국세기본법 제52조 (국세환급가산금)

2. 피고가 2006. 9. 14. 원고에 대하여 한 자산재평가세 575,354,500원의 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

가. 조세감면규제법은 우량주식의 공급확대를 통해 자본시장이 건전하게 발전할 수 있도록 지원하기 위하여 기업을 공개하는 경우에는 자산재평가법에 의한 재평가요건을 갖추지 못한 경우에도 같은 법에 의한 재평가를 할 수 있도록 하고자, 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정되면서 제56조의2를 신설하여 그 제1항에서 증권거래법 제88조 제1항의 규정에 의하여 한국증권거래소에 처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법 제4조 및 동법 제38조의 규정에 불구하고 매월 1일을 재평가일로 하여 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있다. 다만, 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2 년 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다 라고 규정하였다. 한편, 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항 제5호에 따르면 자산재평가법에 의한 재평가차액은 임의평가차익과는 달리 법인의 소득금액 계산상 익금에 산입되지 아니하고, 또한 재평가 이후의 각 사업연도소득을 계산함에 있어서도 재평가된 자산가액을 기초로 감각상각비나 양도차익 등을 산정하도록 되어 있었다.

나. 원고는 1984. 6. 27. 설립되어 해운엽 등을 영위하는 비상장법인으로서, 1989. 7.1. 위와 같이 기업공개시의 재평가특례를 규정한 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률제4285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조의2의 규정에 따라 주식을 상장하는 것을 전제로 자산재평가를 실시하고 재평가차액 14,724,629,134원에 대한 자산재평가세로 1989. 11. 27.에 214,233,100원, 1990. 1. 8.에 29,430원, 1990. 8. 29.에 214,262,530원 등 428,525,060원(이하 '이 사건 재평가세'라고 한다)을 납부하는 한편, 법인세법 제15조 제1항 제5호에 의하여 위 재평가차액을 익금에 산업하지 아니한 채 1989사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 그 후 위 재평가특례를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령 등 관련법령이 별지 기재와 같이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기한이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장되었음에도 원고는 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였고, 이에 피고는 조세감면규제법 부칙(제4285호, 1990. 12. 31.) 제23조 제1항, 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조에 따라 위 자산재평가가 실효된 것으로 보고 2004. 1. 16. 위 재평가차액을 법인세법 상의 임의평가차익으로 보아 원고의 1989사업연도의 익금에 산입하여 법인세 및 방위세(가산세 포함)를 경정하는 한편, 이 사건 재평가세 부과를 직권취소하면서 원고에게 이 사건 재평가세액에 해당하는 428,525,060원과 이에 대하여 위 각 납부일 다음날을 기산일로 하여 산정한 환급가산금 575,354,500원(이하 '이 사건 환급가산금'이라고 한다)을 함께 환급하여 주었다.

라. 원고는 2004. 3. 5. 피고의 법인세, 방위세 및 그 가산세의 부과처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2005. 3. 28. 과소신고가산세와 미 납부가산세 부과처분만을 취소하는 결정을 하였다. 이에 원고는 서울행정법원 2005구 합18594호로 위 법인세 및 방위세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고,2006. 4. 21. 원고의 청구가 기각되자 이 법원 2006누11097호로 항소하였으며, 2009. 1. 23. 항소가 기각되자 상고하여 현재 대법원 2009두3842호로 소송계속 중에 있다.

마. 그런데 위와 같이 위 법인세 등에 대한 가산세부과처분이 취소되자 재정경제부는 2006. 3. 22. '동일한 자산재평가차익에 대하여 감면한 법인세를 과세하면서 이미 납부한 자산재평가세를 환급하는 경우 법인세 가산세와 자산재평가세 환급가산금은 서 로 밀접한 관계에 있으므로 통 기간에 해당하는 법인세 가산세를 부과하지 아니한 경우에는 납부한 자산재평가세 환급가산금도 지급하지 아니한다.'라는 취지의 예규(조세 정책과-363)를 제정하였고, 피고는 이를 근거로 이 사건 환급가산금 상당액을 추정하기 위하여 2006. 9. 14. 원고에게 그 금액인 575,354,500원을 납부할 것을 고지하였다 [국세기본법 제51조 제7항은 세무서장이 국세환급금의 결정(이에는 국세환급가산금의 결정이 포함된다고 볼 것이다)이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 국세징수법의 고지ㆍ독촉 및 체납처분의 규정을 준용하도록 규정하고 있으므로, 이 사건 처분은 징수처분에 해당한다고 할 것인바, 이하 이를 '이 사건 처분'이라고 한다].

