이 사건 지침에서 규정하는 사항을 준수하지 아니한 점 등을 종합하면, 이 사건 간접비용 등 지급 간주 합의만을 근거로 원고가 근로자나 노동조합에 직접 지급하지 아니한 금액에 관하여 사후에 이를 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용한 것으로 간주할 수 없다.

또한 원고와 노동조합이 2007. 11. 1 자 노사합의 및 2008. 6. 20.자 노사합의에 이르게 된 경위와 위 노사합의의 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 간접비용 등 지급 간주 합의를 근거로 부가가치세 경감세액 중 근로자 또는 노동조합에 직접 지급되지 않은 금액이 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 평가할 수 있는 특별한 사정이 있었다고 볼 수 없다.

따라서 노사합의에 의하여 근로자들에게 매월 기본급 OOOO원씩 지급된 것으로 볼 수 있다는 원고의 주장은 이유 없다.

나. 2007년 제271 확정분과 관련된 사용금액

앞에서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 분할 지급 합의에 따라 근로자들에게 직접 지급한 금원 또는 근로자의 복지향상을 위하여 노조에 지급한 금원은 일반택시 운수종사자의 처우개선이나 복지향상에 사용된 것으로 볼 수 있다.

원고는, 2007년 제2기 확정분과 관련하여 근로자들에게 OOOO원, 노동조합에 복지지원금 OOOO원 합계 OOOO원을 지급하였는바, 근로자들 및 노동조합에 지급된 위 금원은 피고가 2007년 제2기 확정분과 관련된 사용금액으로 인정한 OOOO원보다 크므로 이 사건 처분 중 2007년 제2기 확정분에 관한 부분은 위법하다고 주장한다

살피건대, 갑 제15, 19호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 2007년 제271 예정 ・ 확정분의 경감세액과 피고가 인정한 사용금액, 원고가 이 사건 분할 지급 합의에 따라 근로자들에게 직접 지급한 금원과 지급일시는 아래의 표 기재와 같은 사실, ② 원고가 2007. 12. 14.부터 2008. 2. 15.까지 노동조합에 2007년 10. 11. 12월분 복지 지원금으로 OOOO원씩 3차례에 걸쳐 합계 OOOO원을 지급한 사실을 인정할 수 있다.

귀속

경감세액

인정된 사용금액

직접지급액

지급일

금액

2007년 제2기 예정

OOOO원

OOOO원

2008. 2. 21.

OOOO원

2008. 3. 20.

OOOO원

2007년 제2기 확정

OOOO원

OOOO원

2008. 4. 21.

OOOO원

합계

OOOO원

OOOO원

OOOO원

위 인정사실에서 본 바와 같이, 원고가 근로자들에게 지급한 OOOO원은 2007 년 제2기 확정분 뿐 아니라 2007년 제2기 예정분과도 관련하여 지급되었으므로, OOOO원 중 2007년 제2기 확정분과 관련된 사용금액은 OOOO원을 2007년 제2기 예정분과 확정분의 경감세액의 비율로 안분하는 방식으로 산정하여야 할 것이다.

따라서 2007년 제2기 확정분과 관련하여 근로자들에게 지급된 금원은 OOOO원 (OOOO원 x OOOO원 / OOOO원, 원 미만 버림)이고, 노동조합에 지급된 OOOO원을 경감세액의 사용금액으로 인정한다고 하더라도 근로자들에게 지급된 금원과 노동조합에 지급된 금원의 합계액 OOOO원(OOOO원 + OOOO원)은 피고가 2007년 제2기 확정분의 사용금액으로 인정한 OOOO원보다 작으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결의 결론은 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.