1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

1) 원고는 각종 내연기관 부품 제조 및 판매업 등을 목적으로 2003. 2. 1. 설립

된 회사로서, 그 발행 주식 총수의 60%는 주식회사 AA업(이하 'AA업'이라 한

다)이, 나머지 40%는 일본법인인 BBB이 각 보유하고 있다.

2) 원고는 AA업으로부터 아래와 같이 충북 GG군 HH면 ○○○○○로 001

에 위치한 공장(이하 '이 사건 제1 공장'이라 한다), 같은 면 ○○○○○로 002에 위치

한 공장(이하 '이 사건 제2 공장'이라 한다) 및 세종시 SS면 ◇◇◇로 000-00에 위

치한 공장(이하 '이 사건 제3 공장'이라 한다)을 각 임차하였다.

나. 원고의 법인세 신고 ・ 납부 과정

1) 원고는 2011.부터 2015.까지 AA업에게 이 사건 제1 내지 3 공장에 대한

임차료를 아래 <표1. 임차료 지급 현황>과 같이 지급한 다음(이하 원고가 AA업에

게 지급하였던 임차료를 통틀어 '종전 임차료'라고 한다), 이를 손금으로 계상하여 아래

<표2. 법인세 신고내용>과 같이 법인세를 신고 ・ 납부하였다.

2) 피고는 2016. 9. 6. 원고가 2013년부터 2015년까지의 기간 동안 구 법인세법

(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항의

특수관계인인 AA업에게 평균 임차료보다 높은 임차료를 지급함으로써 조세 부담을

부당하게 감소시켰다는 이유로 법인세 신고와 관련된 해명자료 제출을 요구하였고, 20

17. 1. 10.에는 2011년부터 2012년까지의 기간에 대해서도 추가로 해명자료 제출을 요

구하였다.

3) 이에 원고는 피고에게 이 사건 각 공장의 적정 임차료 판단을 위한 근거로

아래와 같이 인근 공장의 임대차 현황을 제출하였다.

4) 그 후 원고는 2017. 1. 12. 이 사건 각 공장에 대한 임차료를 8,612원/㎡(이하

'이 사건 임차료'라 한다)으로 계산하여 AA업에게 지급한 임차료 중 2,509,388,000

원을 원고의 손금에서 제외한 다음, 아래와 같이 법인세를 수정 신고하면서 당초 신고

・ 납부하였던 각 사업연도별 법인세와의 차액 합계인 714,066,774원을 추가로 납부하였

다.

다. 원고의 경정청구 및 피고의 거부처분

1) 원고는 2017. 3. 30. 종전 임차료가 이 사건 각 공장의 적정 임차료에 해당한

다는 이유로, 당초 신고대로 과세표준 및 세액을 경정하고 추가로 납부한 법인세

714,066,774원의 환급을 구하였으나, 피고는 2017. 5. 12. 원고의 경정청구를 거부(이하

'이 사건 처분'이라 한다)하였다.

2) 원고는 이에 불복하여 2017. 7. 3. 대전지방국세청에 이의신청을 하였으나,

대전지방국세청은 2017. 9. 3. 위 신청을 기각하였다. 계속하여 원고는 2017. 12. 5. 국

세청에 이 사건 처분에 관한 심사청구를 제기하였으나, 위 청구 또한 2018. 6. 15. 기

각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하

같다), 을 제1, 2, 3, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) 원고가 수정 신고 당시 산정한 이 사건 임차료 8,612원/㎡은 부동산 중개인

으로부터 전해들은 일부 사례를 토대로 피고와의 협의를 거쳐 결정된 것에 불과하므

로, 구 법인세법 제52조 제2항에서 정한 부당행위 계산 적용기준이 되는 '시가'라고 볼

수 없다. 과세관청인 피고로서는 스스로 이 사건 각 공장의 적정 임차료를 증명해야

함에도, 오히려 원고가 이에 관한 증명책임을 부담한다는 전제 아래 적정 임차료에 관

한 증명이 없다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다.

2) 나아가 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 각 공장은 원고의 제조 환경에

맞춰진 이른바 '맞춤형 공장'에 해당하여 통상의 경우에 비해 임차료가 상대적으로 높

을 수밖에 없는 점, ② 원고의 다른 주주인 BBB이 원고가 AA업에 지급한 임차료

에 관하여 지금까지 어떠한 이의도 하지 않았던 점 등을 고려하면, 원고가 지급한 종

전 임차료가 건전한 사회통념이나 거래관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하였다고

볼 수도 없다.

3) 따라서 이 사건 처분은 어느 모로 보나 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 적법(適法)

1) 관련법리

구 법인세법 제52조 제2항은 부당행위계산의 부인을 적용함에 있어서 건전한

사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용

될 것으로 판단되는 가격(요율 ・ 이자율 ・ 임대료 및 교환 비율 기타 이에 준하는 것을

포함한다)인 '시가'를 기준으로 한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 제52조 제4항 등의

위임에 따라 시가의 범위 등에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12.