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2006. 12. 19. 국세심판원에 심판청구를 하였 으나, 국세심판원은 2007. 4. 5. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1, 2, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 국세기본법 제52조의 해석상 이 사건 환급가산금의 기산일은 그 제1호에 따라 이 사건 재평가세의 납부일 다음날로 보아야 하므로, 원고의 주식이 최종적으로 상장되지 아니한 2003. 12. 31.이 속하는 법인세 과세표준 및 세액의 신고기한인 2004. 3. 31.까지 가산세를 부과할 수 없다는 이유로 그 기산일을 2004. 4. 1.로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 이사건처분은자산재평가법에근거가없는것이어서위법하다.

나. 관련법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1)국세기본법 제51조 제1항, 제52조 및 같은 법 시행령 제30조의 규정에 의하면 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 오납액, 초과납부액 또는 환급세액이 있는 때에는 즉시 이를 국세환급금으로 결정하여야 하고, 아울러 법정기산일과 이율에 따른 국세환급가산금을 결정하여 국세환급금을 충당 또는 환급할 때에 이에 가산하도록 되어 있다. 여기에서 오납액이라 함은 납부 또는 징수의 기초가 된 신고(신고납세의 경우) 또는 부과처분(부과과세의 경우)이 부존재하거나 당연무효임에도 납부 또는 징수된 세액을 말하고, 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니나 그 후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하며, 환급세액은 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 개별세법에서 환부하기로 정한 세액을 말하므로, 위 오납액과 초과납부액 및 환급세액은 모두 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당한다. 그러므로 이러한 부당이득의 반환을 구하는 납세의무자의 국세환급청구권은 오납액의 경우에는 처음부터 법률상 원인이 없으므로 납부 또는 징수시에 이미 확정되어 있고, 초과납부액의 경우에는 신고 또는 부과처분의 취소 또는 경정에 의하여 조세채무의 전부 또는 일부가 소멸한 때에 확정되며, 환급세액의 경우에는 개별 세법에서 규정한 환급요건에 따라 확정되는 것이다. 그리고 환급가산금은 위 각 국세환급금이 확정되면 그 환급금액에 대하여 국세기본법 제52조 및 같은 법 시행령 제30조 제2항에서 정한 기산일과 이율에 따라 당연히 확정된다(대법원 1989. 6. 15. 선고 88누6436 전원합의체판결 등 참조).

(2) 그런데 국세기본법 제52조는 국세환급가산금의 기산일을, ① 착오납부ㆍ가중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일의 다음날로(제1호), ② 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일의 다음날로(제3호), ③ 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일 다음날로 (제5호), ④ 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ개별소비세법ㆍ주세법 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세법에 의한 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정을 원인으로 하 여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과한 날의 다음날로(다만, 환급세액을 신고하지 아니함 에 따른 결정으로 언하여 발생한 환급세액을 환급함에 있어서는 당해 결정일부터 30일 이 경과한 날의 다음날, 제6호), ⑤ 국세기본법 제45조의2 제4항의 규정에 의한 경정청구에 의하여 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 원천징수의 무자 또는 근로소득자 등에게 환급함에 있어서는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한으로부터 30일이 경과한 날의 다음날(제7호)로 각각 정하고 있다.

(3) 따라서 이 사건 재평가세 부과처분의 취소로 인하여 발생한 이 사건 환급 가산금의 기산일은 국세기본법 제52조 각 호 중 어느 하나에 의하여 결정되어야 할 것 인바, 아래와 같은 이유에서 제52조 제1호에 따라 정해지는 것이 타당하다.

첫째, 원고의 자산재평가는 그 후 주식이 상장되지 아니한 것으로 인하여 행위 자체가 없었던 것으로 되지는 않지만 재평가가 있었던 당시로 소급하여 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 않게 되었고, 그 결과 이 사건 재평가세 부과도 당초부터 위법한 것으로 되었으며, 피고도 같은 이유로 이를 직권취소하였으므로, 이에 따른 국세환급금은 위에서 말한 국세환급금 중 초과납부액, 즉, 국세기본법 제52조 제1호에서 규정한 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금 에 해당한다. 이는 원고의 주식미상장 이후 피고가 그 재평가차액을 자산 재평가의 효력이 상실된 2004사업연도가 아니라 자산재평가가 있었던 1989사업연도의 익금으로 보고 1989사업연도의 법인세를 경정하여 고지한 것을 보더라도 명백하다.

둘째, 위에서 본 바와 같이 국세기본법 제52조는 환급가산금의 기산일을 5가지로 분류하여 규정하고 있는데, 그 중 제3호, 제5호, 제7호는 특수한 상황을 전제로 하므로 여기에 해당하지 않으면 제1호 또는 제6호의 규정에 의하여 환금가산금의 기준일이 결정되어야 한다. 그런데 이 사건 재평가세의 취소에 따른 환급금이 제3호의 국세의 감면으로 인한 환급금이나 제6호의 개별 법령에 의한 환급세액의 경정에 따른 환급금에 해당하지 아니함은 분명하고, 나아가 위 환급금은 원고가 법령에서 정한 기한까지 주식을 상장하지 아니하였다는 사실로 인하여 발생한 것이지 관련법령의 개정으로 인한 것이 아니어서 제5호에 해당한다고 볼 수도 없으므로(기업공개시 재평가특례를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령 등 관련법령이 개정되지 않았더라도 원고가 조세감면규제법 제56조의2 제1항 단서에서 정한 재평가일로부터 2년 이내에 주식을 상장하지 않았다는 사실 그 자체로 이 사건 재평가세 부과처분의 취소와 법인세 부과처분의 일부 취소 문제는 발생할 수 있는 것이므로, 그로 인한 국세환급금은 관련법령의 개정에 기인한 것으로 볼 수 없다), 결국 제1호에 해당한다고 볼 수밖에 없다.

셋째, 아래 넷째의 이유에서 보는 바와 같이 환급가산금은 국세환급금에 대한 법정이자 상당액을 국가가 변상하는 제도로서 납세의무자의 국세체납에 대한 가산금 징수제도에 상응하는 것이다. 반면 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 원칙적으로 의무위반사실의 발생이라는 가산세의 과세요건만 충족되면 부과가 가능하고 별도로 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 않는다. 다만, 2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정된 국세기본법 제48조 제1항은 그 후단으로 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다 라고 규정하여 가산세에 대하여 면책사유를 신설하였다. 판례는 위와 같은 국세기본법의 개정 이전에도 납세의무자에게 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다 라 고 판시하여 가산세에 대하여 정당한 사유 에 의한 면책을 인정하여 왔는바(대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조), 이는 가산세가 행정상의 제재의 성질을 가진다는 점에 착안하여 납세의무자에게 의무이행의 기대가능성이 없는 경우에는 이러한 제재를 과하는 것이 가혹하다는 이유에서 특별히 인정하여 왔던 것이다. 그러나 환급가산금은 가산세와는 달리 국세환급금에 대한 법정이자의 성격을 가지고 있는 점, 위와 같은 판례에 의한 '정당한 사유'라는 가산세에 대한 면책사유의 인정이 조세 법규에 대한 엄격해석 원칙의 예외에 해당한다고 하더라도 이는 납세의무자에게 유리 한 것인 반면, 이 사건 국세환급금에 대하여 엄격해석 원칙의 예외를 인정하여 국세 기본법 제52조 제5호를 유추적용하는 것은 납세의무자에게 불리한 것이므로 이에 대 해서는 더욱 신중할 필요가 있는 점, 그리고 위에서 본 바와 같은 국세기본법 제51조 제1항, 제52조, 같은 법 시행령 제30조의 전반적인 체계 등에 비추어 보면, 원고에게 법인세 등의 가산세를 부과할 수 없다는 것과의 형평을 고려하여 이 사건 국세환급금 에 대하여 국세기본법 제5호를 유추적용할 수는 없다고 할 것이다.

넷째, 국세환급금이란 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸되었음에도 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 '부당이득'에 해당하고, 환급가산금은 환급금 채권ㆍ채무에 대한 법정이자의 성격을 가지고 있다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2001다60767 판결 등 참조). 그러므로 입법론으로는 국세환급금의 기산일도 민법상의 부당이득의 볍리에 따라 수익자인 국가의 선의ㆍ악의 여부에 따라 달리 정하거나, 외국의 입법례와 같이 과세관청에 귀책사유가 있다고 인정되는 경우와 납세자에게 귀책사유가 있다고 인정되는 경우를 구체적으로 구분하여 전자의 경우에는 납부일의 다음날부터, 후자의 경우에는 과세관청이 국세환급금의 존재를 안 날로부터 환급에 통상 소요되는 기간이 경과한 날부터 환급가산금을 가산하도록 규정하는 것이 바람직하다. 그러나 현행 국세기본법 제52조는 이를 구분하여 규정하고 있지 않으므로, 국세기 본법 제52조 제1호에서 말하는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금 을 당초부터 위법사유가 있어 경정되거나 취소됨으로 인한 국세환급금 만을 의미하는 것으로 한정하여 해석할 수는 없다. 이는 국세기본법 제51조 제1항, 제52조, 같은 법 시행령 제30조의 체계상 당초의 신고 또는 부과처분이 적법하였음에도 국세기본법 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정청구가 받아들여져 국세환급금이 발생하는 경우에도 원칙적으로 국세기본법 제52조 제1호를 적용하여 환급가산금의 기산일을 결정할 수밖에 없는 점에 비추어 보더라도 명백하다.

(4) 결국 이 사건 환급가산금의 기산일은 이 사건 재평가세를 납부한 다음 날이라고 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 선 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1섬 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.