대통령령 제29529호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항은 '법 제52조

제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계

자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에

일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다'고 규정하고 있는바, 부당

행위계산의 부인에 관하여 적용기준이 되는 이러한 '시가'에 대한 주장 ・ 증명책임은 원

칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2017. 2. 3. 선고 2014두14228 판결 등 참조).

그러나 구 법인세법 시행령 제90조에서 규정한 바와 같이 특수관계인과의 거래의

경우 납세의무자로서는 과세관청이 '시가'를 조사하기 위하여 요구하는 자료 및 증빙서

류를 성실하게 제출할 의무가 있고, 과세관청이 스스로 '시가'의 범위를 찾아내어 고려

해야만 하는 것은 아니므로, 특수관계인과의 거래가격이 과세관청이 납세의무자에게

구 법인세법 시행령 제90조 소정의 자료 및 증빙서류의 제출을 요구하는 등 최선의 노

력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 산정한 '시가'와 차이를 보이는 경우에는, 비

교가능성 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하

여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 특수관계인과의 거래가격이 그 정

상가격의 범위 내에 들어있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관하

여 그 증명의 필요가 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423

판결, 대법원 1997. 6. 13. 선고 95누15483 판결 등 참조).

2) 위 법리의 이 사건에서의 적용

가) 앞서 인정한 사실에 을 제6호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여

알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고는 이 사건 각 공장 인근의 임대차

사례를 참고하였을 뿐만 아니라, 원고로부터 법인세 신고 관련 해명자료를 제출받는

등 최선의 노력을 다하여 확보한 자료에 따라 합리적으로 이 사건 각 공장의 적정 임

차료를 산출하였다고 봄이 타당하다.

(1) 정리한 바와 같이 피고는 2016. 9. 6. 및 2017. 1. 10. 원고에게 2011

년도부터 2015년도까지 각 사업연도별 법인세 신고와 관련 해명자료 제출을 요구하였

고, 이에 따라 원고는 인근 지역 공장 4곳의 임대 현황을 확인한 다음, 피고와의 상의

아래 이 사건 각 공장의 적정 임차료가 8,612원/㎡임을 전제로 자발적으로 피고에게

법인세 수정 신고를 하였다. 즉, 이 사건 임차료는 납세의무를 부담하는 원고가 법인세

를 추가로 납부하게 되는 상황을 감수하고 이를 동의한 결과이다[이에 대하여 원고는

피고가 수정신고 전에 이 사건 각 공장의 적정 임차료를 8,612원/㎡으로 계산하여 과

세하겠다고 통보하는 바람에 위 금액에 관하여 납득할 수 없었음에도 불가피하게 수정

신고에 이르게 되었다고 주장하나, 원고의 법인세 수정신고 및 납부 금액이 무려

714,066,774원에 이른다는 점에서 막연히 피고의 언동에 따라 불가피하게 수정신고를

하게 되었다는 취지의 원고의 주장은 경험칙이나 상식에 비추어 받아들이기 어렵고,

이를 인정할 증거도 없다].

(2) 또한 피고는 원고로부터 제출받은 해명자료 외에도 2017. 1.경 스스로

이 사건 제1, 2 공장 인근에 위치한 대한민국 CCC 음성공장의 임대 현황을 확

인하여 위 공장의 임차료가 이 사건 임차료와 유사한 8,191원/㎡임을 파악하였다.

나) 따라서 위 법리에 따를 때 종전 임차료가 비교가능성이 있는 독립된 사

업자 간의 일반적인 거래가격의 범주 내에 있어 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수

없다는 사정 등을 원고가 증명하지 못하는 한 원고의 주장을 받아들일 수 없는바, 앞

서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉

① 원고는, 피고가 이 사건 임차료가 '시가'에 해당한다는 점을 뒷받침하는 근거로 내

세운 대한민국 CCC 음성공장의 임차료가 이 사건 각 공장의 비교대상으로서 부

적합하다는 점만 강조하고 있을 뿐, 비교 가능한 일반적인 거래가격의 존재에 관하여

는 주장 ・ 증명하지 못하고 있는 점, ② 원고는 더욱이 2019. 3. 7. 이 법원 제3회 변론

기일에서 이 사건 각 공장의 임차료에 관하여 감정을 신청할 의사가 없다고도 밝힌

점2), ③ 국세청 심사결정(갑 제1호증)에 의하면, 원고는 이 사건 처분에 대한 심사청구

과정에서 '원고의 다른 주주인 일본법인 BBB에게 국부가 유출되는 것을 막고자 하는

목적이 AA업에 대하여 지급하기로 한 임차료 산정에 감안되었다'고 주장하는 등

AA업에게 지급하였던 종전 임차료가 일반적인 가격에 비해 과다한 것임을 자인하

는 취지의 주장을 한 사실도 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 공장이 이른바 '맞

춤형 공장'에 해당한다는 등 원고가 주장하는 사정들만으로는 종전 임차료가 경제적

합리성이 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.